祝放送半年！ということで、寄せ集めの総集編でお茶を濁そうなどと話をしている万事屋一行。しかし本心はそこには無く、久々に食卓へのぼったすき焼きから注意を逸らし、一切れでも多く肉にありつこうと、お互いが牽制しあっていたのだ。激しい腹の探り合いが繰り広げられる中、銀時と新八が神楽を陥れ鍋へと襲い掛かる。が、勢い余って鍋の中身は四散。騙されたと気づいた神楽は銀時と言い争いを始める。殺伐とした空気が流れる中、先程の悲劇を繰り返さぬために、まずは肉の安全を確保することが先決と思案を巡らせる新八。と、そこへ新たな鍋の参加者が……肉争奪戦はますます混迷の一途を辿る。

いつもと変わらぬ万事屋の喧噪。そんな中、階下のスナックお登勢に飛脚スクーターが突っ込んだ。息も絶え絶えに、大事な小包を届けてくれるよう万事屋の面々に頼む飛脚。銀時たちは、やむなくそれを届けに宛先である戌威星大使館へと向かう。しかし小包が爆発し、銀時たちはテロリストと間違えられてしまうのだった。とっさに逃げようとするが、今一歩のところで新八が捕らえられ、銀時、神楽を巻き添えにして門番に囲まれてしまう。もうダメか……その時、助けに入ってきたのは銀時の旧友、ヅラこと桂小太郎だった。そして、その様子を密かに見守っていた幕府の警察組織・真選組が動き出す……

真選組が江戸の治安を守るために奮闘しているのを他所に、局長の近藤はスナックで働くお妙相手にくだを巻いていた。自分はダメな奴だと落ち込む近藤に、愛する人なら欠点ごと愛することが出来ると微笑むお妙。その彼女に近藤は一目惚れし、結婚を申し込むがグーで殴られる。しかし近藤は諦めきれず、拒絶するお妙にあの手この手で熱烈なアピールを繰り返す。堪忍袋の緒が切れたお妙は、銀時を巻き込んで一芝居打とうとするが、事態は意外な方向へと発展してしまう……。

局長が女を賭けた決闘で負けた。土方から沖田へ、沖田から真選組内へと噂は瞬く間に広がり、隊内に動揺が走る。おまけに近藤の無様な姿がTVで放映されたとあって、土方はどうにかして真選組の威信を取り戻したいと考えていた。それには、近藤を負かしたという銀髪の侍を消すしかない……。隊士達が銀時を探し回るなか、自らも市中に赴く。一方、自分が真選組の殺意を一手に引き受けているとも知らず、銀時は万事屋に手伝いを依頼に来た大工に、半ば強引に連行されていた。悪態をつきながらも仕事を手伝う銀時に、真選組の刃が迫る……。

万事屋に人捜しの依頼が舞い込んだ。幕府に仕える由緒正しい家の娘が、家に帰らず行方不明だという。この件を穏便に解決したい依頼人の頼みを、しぶしぶ引き受け捜索を始めた銀時たちは、娘がよく遊びに来てたというクラブに聞き込みに行く。手がかりを得られず、人捜しに飽きた神楽は、娘に容姿が似ている男を連れて帰ろうとするが、その男の様子が急変する。駆けつけたウェイターの話では、最近この界隈に怪しげな薬が出回っているらしい。一方、ひとり席を外し、二日酔いでトイレに籠もる銀時は、扉の外から声をかけられた……。

桂の爆弾から結果的には皆を守った銀時たちだったが、その後警察の取り調べを受けていた。銀時たちの仕業だろうと疑い続ける警察に、じっと時計を見つめていた新八がついに切れる。その剣幕に、彼らはようやく釈放されるのだった。警察署の前で恨み言を並べる銀時と神楽をおいて、新八は一人足早に去っていく。そして残された銀時と神楽の前に、脱獄囚が警察に追われやってきた。男は神楽を人質にとり、銀時にパトカーを運転させ逃走を図る。なぜ逃げたのかを問う銀時に男は「今日は特別な日だから……」とだけ答えるのだった。

