Molly fugge dall’ospedale psichiatrico in cui è stata internata dopo che ha saputo di una serie di morti bizzarre molto simili a quelle che lei hai visto nello spazio, ben presto si incontra con JD Richter, un poliziotto molto determinato a cui è stato affidato il caso.

Molly e JD scoprono di un'altra donna incinta che soffre di sintomi fatali ed inspiegabili. Nel frattempo, Molly comincia a mettere in discussione la sua stabilità mentale; Julie è alle prese con la ribellione di Ethan.

Molly finalmente scopre la spaventosa verità spaventosa su quanto è accaduto a suo figlio. Inoltre, la decisione di Julie di cancellare la memoria di Ethan ha delle conseguenze inattese.

Molly cerca di creare un virus per distruggere gli ibridi alieni ma scopre che gli alieni stanno cercando di comunicare con gli esseri umani attraverso un messaggio nascosto nel loro DNA. Altrove, Lucy aiuta Ethan a scappare da Charlie per recuperare i ricordi di Molly.

Molly scopre che il figlio Ethan è vivo e cerca di ritrovarlo. JD sta indagando sulla morte di John e gli indizi lo portano a sospettare di un possibile coinvolgimento di Julie.

Molly inizia a cambiare fisicamente, ma non è sicura che il processo si possa invertire, nel frattempo si convince che gli alieni siano sulla terra per ragioni pacifiche. Lei e JD raggiungono Tobias per i negoziati di pace con gli alieni. Inoltre, l'ex moglie di JD riappare per parlare della loro figlia.

Molly e JD sperano che la pace possa arrivare e incoraggiano Tobias a mediare un accordo tra gli esseri umani e gli ibridi, mentre Lucy cerca di manipolare i sentimenti di Charlie e di metterlo in una posizione compromettente. JD diventa scettico sugli alieni dopo che uno di questi gli provoca un flashback sul periodo in cui era un soldato al fronte.

Dopo un raid della Global Security Commission (GSC) contro gli ibridi, Molly cerca disperatamente di salvare suo figlio, mentre JD cerca di salvare sua figlia, che viene tenuta prigioniera da Tobias. Nel frattempo, Lucy diventa una minaccia crescente per gli esseri umani.

Molly comincia a riacquistare la memoria una volta infettata dal virus; Julie è di fronte a scelte difficili e gli ibridi cercano vendetta.

Dopo aver sfiorato la morte, Molly ha una visione straziante che non riesce a dimenticare. Inoltre, la fedeltà di Tobias alla GSC è messa in discussione.

Molly con JD ed Ethan riesce a rintracciare l'ex collega di John nella speranza di fermare la minaccia Humanich. Julie manda Charlie in missione per scoprire da chi provengono gli ordini di Lucy.

Molly fa nuove inquietanti rivelazioni sula morte di Tobias, nel frattempo le azioni di Lucy possono avere ripercussioni devastanti per gli umani e gli ibridi.