4個目のジムバッジをゲットしようとライモンジムに来たサトシたちとベル。ライモンジムは、電気タイプのポケモンを操る売れっ子モデルのカミツレがジムリーダーをつとめているという。

早速ジム戦にのぞもうとするベルだが、なんとバトル・フィールドではベルの父がベルを家に連れ帰るためにジムで待っていた。ベルは父になんとか旅を続けたいと説得を試みるが、父は全く聞く耳を持たないのだった。

そこで、カミツレは自分とベルのジム戦をベルの父に見てもらって、どれだけベルが成長したのかを見てもらうことを提案する。父の言葉から、カミツレとジム戦をして、負けたら家に帰ると父と約束をしてしまったベル。

そして、カミツレの"らいでんポケモン"ゼブライカとアイリスの"マイマイポケモン"チョボマキの白熱のバトルが始まる。

カミツレとのジム戦を前にして対策を練るサトシ。カミツレの強力な電気タイプのポケモンに対抗するため、カミツレのポケモンにダメージを与えにくいピカチュウを外してジム戦のメンバーを立てることにした。やる気いっぱいのピカチュウはそんなサトシに不満な様子だ。

そして始まるジム戦。カミツレの"らいでんポケモン"ゼブライカに対し、サトシは"しんどうポケモン"のガマガルで対抗する。じめんタイプを持っているガマガルにはゼブライカの電気ワザは効かないのだった。サトシの作戦通りゼブライカに勝利するガマガル。しかし、次の相手"モモンガポケモン"のエモンガを前にして、1試合目で体力を使ったガマガルに疲れが見えてきたようで･･･！？

ホドモエジムに向けてライモンシティを旅立とうとしていたサトシたちは、パフォーマーストリートでライバルのシューティーと再会する。シューティーは子供のころにイッシュリーグチャンピオンのアデクと出会い、アデクを目標として強いポケモントレーナーになる決意をしたのだという。そのアデクが最近この近くに出現したという噂を聞いて、シューティーは探しているのだという。ついに、アデクと出会えたサトシとシューティーは早速アデクにバトルを申し込む。

そして始まったチャンピオンアデクとのバトル、アデクの"ずつきうし"ポケモンのバッフロンに対抗するため、サトシは最大の相棒ピカチュウで挑むが…！？

ホドモエシティを目指し旅を続けていたサトシたちはとある町でダンスの練習をする"サボテン"ポケモンのマラカッチ達、「トリオ・ザ・マラカッチ」と、そのトレーナーのトビオと出会った。

トビオと「トリオ・ザ・マラカッチ」は、ライモンシティのポケモン・ミュージカルのオーディションに受かるべく、腕試しとしてこの町のポケモン・パフォーマンス大会に参加しようとしているのだと言う。

大会で優勝をするために、ダンスのクライマックスの大技を完成させようと練習を重ねてるトビオたち。しかし、なかなかクライマックスの技がうまくいかないマラカッチ達を見て、サトシたちは大技が決められるように手伝うことに決めるが！？

ホドモエシティに向かうサトシたちは途中で寄ったポケモンセンターでポケモン専門のカメラマン「ポケモンフォトグラファー」のロバートと出会った。ロバートは同じくポケモンフォトグラファーだった祖父が撮ったという、四季それぞれ姿をした"きせつポケモン"のメブキジカが一か所に集まって写っている写真をサトシたちに見せてくれたのだった。ロバートは祖父と同じ場所に行って、春夏秋冬の姿をしているメブキジカが一か所に集まっている写真を撮ることを心に決めているのだという。そんな決意を聞いたサトシたちは、ロバートとともに、四季それぞれのメブキジカが集まる場所を探しに行くことにするが…。

ホドモエシティを目指す旅の途中、サトシたちは1体のゴチムとそのトレーナーのコハルと出会うが、コハルはわがままな"ぎょうしポケモン"のゴチムの言いなりになってしまっているトレーナーだった。ゴチムはサトシの"だっぴポケモン"のズルッグをすっかり気に入ってしまい、コハルはなんとかサトシからズルッグを譲ってもらおうと必死だ。

コハルはサトシにズルッグと自分の手持ちポケモンを交換するように迫る。しかし、拒否するサトシに、バトルをしてサトシが負けたらズルッグを譲るように迫るのだった。サトシはコハルの挑発に負けてしまい、ズルッグをめぐってのバトルが始まった。ズルッグの運命はいかに！？

