아직 본적 없는 포켓몬들... 아직 가본 적 없는 마을... 미지의 세계와 만나기 위해, 새로운 모험의 땅 하나지방에 도착한 지우와 피카츄! 새로운 지방에서의 모험에 가슴이 벅차오른다. 그 앞에 나타난 하나지방 포켓몬 연구의 권위자, 주박사! 곧바로 주박사의 연구소로 향하려는 그때, 갑자기 하늘에서 번개구름이 나타나고 천둥소리가 울려 퍼진다! 그 중심에는 검고 거대한 포켓몬 같은 그림자가... 그리고 그 순간, 그림자로부터 한 줄기의 번개가 지우의 피카츄에게 직격! 뺨에서 전기가 찌릿찌릿하며 괴로워하는 피카츄. 서둘러 주박사의 연구소로 가서 자세한 검사를 한다. 하지만, 생각지도 못한 결과가 나오는데... 바로 피카츄가 전기타입 기술을 사용할 수 없게 되어버린 것이다! 파란의 막을 열게 된 지우와 피카츄의 여행! 과연 어떻게 될 것인가!?

피카츄 몸에 일어난 이변에 당황하면서도, 하나지방 여행을 결정한 지우. 우선 이 지방의 포켓몬을 잡기 위해 숲으로 들어간다. 그러자 눈앞에 있는 풀숲이 부스럭부스럭 흔들리고 있는 것을 발견! 서둘러 포켓몬 도감으로 확인하니, 거기에는 “이빨포켓몬” 터검니가 있다는 표시가! 재빨리 잡으려 몬스터볼을 던지는 지우! 그러나 볼을 던진 풀 속에서 들려온 것은 사람의 목소리!? 그리고 힘차게 튀어나온 것은 터검니가 아닌 한 여자아이다! 그 소녀의 이름은 아이리스. 그리고 잡으려 했던 터검니는 아이리스의 머리카락 속에...! 과연 이 수수께끼 소녀의 정체는...!?

′우선 첫 번째 체육관이 있는 성신시티로 향하는 지우. 그리고 왠지 모르게 지우를 따라오는 아이리스. 두 사람은 성신시티로 가는 도중 단이라는 소년과 만난다. 그 소년의 집은 근처에 있는 모래찜질로 유명한 온천 리조트라고 한다. 재빨리 모래찜질을 하러 들어가는데, 모래의 이쪽저쪽에 “사막악어포켓몬” 깜눈크의 모습이! 단이가 말하기를 평소에는 매우 얌전하고 트레이너와 함께 모래찜질을 즐긴다고 한다. 그런데 깜눈크들이 갑자기 무서운 기세로 땅을 파기 시작한다! 휘몰아치는 모래연기 앞에 나타난 것은 선글라스를 쓴 깜눈크! 놀란 지우와 친구들을 아랑곳하지 않고 큰 입으로 피카츄와 터검니, 그리고 몰래 뒤를 따라왔던 수댕이를 데리고 가버린다! 이 깜눈크의 목적은 대체 무엇일까?′

성신시티를 향해 여행을 계속하는 지우와 친구들. 도중에 들른 마을에서 재미있는 시설을 발견한다. 그것은 ′포켓몬 배틀 클럽′이란 곳으로, 트레이너가 자유롭게 시합할 수 있는 장소다. 의욕이 넘치는 지우는 서둘러 배틀 클럽 안으로~! 클럽의 지배인인 ′돈 조지′는 지우와 친구들을 맞이하며, 하나지방에서는 보기 힘든 피카츄를 데리고 있는 지우에게 말을 건넨다. 드디어 시합개시! 그러나 선제공격을 하려는 순간 경비경보가 울린다! 창고에 누군가가 침입한 것. CCTV를 확인하니 거기에 있던 것은 바로...!!

드디어 도착한 성신시티! 하나지방의 첫 체육관 시합을 앞두고 흥분을 감추지 못하는 지우 앞에 덴트라는 청년이 나타나는데... 덴트는 아이리스와 터검니의 사이 좋은 모습을 보고, 둘의 상성이 완벽하다고 한다. 그는 “포켓몬소믈리에”라는 자격을 가지고 있어서, 트레이너와 포켓몬의 상성 등을 보는 것이 가능하다고 한다. 덴트가 지우와 아이리스를 성신체육관까지 안내해준다. 그리고 눈앞에 나타난 것은 기다리고 기다리던 성신체육관! 지우는 시합모드가 되어 힘차게 체육관으로 뛰어 들어간다! 그러나 건물 안에는 눈을 의심케 하는 광경이...

체육관 시합을 마치고, 포켓몬센터에서 포켓몬들을 회복시키고 있는 지우. 그때, 아이리스가 터검니를 품에 안고 당황하며 뛰어들어 온다! 품 안의 터검니는 희미한 핑크색 빛에 감싸여 새근새근 자고 있다. 이야기를 들으니 잠들어 버린 터검니가 깨어나지 않는 것 같다! 이러한 상황에 모두 혼란스러워 하는 그때, “꿈먹기포켓몬” 몽나를 데리고 한 여성이 나타난다! 그녀의 이름은 주리박사. 그녀는 터검니가 잠들어버린 원인을 알고 있는 듯하다. 그것을 해결하기 위해 밖으로 나서는 지우와 친구들. 그러나 눈앞에는 놀라운 광경이! 하늘에서 춤추는 핑크색의 빛, 긴급사태를 알리는 여경. 마을은 공황에 빠지는데...

