少女は見た、闇に浮かぶ青い炎とそれを操る少年を――

小雨降る闇夜の公園にまたたく青き炎、そしてそこにたたずむ一人の少年。その炎は地獄の業火に焼かれ苦悶の表情を浮かべる人影の様相を呈し…異様な光景を目撃した桜小路桜は現場に駆け戻るが、人が燃やされたような痕跡は何も残っていなかった。ところが翌朝、登校した彼女の前に昨夜の犯人とおぼしき少年が転校生として現れる。「大神零」と名乗る彼に昨夜の件を問いただす桜。果たして彼は何者なのか!?

法で裁けぬ悪を裁くは、法の裁きを受けぬ者――

暴力団の下部組織「Gファルコン」を青い炎で一人残らず燃え散らす大神。目撃した自身も炎に包まれ焼かれたはずの桜は、気がつくと自宅のベッドで目覚めていたのだった。なぜ自分は生きているのか？ 改めて詰問する桜に大神は、自分が法で裁けぬ悪を裁く悪『コード：ブレイカー』であることを告げる。そして時を同じくして、また別の『コード：ブレイカー』も動き出していた!!

金の瞳は悔恨に囚われ、銀の瞳は祈りを放つ――

「これ以上お前に人を殺させない！」迷いを捨てた桜は、徹底的に大神と関わることを決意。その矢先、大神はGファルコンを配下に置いていたヤクザの事務所に乗り込んでいく。無理矢理同行した桜は大神の裁きを止めようとするのだが、そこに待っていたのは残酷な現実だった。そして事件が終わろうとした瞬間、大神の眼前に凄まじい力を持つ異能の使い手が降臨する…！

悪の根源が弱さなら、正義の核心は非情なのか――

閑静な邸宅街で一際威容を見せつける豪邸に、真正面から突入する二人の『コード：ブレイカー』。果たしてそこは、政府の異能研究機関であった。繰り広げられる異能と異能の攻防を目の当たりにする桜。だが、激闘の果てに見た真実はあまりにも凄惨で、底知れぬ思惑が蠢くものだった。そして、この事件に幕を引いた男は、大神でも刻でもなく…。

いずれ全てを失うことが、自明だとしても――

遅ればせながらクラスメイトによる歓迎会が開かれる。馴染んでもらおうと腐心する面々の思惑とは裏腹に、大神は受け取ったものを桜の目の前で燃え散らす。『コード：ブレイカー』は存在しない者、何も残さないかわりに、決して忘れない。彼の考えを多少なりとも理解し始めている桜がいた。そんな彼らのいる学校を闇にまぎれて急襲する影の群れ。校舎に入らせまいと応戦に出る大神だったが、その身体に異変が起きる!?

闇に潜り続ける者は、いつしか闇と同化する――

“ロスト”それは、異能を使いすぎることで起きるリスク。24時間力が使えなくなると同時に、肉体的にも何らかの影響が出る。弱体化し動くこともままならない大神と、それを予見していたかのように現れる『コード：ブレイカー』達。敵を欺くためにも、と桜の自宅である日本最強の任侠組織「鬼桜組」に場を移す一行だったが、そこには彼らと因縁浅からぬ新たな敵が待ち構えているのだった!!

過去なくして今はない、しかし過去が今を惑わせる――

集結した『コード：ブレイカー』を赤子の手を捻るようにあしらっていく、強力な異能。桜小路邸を急襲した敵、それはかつてエースと謳われた元『コード：01』の人見だった。皆に慕われていた彼が、なぜ「復讐」と称しこんな暴挙に出たのか？ 『コード：ブレイカー』たちそれぞれの胸にかつての想いが去来する。そして、事態は思いも寄らぬ起点から急変した!!

報われぬ生を終えた者たちのため、報いを与えんとする者――

町中で不自然な爆破事件が頻発する。これも人見の仕掛けなのか？ 真偽をつきとめるべく、アジトを急襲する『コード：ブレイカー』たち。しかし思いも寄らぬ伏兵に、苦戦を余儀なくされる。後ろ髪を引かれる思いでその場を仲間に託し、大神はひとり上階へと向かう。だがそこに現れたのは…人見の復讐、その真意とは!?

臨界を越えた力は終末を呼び、強い想いは覚醒を招く――

『エース』それは選ばれし『コード：01』にのみ許されし称号。それは正義を冠するものの証。かつては異能の行使を、法を越え秩序を正すものと信じてやまなかった。しかし時と共に、心の片隅に澱のようにわだかまり始める疑念。異能は何のために存在するのか？ 生き様を縛られ、報われぬ宿命の意義とは？ そして真実を目の当たりにした時、わき上がるその感情を押しとどめることが彼にはできなかった……。

悲劇を終わらせるための、惨劇が降り注ぐ――

宣告はなされた。藤原総理の公開処刑とともに、5万人の一般市民をも殺傷するという。日本中がパニックに陥る中、奔走する『コード：ブレイカー』たち。だが奮戦むなしく、仕掛けられた爆弾は刻一刻と無関係な人々を巻き込んでいく。そんな彼らのもとに届く一通のメール。送信者不明のそれは、あるポイントを指し示していた。これは信じるに足るものなのか、それとも…。

喪失は取り戻せないと、わかっていても――

刻が、平家が、遊騎が、王子が、そして大神と人見が、各々が信ずる道のため相対する敵と激突する。互いに背負うもの、心に秘める想いを、不器用なまでにさらけ出し、ぶつけ合う。それを止めようとする桜もまた、あまりにも純粋でまっすぐだった…異能者は国家の犬として生きるべきなのか、逃亡者となっても野に下るべきなのか。人々に己の信念を示すため、人見は最後の力を発動する!!

打たれたピリオド、その先に見えるもの――

大神が纏う煉獄の炎は、全てを飲み込み、全てを終わらせつつあった。新たに覚醒した青い炎は『コード：ブレイカー』たちに何を指し示すのか。そして、人見が大神に託したものとは…。同じ異能者でありながら歩く道は遠く離れ、しかし胸の奥底には同じものを抱えている彼らに“最後の時”は等しく迫る。