ホドモエシティへと旅を続けるサトシ達は、途中でポケモンの育て屋のボビーと、3匹の“そぼうポケモン”のモノズと出会う。

3匹のモノズたちは、初めて育て屋に預けられてトレーナーを探すために脱走してしまったのだという。ドラゴンタイプの世話を経験したことが無く困っているボビーのために、竜の里出身のアイリスは世話の手伝いを申し出、サトシ達も一緒に手伝うことに。

早速世話を始めるサトシたちだったが、一匹だけ人見知りが激しく、育て屋に預けられて以来、ご飯を食べず元気のないモノズに苦戦する。アイリスはこの人見知りのモノズと何とか心を通わせようと奮闘するが…！？

ホドモエシティに到着したサトシたちは、ジム戦に挑戦すべくホドモエジムに向かった。しかし、ジムリーダーのヤーコンは何やら取り込み中らしい。そこでジムの再開を待つ間、ホドモエのマーケットを散策することにした一行は、バイク乗りのチャールズとその相棒“からぬけポケモン”のアギルダーと出会い、案内をしてもらうことに。

マーケットを散策中の一行は途中で泥棒と出くわすが、そこへこの町のローカルヒーロー“快傑ア☆ギルダー”とアギルダーが現れ、犯人逮捕に協力するのだった。“快傑ア☆ギルダー”のファンになったサトシ。

夜に港の倉庫街にアギルダーが現れるかも知れないという情報をチャールズから得て、倉庫街に行くことにするが…！？

ホドモエジムでのヤーコンとのジム戦に向け、特訓に燃えるサトシ。だが、その前にデントの兄弟でサンヨウジムのジムリーダーの一人、ポッドが現れた。

ポッドはデントの修行の成果を知るために、ポケモンバトルをしたいといきなり言い出す。そこで始まる、兄弟バトル。ポッドは相棒の“こうおん”ポケモンのバオップで、一方デントは“くさざる”ポケモンのヤナップで勝負に臨み、見事デントが勝利する。

デントに負けたことをバオップのせいにしたことを責められ、その場を走りだして行ってしまうポッド。

どうやら、ポッドはジムリーダーとして戦い方のスランプに陥って、コーンとも喧嘩をして家出をしてきたようで…！？

ふっかつそうを持ってきたらジム戦をしてもいいというヤーコンの言葉で、サトシたち一行はふっかつそうが取れる島ミロス島に向かうことにする。

ミロス島に着いたサトシたちはふっかつそうを相棒の“はなかざり”ポケモンのドレディアに協力して取って来てもらっているという青年、ユウトと出会う。ユウトによると、最近ミロス島の土地が痩せてきてしまったためか、草タイプのポケモンの元気が無くなり、さらにふっかつそうも枯れてしまっているのだという。

ユウトとサトシたちは、ミロス島の伝説にしたがって、豊穣の神“ほうじょう”ポケモンのランドロスに祈る、雨乞いの儀式をすることにするが、そこに風の神“せんぷう”ポケモンのトルネロスが突然現れて…！？

ふっかつそうを求めて、豊穣の神“ほうじょう”ポケモンのランドロスに祈る雨乞いの儀式を始めたサトシたち。しかし、そこへ現れたのはランドロスではなく、島を激しい騒乱に巻き込む風の神“せんぷう”ポケモンのトルネロスと雷の神“らいげき”ポケモンのボルトロスだった！魔除けの役割をしていた石碑のくさびが、何者かによって破壊されていたのだ！

２体の戦いを鎮めようと、なんとかランドロスを召喚したサトシたちだったが、その戦いの途中で“きば”ポケモンのキバゴと“あやつり”ポケモンのゴチミルがひどく負傷してしまう。さらにロケット団が戦いで疲れ切ったボルトロス・トルネロス・ランドロスの３体の伝説のポケモンを捕えようと企てていて…！？

ミロス島で無事復活草を手に入れたサトシたちは、ホドモエジムのジムリーダー・ヤーコンとやっとジム戦ができることになった。幼いころから鉱山をポケモンと一緒に拡げてきたヤーコンは、“じめん”タイプのポケモンを中心としたパワフルなバトルに自信たっぷりだ。