将軍が姿を見せる祭りを前に、お登勢率いるかぶき町町内会一同は江戸一番の発明家、平賀源外の元に詰めかけていた。昼夜問わず騒音を立て、ガラクタばかりを作り続ける源外に、ついに堪忍袋の緒が切れたのだ。お登勢に動員された万事屋一同は、目には目をとばかりに大音量のカラオケで対抗するが、突如として現れたロボット「三郎」に阻止されてしまう。有無を言わさず源外の工房を河川敷に引っ越しさせた万事屋だったが、三郎をはじめ、源外が作り上げたロボットはみなボロボロに。将軍が列席する祭りにカラクリ芸を披露するために作り上げたという源外だったが．．．。一方、なにやら危険な雰囲気の男が江戸に姿を現すのだった。

『アナタの子供です』そんな書き置きと共に、万事屋の前に赤ん坊が捨て置かれていた。天然パーマの銀髪に死んだ魚のような目……銀時そっくりの容貌に、銀時以外の誰もが銀時の隠し子だと信じて疑わない。勘七郎の愛嬌にすっかりメロメロな新八、神楽、そしてお登勢たち。本当に自分の子供にされてしまいそうな銀時は、勘七郎を連れて万事屋を飛び出す。誰にも話を聞いて貰えない銀時は、途方に暮れるのだった。その頃、大財閥の当主、橋田賀兵衛が万事屋を訪れていた。孫・勘七郎をさらったお房という女の捜索を依頼する賀兵衛に、お登勢はキナ臭さを感じるが……。

捕らえたお房に対し、赤ん坊・勘七郎の行方を問い詰める賀兵衛。そこに、似蔵に追われた新八と神楽がなだれ込んだ。彼らの姿を見ても尚、お房への追及の手をゆるめない賀兵衛に、神楽が煙幕を張り、その隙にお房を助けて身を潜める新八たち。しかし、盲目の似蔵の前には煙幕も役に立たず、あっさりと追い詰められてしまう。一方銀時は、勘七郎を連れ、橋田屋敷へと乗り込むが、アポがないために社長＝賀兵衛に取り次いで貰えないでいた。エレベーターホールに追い詰められた新八たちに似蔵の刃が迫る中、どうにか受付を突破した銀時と勘七郎もエレベーターに乗り込む......。

桂一派と高杉一派の抗争の報告を、真選組の監察・山崎から受けた土方。その騒動の中に、万事屋らしい人物の目撃情報もあった。以前より、銀時と攘夷派との関わりを疑っていた彼は、山崎に銀時の身辺を調査するように命令する。山崎は、銀時の友人たちに話を聞いて回るのだが、彼らの話ではさっぱり要領を得ない。困り果てた山崎は、直接万事屋を訪ねることに。万事屋は留守だったが、銀時が新八の家で療養しているとの情報をつかむのだった。

昼間から公園でたそがれる長谷川に神楽が「何故昼間からこんなところにいるのか」と声をかける。一時の勢いでハタ皇子を殴り、入国管理局を首になった長谷川は、まるでダメなオッさん、略してマダオ街道まっしぐらだった。切腹を命じられ、夜逃げしようと家に戻るとマダオにはついて行けないと妻に逃げられる始末。色々なものを失った彼が唯一得た友人が、パチンコ店で仲良くなった銀時だった。

ある朝のこと。いつも通り万事屋へと出勤した新八は、銀時を叩き起こそうとして信じられないものを見た。銀時の部屋のふすまを開けると、そこには布団の上で絡み合う銀時とくノ一の格好をした女の姿が……！酒を飲んで昨夜の記憶がない銀時に、さっちゃんと名乗る女は納豆をこねながら、ふたりが夫婦の契りを交わしたと告げる。かくして、さっちゃんは押しかけ女房として万事屋に居座ることとなった。銀時の受難の日々が始まったかと思われたが、さっちゃん宛ての一本の電話が事態を急変させる……。

