Jake et le capitaine Holt, exilés en Floride et placés sous le programme de protection des témoins, tentent de s'accoutumer à leur nouvelle existence. Jimmy Figgis, alias « le Boucher », qui veut la mort d'Adrian Pimento, est toujours en liberté. Karen Haas, US Marshall, est désormais leur seul lien avec le Brooklyn 9-9. Jake cherche à s'intégrer dans sa nouvelle équipe. Mais l'anonymat du duo sous couverture est bientôt menacé...

Jake et Holt planifient une attaque contre Jimmy Figgis, alerté par une vidéo. Pris en flagrant délit, ils sont arrêtés et se retrouvent de l'autre côté de la table d'interrogatoire. A Brooklyn, un nouveau capitaine prend la tête du commissariat. Son autorité est discutable...

L'équipe fait le voyage jusqu'en Floride pour prêter main forte à Jake et Holt dans leur traque de Figgis. Mais à cause d'une blessure et d'une nouvelle intervention inopportune de la part du shérif Reynolds, leur plan ne se déroule pas comme prévu. En plein chaos, Amy et Jake se retrouvent, embarrassés...

De retour au commissariat, Jake se fait aider pour sa première affaire par Jessica Day, en visite à New York. Il doit retrouver un suspect. De son côté, Holt cherche comment élever le niveau du bureau, moralement parlant, tandis Amy s'interroge sur les longues pauses auxquelles s'adonne Rosa...

Le Nine-Nine fête Halloween. Comme le veut la tradition au commissariat, les policiers rivalisent d'ingéniosité pour se subtiliser mutuellement certains objets, érigés en trophées. L'équipe se surpasse cette année pour gagner le titre en jeu : le meilleur "inspecteur/génie"...

Rosa et Adrian Pimento décident de reprendre le cours de leur vie amoureuse et de franchir le cap du mariage. Amy dirige l'équipe, qui entend bien organiser la plus belle des journée en leur honneur. Pimento charge Jake et Gina de mettre la main sur la paire de boucles d'oreilles de sa grand-mère...

Amy organise un dîner pour Thanksgiving. Jake fait tout ce qu'il peut pour impressionner le père de la jeune femme, un ancien policier. Pendant la soirée, Charles se retrouve en charge de la dinde. Holt soutient Adrian Pimento, qui vient d'apprendre qu'il ne travaillera plus pour le NYPD...

Terry rencontre son héros de toujours, un célèbre écrivain qui a reçu des menaces de mort. De son côté, Gina recherche le lieu des prochaines vacances de Charles et sa famille. Amy prend position dans la dispute qui oppose Kevin et Holt, au sujet d'un puzzle...

Le capitaine CJ est aux prises avec une affaire particulièrement complexe. Jake et Holt prennent le parti de l'aider. Au commissariat, la guerre est déclarée lorsque Terry veut pousser Gina à renoncer à son chauffage d'appoint, dans l'idée d'économiser de l'énergie. Rosa et Boyle, de nuit, s'octroient une pause...

Charles embarque Jake dans une mission de la plus haute importance : trouver le jouet préféré de son fils pour Noël. Pendant les emplettes, ils se trouvent nez à nez avec un dangereux cercle criminel letton. Au commissariat, l'équipe se prépare pour le concours annuel de chants, qui l'oppose à son pire ennemi...

Lors d'un transfert de prisonniers, plusieurs détenus parviennent à s'évader, suivant un plan manifestement coordonné. Toute l'équipe tente de remettre la main sur les fuyards, éparpillés dans Brooklyn. Jake et Amy font un pari : celui qui attrapera le moins d'évadés devra s'installer dans l'appartement du gagnant...

Le commissariat risque de fermer définitivement, le taux de criminalité étant au plus bas dans le quartier. L'équipe est confiante, persuadée d'être évaluée équitablement pour son travail. Mais la personne en charge de l'audit n'est autre que l'ex-petit ami d'Amy, Teddy, l'homme le plus ennuyeux du pays...

Jake et Rosa enquêtent sur une affaire de cambriolage qui a touché une de leurs émissions télé préférées. Le premier rôle féminin a été dévalisé. Les deux policiers en profitent pour passer du temps avec les protagonistes du show. Dans le même temps, l'audit reprend au commissariat. Cette fois, c'est l'ex de Terry qui est aux commandes de l'évaluation...

Plusieurs vols de vélos ont été signalés dans les environs. Jake et Charles font équipe sur cette affaire, peut-être pour la dernière fois. Terry ne décroche pas le titre qui lui revient. Rosa fait ce qu'elle peut pour lui redonner un peu de motivation. Amy passe de précieux moments avec le capitaine Holt...

Terry, en repos, est pris à parti par un collègue dans son propre quartier. La tension monte rapidement. Terry est décidé à déposer une plainte officielle contre l'officier. Mais Holt a une autre idée pour gérer la situation. Jake et Amy, de leur côté, jouent aux apprentis parents en gardant les enfants de Terry...

L'équipe est excitée à l'approche du Cop-Con annuel, compétition impliquant trois Etats, qui est aussi et surtout l'occasion d'une fête monumentale. Mais le plaisir retombe quand Holt demande au groupe de se montrer exemplaire plutôt que de chercher à s'amuser...

Amy disparaît sans prévenir à quelques heures de son examen de sergent. L'avenir de la jeune femme est compromis si elle ne se présente pas aux évaluations. Jake et Rosa doivent intervenir avant qu'il ne soit trop tard. Où la chercher ?...

La mère du capitaine Holt en personne fait appel à l'équipe du Nine-Nine. Sa maison a été vandalisée. Il s'agit apparemment d'un cambriolage. Parallèlement à l'enquête, Terry, Rosa et Boyle réaménagent la salle de repos, tandis qu'Amy montre à Gina comment changer un pneu...

Jake et Rosa font tout ce qu'ils peuvent pour gagner le respect de leur idôle commune, le lieutenant Melanie Hawkins. Dans le même temps, Charles, Terry et Gina expérimentent différentes méthodes éducatives pour résoudre un conflit entre Scully et Hitchcock, deux grands gamins...

Jake et Rosa sont toujours à la recherche des braqueurs de banque. Ils sont épaulés dans leurs investigations par le lieutenant Hawkins, dont l'équipe semble cacher son jeu. Le capitaine Holt et Pimento sont appelés à la rescousse après la découverte d'un secret. Charles, de son côté, dénigre le nouveau petit ami de Gina...

Jake et Rosa sont victimes d'un coup monté. Ils sont soupçonnés pour un crime qu'ils n'ont pas commis. C'est à l'équipe du 99 de trouver les vrais coupables pour sauver la peau des deux collègues, en mauvaise posture...