そして始まったジム戦。ヤーコンの一体目は“さばくワニ”ポケモンのワルビル、サトシは“ラッコ”ポケモンのミジュマルで勝負を挑む。ミジュマルはアクアジェットで果敢にワルビルを攻めるも、ワルビルが放ったすなあらしで目に砂が入ってしまう。以降、技がうまく決まらないミジュマルに対して、ワルビルは連続的に激しい攻撃を続ける。

絶対絶命かと思われたその時、サトシはある作戦を思いつくが…？

フキヨセシティに向けて旅を続けるサトシたちだったが、途中でピカチュウが“くっつき”ポケモンのバチュルに電気を吸い取られてしまう。ピカチュウを助けようとする、“トラップ”ポケモンのマッギョと“モモンガ”ポケモンのエモンガも同様に電気を吸い取られて、体力を消耗してしまっていた。

3匹を助けるためポケモンセンターに移動した一同は、ジョーイから本来ならその付近にバチュルはいないという話を聞く。不思議に思っていると、急いで駆けてきたベルがポケモンセンターに駆け込んできて、サトシと衝突してしまう。ベルはアララギ博士と連絡が取りたくて急いでいたというのだ。

なんとか電気石の洞窟にいるアララギ博士と連絡がついたベルだったが、ライブキャスターの通信が急に途絶えてしまう。どうやらアララギ博士のいる電気石の洞窟内では停電が起きているようで…。

ベルの“マイマイ”ポケモン・チョボマキとアララギ博士の“かぶりつき”ポケモン・カブルモを通信交換させる瞬間に立ち会うことになったサトシたち。でもベルのチョボマキは、おくびょうな性格で、交換する前にバトルさせるも、積極的な性格のカブルモに圧倒されてしまい、うまくいかない様子。そんな中、いよいよ通信交換開始！すると何と、チョボマキは“からぬけ”ポケモン・アギルダーに！カブルモは“きへい”ポケモン・シュバルゴへと進化！！ところが、ベルの元にやってきたシュバルゴはチョボマキとは打って変わって攻撃的すぎる性格で、さらに手を焼いてしまう。そんな時、アララギ博士の提案で、サトシ、デントとタッグバトルをするこのになるのだが・・・

フキヨセシティへ向け旅を続けるサトシたちは、伝説のポケモンの研究者・アララギ博士の父と出会う。そして博士から、かつて伝説と呼ばれしポケモン・ゼクロムと英雄が交信していたという遺跡が近くで見つかったのでこれから探索に行くと聞いたサトシたちは、一緒に連れて行ってもらうことに。ただ、遺跡には古代人のトラップが数多く仕込まれていてかなり危険な場所らしい。

そして、探索を始めると突然！遺跡の守り神“とりもどき”ポケモン・シンボラーに襲われ、何とか逃げ切ろうと広い部屋に置いてあった棺桶にかくれるサトシたち。ところが、そこにはなんと“かんおけ”ポケモン・デスカーンの姿が・・・そしてアイリスがミイラに！？果たしてサトシ達は無事にこの遺跡から脱出することが出来るのか！？

サトシたちの前に突如現れたサングラスをかけたワルビル。なんと！ピカチュウをライバル視するワルビルは、サトシたちをずっと追いかけてきていたのだった！そんな中、とある町で出会った少年ニックに、ピカチュウを貸してほしいと頼まれるサトシ。理由を聞くと、友達のグレンからポケモンバトルを挑まれたが、まだトレーナーではないためポケモンを持っていない様子。一方のグレンは、友達のセインにパパから借りてこさせた、“メガムカデ”ポケモン・ペンドラーと“しんどう”ポケモン・ガマゲロゲの２体。そこでピカチュウを貸してあげる事にするのだが…あと一体足りない。とその時、ワルビルが参戦すると言い出した。ピカチュウとワルビルのタッグ！いったいどうなるの？

旅の途中に迷い込んだ森で、ポカブとミジュマルがケンカを始めた。すると、突如“ずつきうし”ポケモン・バッフロンに襲われたサトシ達。なんとか逃げ切ったが、アイリス、ポカブ、ミジュマル、ツタージャ、キバゴは、サトシたちとはぐれてしまった。アイリスたちは、見回りに来ていたジョーイとタブンネに出会い、バッフロンの生息地に迷い込んでしまっていたことを知る。バッフロンは、生息地に入る者を敵とみなして攻撃する習性を持つという。そこで、バッフロンよけとして、アフロヘアーのウィッグをジョーイさんからもらい、かぶることに…。その姿を見て、お互いに笑ってしまったことが原因で、再びケンカを始めたポカブ、ミジュマル。そのケンカに巻き込まれたキバゴのウィッグが取れてしまったと同時に、１体のバッフロンの頭の中へ吹き飛ばされてしまう！どうなるキバゴ！？

