Cela fait maintenant neuf mois que la République de la Terre a pris le contrôle de Defiance. Le maire Pottinger dirige la ville et souhaite qu’Amanda travaille à ses côtés. Nolan est à la recherche de sa fille, ce qui le conduit à Hollywood.

À peine arrivé à Defiance, Nolan est engagé par Amanda pour appréhender un terroriste qui vient de faire exploser une bombe en pleine rue. Le nouveau maire est intrigué par le dossier d’Irisa qui a été scellé par l’armée.

Après l'attaque de sa caravane dans les Badlands, Pottinger ordonne à Nolan de traquer les responsables. L'enquête implique un des mineurs de Rafe, ce qui envenime la situation. Pendant ce temps, Datak est déterminé à récupérer le contrôle de l'entreprise...

Amanda est harcelée par un mystérieux inconnu, tandis que Datak Tarr se remet de ses blessures après avoir été sévèrement battu. Rafe, lui, s'est installé avec sa fille dans la maison de Stahma, mais s'adapte difficilement à son mode de vie. Pendant ce temps, une ancienne connaissance de Yewll réapparaît...

Après le crash d'une arche, Pottinger recrute Nolan pour une mission de sauvetage, mais la véritable nature du contenu de l'arche place Nolan dans une dangereuse situation. Stahma commet un acte inattendu, tandis qu'Irisa commence à se confier à Tommy.

Datak est piégé pour un meurtre et doit s'en remettre à un allié inattendu afin de se sortir de ce mauvais pas. Après une rencontre avec un mystérieux étranger, Irisa, elle, en découvre un peu plus sur sa destinée.

Afin d'empêcher une attaque terroriste sur New York, Nolan interroge un homme suspecté d'être un espion à la solde du collectif Votanis.

Kenya est de retour et Nolan s'efforce de lui faire retrouver la mémoire pour savoir ce qu'il s'est passé. Stahma, persuadée que Kenya est morte, demande à Datak de l'aider à trouver la tombe où elle est enterrée. Irisa, elle, n'est toujours pas de retour à Defiance.

Lors d'une visite officielle de l'ambassadrice Tennety, Pottinger lui fait découvrir la mine. Cependant, un éboulement se produit : l'ambassadrice est tuée et Amanda et Pottinger se retrouvent coincés sous les gravats. Nolan est chargé de les sauver.

Amanda et Berlin enquête sur la chute de Poupée du désir de l'Arche et découvrent qu'Alak couchait avec Deirdre. Pensant tenir là un motif de chantage, Amanda le fait arrêter. Pendant ce temps, Nolan a retrouvé Irisa et Tommy.

Suite à l'attaque d'Irisa, Nolan tente de ramener Tommy à Defiance avant qu'il ne meure. Datak et Shahma se font enlever et sont soumis à la vengeance d'Amanda. Irisa devenue Kaziri rallume les arches en orbite de la Terre et commence la terraformation.

Nolan sollicite l'aide de Kai pour mettre fin au programme de destruction de la Terre mais Yewll a une autre solution qui pourrait tuer Irisa. Pilar révèle à Christie et à Alak l'existence d'une société où les humains et les Votans vivent en harmonie.