Akcja dzieje się w Universal Century 0088, bezpośrednio po zakończeniu wydarzeń z Mobile Suit Zeta Gundam.

Haman Karn i jej armia będąca pozostałością po dawnej Republice Zeonu, dąży do odrodzenia utraconego imperium Zabi i ogłasza się jako Neo-Zeon. Ponieważ Federacja Ziemi jest bezsilna wobec tej sytuacji, tylko Grupa Antykosmiczna (AEUG) jest w stanie przeciwstawić się planom Neo-Zeona. Potrzebujący wszelkiej pomocy, jaką może uzyskać po zdziesiątkowaniu w poprzedniej wojnie i utracie wielu kluczowych członków, statek AEUG, pozyskuje pomoc młodego kolekcjonera śmieci z kolonii Side 1 Shangri-La o imieniu Judau Ashta. Zostaje on nowym pilotem Double Zeta Gundam.