ネコミミアイドルTAMAの登場により、お通の人気が危ない……電車の中でそんな話題を熱く語る寺門通親衛隊の面々。親衛隊の中にもTAMAに浮気した者がいると知り、鉄拳制裁を加える新八。だが、その一撃は偶然にも、酔った松平に絡まれていた娘を助けることになった。お礼を述べるその娘は、なんとネコミミ。その可愛さに一瞬で虜になる新八だったが、エロメスと名乗るその娘からお礼のデートに誘われてしまう。対策を練るべく、ネットの掲示板で助言を求める新八。だが、これが間違いの始まりだった。そして運命のデートの日を迎える……。

ヤツがついに動く……。「池田屋」に呼ばれた近藤・土方・沖田に、そう告げる松平。一同に緊張が走る中、松平は再び告げた。「決戦だ」と。「ヤツ」が誰だか判らぬまま、近藤たちは松平への助力を誓う。そして彼らは遊園地にいた。彼らが見守る中、松平の娘、栗子に駆け寄る軽薄そうな七兵衛。そう、松平は娘に言い寄る男の抹殺を企てていたのだ。呆れ果て、踵を返そうとする土方だが、お妙に振られ続けの近藤は俄然乗り気。沖田も悪のりしてしまう。こうして、デートを見張りつつ、隙あらば別れさせようとする、漢たちの哀しくも壮絶な戦いが始まった……。

マドマーゼル西郷――かぶき町四天王の一人で、鬼神と呼ばれるオカマだ。その西郷を化け物呼ばわりしたために、女装させられ、彼（彼女？）の営む『かまっ娘倶楽部』で働かされることになる銀時。店へ連れて行かれるとそこには銀時同様、女装させられた桂の姿が。口では逃げ出すチャンスを伺っていると言う桂だが、どう見てもオカマに囲まれた生活に馴染んでいる。そんな折、ふたりは西郷の息子、てる彦がいじめられているところに遭遇する。なにやら訳ありの様子に、てる彦の身を気遣う桂だったが……。

地面に仰向けで倒れている銀時、青空は赤く染まっていく……。銀時はその場で意識を失うと病院へと担ぎ込まれた。ジャンプを買おうとバイクを走らせていた銀時は、携帯電話片手に運転をする車に突っ込まれたのだ。病院に駆けつけた新八たちは意識を取り戻した銀時と対面するが、彼は全ての記憶を失っていた……。それまでとは正反対の誠実な好青年のようになってしまった銀時を、何とか元の死んだ魚のような眼をした銀時に戻そうと、新八と神楽は銀時を連れて万事屋へ戻る。しかし、いっこうに記憶が戻る兆しは見えない。仕方なく、きっかけを求めて江戸市中を彷徨う万事屋一行だが……。

銀時が万事屋の解散を宣言し、江戸の町へ消えてから二週間が経った。宇宙船によって大破し、無残な姿を晒す万事屋で、ひとり籐椅子を揺らしながら酢昆布をむさぼる神楽。迎えに来た新八に対し神楽は、銀時が記憶を取り戻し帰ってくるまで諦めないと告げる。一方その頃、真選組の密偵としてマムシの工場に入り込んだ山崎は、そこで意外な顔を発見した。記憶を失った銀時と近藤だ。生き生きとした表情で勤労に励む銀時は、ジャスタウェイの組み立てスペシャリストとなっていたのだ。しかしジャスタウェイが爆発したことをきっかけに、騒動に巻き込まれてゆく……。

うだる暑さの中、クーラーのない万事屋は蒸し風呂と化していた。そんな中、涼を運ぶ唯一の機械「扇風機」を銀時と神楽が奪い合い、ついには壊してしまう。やむなく代わりの扇風機を手に入れるべく外に出る銀時だったが、その行く手には困難が待ち受けていた。いくつもの電器屋を訪ねて回る銀時に対し、時代遅れの扇風機は見当たらず、エアコンを勧められるも予算がそれを許さない。やがて銀時が行き着いたのはリサイクルショップ「地球防衛基地」という店。扇風機を求めて入った銀時を迎えたのは、その店の女主人が守る「せんぷうき」を巡る戦いだった……!?