지우, 아이리스, 덴트. 함께 여행하게 된 세 사람이 숲에서 쉬고 있는데, 거기에 “풀뱀포켓몬” 주리비얀이 나타나 덴트가 만들어 준 케이크를 먹기 시작한다! 황급히 그만두게 하려는 피카츄지만, 갑자기 눈이 하트로...! 주리비얀의 “헤롱헤롱” 공격을 받은 것 같다. 휘청거리는 피카츄를 비웃는 듯한 눈으로 바라보는 주리비얀은 빠른 몸놀림으로 달아나 버린다. 그러나 그 모습에 투지가 활활 타오르는 지우! 반드시 잡고야 말겠다는 의지를 보이며, 쫓아가기 시작하는데... 과연 지우는 멋지게 주리비얀을 잡을 수 있을 것인가!?

다음 목적지를 향해가던 도중, 포켓몬들과 함께 강가에서 점심을 먹고 있는 지우와 친구들. 평화로운 시간을 보내고 있는 그때, 피카츄와 터검니의 포켓몬 음식이 없어진다! 누구의 짓인지 주위를 살펴보니 거기에 나타난 것은 “달마포켓몬”인 달막화 2마리! 쫓아가는 지우와 친구들을 화염방사로 뿌리치고 순식간에 도망간다. 잡고 싶긴 하지만, 상처 입은 포켓몬들의 치료가 우선이다. 서둘러 포켓몬센터로 향한다. 하지만 거기에도 달막화 2마리가! 게다가 음식을 훔쳐 도망가고 있다! 달막화들의 목적은 과연 무엇일까...!?

아이리스와 터검니, 덴트와 야나프. 상대를 마주 보며 둘은 시합 연습 중! 그러나 아직 파워가 모자란 터검니에게 야나프도 약한 파워로 기술을 쓴다. 조금씩 강해지면 된다고 터검니를 격려하는 아이리스. 항상 상냥한 아이리스를 좋아하는 터검니는 나무열매를 선물하려고 숲 속으로 나무열매를 찾으러 들어간다. 높은 나무 위에 맛있어 보이는 나무열매를 발견! 서둘러 터검니를 따라간 피카츄의 제지도 뿌리치고 가느다란 나뭇가지 위에서 손을 뻗는 터검니. 나무열매까지 얼마 남지 않은 순간! 발밑의 나뭇가지가 부러져 거꾸로 떨어진다. 떨어진 곳은 “메가지네포켓몬” 펜드라의 머리 위! 놀란 펜드라는 터검니를 태운 채로 날뛰기 시작하는데...!

칠보체육관을 향해 여행을 계속하는 지우와 친구들. 도중에 들른 마을에서 포켓몬 배틀 클럽을 발견! 재빨리 대전상대를 찾던 지우는 슈티의 모습을 확인하고, 곧장 시합신청을 한다. 그리고 돈 조지 아저씨에게 부탁하여 슈티의 라이브캐스터로 연락을 한다. 생각지도 못했던 재시합으로 불타오르는 지우를 아랑곳하지 않고, 언제나 그랬듯 쿨하게 등장하는 슈티. 두 사람의 5대5 포켓몬 시합이 시작된다! 지우의 첫 번째 포켓몬은 수댕이, 슈티는 “들비둘기포켓몬”인 유토브를 내보낸다. 가리비칼을 사용하여 독창적인 공격을 시도하는 지우와 수댕이! 그러나 슈티의 유토브도 이에 질세라 기술을 선보인다! 이 승부에서 승리하는 것은 과연 누구!?

여행을 계속하는 지우와 친구들은, 칠보시티를 향하는 길에서 바위를 깎아 집을 만드는 “돌집포켓몬”인 돌살이를 만난다. 신기한 광경을 바라보고 있는데, 거기에 새로운 3마리의 돌살이가 나타난다! 그 중 한 마리는 한층 큰 바위를 짊어지고 있어 마치 3마리 중 보스인 듯하다. 그 보스가 응시한 것은 돌살이가 열심히 만든 돌집! 다음 순간, 3마리는 동시에 돌살이를 덮쳐 돌집을 빼앗아 사라진다! 그 비겁한 수법을 지켜본 지우와 친구들은 돌살이의 집을 되찾는데 협력하기로 한다. 처음에는 지우와 친구들을 경계하는 돌살이였지만, 점점 지우와 친구들에게 마음을 열게 되고, 드디어 작전개시! 과연 돌살이는 집을 되찾을 수 있을 것인가...!?

여행 도중 어느 길에서, 눈앞에 세발자전거를 탄 어린이들이 갑자기 진흙 폭탄을 던진다! 정통으로 맞은 지우와 친구들의 옆을 시끄럽게 떠들며 지나가는 아이들. 더구나 그 군단 속에 있던 “쓰레기봉투포켓몬”인 깨봉이가 떨어져 있던 지우의 소중한 모자를 주워서 가져가 버린다! 서둘러 쫓아가려 하는 지우와 친구들 앞에 유라라고 하는 한 여성이 나타나 말을 걸어온다. 유라는 조금 전의 아이들이 다니는 유치원의 선생으로, 현재 상황에 매우 곤란해하고 있다고 한다. 자세한 이야기를 듣기 위해 유치원으로 가보니, 눈앞에 벌어진 광경에 모두 깜짝 놀란다! 유치원에는 쓰레기 더미에 둘러싸인 비밀기지가 만들어져 있고, 그곳에 아이들이 틀어박혀 나오지 않는 것이다!