遂にフキヨセシティに到着したサトシたち。フキヨセジムのジムリーダー・フウロの元へ向かったが、ジムは完全予約制。エアバトルといわれるバトルが行われるといい、早速、午後の部を予約したサトシ。まずは午前の部のジム戦の様子を見守ることに。なんと！エアバトルとは、お互いの手持ちポケモンを全て見せ合い、どんなバトルになるかをフウロが頭の中でシミュレーションし、実際にはバトルを行わずに勝敗を決めるものだった！一気に１５人ものチャレンジャーをさばくフウロ。その様子を見て「同じジムリーダーとして、断じて認めない！」と怒りが爆発するデントはフウロにジム戦を申し込む。「バトルはやってみなくちゃわからない！」というデントの呼びかけにフウロが応じ、実際にバトルを始めるが…！？

デントのバトルでの説得もむなしく、相変わらずエアバトルに自信満々のフウロ。同じくエアバトルに疑問を抱くサトシがジム戦を挑む。サトシのハトーボーに対し、フウロは進化系である“プライド”ポケモン・ケンホロウで迎え撃つ！スピード勝負の空中戦。一進一退の攻防が繰り広げられる。疲れの見えるハトーボーをモンスターボールに戻しピカチュウが応戦するも、でんきタイプのわざがことごとく封じられてしまう…！フウロのエースポケモン「スワンナ」に対するは、息を切らしたハトーボー…。その時、ハトーボーの様子が…！？ひこうタイプのポケモン同士のバトルの行方は！？果たして、６個目のバッジ「ジェットバッジ」ゲットなるか！？

セッカシティに向かうサトシたちは、偶然ケニヤンと再会を果たす。そこで「願いの鐘祭り」があることを知り、全員で参加することに。その祭りとは、パートナーポケモン１体とペアになり、様々な競技を勝ち抜くものである。優勝者には「どんな願いでも叶う」と云われる「願いの鐘」を鳴らす権利が与えられる。優勝を目指し気合いの入るサトシとピカチュウ。早速、借り物競争で「かみなりのいし」を探すことになるが、ピカチュウに触れるとライチュウに進化してしまう…！？そっくりさん大会では、アイリスがアララギ博士に！？デントはカミツレに完ぺきになりきるも大ブーイング！？数々の難問・珍問を破るサトシたちの影に、“ブレイン”ポケモン・リグレーを連れたサイキッカー・レイジの姿が…。

トアルタウンで開催されるバトル大会「ドンナマイト」に参加することにしたサトシたち。ケニヤンやベル、シューティーにラングレーなどおなじみのライバルたちも続々参戦を表明し、熱い火花を散らし始めた！

「ドンナマイト」の主催者は、ポケモンバトルクラブの道場主ドン・ジョージ。かくとうタイプのポケモンによる肉弾戦で有名な「ドンナマイト」ということで、サトシはかくとうタイプのズルッグをパートナーに選ぶ。

一回戦で、サトシはアッキーの“とげざる”ポケモン・ヤナッキーと激突！だが、とびひざげりに失敗したズルッグは、その場で動けなくなってしまい絶体絶命のピンチ！ヤナッキーのローキックが何度もさく裂し、痛烈な連続技を受けたズルッグは、バトルフィールドに倒れ込んでしまった。

もはやここまでか…誰もがそう思った瞬間、ズルッグはサトシの声に背中を押され、気合いで立ち上がった！…と、その時！？

ポケモンバトルクラブ　ドン・ジョージ主催のバトル・トーナメント「ドンナマイト」。白熱する第一回戦、アイリスはドリュウズをパートナーに選び、ポケモンソムリエール・カベルネのフタチマルを迎え撃つ。みずタイプのフタチマルに対し、じめんタイプをもつドリュウズは相性で不利だ…。さらに、カベルネとフタチマルのコンビネーションは、ポケモンソムリエ・デントの予想以上に成長していた…！どうするアイリス！？

