La serie si svolge in una versione alternativa del Giappone chiamata Grande Giappone, in una linea temporale alternativa dove lo shogunato Tokugawa è rimasto attivo ed è rimasto isolato dal resto del mondo. Il protagonista della serie è Muneakira Yagyū, un giovane che frequenta la Buou Academic School, una gigantesca accademia situata alla base del monte Fuji dove ci si allena per diventare guerrieri samurai.

La sua vita prende una svolta improvvisa quando incontra Jūbei Yagyū, una misteriosa ragazza caduta nuda dal cielo che in seguito diventa il suo primo "Maestro Samurai" dopo aver ricevuto il loro primo bacio insieme.