Green con il suo nuovo partner Joe Fontana si trovano ad indagare sull'omicidio di una giovane donna, vestita di una tunica bianca con sopra una croce dipinta con il sangue. I detective scoprono che la vittima era un riservista dell'esercito degli Stati Uniti, dopo aver trascorso alcuni mesi in Iraq, ma scoprono tramite alcune foto che la donna aveva prestato servizio in una prigione irachena, sottoponendo i prigionieri a feroci torture. Quindi i sospetti di Fontana e Green cadono su una donna irachena che aveva sposato un americano e per di più con suo fratello rinchiuso in una prigione irachena. Durante il processo, il suo difensore cerca abilmente di giustificare la condotta della sua cliente mettendo sotto accusa la guerra in Iraq e il comportamento dei soldati americani.

Fontana e Green indagano su un incidente del traghetto che attraversa l'Hudson con una sola vittima: una giovane donna. Dall'autopsia emerge che la vittima è stata spinta dal traghetto e che quindi si è trattato di omicidio. Indagando sul passato della donna, i detective scoprono che la vittima era la vedova di un vigile del fuoco morto durante l'attentato dell'11 settembre, di cui la vittima era rimasta sconvolta da quei fatti e che poi si sposò con uno dei vigili del fuoco sopravvissuto a quel maledetto giorno. I sospetti di Fontana e Green cadono sulla prima moglie di quest'ultimo, dove quest'ultima si opponeva all'ex marito per sottrarre i suoi figli, infatti sull'analisi dell'DNA viene confermata la sua responsabilità. Durante il processo, il suo avvocato invoca il trauma subito da quel maledetto 11 settembre, ma McCoy è inflessibile, nonostante il parere contrario della Southerlyn, dandogli ragione.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un criminale uscito di prigione da poco, si indaga sull'ambiente carcerario, e in particolare sulla banda carceraria con inclinazioni neo-naziste chiamata I Brotherhood, di cui la vittima faceva parte. I detective scoprono che la gang ha preso di mira una delle guardie carcerarie, arrivando a minacciare anche la moglie e i figli. La guardia viene incriminata, in seguito alle sue impronte trovate sull'arma del delitto. Il suo legale, durante il processo, invoca la legittima difesa preventiva, affermando che dopo aver saputo che la vittima era stata rilasciata sulla parola, l'uomo lo ha ucciso per garantire l'incolumità della famiglia. McCoy invece è consapevole della pericolosità della gang, che arriva a minacciare in aula il giudice del processo

Fontana e Green indagano sulla morte apparentemente suicida di uno studente universitario precipitato dalla sua stanza del college e finito contro un'auto e cominciano ad indagare sulla sua famiglia e sui suoi amici. Ma quando un'altra studentessa universitaria si suicida, i detective pensano che questi morti sospette siano collegato ad un programma di ricerca farmaceutica in cui i due suicidi erano coinvolti: venivano infatti pagati per testare alcuni medicinali, assumendoli per verificare gli effetti collaterali, che causano ai soggetti gravi episodi di depressione sfociati in tentativi di suicidio. Quindi i loro sospetti cadono sul produttore della società farmaceutica, McCoy e la Southerlyn lo mettono sotto processo per aver ignorato diversi studi scientifici che confermavano i rischi connessi all'assunzione dei medicinali in grande quantità.

Fontana e Green indagano sul duplice omicidio di due poliziotti, da parte dei trafficanti di droga mentre stavano acquistando delle pistole mentre erano sotto copertura. Infatti Green, amico di una delle vittime, decide di mettersi in contatto con i presunti colpevoli fingendo di voler acquistare un'arma. L'operazione riesce alla perfezione, ma Fontana e Green apprendono che in un sito web, di proprietà di un avvocato, sono pubblicate le foto di alcuni poliziotti sotto copertura, tra cui anche le due vittime. McCoy decide di incriminarlo per istigazione all'omicidio ma lui e la Southerlyn scoprono che il suo figliastro era stato ucciso nel corso di un'altra operazione dei poliziotti uccisi.

Fontana e Green indagano sulla morte di una famosa scrittrice di romanzi gialli, avvenuta poche ore dopo essersi sottoposta ad un intervento di chirurgia plastica. L'autopsia rivela che è morta a causa dell'interazione tra gli antidepressivi che assumeva e un medicinale somministratole da un chirurgo estetico. Fontana e Green confermano la negligenza del medico a curare la vittima, e la sua indifferenza a lei dopo l'intervento. Branch insiste perché McCoy lo incrimini per omicidio per negligenza.

Fontana e Green indagano sull'omicidio della moglie del governatore del Connecticut, avvenuto nel corso di una raccolta fondi per il partito democratico. I sospetti cadono proprio sul governatore sospettato di aver favorito con la concessione di molti appalti pubblici le società di un suo amico. L'imprenditore, presente alla raccolta, viene anche lui sospettato dell'omicidio, ma il caso prende una svolta inaspettata quando il suo compagno afferma di aver avuto una relazione con il governatore, che la moglie li aveva scoperti, e che in seguito lo stesso imprenditore confessa il delitto. McCoy e la Southerlyn decidono di incriminarlo; ma il suo avvocato afferma che i due si erano segretamente sposati. Quindi McCoy, per far testimoniare l'ex governatore, decide di annullare tutti i matrimoni gay, ma la sua assistente Southerlyn si oppone.