江戸では、カブトムシ相撲大会が流行していた。神楽は可愛がっていた、フンコロガシの定春28号を出場させるが、試合に乱入してきた真選組・沖田の大型カブトムシに負かされてしまう。一方、カブトムシが高値で売れると知った銀時は、森へカブトムシを捕りに行こうと画策していた。そこへ定春28号の仇を取ろうと、神楽がカブトムシを捕りに行きたいと言い出し、森へ出かける一行。しかしそこには、必死でカブトムシを探す真選組がいるのだった…。

蚊の多い夏の夜、真選組の隊士たちは怪談に興じていた。隊士稲山が語るその怪談は、真夜中の寺子屋に赤い着物を着た女の幽霊が現れるというものだったが、その幽霊が真選組屯所にも現れた。隊士の半分以上が倒れ、みな「赤い服を着た女」の事をうわ言の様に口にしていた。隊士たちは本当に幽霊に襲われたのか？見えない影に怯える近藤は、拝み屋を雇ってこの事態を乗り切ろうとする。しかし、やって来た拝み屋は、インチキ臭い集団だった。

スナックすまいるに風邪が大流行し、ほとんどのホステスが病欠してしまう。大事な接客を明日に控えているというのに、店で元気なのはお妙ただ一人という事態に。どうにかしてホステスの人数を集めなければ…。困り果てた店長は銀時たちに「可愛い子を紹介してほしい」と相談するが、神楽以外は乗り気でない様子。しかしその時、九兵衛がお妙への差し入れを持って店にやって来る。

例年以上にひどい花粉に悩まされる銀時たち。一説にはどこかの星の植物が原因だと言うが、詳しいことは判らずじまい。あのお登勢が店を休むほどの花粉と言うから、ただ事ではない。そんな折、かぶき町に新たな住人がやってきた。屁怒絽と名乗る凶悪な顔をした天人は、万事屋の隣で花屋を営むという。そして、その花屋こそが、この花粉をまき散らす元凶だったのだ。屁怒絽が花粉で人々を弱らせ、その隙に地球征服を企んでいると考え怯える万事屋の面々。しかし、そんな彼が、屁怒絽のもとへ回覧板を届けることに・・・。

ある夜のこと。飲み過ぎた銀時が万事屋に帰宅すると、定春が巨大化していた。イチゴ牛乳を飲ませつつ、巨大化した原因を考える銀時達だが何も思い浮かばない。銀時が居酒屋で貰ってきた犬語翻訳機も当てにならず、途方に暮れる3人を尻目に、更に巨大化する定春。そんな定春がTVで中継されると、江戸の街は騒然とし、野次馬が万事屋に押しかける。彼らから投げられる石が、神楽を傷つけるのを見た定春は…。

かぶき町で連続放火事件が発生した。ゴミに火を付ける手口に警戒してゴミの分別が厳しくなるが、銀時はこっそりと燃えるゴミの日に雑誌を出そうとする。お登勢に見つかり、説教をくらう銀時。お登勢の捨てた煙草の火が起こした小火を消そうとしているところを、火消しのめ組の若い娘、辰巳に見つかり放火魔と間違えられてしまう。め組の詰め所で尋問されている最中に別の場所で放火事件が起こったため、銀時への疑いが晴れるものの、江戸を火から護りたいという辰巳の熱意は空回り気味。ついには父親替わりのめ組の頭に、女には火消しは無理だ、と突き放されてしまう。それでもなお江戸一の火消しになりたいと、放火魔を捕まえようとする辰巳だったが・・・・・・。

乙女座で、あごひげを蓄えていて、今歯を磨いている人は今日死にます……。歯を磨きながら観ていた占いコーナーで結野アナににこやかに断言され、近藤は乾いた笑いを漏らす。そこに怒鳴りながら現れ、いきなり銃を撃ち放つ松平。真選組が煉獄関に手を出したことがバレ、二人は城に呼びつけられたのだ。土方と沖田の暴走に困惑する近藤だが、城にたどり着くまでに消されるかも知れないと脅されパニック状態に。周り全てが殺し屋にしか見えなくなった松平は、殺し屋対策としてさっちゃんを呼ぶ。かくして、城へと向かう危険なドライブが始まった……。