칠보체육관을 향해 여행을 계속하는 지우와 친구들은 갑자기 나타난 한 소녀와 부딪치게 된다! 그녀의 이름은 벨. 주박사에게 부탁을 받아, 지우에게 어떤 물건을 전하러 왔다고 한다. 그것은 바로 배지케이스! 그러나 벨의 가방 깊숙이 있던 케이스는 먼지투성이로 지저분해져 있었다. 그렇다곤 해도 소중한 배지케이스를 얻은 지우는 기분이 좋아져서 배지케이스를 높이 들어 올린다. 그런데 어느샌가 손에 있던 배지케이스가 사라져 버렸다?! 그 순간 후다닥 도망치는 “친칠라포켓몬” 치라미를 발견! 지우의 배지케이스를 소중히 입에 물고 뛰어가고 있다! 황급히 쫓아가는 지우와 친구들. 좌충우돌 치라미 잡기 소동은 어떻게 될 것인가!?

드디어 칠보시티에 도착한 지우와 친구들. 당연히 목적은 칠보체육관에서 승리하여, 2번째 배지를 획득하는 것! 기합을 넣은 지우와 함께 칠보체육관으로! 그러나 박물관을 겸한 칠보체육관의 문은 굳게 닫혀 있고, 게다가 왠지 상황이 이상하다... 안을 확인하기 위해 문을 열고, 엿보려 하는 순간! 긴 복도의 반대편에서 비명과 함께 한 남성이 달려온다! 당황하여 허둥거리는 그 남성의 이름은 아보레. 이 박물관의 부관장으로 괴이한 현상에 휘말려 있다고 한다. 그런 아보레의 이야기를 자세히 들어보니, 박물관 안에는 귀신의 소행 같은 기묘한 현상이 계속되고 있다는데...

박물관의 기묘한 수수께끼를 해결한 지우와 친구들. 체육관 관장인 알로에와 만나, 드디어 기다리고 기다리던 체육관시합! 그러나 시합을 하기 위해서는 알로에가 내는 미션에 대답하지 않으면 안 된다. 생각지도 못한 미션에 당황하면서도 무사히 미션 클리어! 마침내 시합장으로! 노말타입의 포켓몬을 사용하는 알로에는 보르그와 요테리를 내보낸다고 자신 있게 선언. 자신의 포켓몬을 상대에게 보이고, 그 반응을 보는 것이 칠보체육관의 스타일인 것 같다. 지우도 마음속으로 정한 2개의 몬스터볼을 쥐고, 드디어 시합 시작! 알로에가 처음 내보낸 것은 “강아지포켓몬” 요테리! 대응하여, 지우는 뚜꾸리를 내보낸다. 하지만 시합은 예상하지 못한 전개로 흘러가는데...!

2번째 배지를 건 알로에와의 체육관시합. 그러나 지우는 “울부짖기”와 “검은눈빛”의 콤비네이션 앞에서 패배하고 말았다. 재도전을 다짐하는 지우는 뚜꾸리, 수댕이와 함께 배틀 클럽에서 돈 조지의 특별훈련을 받기로 한다. 우선 뚜꾸리는 알로에의 요테리가 사용하는 강력한 섀도볼에 대비하여 공을 피하는 특별훈련을 하고, 이어서 수댕이는 수영장의 물살을 거슬러서 수영을 하는 특별훈련을 한다. 지우는 새로운 기술을 몸에 익힌 뚜꾸리, 수댕이와 함께 다시 한번 칠보체육관으로 향한다! 그러나 상대는 백전연마의 체육관 관장. 시합은 생각지도 못한 전개를 맞이하는데…

유치원 선생 유라를 도왔을 때 받았던 알에서 이변이! 달각달각 흔들리면서 빛나는 그 모습에 모두 흥미진진. 특히 터검니는 새로운 친구가 늘어나는 것이 기쁜지 더욱 열심히 그 모습을 지켜보고 있다. 반짝임이 빨라지고 드디어 알이 부화하려는 순간! 기쁜 나머지 들떠 있던 터검니가 알과 부딪힌다! 내리막길을 빠른 속도로 굴러가는 알! 황급히 쫓아가는 지우와 친구들. 그러나 점점 더 빠르게 굴러가는 알은 바위에 튕겨 공중으로 날아가 버린다! 그대로 떨어지면 알은 깨져 버린다! 갑자기 찾아온 대위기! 알의 운명은 어떻게 될 것인가!?