Fontana e Green indagano sul tentato omicidio di un noto conduttore radiofonico e i sospetti cadono subito su una famiglia mafiosa, i cui crimini erano stati più volte denunciati dall'uomo nella sua trasmissione. I detective scoprono che la vittima e il boss erano amanti e quindi pensano ad un delitto passionale. Nel frattempo, i due sicari vengono trovati morti, così come l'amante contesa tra i due. Dopo vari tentativi vani di processarlo per vari reati, McCoy e la Southerlyn incriminano il capomafia per l'omicidio della donna, e ottengono la confessione, ma non ha commesso lui quel crimine.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un commerciante di pietre preziose appartenente a una comunità di ebrei ortodossi, ma scoprono che l'uomo apparteneva alla mafia russa, e che stava collaborando con la procura federale per incastrare l'organizzazione. La responsabilità dell'organizzazione criminale russa nell'omicidio appare quindi evidente e per questo l'esecutore materiale viene arrestato. Fontana e Green scoprono che la moglie voleva il divorzio dalla vittima, ma per motivi religiosi non poteva ottenerlo senza il consenso del marito, e che proprio lei aveva denunciato all'organizzazione il tradimento del marito. McCoy la incrimina per omicidio, ma Branch lo costringe a far cadere le accuse.

Fontana e Green indagano sull'omicidio stradale di un uomo rilasciato dalla prigione, dopo aver scontato la metà della pena ottenendo la libertà vigilata, per aver maltrattato sua moglie e sua figlia fino a causarne la morte. I sospetti si concentrano prima sul figlio della vittima, poi sulla ex moglie, nonché sulla sua nuova compagna e infine la terapista che aveva in cura la vittima in prigione, il quale si era resa conto che la vittima, una volta uscito, abusava anche della compagna e dei figli.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un ricco consulente finanziario, portandoli a sospettare della moglie e dell'amante, l'imprenditore edile che aveva diretto i lavori di ristrutturazione dell'abitazione della coppia. La donna accetta di testimoniare al Grand Jury contro il suo amante, portando McCoy a incriminare quest'ultimo, però prima di testimoniare nuovamente al processo la donna viene trovata morta, per un'intossicazione di monossido di carbonio apparentemente accidentale. A quel punto McCoy si trova in un vicolo cieco per ammettere la testimonianza data dalla moglie al Grand Jury, dimostrando che il marito abbia ucciso la moglie per impedirle di testimoniare.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un famoso rapper e produttore discografico e sospettano di un rapper emergente, che nonostante fosse sotto contratto con la casa di produzione della vittima aveva inciso un remix del suo singolo da vendere in strada. La sua posizione si complica quando i detective scoprono che in una traccia del suo album si vanta di aver assistito all'omicidio, probabilmente commesso da un amico di vecchia data. La Southerlyn crede che il ragazzo non abbia ucciso il produttore, e che l'amico sia colpevole. Branch la licenzia perché poco adatta per perseguire gli imputati.

Fontana e Green indagano sulla morte di un bambino dovuta a un'influenza nonostante fosse stato vaccinato da poco tempo, l'autopsia rivela che era morto per una semplice soluzione salina. I detective scoprono che la soluzione salina, spacciata per vero vaccino, era stata immessa nel mercato nero, provocando la morte di alcuni pazienti. Poco dopo, Fontana e Green individuano il responsabile di tutto questo e McCoy e la sua nuova assistente Alexandra Borgia lo incriminano per poi condannarlo alla pena adeguata.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un noto scrittore dopo aver presentato il suo ultimo libro in una libreria. I detective sospettano di una donna che afferma di avere una relazione con la moglie della vittima e di aver ucciso quest'ultimo perché la maltrattava psicologicamente. La vedova invece afferma di non aver una relazione con la donna, ma alcune rivelazioni fanno pensare a McCoy e alla Borgia che la vedova abbia istigato la sua amante di uccidere il marito. Così McCoy e la Borgia, per dimostrare la sua colpevolezza, decidono di far testimoniare il figlio.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un uomo di mezz'età, nonché tifoso di basket che aveva intentato una causa milionaria contro un noto giocatore di basket, accusandolo di averlo colpito in una rissa scoppiata durante la partita e che da anni tormentava il cestista, insultandolo durante gli incontri e facendogli telefonate anonime. Il giocatore confessa l'omicidio; ma afferma di averlo ucciso per difendersi da lui, che lo stava minacciando con il coltello.

