銃取引の現場に勢揃いした特捜班。買い手は地元ギャングのサウスサイド・ホークスの仲間。現場に踏み込んだジェイとアプトンは発砲を受け、銃撃戦に。ジェイの撃った弾は容疑者の一人の下腹部に命中して倒れるが逃走、売人２名は死亡、市民３名が巻き添えに。女性が死亡、黒人男性ジェームズ・ペルは足に傷、違法な託児所があった隣りの建物では、少女モーガンが重体となっていた。

ストリート・フェスティバルの警備任務に派遣されたバージェスたち。人々で賑わう中、バージェスは昨年指導した新人警官トマを見つける。どこか様子のおかしいトマ。その直後、路地に怪しい車が現れ、乗っていた男二人組は逃走、車内からは煙が。バージェスがトマと市民を避難させる中、車が爆発する。爆発はテロ攻撃と判断、犯行声明が出ていないことから攻撃が続くと考えられ、ＦＢＩも加わり捜査が始まるが…。

女性の死体が見つかった。お腹を引き裂かれていたことから麻薬の運び屋と思われたが、検視の結果、死因は絞殺。しかも、運び屋にしては年齢が高い。どうやら犯人はお腹を引き裂くことで、麻薬組織の犯行に見せかけたらしい。その後、遺体発見場所近くのゴミ箱から被害者のものと思われる血痕のついた衣類、ＩＤが見つかり、氏名と住所が判明。アプトンたちがアパートに行くと、クローゼットの中に息子のオスカーが隠れていた。

弟ジョーダンの誕生日パーティーの最中、潜入捜査中のルゼックから助っ人を頼まれたアトウォーター。麻薬売買のディーラーであるエディの仲介で売人カーティスとアンドレと取引をするはずだったが、いざその場になったらカーティスらが帰ってしまった。警戒したせいかと思われたが、その後ルゼックがエディの自宅を訪ねると、彼は９ミリ弾で胸を２発撃たれ倒れていた。

麻薬密造所の手入れをした際、裏の家の小屋から３人の少年が発見された。１人はベトナム人のクアンで、ほかの２人はすでに死亡。捜査の結果、裏の家を何者かが不法占拠し、子供たちを小屋に監禁していた事実が判明。死亡した２人の少年の死因は、麻薬の製造に使う溶剤を飲んだことによる中毒死だ。密造者が庭に廃棄してきた溶剤が裏の小屋に流れ込み、監禁されて喉が渇いていた２人が飲んでしまったのだ。

プライス市議の地区にあるスポーツ交流センターのパーティーが催される中、近くで発砲事件が発生。家主のグラントと妻は死亡、息子ライアンは一命を取り留める。室内から２キロの麻薬が見つかり、グラントは売人だと判明。捜査とライアンの証言の結果、容疑者として麻薬の卸元であるクイントン・ケインが浮上。麻薬課のマグレディと組むようボイトに命じられたアプトンは、過去の嫌な経験から難色を示すが、止む無くパートナーに。

バイトでシッターをしていた女子学生が何者かに殺され、一緒にいた少年が連れ去られた。現場にいち早く駆けつけたジェイの証言と防犯カメラの分析、また麻薬課からの情報で、犯人は身代金目的の誘拐犯グループであり、その訓練された動きから元兵士であると推測された。さらに少年の父親の留守宅には、犯人グループが送ってきたものと思われる、切断された指らしきものが入った箱があった…。

ホテルの一室で殺人事件が発生。若い女性の射殺死体と共に部屋にいたのは、ボイトと旧知の仲のグレイナー下院議員だった。彼はホテルのバーで東欧なまりの若い女性に話しかけられたが、その後の記憶がないと言う。気付いたら彼女は殺されており、誰かにはめられたとグレイナーは主張。彼は地域のビル建設プロジェクトに反対したことで、建設業者などから恨みを買っていた。

鎮痛剤の過剰摂取により多数の犠牲者が出ていることから、アプトンが売買の仲介人と疑われる主婦ジュリアンに近づき、鎮痛剤を買ってほしいと持ちかける。ところがジュリアンはアプトンが渡した金で自分の薬を買い、過剰摂取で倒れているところを子供たちに発見された。張り込んでいたジェイとアプトンが駆けつけるも、ジュリアンは助からなかった。ボイトのところへウッズがやってきて、ジュリアンはウェルズ判事の娘だと告げる。

ボイトに呼び出されたルゼックは、靴箱の２万ドルがウッズの罠だったことを伝え、ボイトを裏切ってないと訴えるが、彼は既に信用を失っていた。ジェイは、誘拐事件の犯人ルイースの姉カミラと交際中だが、今更警官とは言えず、身元を偽り続けていた。ある晩、カミラとパーティーに出た後、ジェイは路地で撃たれた女性に遭遇。まずい場面に居合わせたジェイは、とっさにカミラを対象とした麻薬の潜入捜査中だとボイトにウソをつく。

情報屋シエラが、友人のイザベルから聞いたという殺人の情報を、バージェスは信用しなかった。だが情報通り、撲殺された女性の遺体が見つかった。女性の名前は不明だが、犯人は元彼で、今はイザベルとつきあっているＤと呼ばれる男らしい。そのイザベルも、しばらく前からシエナと連絡が取れない。そこでバージェスとアプトンは、イザベルがＤに会う前に身を寄せていたシェルターに聞き込みに行く。