다음 체육관이 있는 구름시티를 향해 여행을 계속하는 지우와 친구들은 바람개비숲에서 “재봉포켓몬” 두르보와 만난다. 오기가 강한 두르보를 잡으려고 애쓰던 지우는 숲의 안쪽으로 계속 들어갔다가, 미로 같은 숲에서 길을 잃어버린다! 어떻게든 왔던 길로 돌아가려고 노력하는 지우와 친구들은 큰 나무 위에서 길을 찾아보기로 한다. 그러나 지우가 찾은 것은 원래 왔던 길이 아닌 나뭇가지에 매달린 거대한 나뭇잎 뭉치! 그 순간 나뭇잎이 흩어지면서 그 안에서 구름체육관 관장 아티가 씩씩하게 등장한다. 그리고 지우와 친구들이 아티의 이야기를 듣고 있는데, 그들 앞에 조금 전의 두르보가…!

구름시티를 향하는 도중, 지우와 친구들의 눈앞에 나타난 것은 새롭게 오픈한 프렌들리숍! 신기해하며 프렌들리숍 안을 구경하는데, 플로어의 안쪽에 사람들이 길게 줄을 서 있다. 그곳에서는 공인 포켓몬소믈리에가 트레이너와 포켓몬의 상성을 진단해 준다고 한다! 흥미가 생긴 지우가 안으로 들어가니, 한 여자아이가 기다리고 있었다. 그녀의 이름은 카베르네. 공인 소믈리에 자격을 가지고 있다고 한다. 그런 카베르네에게 지우는 자신의 포켓몬들을 선보인다. 그 순간! 눈을 가늘게 뜨고, 포켓몬 도감을 들이대던 카베르네의 입에서는 귀를 의심하게 하는 말들이 나오는데…!

구름시티와 이어지는 거대한 다리 “스카이애로 브리지”에 도착한 지우와 친구들. 그러나 다리에는 안개가 끼어 바로 앞을 보기도 힘들다. 어떻게든 서둘러 구름시티로 가고 싶은 지우와 친구들은 안개에 굴하지 않고 다리를 건너기 시작한다. 그러자 안갯속에서 “천체포켓몬” 고디모아젤이 나타나, 지우와 친구들을 공격해온다! 할 수 없이 주리비얀으로 응전하지만, 갑자기 주위가 빛으로 둘러싸이고, 정신을 차리니 다시 다리의 기슭으로 돌아와 있다. 그런데 주위를 잘 살펴보니 뭔가 이상하다… 지우와 친구들이 불안해하고 있노라니, 샐리라는 한 명의 소녀가 말을 걸어온다! 그리고 그 샐리의 옆에는 지우와 친구들을 공격했던 고디모아젤이 웃는 얼굴로 서 있는 것이 아닌가!

드디어 도착한 구름시티. 하나지방의 중심이라 불리는 만큼, 거대한 빌딩들이 늘어서 있다. 지우의 목적은 역시 아티와의 체육관 시합이었지만, 우연히 길에서 만난 아티는 무언가 신경이 쓰이는 일이 있어, 체육관 시합을 할 때가 아니라고 한다. 그 이유는 거리에 있는 벌레타입 포켓몬들의 상태가 이상하다는 것. 원인을 찾기 위해 행동을 함께 시작한 지우와 친구들은 지하수도로 가고, 그곳에서 1마리의 “지네포켓몬” 마디네의 모습을 발견! 아티가 말한 대로 무언가 불안한 모습으로 적의를 드러내고 있다! 그리고 이 이변에는 무서운 사실이 숨겨져 있었다!!

구름체육관에 도착한 지우는, 드디어 체육관 관장 아티와의 체육관 시합에 도전한다! 벌레타입의 포켓몬을 사용하는 아티! 녹음이 가득한 체육관에서 지우와 친구들을 맞이한 아티가 처음으로 필드에 내보낸 포켓몬은 돌살이! 그에 지우는 확실한 승리를 위해 뚜꾸리를 내보낸다. 불꽃타입의 기술로 단번에 승리를 차지하려는 지우를 향해, 놀랍도록 빠른 스피드를 보이는 아티의 돌살이는 강력한 암석포로 뚜꾸리를 녹다운 시킨다! 상성으로 유리한 뚜꾸리가 시합 불가능! 이후에도 상승세를 타는 아티를 막지 못하는 지우! 과연 이 시합은 어떻게 될 것인가!?

뇌문시티를 향해, 벨과 함께 여행하는 지우와 친구들 앞에 한 마리의 “하늘다람쥐포켓몬” 에몽가가 나타난다! 터검니가 떨어뜨린 나무열매를 주워준 에몽가의 사랑스러운 행동에 포켓몬들도 모두 마음을 빼앗겨 버리고...! 그런 사랑스러운 에몽가를 보고 몹시 흥분한 벨은, 재빨리 에몽가를 잡기 위해 시합을 한다. 그러나 헤롱헤롱으로 상대를 유혹해버리는 에몽가는 시합을 하려고 하면 도망쳐 버린다. 황급히 쫓아가는 벨! 그리고 자신에게 잘 대해준 에몽가에게 보답하고 싶은지 터검니도 함께 쫓아간다. 그러나 이 에몽가에게는 생각지도 못한 비밀이 있었는데...

