הצבים נתקלים באנשי כת מוזרים. כשהם הולכים בעקבותיהם, הם מגלים שציפורני נמר הוא המנהיג שלהם.

הצבים מגלים שציפורני נמר ואנשיו מחפשים את הקסדה של שרדר כדי להחזיר אותו לחיים. במקביל, מופיע אדם נוסף שמתעניין בקסדה.

הצבים מגלים שציפורני נמר רוצה להחזיר את שרדר מהמתים. הם מנסים למנוע ממנו להשיג את הלב שלו שדרוש להשלמת התהליך.

קאבאקסאס מחזיר את שרדר לחיים. פני דג מספר לצבים איך נוצרו "יצורי שרדר" שבהם נתקלו. הצבים מנסים לעצור את קאבאקסאס.

ספלינטר מספר לצבים הצעירים איך הוא פגש אותם בראשונה ואיך הם החלו לחיות יחד כמשפחה.

אפריל, קייסי וכל אנשי העיר הופכים לערפדים. רנט מופיעה ומסבירה לצבים את המצב. היא לוקחת אותם לעוד הרפתקה של מסע בזמן.

רנט מחזירה את הצבים בזמן כדי לעצור את סאבאנטי רומרו. הם יוצאים לחפש את דרקולה בטרנסילבניה.

רנט והצבים ממשיכים לנסוע בזמן כדי למנוע מסאבאנטי מלגייס את צבא המפלצות שלו. הפעם הם מגיעים לטירה של פרנקנשטיין.

רנט והצבים ממשיכים במשימתם לעצור את סאבאנטי רומרו. הם מתקשים כשרפאל וגם דונטלו הופכים לערפדים.

הצבים עובדים עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה במרדף אחר נוכל מהעבר.

הצבים ממשיכים לעבוד עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה, והם נאלצים להתמודד גם עם לורד דרג והחרקים שלו.

הצבים פוגשים שוב את המקבילים שלהם מממד אחד. יחד איתם מגיעים גם המקבילים של שרדר וקראנג, ששוכרים את שירותיהם של ביבופ ורוקסטדי.

הצבים והמקבילים שלהם מממד אחר מתמודדים עם ביבופ ועם רוקסטדי שעובדים בשביל קראנג ושרדר מהממד האחר.

הצבים והמקבילים שלהם עובדים יחד כדי לעצור את שרדר ואת קראנג מהממד האחר. הם מקבלים עזרה לא צפויה מביבופ ומרוקסטדי.

הצבים מוצאים את עצמם בממד אחר בתקופה הפיאודלית, בעולם שיש בו חיות אנתרופומורפיות במקום בני אדם.

הצבים מצטרפים אל אוסאגי ואל קינטארו במסעם, בתקווה למצוא דרך לחזור הביתה אל הממד שלהם.

הצבים ואוסאגי מלווים את קינטארו אל ארמון מקדש בודהה השמים, שם הם פוגשים את ג'יי ונאלצים להתמודד איתו.

רפאל המבוגר נלחם בעזרת דונטלו-רובוטי בשממה של מוטנטים, בתקווה לשרוד לאחר אסון שקרה לפני כמה שנים.

רפאל ודונטלו מוצאים את מיכאלאנג'לו ונדהמים לגלות שהוא עדיין בחיים. האיחוד המרגש נקטע במהרה על ידי ורמינייטור רקס והכנופיה שלו.

פרק אחרון לעונה. רפאל הופך למנהיג השבטים ומוביל את כולם לעימות מול "מאקסימוס קונג". הוא נדהם לגלות את זהותו האמיתית של "מאקסימוס קונג".