攘夷志士の頭・桂は、江戸の人々に過激派だと誤解されていることを憂慮し、好感度アップを狙ってテレビ番組の取材を受けることになった。しかし、穏健派とはいえ攘夷志士の桂は常に真選組に追われる身。インタビュアーの結野アナに取材を受けているところへ、真選組隊士の襲撃を受けてしまう。その場を、隠し持っていた煙幕にもなる「ん●い棒」で切り抜けた桂は、銀時にある依頼をするために万事屋を訪れるのだった。

アニメ銀魂も遂に放送二年目に突入！というかなんとなくうまいことなだれ込んだというか、なにはともあれ二年目なのだが、これで『とりあえず一年は安泰』とは思えない銀時たち万事屋の面々。思い起こせば色々あったこの一年。高視聴率を期待されつつ始まった放送であったはずが、フタを開けてみれば苦難の連続。二年目に突入するこの節目に際し、銀時はやっておく必要がある『やるべきこと』を提案する。

志士たちの集うサロンで、最近の幕府の動向を報告する桂。しかし志士たちは今流行りのドラマの話題に夢中で、桂の話など聞きもしない。桂は怒ってサロンを去り……そのままレンタルビデオ屋に赴いた。ビデオを借りようした桂に、店員は身分証明書として運転免許の提示を求めるが、お尋ね者である桂は免許を持っていない。一方、銀時は免停講習で教習所を訪れた。注意力を養うために、他の生徒との合同教習として助手席に乗り込むことになるが、運転席にはなんと桂の姿が！？

江戸の街が映画「えいりあんVSやくざ」の話題で盛り上がっている頃、宇宙から飛来したえいりあんが江戸の街に潜り込んだ。えいりあんばすたーとして名高い星海坊主の助言で、近藤は真選組に非常線を張らせる。その頃、おなじく江戸の街を騒がせている「拙者拙者詐欺」にまんまと引っかかった神楽は、銀時を騙る電話の相手に命じられるまま、銀行へ走る。だが、運悪くそこにはえいりあんが潜伏していたのだ。神楽を心配して駆けつけた銀時、新八をも巻き添えにして、えいりあんに飲み込まれようとしている神楽。その時、一行の前に星海坊主が現れる。神楽はその姿を見て、驚くのだった……。

銀時に別れの言葉を告げられた神楽は、失意のまま、父・星海坊主とともにターミナルの宇宙船乗り場にいた。神楽を解雇したことを銀時から聞きつけた新八は、神楽が万事屋を、そして銀時をどれだけ大事に思っていたか考えろと食って掛かる。そして自分も辞めると言い放ち、万事屋を去るのだった。一方、発進を控えた宇宙船の貨物室では、ハタ皇子のじいが積み荷の整理を指示していた。気味の悪い積み荷に怯える整備員たちの目の前で、じいがひとつの瓶を割ってしまう。それが、江戸を混乱に陥れる事件の始まりだった……。

えいりあんに混乱するターミナルに定春とともに現れた銀時だったが、突入するや否やその触手に飲み込まれてしまう。一方、この騒ぎの原因であるハタ皇子とじいを助けて傷つき倒れていた、神楽を発見した星海坊主は、ハタ皇子たちに掴みかかる。だが、神楽はそれを止め、人を護ることに力を使ったことを誇るのだった。そこへ襲いかかるえいりあん。触手に捕らわれた神楽が飲み込まれようとしたその時、口を突き破って出てきたのは銀時と定春だった。罵りあいながらもえいりあんに立ち向かう銀時と星海坊主。そして上空には、松平率いる幕府の艦隊が姿を現した……！

星海坊主は旅立ち、神楽は江戸に残った。スナックお登勢でしんみりする仲間たちの姿を見て、イタズラ心をおこし、窓の外から店の様子を伺う神楽。しかし神楽がいない寂しさは、いつの間にか別の話題へと移ってしまう。銀時の股間、美人女医、女性陣のキャラ作り……。そして話はいつしか、万事屋の欠員を埋める新たなヒロイン選定へと移っていく。さっちゃん、お妙、そしてキャサリン。3人が壮絶な争いを繰り広げる中、万事屋男性陣が選んだ次なるヒロインとは……!?

