玛莎 Jones所在的医院内有外星逃犯藏身，整座医院被宇宙警察送到月球，逃犯用一种特殊的方式暂时隐藏了自己的种族，而非人类的博士却被警察追赶。氧气就快要用完了，博士用牺牲自己的方式迫使逃犯中计，及时令医院回到地球。

博士带着玛莎来到1599年观赏莎士比亚的舞台剧，却意外听见莎士比亚在演出完毕后宣布明日将演出新戏"爱的胜利"，使博士面露疑色，因为这出戏并不存在于后代的纪录中，只单单保留了剧名，因此决定留下一探究竟。当博士携同玛莎前往拜会莎士比亚时，正好遇见舞台总监放话要封杀莎士比亚明晚的演出，在玛莎以为"爱的胜利"即因此消失时，博士却不以为然。

没多久，舞台总监便遇上一名前来挑逗诱惑的侍女，被她伺机拔下几根头发，然后这侍女以巫术把系有头发的稻草人淹入水里，使舞台总监在平地上被淹死。身为实习医生的玛莎听见舞台总监的叫唤后，赶紧跟博士出外查探，意外发现舞台总监死于溺水。为防众人以为巫术作祟，博士顺口掰了体液流失的理由搪塞，但在玛莎的追问下，坦言舞台总监确实死于巫术。

原来形似女巫的三名凯力奥人正暗中利用莎士比亚，写出她们希望的文字，好释放其他被禁锢的同伴，并在旅店老板娘发现她们行踪时再度用巫术杀死老板娘。女巫骑着扫把飞扬天空的背影，让莎士比亚想起建造的环球剧场的朋友彼得也曾谈论过有关女巫的事，因此在博士的请托下，于隔日带他跟玛莎前往精神病院探视已经发疯的彼得。

当博士用简易的催眠术让彼得说出女巫控制他建造14边形的环球剧场后，一名发现博士调查行动的凯力奥人现身于精神病院杀死了彼得，当她要对博士施予毒手时，博士已经认出她们来历，反而喊出她们的名字，借由“点名”的魔力逼走凯力奥人。博士透过莎士比亚所言的剧本内容跟环球剧场的形状，推断出凯力奥人的图谋，因此和莎士比亚、玛莎分头前进，阻止"爱的胜利"上演。

但莎士比亚先被凯力奥人弄晕，而博士和玛莎也遭受狙击，所幸玛莎因为是时空穿越者巫术无法将她杀死，而博士的心跳虽然也被凯力奥人用巫术停止，但拥有两个心脏的博士在玛莎的帮助下很快恢复过来，飞奔至环球剧场。但博士和玛莎受这一阻，赶到时"爱的胜利"已经演到最终幕，大量的凯力奥人获得释放在空中飞舞。

面对这等危险，博士推断出既然凯力奥人是利用莎士比亚将同伴放出，反过来莎士比亚同样拥有再度风印她们的能力，因此让莎士比亚即兴创作一段文字，而在莎士比亚词穷之际，玛莎也急中生智补上哈利波特里的缴械咒---去去，武器走，这才成功封印了凯力奥人。

博士和玛莎来到五十亿零五十三年后的新地球的第十五纽约，却只看到地下城的贫民窟和一望无际停滞的车流，玛莎被其中一辆车劫走，博士为救玛莎也搭上了某辆车。Boe之脸为了拯救城市，将自己最后的生命转化为能量，临终前Boe之脸告诉博士他最大的秘密——You Are Not Alone（你并不孤单）。【Boe之脸第三次出现并死亡】

戴立克成功的与人类融合，而且还拥有了人类的感情，博士就想和人型戴立克合作，改造戴立克一族。但是其他戴立克却杀死了人型戴立克。最后博士和玛莎以及一名英勇的美国人合力瓦解了戴立克的阴谋。

英国的一名教授从蝎子体内提取了一些令他返老还童的物质和一套机器，成功从70多岁的老人变成一个20、30多岁的年轻人。但变异正在教授的体内发生，他变成了一只巨大的蝎子，杀死了自己的合作伙伴。后来在约会玛莎的妹妹的时候再次变身，还失去理智到处杀人，最终被博士阻止。

