Marco è a Juárez, a lavorare per il dipartimento di polizia, ancora scosso dalla morte del figlio e con un divorzio ormai prossimo. Durante un raid della polizia al quale prende parte, gli viene puntata un'arma addosso da parte di un altro poliziotto, che poco dopo si dilegua e scompare nel nulla. Frye e Adriana, invece, sono alla ricerca della sorella di quest'ultima. Ad El Paso, Sonya riceve una telefonata dal penitenziario nel quale è rinchiuso Jim Dobbs, venendo a scoprire che l'assassino della sorella sta per morire. Là conosce il fratello di Jim, Jack, con il quale lega fin dall'inizio portandolo a casa per fare del sesso. I tentativi da parte di Hank di proteggere Eva falliscono quando la ragazza riconosce Domingo, un poliziotto di Juárez, fuori dalla fattoria. Hank la manda così a stare a casa di Bob. Nel frattempo il cartello manda la loro "fixer", Eleanor Nacht (Franka Potente), ad El Paso, la quale si lascia dietro una scia di morti che attirano l'attenzione di Hank e la sua squadra.

Eleanor si fa portare da Kyle a casa del ragazzo. Intanto Hank e Sonya risalgono all'impagliatore che ha imbalsamato il cane e scoprono anche un cadavere semi divorato dagli insetti. Sonya dirama un mandato per Eleanor.

Continuando a lavorare insieme, Marco e Sonya riescono ad arrivare al ragazzo che era con Kyle la notte in cui incontrarono Eleanor. Ma a breve scoprono anche che Kyle stesso e' scomparso.

In seguito alla visita di Frye e Adriana, il direttore Delarge si uccide davanti alla banca. Indagando su questo ulteriore sviluppo, Marco e Sonya arrivano alla grande compagnia messicana CLIO.

Per Marco sembra arrivato il momento di vendicarsi della morte del figlio: Galvan ha trovato il modo di farlo entrare nel carcere per uccidere David Tate. Intanto Sonya deve prendere una difficile decisione.

Abelardo è vittima di un secondo agguato, stavolta per lui le cose si mettono male e la deposizione di Eva gli viene sottratta. Intanto Frye e Adriana riescono a farsi rilasciare delle dichiarazioni dal killer che ha ucciso Chuchito.

Adriana parla con Sonya dell'indagine che sta conducendo insieme a Frye. Intanto McKenzie contatta Sonya, e mentre le offre di collaborare con la DEA, le fa una rivelazione decisamente scioccante.

Sonya è stata rapita da Chopper, che ha intenzione di portarla in un luogo isolato per ucciderla. Intanto Charlotte fa irruzione al Red Ridge durante il passaggio di proprietà: sul posto arrivano gli uomini di Galvan, ed è una strage.

Sul luogo della strage, Monte riesce a recuperare Eleanor e Cesar, ma saranno Sonya e Marco a capire che fine ha fatto Hank. Intanto Galvan ha catturato Romina, la figlia di Sebastian, per ricattare il padre.

Mentre Marco, aiutato dai marines, dà la caccia a Fausto, Sonya deve interrogare Eleanor. Intanto Frye e Adiana scoprono nuovi segreti sulle attività della CIA e della DEA sul confine.

Eleanor viene rimessa in libertà, per finire la 'pulizia' che aveva iniziato. Intanto Sonya riesce a decifrare il registro di Eleanor, e si convince di poter capire quali saranno le sue prossime mosse.

In questo finale della seconda stagione: La collusione fra la CIA e il cartello è ormai accertata. Gli uomini dell'agenzia decidono di 'scaricare' Galvan, ma l'uomo è nelle mani di Marco: uno scontro violento aspetta i protagonisti della serie.