極悪奉行・遠山珍太郎に捕まったエリザベスの救出を、食べ物で釣って万事屋に依頼しようとする桂。案の定依頼を受けてしまった万事屋一行と桂は、忍びの助力を得ようとくの一カフェで働くさっちゃんを訪ねる。仕事を盾に助力を拒む彼女だったが、銀時の罠にはまり店をクビになり、協力させられることになってしまう。一行はさっちゃん指南の元、まずは忍者の心得を会得しようと奮闘する。一方、悪代官遠山も、エリザベス救出のために桂が動き出したことを掴んでいた。そして月明かりの綺麗な夜、奉行所に忍び込む銀時たちゴニンジャーだったが、その前に服部全蔵率いるシノビファイブが立ちはだかる。大晦日のジャンプ争奪を未だに根に持つ全蔵は、銀時に挑みかかり、さっちゃんは忍者学校時代のライバル、薫と陰険な女の戦いを繰り広げる。新八、神楽、桂は下剤入りのカレーで敵を倒すが、うっかりそのカレーをつまんだ神楽もピンチに陥ってしまう。銀時と全蔵がペガサス流星斬の構えについて白熱した議論を交わす中、薫の毒バラの香りの攻撃が炸裂。銀時は身体がしびれてしまうが、さっちゃんの納豆によって復活。全蔵にとどめの一撃を喰らわせるのだった。

鉄柵を遠山に投げつけトイレにダッシュする神楽を横目に、エリザベスに駆け寄る桂だったが、エリザベスはなんと作り物だった。遠山が桂をおびき出すためにうった芝居にまんまと騙されたのだ。そして桂は思い出す。そういえば、蕎麦のお揚げを取り合って喧嘩したままだったことを……。

そして後日。江戸市中にはエリザベスを訪ね歩く桂の姿があった。

燃えないゴミの日に雑誌を捨てた銀時は、ホラー仕立てのテレビCMに脅されて雑誌を回収しに行くが、ゴミ置き場で女の生首を見て気を失ってしまう。翌朝、自室で目覚めた銀時は、夢かと胸をなで下ろすが、神楽の手元にはその生首が。慌てる銀時に、新八は今人気のからくり家政婦、悦子ちゃんの頭部だと教える。ボディを調達する金もない銀時たちは頭部だけの悦子ちゃんをもてあますが、そこにニュースが飛び込んできた。悦子ちゃんを作った林博士が殺され、その犯人として試作型のからくり家政婦、芙蓉が指名手配された、と。そしてその特徴は、銀時たちの元にある頭部と一致していた……。

突如としてメイドたちに襲われた銀時たちは二手に分かれた。銀時と神楽が囮となって敵のメイドたちを引きつけ、新八がタマを源外の所へ連れて行く。新八に抱えられたタマは新八の生存確率を5％と判断し、自分を放棄して逃げるように勧める。しかし、護ると決めたものは必ず護るのが侍だと宣言する新八に、タマはプログラムにはない不思議な感覚を抱くのだった。

からくりによる江戸の支配を目論む伍丸弐號の元へ急ぐ銀時たちは、源外の戦車でターミナルを目指していた。巨大メイドの襲撃で源外と戦車を失い、神楽と定春と別れた銀時は芙蓉を伴ってさらに奥へと進む。遂に対峙する銀時と芙蓉、そして伍丸。彼は芙蓉を自らの娘の生まれ変わりとして迎えようとするが、芙蓉はそれを拒否。そして「娘に笑顔を」という、かつての林博士の言葉に従って、暴走した伍丸を破壊しようと挑みかかる！

忍者、服部全蔵は夜の町を駆け抜ける。時間も正確に依頼主の要望を完璧にこなす彼の職業は宅配ピザ屋。ある夜、着地しようとした彼（の尻）に銀時のバイクが突っ込む。痛む痔を顧みず、全蔵はピザ箱を拾い上げて依頼主の元へと向かうが、彼が拾ったのはピザ箱ではなく、銀時のジャンプだった。ピザの依頼人、阿国はジャンプを受け取り、尻に災厄の相が出ているから気をつけろと告げる。公園の厠の個室で一人、銀時に悪態をつく全蔵。そこへ才蔵が現れ、阿国を攫う計画を持ちかける。聞けば阿国は、「天眼通の阿国」と呼ばれる先見の術師だというのだ。