プラットの誕生日、皆がモリーズで盛り上がる中、アトウォーターが姿を見せない。翌朝家を訪ねるが、帰宅した形跡はない。携帯の信号を突き止めてたどり着いた家には、アトウォーターの血痕とバッジが残されていた。その家の車庫からは500ｇのコカインを発見。家主ジョー・ベイカーがヤクの売人だった過去から、アトウォーターが何らかの理由で薬物絡みの事件に巻き込まれて拉致されたと見て、特捜班は本格的に捜査を始める。

アントニオの友人で質屋を営むマルコがギャングに殺された。みかじめ料を断ったことで恨みを買ったのだ。ナタでめったぎりにするという残虐な手口からエルサルバドルのギャングの仕業だと分かる。ちょうどそのときエルサルバドル国家文民警察からシカゴ警察殺人課に研修に来ていた美人刑事マルセラ・ゴメスが特捜班に捜査協力を申し出る。彼女の貢献で捜査は大きく進展し、彼女とアントニオの間にも、親密な空気が流れる。

学生による反警察デモの場に、白人至上主義者ディクソン率いる一団が割って入り、乱闘に。デモを率いていたウッズの娘ブリアナはケガを負うが、現場で警戒中だった特捜班に助けられる。乱闘がひと段落した頃、大学構内の駐車場でデモに参加していたクリスの射殺体が発見される。クリスはブリアナの恋人ジャマールと同じく大学のバスケットボール選手だった。

スリー・コーナー・ギングスがギャングになる儀式を行なうという情報が入り、捜査を開始する特捜班。新入りと思われる若者２人が乗った車を追うと、そこにはレイプされ、むごたらしく殺された１０代の少女の遺体があった。レイプ殺人が仲間になる儀式だったのだ。犯人はすでに逃走していたが、エリア・セントラル署殺人課のハート刑事も加わって、本格的に捜査が始まる。

地元テレビ局の番組に出演することになったプラット。特捜班はテレビの前に陣取っていた。だが番組が始まってすぐにスタジオ内で爆発が起きる。共に出演していたベティは即死、軽症で済んだプラットは瀕死のキャスターのシェリを保護し、セブライドと共に外へ。搬送中、今朝自分宛に小包が届いたと話すシェリ。配達人は４０代でひげのある白人男性だと伝え、息を引き取る。

市会議員のバートンが頭を撃たれて殺された。土地の再開発を推し進めている議員には、当然敵も多い。だが、所持品が盗まれていたことから強盗の線も考えられる。早期解決を望む市長の期待を背に、ボイト率いる特捜班が犯人の手がかりを探す。まず、議員の遺体に付着していた髪の毛からダリウス・ブラウンの名前が上がる。ブラウンは所持品を盗ったことは認めたものの、すでに議員は死んでいたと主張する。

ラテン・プレイヤーズに潜入中のアントニオは、メキシコから送られてくる液体状の覚せい剤を受け取るため、プレイヤーズの一員であるぺレスと取引場所へ。だが覚せい剤を載せたトラックは何者かに銃撃され、強奪される。銃撃現場のそばには撃たれて虫の息の男、スコットが。彼は、かつてアプトンがケリーの名で潜入したロン・ブース率いる覚せい剤流通組織の一員であり、強奪はブースの指示であったと判明する。

ギャングの隠れ家を別のギャングが襲撃し、ヘロインを奪うという事件が立て続けに３件起きた。３件とも手口は同じで同一犯の仕業と思われていたが、最初の２件と違っていたのは、今回は無関係の少年が流れ弾に当たって死亡したことだ。この隠れ家は、麻薬課が捜索対象にしていた家だったが、先に現場に駆けつけた特捜班が捜査を担当し、少年の母サラが目撃した２人組のヒスパニックの男を追う。

ビンガム殺害の件でオリンスキーに危機が迫る。ボイトの不在中にハナという少女が２１分署を訪ねる。彼女は持っていたボイトの名刺の裏にコーヒー店の住所と「助けて」とメモを残す。店でハナと会ったボイトは事情を聞き出そうとするが、彼女は突然姿を消す。外へ出たボイトは、二人組の男がハナを四駆に押し込み、誘拐する場面を目撃。ボイトとルゼックが四駆を追跡していると…。

殺傷力の高い銃Ｍ４の取引現場を押さえるために、アトウォーターとジェイが、買う側の黒人グループと売る側の白人グループにそれぞれ潜入していた。アトウォーターはシャバズとマリクを連れて、白人グループが待つバーへ行く。だが、白人のネイトと黒人のマリクの間で一悶着あり、取引は中止。実は白人グループは銃の入手が遅れていて、時間稼ぎをしたらしい。

ボイトはオリンスキーを救うため、ウッズとオーシャにビンガム殺害を自白させようとするが、その直前、携帯に連絡が。ボイトは急いで医療センターへ向かうが、オリンスキーは間もなく息を引き取る。メンバーたちは悲しみに暮れるが、犯人を見つけるために捜査を開始。オリンスキーが刺される直前までそばにいたという看守のディーツは、電話がかかってきて彼の傍を離れたと証言するが…。