에몽가를 잡은 아이리스는 서둘러 특별훈련을 시작한다. 그러나 막상 벨의 치라미와 시합을 하니, 지시도 하지 않은 “볼트체인지”로 다른 포켓몬과 교체해 버린다! 게다가 이 에몽가의 볼트체인지는 조금 특이해서 지우, 덴트의 포켓몬도 끌고 나올 수 있다! 모두가 당황해 하는 모습을 나무 위에서 재밌다는 듯이 바라보는 에몽가. 아무래도 꽤 장난을 좋아하는 성격인 것 같다. 헤롱헤롱을 사용하여, 수컷 포켓몬들을 뜻대로 하거나, 우는 시늉을 해서 미안하게 만드는 등 완전히 자기 멋대로다! 그러나 그런 모습을 유심히 바라보는 포켓몬이 있었으니...

뇌문시티를 향해 여행을 계속하는 지우와 친구들은 갑자기 내리는 비를 피할 장소를 찾고 있다. 가까스로 언덕 위의 저택에 도착한 지우와 친구들은 그곳에서 잠시 쉬기로 한다. 그러나 그때, 선반과 꽃병이 저절로 움직이고, 지우와 친구들을 향해서 습격해 온다! 황급히 도망치면서도, 피카츄의 백만볼트로 어떻게든 뿌리치려 하는 지우와 친구들. 사실 이 모든 건 “양초포켓몬” 불켜미의 소행! 그것을 알아챈 지우와 친구들은 불켜미가 왜 이런 짓을 하는지 조사한다. 그런 모습을 모니터를 통해 지켜보는 그림자가... 지금 이 저택에 숨겨진 비밀이 밝혀진다!

터검니와 곤율랭의 특별훈련 중, 숲의 덤불 속에서 포켓몬의 외침이 들려온다. 그 소리의 정체는 “동굴포켓몬” 크리만! 게다가 갑자기 「기합구슬」로 공격해온다! 당황하며 공격을 피하는 지우와 친구들, 그러자 크리만의 뒤를 쫓듯이 한 트레이너가 나타난다. 그 트레이너는 에이미라고 하는 소녀로, 갑자기 날뛰기 시작한 크리만을 놓치고 말았다고 한다. 아이리스는 드래곤타입의 포켓몬이라는 것에 한층 관심을 보이며 가까이 다가가서 상태를 살펴보니, 크리만의 다리에 굵은 철사가 얽혀 있다. 아무래도 이것이 원인으로 날뛰었던 것 같다. 그런 아이리스의 모습을 지켜본 에이미는 드래곤타입 포켓몬을 키우는 방법에 대해 가르쳐 달라고 부탁하는데...

뇌문시티를 향해 여행을 계속하는 지우와 친구들 앞에 “하전포켓몬” 줄뮤마의 트레이너, 케니언이 시합을 신청해 왔다! 이 시합에 지우가 선보인 것은, 바로 물타입의 수댕이! 장기인 가리비칼로 어떤 공격도 튕겨내는 모습을 보이며 의욕 충만! 시합 초반은 전기타입의 기술을 멋지게 피하는 수댕이였지만, 줄뮤마의 강력한 「두번치기」 공격을 받은 순간, 소중한 가리비칼이 저 멀리 날아가 버린다! 당황하며 찾으러 가는 수댕이와 지우. 그러나 가리비칼은 어디에도 보이지 않는다... 최대의 무기를 잃어버리고 충격을 받은 수댕이. 그런 수댕이를 위해 지우와 친구들은 가리비칼을 대신할 만한 것을 찾기 시작하는데...

언제나처럼 지우와 친구들이 특별훈련을 하고 있는데, 한 마리의 “솜뭉치포켓몬” 소미안이 나타난다. 덴트가 말하기를 이 시기가 되면 소미안은 집단으로 이동하며, 커플이 되어 날아간다고 한다. 그러나 이 소미안은 이유가 있어서 무리에서 떨어진 것 같다. 곤율랭이 풀숲에서 또 한마리의 소미안을 발견하는데, 아마도 처음 만난 소미안은 이 소미안이 좋아서 쫓아온 것 같다. 커플 성립을 위해서는 자신의 강함을 보여줘야만 하는 것 소미안들의 법칙. 그러나 처음 만난 소미안은 시합에서 너무 쉽게 지고 만다. 분하다는 듯이 매달리는 모습을 본 지우와 친구들은, 시합을 위한 특별훈련을 하게 되는데...

뇌문시티를 향한 긴 여행을 대비하여, 잠을 청하고 있는 지우와 친구들의 근처로 갑자기 수수께끼의 비행물체가 굉장한 빛을 내면서 날아온다. 그 움직임은 마치 UFO와 같은데... 아침이 밝자마자 그 수수께끼의 비행물체의 정보를 얻기 위해 마을을 방문한 지우와 친구들은, “삼정”이라는 박사가 변두리의 연구소에 살고 있다는 것을 듣게 된다. 삼정박사에게 물어보기 위해 지우와 친구들은 연구소로 향한다. 그러나 연구소 앞에 거의 다다른 셋은 이상한 현상을 경험한다! 갑자기 머릿속에 본 적도 없는 이미지가 떠오른 것이다! 갑작스런 상황에 불안해하는 지우와 친구들. 그리고 그 모습을 어두운 곳에서 지켜보고 있는 그림자가... 손가락 끝의 라이트를 불규칙적으로 깜박거리는 “브레인포켓몬” 리그레다...!