ある日、キャサリンの眉毛が繋がりかけていることに気付いた神楽たち。テレビでは近所でおきたトラックの横転事故が放送される中、戻ってきたキャサリンの眉毛は離れるどころかつながっていた。なぜか凶暴化しているキャサリンはお登勢に襲いかかり、収まったときにはお登勢の眉毛までつながっていた！　異様な事態に逃げ出す銀時たち。見れば街の至る所で眉毛のつながった人々が人を襲っている。江戸市中には緊急警報が発令され、眉毛がつながっている人との接触が禁じられてしまう。大惨事が、江戸の街を静かに覆い始めていた…。

雪が降りしきる夜。肉まんを買いに出た帰り道、銀時は道ばたで言い争う赤い服を着たじいさんとトナカイに出会う。ソリが大破し、仕事が出来なくなったと嘆くサンタに、困っているなら力になると告げる銀時。物陰から調達してきたリヤカーに、ソリじゃないとイメージが……と、ごねるサンタ。だが、銀時に説き伏せられ、黒ずくめの衣装を着せられて仕事を始めることになる。こうして、泥棒っぽいサンタとトナカイ、そして銀時の、夢を届ける夜が始まった……。

「雪ではしゃぐのは子供だけ」

江戸の街に大雪が降った。一面の銀世界の中、祭りの始まりを告げるお登勢の声。かぶき町雪祭りと題されたその祭りは、雪像を作りグランプリには賞金が出るというものだった。賞金につられて参加する銀時たち万事屋は、ネオアームストロング・サイクロンジェット・アームストロング砲と主張する雪像を作り上げる。新八の冷静なツッコミを他所に、訪れた人々はその完成度に目を見張るばかり。しかし、他の参加者の作品の出来が気になる銀時は、神楽とともに密かに妨害工作を始め……。

「冬に食べるアイスもなかなかオツなもんだ」

花火屋「角屋」の若旦那に呼ばれ、屋敷に出向いた銀時たち万事屋一行。エスカルゴの食べ方が判らず、お手伝いさんに投げつけたり頭に乗せたりとやりたい放題の一行に馴染む老人がいた。すっかり神楽と馴染んだ老人を自分の父だと紹介する若旦那。病に伏せた妻の看病をするため、花火作りから手を引いたものの、奇行が目立つようになりやむなく万事屋に世話を頼んだのだという。愛人に会いに行く、と屋敷を抜け出そうとする老人相手に苦心惨憺万事屋だったが……。

ある夜のこと、スナックスマイルに土方が訪れた。騒ぐ女の子たちをよそにお妙を指名し、とある相談を持ちかける――近藤の女房のふりをして彼の縁談をぶちこわしてくれ、と。相手は猩猩星の第三王女、容姿はゴリラそのものだ。お妙に振られ続けて極限状態にある近藤はともするとこの縁談を受けてしまいかねず、そうなったら真選組はゴリラ（のような女）を姐さんと呼んで敬い続けなければならない。真選組隊士も現れて必死に頭を下げるが、懇願むなしくお妙にボコボコにされてしまう。そんな時、お妙を訪ねて一人の侍が颯爽と現れた。彼の名は柳生九兵衛、お妙の幼なじみだった……

お妙を自分の妻として迎える、と宣言した九兵衛。その突然の振る舞いに困惑する新八だったが、別れ際にお妙が見せた涙を思い出し、近藤とともに柳生屋敷へと乗り込んだ！　加勢する銀時、神楽、そして土方と沖田。柳生四天王と九兵衛を相手に、大激闘が始まる！！

先陣を切った沖田と神楽は、四天王随一の巨漢・西野と激突。犬猿の仲である二人の共闘は全く機能せず、同士打ちで神楽は右手を、沖田は右足を負傷してしまう。負けるよりは、と協力しあうことを決めた二人は、肩車で再び西野に挑む！　一方、食卓では土方と北大路の戦いが勃発。土方は鋭すぎる戦いの勘があだになり、フェイントを駆使する北大路に追い詰められてゆく。しかし、戦い慣れした土方は徐々に相手の戦法に適応し、その本領を発揮する！！