続く、ラングレーＶＳグレースのバトル。ドラゴンバスター・ラングレーは、ドラゴンタイプのクリムガンとの対決に燃える！不気味な雰囲気を持つマサオミはパートナー・ナゲキと共に出場し、ドモンのコジョンドと激突するが…！？

熱闘が続く肉弾戦バトル・トーナメント大会「ドンナマイト」。一回戦最後のバトルでは、ベルのエンブオーとシューティーのローブシンが激突。最終進化形同士の対決となった！進化をして、さらにパワーアップしたローブシンに対し、エンブオーは苦戦を強いられ大ピンチ！！その時、ベルはとんでもない指示を出して…！？さらに、ケニヤンＶＳデントは大迫力のバトルを繰り広げる！ケニヤンのダゲキは、デントのヤナップの攻撃を次々にかわすと、渾身のからてチョップを打ち込む！だが、負けじとヤナップは、かみつく攻撃で形勢の逆転を狙う！ドン・ジョージに優勝候補と言わせしめたマサオミとナゲキは、余裕の表情で次々とバトルを勝ち進むが…！？

ますますヒートアップする肉弾戦バトル・トーナメント「ドンナマイト」。準決勝対戦カードは、ベルのエンブオーＶＳケニヤンのダゲキ。パワーが持ち味のエンブオーに対するは、スピードのダゲキ！ビルドアップにより攻撃力が増したダゲキは、得意のからてチョップでエンブオーに襲い掛かる…！ さらに、サトシＶＳマサオミのバトルが幕を開ける。マサオミのパートナー・ナゲキの気迫に圧倒されるサトシのズルッグ。ズルッグは、まだコントロールが完璧ではない「きあいだま」で勝負を掛ける！さらにズルッグの得意な接近戦に持ち込み、とびひざげりでナゲキのパワーに挑むが…！？どうなるサトシ！？決勝に勝ち上がり、優勝を手にするのは誰だ！？

セッカシティに向かう途中のサトシたち。サトシのクルマユ、アイリスのエモンガのバトルの練習中に、なんと、クルマユが“こそだてポケモン”ハハコモリに進化をした！ハハコモリは、挨拶代わりに葉っぱで服を作る習性を持つ。まずはピカチュウたちに葉っぱの服を作り、大喜びのキバゴには葉っぱの仮面も作ってあげたのだった。

その後、サトシたちはお昼寝をすることにしたのだが、キバゴがアイアントにさらわれてしまう。どうやら葉っぱの服を着たキバゴを食料と間違えてしまったらしい！キバゴを探すため、ハハコモリの糸を頼りに迷路のような巣窟を進むサトシたち。だが、そこには大量のアイアントが…！どうなるキバゴ！？

セッカシティに向かうためにネジ山の洞窟を抜ける途中、迷子になってしまったサトシたち。何かを打つ音がする方向を頼りに歩いた先で、フジオと出会う。フジオは大きな岩を持って興奮した様子。なんと！アマチュアポケモン考古学者として長年研究を重ねてきた、“こだいがめポケモン”プロトーガの化石を発掘したのだった。大昔に絶滅した、と云われるプロトーガ。だがフジオは、子供の頃、生きているプロトーガと遊んだことがあるという…。ネジ山の探検中に、突然、プロトーガのいる世界へタイムスリップした不思議な経験を持っていた。興味津々で話に聞き入るサトシたち。と、その時、ロケット団にプロトーガの化石を奪われてしまい…！？

「時の門」と呼ばれし、ネジ山に存在する時空のゆがみ。ロケット団は、「時の門」から過去の世界にタイムスリップすることを計画していた。絶滅したとされる過去のポケモン達を大量にゲットし、戦力を増強させてイッシュ地方の征服を目論んでいたのだった！！その「時の門」を安定させるには“こだいがめポケモン”プロトーガの生体エネルギーが必要なのだ…。

遂に、ロケット団の化石復元装置によって、プロトーガは現代の世界に復活させられてしまった。戸惑い、逃げ出すプロトーガ。サトシたちはプロトーガを保護し、森の中へ逃げ込むが、再びロケット団に襲われてしまう！すると突然プロトーガが光り始めて…！？一体どうなる！？

