죄 없는 한 여자 아이가 투옥되었다. 투옥된 이유는 바로 양이 사천왕 중 한 명인 타카스기 신스케와 잠깐 함께 있었다는 것. 그 여자 아이를 보고 샤미센으로 자장가를 연주하는 사람은 바로 살인귀 카와카미 반사이였는데.

타카스기를 비롯한 귀병대가 가세해 카츠라와 사카모토는 반격을 시작한다. 한편, 긴토키의 곁에서 떨어져 겐가이를 납치한 야토족과 싸우던 카구라의 앞에 낯익은 그림자가 나타났는데.

하루사메로부터 지원군을 받은 타카스기. 하지만 히노카구츠치의 발사까지는 고작 15분이 남아있었다. 이에 타케치는 그 시간을 늘리기 위해 어느 작전을 감행하는데.

히노카구츠치의 제어실로 향한 타카스기. 그리고 적의 대장인 엔쇼와의 최종 결전을 맞이했는데.

배가 지구에 추락하기 전에 탈출하려는 해방군의 앞에 하루사메의 군세를 이끌고 나타난 타카스기. 그리고 시작된 최후의 싸움 끝에 엔쇼는 치명상을 입고 쓰러진다. 엔쇼는 타카스기 일행과 함께 배의 낙하를 막기로 하지만 이에 불복한 해방군 중 한 명이 난사를 해대는데.

지구에서는 무녀 자매인 아네와 모네가 영력으로 아르타나의 폭주를 막고 있었다. 그리고, 아르타나의 폭주에 휘말린 긴토키의 앞에 나타난 것은 카무이와 카구라의 아버지인 바다돌이였는데.

상처를 입은 아네와 모네를 두고 혼자서 우츠로에게 향하는 사다하루. 하지만 땅이 갈라지며 아르타나가 분출되는 바람에 아르타나 속으로 떨어지고 만다. 그걸 발견한 긴토키가 사다하루를 붙잡으려하지만 놓치고 마는데.

아르타나의 분출을 막기 위해 용맥을 제어하는 것에 성공한 사다하루. 거기다 긴토키가 던진 결정석의 파편이 우츠로의 몸을 좀먹어, 우츠로는 상처 재생을 할 수 없어졌다. 이에 모두가 우츠로에게 공격을 퍼붓는 순간, 용맥이 분출하며 상처가 재생해버렸는데.

아르타나의 구멍 속으로 떨어져 모습을 감춘 우츠로. 그날로부터 2년 후, 마을 재건이 한참인 에도도 조금씩 예전의 모습을 되찾고 있었다. 하지만 그 자리에서 홀로 '해결사 긴토키'의 간판을 지키고 있는 신파치. 그런 신파치에게 느닷없이 한 여자아이가 아빠라고 부르며 달려드는데.

출세 코스를 달려야 할 진선조를 배척한 에도의 새 정부. 이유인 즉, 새 정부를 이끄는 사람이 바로 양이지사로 유명세를 떨쳤던 도날드 즈람프였기 때문이었다. 이에 전 경찰청 장관인 마츠다이라는 테러범 출신에게 나라를 맡길 순 없다며 총리 암살 계획을 실행에 옮기는데.

히지카타에게 붙잡혀 조사를 받다 빠져나온 긴토키는 마을에서 타카스기의 행방을 찾는다. 그러다 실수로 발이 미끄러져 강에 빠져 허우적대던 그때, 배를 타고 나타난 사람은 바로 타카스기였다. 한편, 오키타와 전투를 벌이던 칸나의 상태가 영 이상했는데.

타카스기가 탄 배에 함께 올라탄 긴토키. 품 속에서 우츠로의 심장을 꺼내든 긴토키는 심장을 얻게 된 과정에 대한 이야기를 꺼낸다. 그 이야기인즉, 우츠로가 어딘가에서 다시 살아났을 것이라 생각하고 용혈을 찾아나선 긴토키. 그리고 아기가 된 우츠로를 발견했는데.

2년전, 추락하는 아메노토리후네 속에서 오보로의 유골을 체내에 삽입한 타카스기는 우츠로가 가진 재생 능력으로 죽음을 피할 수 있었다. 그리고 그 능력으로 우주 여기저기에 퍼져있는 신도들에게 테러를 감행해왔던 것이다. 이야기 끝에 스승을 저주에서 구해내기로 결정한 긴토키와 타카스기는 에도로 돌아오는데.

사루토비, 오타에, 큐베, 츠쿠요에게 타카스기의 변장을 한 채 발각된 긴토키. 하지만 변장한 것을 눈치채지 못하고 긴토키가 있는 곳을 불라며 긴토키 본인에게 심문하는 사루토비였는데.