沖田に叩きのめされた南戸の失態を見て、四天王筆頭・東城がついに動く！　彼の出陣に伴い、九兵衛も戦場に赴くことに。戦闘が激化する気配が漂う中、近藤と銀時は早くも（トイレで）絶体絶命の危機に陥っていた。用は済んだが、拭く紙がない！　さらに個室の前には東城が現れ、まさに袋のネズミ状態。紙に見放された彼らの運命やいかに！！

近藤と東城に続き、ようやく銀時と敏木斉も戦闘を開始！　柳生家最強・敏木斉の、猿のような俊敏な身のこなしに苦戦する銀時。一方、屋敷に突入した新八はついにお妙を発見する。彼女を想う皆の気持ちを伝えるが、頑なに拒否するお妙。九兵衛との過去に何があったのか？　様々な因縁に決着をつけるべく、いよいよ柳生一門と恒道館一同の最終決戦が始まる！！

九兵衛の壮絶な過去が明らかになり、ようやく銀時たちに本心を打ち明けたお妙。柳生四天王を打ち破り続々と集結する恒道館一同。そしてついに、銀時・新八と九兵衛・敏木斎の最終対決が始まる。一時はメガネを取り戻した新八が勢いで九兵衛を圧倒するも、敏木斎の機転で銀時がピンチに！お互いに一歩も譲らぬ激戦の末、柳生一門と恒道館一同の戦いに決着の時が訪れる！

恒道館との騒動以来、お妙ともすっかり打ち解けて明るさを取り戻した九兵衛。東城は、そんな九兵衛に女としての幸せをつかんでもらうため、陰でさまざまな努力をしていた。しかし全く効果がない上に、ある日、九兵衛の部屋で恐ろしいものを発見してしまう。東城から相談を受けた銀時たちは、九兵衛を女らしくするために合コンを開催することに。早速メンバー集めに奔走する一同だが……

突然万事屋に乗り込んできた「おかん」。上京したまま消息を絶った息子・八郎を捜すため、万事屋に勝手に転がり込んでしまったのだ。あれこれ世話を焼いてくれるおかんに戸惑いつつ、写真を手がかりに八郎の捜索を始める銀時たち。何度か整形していることを突き止め、写真にマジックで髪と髭を面白半分に描き足す彼らの前を、その落書きされた写真にそっくりな八郎という名の男が通り過ぎた。その男こそが八郎に間違いないと確信する銀時たちは、おかんと八郎を引きあわせようとするが……。

八郎の気を失わせ、狂志郎に無理難題を押しつける黒駒の勝男に、ホストに成り済まして対抗する銀時たち。要求を頑なに拒む狂志郎に対し、勝男は見せしめに八郎にドスを向けるが、銀時がそれを阻む。そうこうしているうちに、愛犬の子供が生まれたことで引き上げて行く勝男たちだったが、お産と聞いたおかんは彼らについて行ってしまうのだった。

連続婦女子誘拐事件が江戸の街を騒がせる頃、行き過ぎた取り締まりをする真選組のイメージは急落していた。近藤は江戸市民への防犯の呼びかけとイメージアップを図り、アイドル・お通を一日局長として迎える。招かれたからにはきちんと責務を果たしたいと意気込むお通は、局中法度を手始めに真選組のイメージアップに取り掛かる。銀時たちもイメージキャラクター・誠ちゃんの着ぐるみをかぶり協力するものの、テンションが上がらない。やがて彼らが起こした騒動の最中に、お通が何者かに攫われてしまう……。

打ち切りの危機にさらされながらも、２年目も折り返しにたどり着いた銀魂。「テコ入れ」のおかげで乗り切れたんだと主張する銀時だが、危うく逆に打ち切りになりかけたと新八が暴露。ぐだぐだな万事屋一行だったが、さらにぐだぐだなことが発覚する。なんと、半年分の制作費を前回までで使い切ってしまったというのだ！　とりあえず今回はこれまでの75話分を振り返ってみることになったのだが……。