여행을 계속하는 지우와 친구들. 덴트의 점심준비를 망쳐버린 지우와 아이리스는 “신설포켓몬” 바닐프티로 두까비를 잡으려는 슈티와 우연히 만난다! 그러나 지우 탓에 두까비는 도망가 버린다. 슈티는 어이없어하며 그곳을 떠나려 하지만, 지우가 슈티에게 시합을 신청한다. 슈티는 시합을 거절하려 하지만, 아이리스의 “도망가냐?”라는 비아냥에 이 시합을 받아 들이기로 한다. 3대3 시합을 하게 된 지우는 처음으로 주리비얀을 내보낸다! 한편, 슈티는 주리비얀의 진화형인 샤비를 내는데...! 과연 3번째 라이벌배틀의 승자는 누가 될 것인가!?

슈티와의 시합 중에 수댕이의 생각지도 못한 약점 “물속에서 눈을 뜨지 못한다.”라는 사실을 알게 된 지우. 재빨리 특별훈련을 하기 위해, 큰 연못이 있는 장소로 왔다! 다른 포켓몬들은 아이리스에게 맡기고, 수댕이 곁에 꼬박 붙어서 지우는 특별훈련을 지시하지만, 수댕이는 좀처럼 눈을 뜨지 못한다. 그런 지우와 수댕이, 그리고 덴트를 기다리며 아이리스는 포켓몬들과 놀고 있는데, 곤율랭이 풀 속에 숨어 있던 “버섯포켓몬” 깜놀버슬에게 박치기를 한다! 그러자 화가 난 깜놀버슬이 모두를 향해 독가루를 뿌리고, 그것을 맞은 포켓몬들은 중독되어 버린다. 근처에는 포켓몬센터도 없는 위기의 상황에서 의지할 수 있는 것은 수댕이뿐... 과연 이 위기를 어떻게 극복할 것인가!?

뇌문시티를 향해 여행을 계속하는 지우와 친구들 앞을 갑자기 가로막는 소녀 랭글레이. 목적은 용의 고을 출신의 아이리스! 랭글레이는 “드래곤버스터”라고 불리며 얼음타입의 포켓몬을 사용하는 트레이너로, 아이리스와 시합하기 위해 기다리고 있었다고 한다. 랭글레이의 심한 도발에 화가 난 아이리스는 이 시합을 받아들이기로 한다! 랭글레이가 내보낸 것은 “동결포켓몬”인 툰베어. 그에 아이리스는 당연히 터검니를 선택하여 시합개시! 그러나 상성에서 밀리는 것뿐 아니라, 툰베어의 압도적인 힘 앞에서 터검니는 시합 불가능이 된다. 분한 마음을 금치 못하는 아이리스는 가슴에 품고 있던 이야기를 지우와 덴트에게 말하기 시작한다...

뇌문시티를 향해 여행을 계속하고 있는 지우와 친구들이 어느 숲에서 휴식을 취하고 있다. 그때 한 마리의 “맨틀포켓몬” 단굴이 나타나 답답하다는 듯이 마구 날뛴다! 그 모습을 본 지우는 잡고 싶은 마음이 불타올라 서둘러 수댕이, 뚜꾸리로 시합을 하지만, 생각지도 못한 참패! 치료를 위해 포켓몬센터를 향해 멀어지는 지우와 친구들을 지켜보고 있는 단굴. 마구 날뛰었던 것은 무엇인가 이유가 있는 듯하다… 치료가 끝나고 간호순 누나와 이야기를 나누고 있는데, 한 명의 남성이 나타난다. 이 남성은 갑자기 물이 나오지 않게 된 포켓몬센터의 수리를 위해 왔다고 한다. 그러나 건물에는 이상이 없고, 원인은 동굴의 수원인 듯하다. 그리고 이 수원에는 엄청난 비밀이 숨겨져 있는데…!!

여행을 계속하는 지우와 친구들은 짙은 안개가 자욱한 숲에서 길을 잃어버린다. 그러자 눈앞에는 사람의 그림자가... 길을 묻기 위해 다가서니, 그곳에 있던 것은 “히어링포켓몬” 다부니! 그러나 이상하게도 평소와는 다른 모습으로 지우와 친구들을 무시하고 비틀비틀 걸어가 버린다. 서둘러 뒤를 쫓으려 하자, 여경이 나타나 앞길을 막는다. 게다가 지우와 친구들을 체포하려고 한다! 어떻게 여경의 오해를 풀고, 자세한 이야기를 들어보니 마을 곳곳의 다부니가 갑자기 모습을 감추고 있다고 한다! 이 비상사태에 지우와 친구들도 협력하기로 한다! 그러나 이 사건에는 생각지도 못한 결말이 기다리고 있는데...!!

지우와 친구들은 어느 마을에서 주박사, 주리박사와 재회를 한다. 두 박사는 「날개화석」에서 “최초새포켓몬” 아켄을 부활시키려 하고 있었다. 거대한 장치에 화석을 넣고, 스위치를 누른 다음 몽얌나의 에너지로 그 힘을 높여가니, 장치 속에서 요란한 울음소리와 함께 한 마리의 아켄이 나타난다! 그러나 눈을 뜨고 흥분한 아켄은 「용의숨결」을 여기저기 날리는 등 자기 멋대로다! 그런 아켄을 달랜 것은 지우. 사이가 좋아진 지우와 아켄은 하늘을 나는 특별훈련을 하지만 거기에 로켓단이 나타난다...

