Many years have passed since Naota and Haruhara Haruko shared their adventure together. Meanwhile, the war between the two entities known as Medical Mechanica and Fraternity rages across the galaxy. Enter Hidomi, a young teenaged girl who believes there is nothing amazing to expect from her average life, until one day when a new teacher named Haruko arrives at her school. Soon enough, Medical Mechanica is attacking her town and Hidomi discovers a secret within her that could save everyone, a secret that only Haruko can unlock.

Hidomi, une adolescente brune de nature apathique et portant d'étranges écouteurs "nekos", fait un affreux cauchemar dans lequel elle voit un appendice pousser sur son front tandis qu'elle se transforme en une cyborg combattant des robots belliqueux. Scène qui n'est pas sans rappeler la guerre entre Medical Mechanica et Fraternity qui fait toujours rage à travers la galaxie. L'un de ces êtres agresse Hidomi et Ide, son camarade de classe. Heureusement ils sont sauvés par Jinya, une mystérieuse guerrière armée d'une guitare électrique. Celle-ci lui intime de se méfier de la femme à la Vespa jaune, Haruko, revenue sur Terre sous les traits de leur professeur principal et déterminée à réveiller le potentiel caché d'Hidomi...

ありとあらゆる命題に明確な答えを用意せず、生理的欲動の充足のみをシコシコ満喫し、その日暮らすような説得力ゼロ青少年たち。その中でなんてことない日常を過ごすヘッドフォンの少女ヒドミ。彼女が轢かれた夜、クラスメイトの少年・井出の額から巨大ロボットが出現した！ハル子から分裂したラハルとジンユと出い、〝特別なことなんてない日常〟が終わりを告げる―！！！！！

Pojawienie się detektywa z kosmosu sprawia, że monotonne życie pewnego chłopca zmienia się nie do poznania.

Muitos anos se passaram desde que Naota e Haruhara Haruko se aventuraram juntos. Enquanto isso, a guerra entre as duas entidades conhecidas como Mecânicas (Medical e Fraternity) se espalha pela galáxia. Hidomi, uma jovem adolescente que esta desacreditada de sua vida pacata, conhece sua nova professora "Haruko" ue acabou de ser transferida para a escola. A Medical Mechanica está atacando a cidade e Hidomi descobre um segredo dentro dela que pode salvar a todos, um segredo que apenas Haruko pode desvendar.

FLCL: Progressive nos cuenta la historia de Hidomi, una chica de 14 años, su compañero Ide, y dos seres de otro mundo, “Jinyu” y “Haruha Raharu”, quienes están decididos a desbloquear su potencial oculto. En todo esto hay metidos una poderosa fuerza conocida como “ATOMSK”, un estupendo coche clásico y… cierta Vespa.