Fontana e Green indagano su un incidente in cui viene coinvolta un'automobile, schiantata contro la vetrina di un bar che è costata la vita a un conducente e che ha procurato ferite gravi ad un ragazzo quindicenne. Scoprono che l'incidente, che ha provocato molti feriti tra i passanti e gli avventori del locale, è stato causato dall'inseguimento da parte di un'altra auto, che nel frattempo è già fuggita. Il caso ha una svolta inaspettata quando emerge che l'automobilista deceduto aveva poco prima ucciso diversi cacciatori in una riserva vicino New York, e che poi era fuggito con una delle vittime, incurante dal fatto che il figlio di lui stesse dormendo. Fontana e Green individuano il conducente della seconda auto, il quale, aveva deciso di inseguirlo per impedirgli la fuga, dopo aver visto l'uomo fuggire dalla scena del crimine. L'uomo viene incriminato, ma l'opinione pubblica lo considera un eroe nazionale per aver salvato il ragazzo...

Fontana e Green indagano sull'omicidio di una produttrice esecutiva televisiva, scoprono che la vittima lavorava in una fondazione benefica fondata da due fratelli gemelli, che lei aveva accusato di aver intascato i fondi dell'ente. Ma, i sospetti dei detective si concentrano sul marito e sull'amante della vittima, cioè un noto cuoco protagonista di un programma tv finanziato dalla vittima stessa, la quale però lo voleva chiudere per via dei bassi ascolti. McCoy e la Borgia affrontano un problema inaspettato quando vengono a conoscenza del comportamento scorretto di una componente della giuria.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di una sconosciuta avvenuta in una camera d'albergo e con i documenti falsi. I sospetti si concentrano subito sull'uomo che tenta di suicidarsi, e interrogando la moglie dell'uomo, Fontana e Green scoprono che la moglie di lui è alla guida di una setta religiosa che promuove la sessualizzazione dei bambini. Poco dopo, l'uomo confessa il delitto, affermando che la madre lo aveva fatto iniziare all'attività sessuale all'età di 6 anni. A quel punto McCoy e la Borgia incriminano la donna per i crimini compiuti dalla setta da lei guidata.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di una giovane avvocatessa, associata in uno studio legale finanziario. Scoprono che negli ultimi mesi della sua vita aveva intrattenuto relazioni con diversi componenti dello studio. I detective credono che il mentore della vittima abbia ucciso quest'ultima, poiché le aveva dato una valutazione disastrosa, e che lo voleva denunciare per molestie sessuali insistenti. Ma per McCoy e la Borgia il caso si complica quando il testimone chiave viene ucciso e Green ferito nell'agguato. A quel punto, McCoy deve convincere un socio anziano dello studio a rivelare la verità alla corte; ci riesce facendo leva anche su un'indagine per frode che sta per essere avviata nei suoi confronti.

Fontana e il suo nuovo partner temporaneo Nick Falco indagano sull'omicidio di una famosa pornostar, che aveva da poco pubblicato un'autobiografia di grande successo e che aveva deciso di rivolgersi ad un'altra casa editrice, suscitando così le ire della sua editor, in cui è la maggior indiziata del delitto grazie alla testimonianza di un poliziotto della narcotici. Ma, quando viene uccisa, Fontana e Falco sospettano dell'ex comandante della polizia di New York, ora senatore e in procinto di accettare un incarico di livello governativo.

Fontana e Falco indagano sull'omicidio di un fantino panamanese, scoprendo che la vittima allenava un cavallo di nome Raspuntin, e aveva capito che si trattava di un vero fuoriclasse, del valore molto maggiore di quanto affermato dal suo proprietario, e che alcune corse erano state truccate per nasconderne le grandi capacità. I sospetti si concentrano sul proprietario del cavallo, un imprenditore squattrinato con l'hobby delle corse dei cavalli, il quale aveva acquistato l'animale per tre milioni di dollari sottraendo le somme dal fondo pensioni dalla sua azienda. Per McCoy e la Borgia si complica, quando uno dei dipendenti raggirati si fa giustizia da sé.

Fontana e Falco indagano sulla morte di un pompiere avvenuto, mentre stava cercando di domare l'incendio in un palazzo. L'autopsia rivela che la vittima è morta per un colpo di pistola, sparato accidentalmente da un'arma abbandonata sul tetto dell'edificio. I detective scoprono che l'arma è connessa all'omicidio di un uomo di colore, avvenuto 9 anni prima; e che il responsabile del delitto è il fratello della fidanzata della vittima, il quale non voleva che lei frequentasse un uomo di colore. Il caso per McCoy e la Borgia appare complicato perché, l'assassino ha scoperto la fede ed è diventato un born again Christian, vivendo una vita irreprensibile fatta esclusivamente di preghiera e carità. Infatti il suo difensore afferma che la pena nei suoi confronti sarebbe inutile, perché la sua rieducazione si è già compiuta.

Fontana e Falco indagano sul deragliamento di un treno, costata la vita a 15 persone e ferite molte altre, a causa di un SUV lasciato sulle rotaie, e portando i detective in diverse direzioni, compreso l'attacco terroristico e il tentato omicidio di un procuratore distrettuale che viaggiava sul treno. I sospetti cadono sull'uomo che voleva togliersi la vita facendosi investire sul treno con l'auto, ma quest'ultimo aveva cambiato idea all'ultimo momento. Il suo difensore chiede l'assoluzione per infermità mentale, ma l'uomo si difende da solo.