여행을 계속하는 지우와 친구들 곁에 또다시 그 소란스러운 사람이... 굉장한 기세로 부딪힌 지우는 언제나와 같이 강 속으로 빠진다. 굽실굽실 머리를 조아리는 소녀는 벨이다! 근처 마을에서 개최되는 낚시대회에 참가하기 위해 서두르고 있다고 한다. 이 이야기를 듣고 눈빛이 바뀐 덴트! 피싱소믈리에라는 별칭을 가질 정도로 낚시를 좋아한다고 한다. 기합이 든 덴트의 기세에 눌려 지우와 아이리스도 벨과 함께 대회에 참가하기로 한다. 강가에 준비된 특설회장에는 기운 좋은 물타입 포켓몬이 많이 있다! 그러나 이 낚시대회에는 비밀이 감춰져 있는데...

지우와 친구들이 들른 영화관에서 놀라운 만남이! “나쁜여우포켓몬” 조로아가 나타난 것이다! 영화의 여주인공으로 둔갑하는 것을 좋아하는 이 조로아를 주연으로 영화를 찍고 있는 트레이너 루크의 권유를 받아들여, 지우와 친구들도 함께 영화를 만들기로 한다! 지우의 역할은 조로아가 연기하는 공주를 구출하기 위해, 해적 덴트와 대결하는 포켓몬나이트! 익숙하지 않은 연기에 고전하면서도, 전설의 드래곤마스터 아이리스에게 수업을 받고, 드디어 덴트와 결전! 이라는 클라이맥스 신을 찍기까지 이르렀다. 그러나 그 순간, 누군가가 갑자기 끼어들어 영화가 엉망이 될 위기에 처하는데...!

영화를 완성시킨 지우와 친구들은 돈 조지가 주최하는 배틀 대회 “돈배틀”에 출전하기 위해 루크와 함께 뇌문마을에 왔다. 그 곳에는 지금까지 여행에서 만났던 많은 트레이너들이 모여 있었다! 이름을 발음하기 어려운 케니언, 포켓몬소믈리에 카베르네, 드래곤버스터 랭글레이, 허둥지둥 아가씨 벨, 그리고 라이벌 슈티! 게다가 덴트, 아이리스, 루크도 참가를 결정해, 지우의 의욕은 최고조! 돈 조지의 개회선언도 듣는 둥, 마는 둥… 1회전의 대진표가 차례차례로 결정되어 간다. 그리고 드디어 지우의 대전상대가 발표되는 순간, 모니터에 나타난 것은…?!

드디어 시작된 뇌문마을에서의 ”돈배틀”. 포켓몬 배틀 클럽의 돈 조지가 주최하는 이 배틀 토너먼트에서 지우는 카베르네와 첫 시합! 두까비의 활약으로 멋지게 1회전을 승리하였다. 그리고 덴트 VS 슈티, 벨 VS 케니언을 시작으로 1회전부터 뜨거운 시합은 계속된다! 랭글레이, 안토니오, 지우에 이어 2회전에 진출한 것은 과연…?! 그리고 발표되는 2회전의 대진표. 밝혀진 지우의 대전상대는 의외의 인물…! 그리고 주리비얀에게 위기가 찾아온다! 강적을 쓰러뜨려 지우는 “돈배틀”의 준결승에 진출할 수 있을까? 그리고 돈배틀에서의 마지막으로 승리하는 것은 누구일까…?!

뇌문마을의 포켓몬 배틀 클럽의 돈 조지가 주최하는 배틀 토너먼트 “돈배틀”. 지우는 2회전에서 드래곤버스터 랭글레이와 격돌하여 절체절명의 위기에 빠진다. 랭그레이의 자망칼이 펼치는 날카로운 공격에 괴로워하는 지우의 주리비얀. 지우는 이 위기를 빠져 나와 준결승에 진출할 수 있을 것인가…? 그리고 계속되는 덴트 VS 루크, 아이리스 VS 케니언의 시합. 덴트의 메더와 루크의 활화르바, 아이리스의 에몽가와 케니언의 타격귀가 불꽃 튀게 격돌한다! 뜨거운 배틀 끝에 준결승에 진출하는 사람은 과연…?!

돈 조지가 주최하는 배틀 토너먼트 “돈배틀”. 순조롭게 승리를 거둔 지우는 결승전에 진출한다. 계속되는 준결승 제2시합은 아이리스 VS 루크. 대회에서의 첫 시합에 임하는 아이리스의 터검니는 루크의 골비람이 펼치는 연속공격에 도망칠 수밖에 없는 위기에 몰린다. 그러나 터검니가 막판에 사용한 새로운 기술로 멋지게 루크의 골비람을 이기고, 아이리스는 결승전 티켓을 손에 넣는다. 그리고 다가온 결승전, 지우와 아이리스의 뜨거운 시합이 시작된다! 지우, 아이리스가 결승전에서 선택할 포켓몬은!? 운명의 시합을 제압하고 돈배틀의 우승자가 되는 것은 과연!?

