Een jonge Alice keert terug naar huis, waar haar vader haar vertelt dat iedereen dacht dat ze dood was. Haar fantasierijke verhalen over een wit konijn dat kan praten en een mysterieuze plaats die Wonderland heet, zorgen ervoor dat ze opgenomen wordt in een gekkenhuis. Daar wil Dr. Lydgate een nieuwe behandeling op haar toepassen. Deze behandeling zal ervoor zorgen dat Alice haar pijn vergeet. Vlak voordat de behandeling plaatsvindt, wordt Alice gered door de Knave of Hearts. Hij brengt haar naar het Witte Konijn, die meent dat Alices geliefde Cyrus, van wie zij dacht dat hij dood was, nog leeft. Het trio springt via een portaal naar Wonderland, waar Alice aan een gevaarlijke zoektocht begint. De kwaadaardige Jafar en de Red Queen hebben echter andere plannen met haar.

In Wonderland bedenkt Alice een plan om Cyrus te vinden. Ze gebruikt zijn lamp als lokaas om te zien wie haar vijand is. Tegelijkertijd vindt er een machtsstrijd plaats tussen Jafar en de Red Queen. Ondertussen, in een flashback, ontmoeten Cyrus en Alice elkaar en worden ze verliefd.

In een flashback is Will Scarlet te zien, die in Wonderland de Knave of Hearts is. Will is lid van Robin Hoods Merry Men en wil met de groep goud stelen uit het kasteel van Maleficent. Daar neemt hij zelf een magische spiegel mee en dat heeft grote gevolgen. Ondertussen, in het hedendaagse Wonderland, lukt het Cyrus om Jafar en de Red Queen in een val te laten trappen. Zij sturen een Bandersnatch achter Alice aan, die iets onthult wat White Rabbit eerst verborgen hield.

Nu het leven van de Knave in gevaar is, moeten Alice en haar nieuwe vriend Lizard hem redden, maar het kan zijn dat Alice hiervoor één van haar drie wensen moet gaan gebruiken. Alice leert meer over de achtergrond van de Knave door haar vriendschap met Lizard. Ondertussen is de Red Queen verscheurt tussen liefde en macht wanneer Jafar het leven van de Knave bedreigt. In het verleden komt een jonge Jafar Cyrus voor het eerst tegen.

Nadat Cyrus is ontsnapt uit Jafar's kerkers, biedt de Rode Koningin Alice de informatie aan in ruil voor magisch stof. In het verleden, de Knave en Anastasia komen aan in Wonderland en proberen de kroonjuwelen te stelen. Ze worden echter gevangengenomen en de Red Queen biedt Anastasia de keuze van het huwelijk of de dood.

Jafar gaat naar de kerkers om informatie over Alice te vinden. Alice gaat naar het zwarte woud. Cyrus probeert de Red Queen te vermijden.

Alice komt erachter dat haar vader in Wonderland is en ze beginnen hun relatie te herstellen. De jonge Jafar is verdrietig door zijn moeders dood.

Een flashback onthult Cyrus' oorsprong. Alice wil antwoorden van het Witte Konijn. Minachting tussen de Red Queen en Jafar komt tot een hoogtepunt.

Lizard krijgt drie wensen nadat hij de Knave heeft bevrijd. De boeren die opzoek zijn naar wraak, ontvoeren de Red Queen. Jafar leert over de Jabberwocky.

Cyrus herinnert de gebeurtenis dat hem leidt naar de bindende prijs dat hij en zijn broers moeten betalen. De Red Queen en de Knave worden geconfronteerd met de Jabberwocky.

Cyrus en Alice ontdekken alarmerende informatie. De Knave moet informatie aan Jafar geven om de Red Queen te kunnen helpen.

Tijdens een flashback, de Knave komt achter Alice aan, terwijl de Knave in het heden een bod doet aan Jafar. De Jabberwocky probeert vrij te komen.