博士和玛莎在太空旅行的途中误上了一艘无证采矿船，而船再过42分钟后就会坠入太阳。在船上有两个人不知何故体温不断提高，并且变得极度凶残危险。后来博士才发现原来太阳上存在一种生命体，由于采矿人员采矿时实际上是捉了他们的族人，所以它要报复船上的人。最后船上的人打开仓库丢弃所有太阳物质后终于脱险。

博士为了躲避宇宙中的一个嗜血家族而令自己变成人类，将所有记忆和力量隐藏在一只怀表里，化名John Smith在英国的一所大学当老师，玛莎则成了他的黑人女仆，博士还和学校里的护士长坠入爱河。然而外星人还是追来了，学校附近不断有人被抓去做这个家族的寄生者，而被外星人控制的稻草人四处攻击学生，更严重的是怀表丢了。

博士的身份暴露了，然而人类博士却不敢面对，他放不下约翰·史密斯的生活和爱情。后来一名学生把怀表交给博士，博士终于打开怀表，释放自己的一切记忆与能量。最终博士制裁了嗜血家族的四名人员：父亲推进异空间，母亲被锁进了废弃的白矮星的核心，妹妹被放到了镜子中的世界，而哥哥则变成了一个稻草人，至今仍在守望英国的土地。而且他们四个都得到了他们所想要的——永生。这时家族才明白，其实博士完全有能力对付他们，原先的逃跑躲避只因博士太仁慈，不想伤害他们。

一名女生Sally Sparrow在一所“鬼屋”探险时撕开墙纸，发现墙上竟然有她的名字，还写着“快逃，小心石像”。当她第二天与朋友一同再来，她听见门铃响去开门，而她的朋友却突然消失了。这时门外进来一位自称是她的朋友的孙子的人给了她一封信，信上说“你看到这封信的时候我刚刚消失了，到楼上拿走天使手中的钥匙，小心石像……”她赶紧报案...Sally再次来到鬼屋，四个天使穷追不舍。最后她在博士的指导下，终于把塔迪斯送到了过去，同时让天使成为了真正的石像。

【哭泣天使首次出场】（本集获2008年雨果奖最佳戏剧表现短片）

博士和玛莎把塔迪斯停到了卡迪夫的时间裂缝上补充能量，一直在卡迪夫等着博士的杰克·哈克尼斯在博士离开的前一刻出现牢牢抓住塔迪斯，并被带去了宇宙末日。杰克用博士被砍下的旧手（见第一季特别篇）追踪博士......原来他竟然是博士以前的族人法师Master，法师抢走了Tardis，把博士一行人留在了宇宙末日。博士无法可施，只能在最后一刻锁定塔迪斯的坐标和时间，使它只能往返于21世纪的地球和宇宙末日。【法师正式回归】

博士一行人回到了地球，发现所有人都在打一种不知含义的四节拍子，还发现错过了首相大选，新首相竟然就是化名为萨克森的法师！法师为了抓住博士，在全国通缉博士三人。可是法师已经在地球一段时间了，参与了大天使卫星网络以及勇气号航天飞船的制造。在成为了首相之后，他杀死了所有的内阁，并带来一种新的生物，还捉走了玛莎的所有家人、博士和杰克，博士发现所谓的新生物竟然是宇宙末日的人类，原来法师将塔迪斯改装成了谬误机。法师不杀死博士，而是令博士加速老化了900年，并把他关在一个笼子里。法师把全地球的人当做奴隶为他制造武器，准备挑起宇宙大战。

玛莎用一年的时间走遍了世界，说是要拿走为了防止时间族威胁地球而制造的4种化学药剂，据说混合后可以杀死时间族并且令他们不再复活。然而最后一种药剂尚未得到，玛莎却被捉住了。在法师为宇宙大战的爆发倒数时，所有人类一起高呼：博士！博士！博士！人类心灵的力量，加上大天使网络，让博士重获新生。博士原谅了法师，而法师的夫人向他开了一枪。法师将死时博士紧紧抱住他道：“快重生，我们是最后的时间领主，别留下我一个！”可是法师却说：“我猜你并不十分了解我，我还是赢了。”随后拒绝重生而死。最后博士火葬了法师。当他再次邀请玛莎一起旅行，玛莎婉拒了他。Boe之脸的真正身份在这集揭晓。