지우와 친구들은 4번째 배지를 차지하기 위해 다음 체육관이 있는 뇌문시티로 향하는 여행을 계속하고 있었다. 그런데, 만신창이가 되어 쓰러져 있는 로켓단의 나옹과 우연히 만난다. 지우와 친구들의 치료 덕분에 의식을 되찾은 나옹. 나옹은 작전에서 실패하여 본부에서 해고된 뒤, 로이, 로사와 헤어져 몸도 마음도 만신창이가 되어 여기저기를 떠돌아 다녔다고 한다. 그런 나옹을 보고, 함께 여행하자고 제안하는 지우, 아이리스, 덴트. 나옹은 이제 나쁜 짓을 하지 않겠다고 약속하고 함께 여행을 하기로 한다. 그때, 터검니가 곤율거니에게 유괴를 당하고 마는데…!?

묘한 사정으로 함께 여행하게 된 나옹과 여행을 계속하는 지우와 친구들은 한 마리의 쌔비냥과 우연히 만난다. “성악포켓몬” 쌔비냥의 귀여운 모습에 한눈에 반해버린 나옹과 수댕이. 나옹과 수댕이는 어떻게든 쌔비냥의 마음을 끌기 위해 기를 쓰며 어필한다. 쌔비냥은 그런 나옹과 수댕이에게 “자신의 친구가 동굴에 갇혀있다”하며, 도움을 요청해 온다. 예전에 쌔비냥에게 무서운 일을 당했다는 덴트는 쌔비냥이 말하는 것은 믿을 수 없다고 한다. 그러나 지우, 아이리스, 나옹과 수댕이는 쌔비냥을 믿고, 동굴로 쌔비냥을 따라가기로 하는데…!?

나옹 그리고 지우와 친구들은 뇌문시티로 향하고 있었다. 도중에 해가 저물어 일행들은 야영할 준비를 시작하고, 나옹은 장작으로 쓸만한 나뭇가지를 찾기로 한다. 나옹이 좀처럼 장작으로 쓸만한 나뭇가지를 찾지 못하고 있는데, “브레인포켓몬”인 벰크가 나타나 장작 묶음을 건네주었다. “원하는 게 있으면 뭐든 들어주겠다”는 벰크는 요리에 부족한 재료를 만들어주는 등 정성을 다하는데. 그런 벰크에게 덴트는 리조트 호텔의 스위트룸에서 자고 싶다는 소원을 말한다. 벰크를 따라가는 지우와 친구들은 아무것도 없어야 할 숲 속에서 훌륭한 리조트 호텔을 발견한다. 이상하게 생각하면서도 일행은 거기에서 머물기로 하는데!?

뇌문시티를 향해 어느 산을 지나가게 된 지우와 친구들. 폭풍우로 엉망이 된 산길을 가고 있을 때, “빙결포켓몬” 코고미가 쓰러져 있었다. 코고미를 회복시키기 위해 먹을 것을 찾는 지우와 친구들은 겨우 발견한 나무열매를 손에 넣으려는 순간 갑자기 “동결포켓몬”인 툰베어가 나타났다. 그 가운데 나옹은 나고시에이터로서 툰베어의 흥분을 진정시키려고 하지만 툰베어들은 가차 없이 “얼다바람”으로 공격을 해 오는 것이었다. 산의 보안관 클리프의 포켓몬인 “무술포켓몬” 비조푸 덕분에 겨우 위기일발로 위기를 벗어난 일행은 코고미를 어떻게든 원래의 무리로 돌려보내려고 하지만!?

뇌문시티에 도착한 일행들은 지하철로 포켓몬센터에 가게 되었다. 지하철의 운전석을 흥분해서 보고 있던 메트로 소믈리에 덴트. 그런데 열차는 긴급정지하고 만다. 창 밖의 모습을 살펴보니 바로 옆 선로를 한번도 본적이 없던 차량이 지나가는 것이었다. 뇌문시티의 지하철을 관리하는 서브웨이마스터인 상행, 하행과 합류한 일행. 두 사람의 말에 의하면 최근 시간표에 없는 “유령열차”가 나타난다고 한다. 유령열차의 정체가 궁금하면서도 포켓몬센터로 향하는 일행. 이 곳 포켓몬센터에는 다른 곳에는 없는 포켓몬들의 마음과 몸을 쉬게 하는 특별한 서비스가 있다는 이야기를 듣고 지우와 친구들은 모든 포켓몬들을 맡기기로 하는데!?

뇌문시티에 도착한 일행들은 지하철로 포켓몬센터에 가게 되었다. 지하철의 운전석을 흥분해서 보고 있던 메트로 소믈리에 덴트. 그런데 열차는 긴급정지하고 만다. 창 밖의 모습을 살펴보니 바로 옆 선로를 한번도 본적이 없던 차량이 지나가는 것이었다. 뇌문시티의 지하철을 관리하는 서브웨이마스터인 상행, 하행과 합류한 일행. 두 사람의 말에 의하면 최근 시간표에 없는 “유령열차”가 나타난다고 한다. 유령열차의 정체가 궁금하면서도 포켓몬센터로 향하는 일행. 이 곳 포켓몬센터에는 다른 곳에는 없는 포켓몬들의 마음과 몸을 쉬게 하는 특별한 서비스가 있다는 이야기를 듣고 지우와 친구들은 모든 포켓몬들을 맡기기로 하는데!?