圣谱历1648年，在曾被称为神州的土地・极东上空的航空都市舰武藏，是极东唯一的独立领土。在武藏上的阿利亚达斯特教导院三年梅组学生们过着平淡的生活。在学校，他们所谓的“上课”是追赶跑跳碰，什么招都行，什么招都不奇怪。但是此时主角葵・托利却不见踪影。

本多・正纯，是个立志要当政治家的穷学生，她在快饿死路边的关头，被轻食店“青雷亭”里工作的自动人偶P-01s救了起来。另一方面三年梅组，葵・托利提议要在深夜的教导院里玩试胆大会。

为了除掉深夜的幽灵，三年梅组全员采购必要的物品。而此时的托利，踏进了久违的后悔通道。另一方面，正纯也来到了后悔通道，从父亲正信以及他的朋友小西那，听说了十年前发生的事情。

酒井・忠次在三河与本多・忠胜以及榊原・康政再会，但松平四天王却还是三缺一，原来井伊・直政遇上了公主隐。另一方面，在武藏的阿利亚达斯特教导院，正在举行除灵仪式，却被新名古屋城方向的不明光柱给打断。这到底有什么阴谋？

原来烟火的真面目，是三河的君主松平・元信策划的地脉炉暴走。而他的目的，就是借由三河的毁灭，得到大罪武装，发动世界大战。为了阻止他的野心，圣连派出号称"西国无双"的立花・宗茂，然而阻挡立花面前的，是“东国无双”本多・忠胜。

武藏阿利亚达斯特教导院召开临时学生总会，决定日后的方针。若是决定拯救赫莱森，恐怕无法避免与圣连的全面战争。而此时，正纯、奈特与直政，决定以圣连的立场思考，希望能证明武藏拥有能够对抗圣连的实力。

圣连与武藏的第三战是正纯与托利的辩论大会。然而先攻的托利竟然提出了与武藏相悖的“不去营救赫莱森”言论，而代表圣连的正纯，因为主张被抢先发表而混乱不已。此时的托利希望正纯回答“营救赫莱森将会对武藏带来什么好处”，两人的立场仿佛颠倒过来了。

在伽利略闯入之下，正纯与托利的比赛以平手收场，于是进行到了延长赛。而延长赛的内容，竟是与警护队队长本多・二代对战。要是输掉的话，托利等人就无法去营救赫莱森了。然而最后上前迎战的是？

临时学生总会结束后，托利一行人决定前往营救赫莱森。他们的目标是赫莱森被监禁的审问舰，但K.P.A.意大利的战士团却不是那么好对付的。另一方面，空中较量也越来越激烈，武藏面对迎面而来的航空用武神，只能派出？

被三征西班牙与K.P.A.意大利的混合战士团包围，武藏陷入了危机，但在直政与奈特的活跃下，战况逐渐转危为安，于是托利一行人得以再度前往审问舰。然而伽利略率领K.P.A.意大利的正规军来袭，再加上教皇伊诺森的“淫荡的御身”启动，武藏再度面临极为不利的战况。

二代虽然一度败给立花・宗茂，但她回想起与父亲修练的种种往事，于是重新起身迎战宗茂。另一方面，托利抵达审问舰，终于再度见到了赫莱森，但赫莱森却拒绝前来救她的托利，坚持自裁认为才是最好的解决办法。

托利办理了赫莱森的入学手续后，便搭载输送舰上离开了战场。但K.P.A.意大利荣光丸为了阻止托利，向“武藏”发动了攻击。在千钧一发之中，托利与赫莱森启动了大罪武装“悲叹的怠惰”。