アスチルベタウンのバトルクラブで一休みをするサトシたち。そこで出会ったスワマという少年は、サトシのポカブの元トレーナーだった！なんと、「バトルの才能がない」という理由でポカブを捨てたスワマ。自分勝手な行動を非難したサトシに対し、スワマは「いかにポカブがダメなやつか、俺がダブルバトルで証明してやる！」という。一方ポカブは昔の思い出に浸り、バトルに気が進まない様子。ポカブの活躍ぶりや日々の努力を知るツタージャは、自分もバトルに出たいと申し出る。相手はほのおタイプの “アリクイポケモン”クイタランと、ポカブの最終進化形“おおひぶたポケモン”エンブオーだ。ツタージャは、不利な相性に負けじと気迫でバトルに挑む！その時ポカブが…！？

セッカシティ近くの山を旅するサトシたち。危うく崖から岩が落ちて来たところを、山のふもとで修業をしていたハチクと“とうけつポケモン”ツンベアーに救われる。実は彼らは、有名な映画「氷の三部作」に出演していた映画界の大スターだった。さらにハチクたちの修行風景も見せてもらい、映画ソムリエのデントは大興奮！

すると、突然山が暗雲に覆われていく…。心配になったハチクとサトシたちが山へ向かうと、ポケモンハンター・リンゾーが“ふゆうポケモン”ブルンゲル２体を率いて、山の守り神である“たいようポケモン”ウルガモスを捕獲していた！サトシはワルビルでバトルを挑むが、ワルビルも捕まってしまう！一体どうなる！？

７個目のバッジをゲットするため、セッカジムの門を叩いたサトシ。目の前には氷のバトルフィールドが広がっていた！ジムリーダー・ハチクはこおりタイプのポケモンの使い手だ。“ひょうせつポケモン”バニリッチに対するは、こおりタイプと相性の悪いワルビル！バニリッチは、反撃のスキすら与えず攻め続ける…！相当のダメージを負ったワルビルは一旦モンスターボールへと戻った。だが、こおりタイプに相性の良いかくとうタイプのズルッグが、ジム戦初出場にして大健闘！最後に迎えた敵は、白き氷の王・ツンベアー！サトシはワルビルの「絶対に負けない」という気持ちを買って勝負を掛ける！ツンベアーにライバル心を抱くワルビル！果たして…！？

残り１個のバッジをゲットするため、ソウリュウジムへ出発する準備をしていたサトシたち。すると、デントを探していたという男が現れ、３人は突然車の中へ押し込まれてしまう。サトシたちはチカクノタウンのお金持ち、ハットリ邸に到着。聞けば、ハットリ氏の愛娘モモッチが初めてポケモンを持つことになり、優秀なAクラスポケモンソムリエに、パートナーを選んでほしいというのだ。そこにもう１人招かれていたのはピノ・ノワール。“ねっこポケモン”チュリネがパートナーにふさわしいと断言するが、浮かない表情のモモッチ…。デントはモモッチの香りをヒントに吟味をする。そこへ、Sクラスポケモンソムリエ・タベルネが乱入！！なんだかどこかで見たことがあるような…！？

船着場へ向かうサトシたちは、偶然、ドラゴンバスター・ラングレーと“ブリザードポケモン”バイバニラに出会う。ラングレーは「ポケモンの能力を高めるコケ」をもらうために、テッシード研究所へ向かう途中だった。興味をひかれたサトシたちも研究所へ行くことに。コケは“とげのみポケモン”テッシードが岩や石の成分を体内に取り込むことによって作られていた。すると突然、電気石で実験中の部屋からコケが大量発生！研究所を覆い尽くしてしまう！！慌てて避難したサトシたち。だが、アイリスがキバゴ、ミジュマル、苦手なこおりタイプのバイバニラと共に、研究所の屋上に取り残されてしまった！バイバニラと迫りくるコケにおびえるアイリス…！一体どうなる！？

遂に、ジムがある港町へと到着したサトシたち。デントによると、この町には古くから映画の撮影所があり、最近では映画のアミューズメントパークも完成したのだという。そこで偶然、ルークと“わるぎつねポケモン”ゾロアと再会を果たす。映画監督を目指すルークは、そのアミューズメントパークのプレイベントに招待され、映画コンクールへ参加するためにこの町を訪れていた。コンクール参加者は、その施設の中の同じ設備・同じ設定で映画を作り、出来栄えを競うのだそうだ。ルークの提案で、サトシたちも映画づくりに協力することに。主人公は、イッシュ防衛隊・サトシ、ピカチュウ、チャオブー！主演女優のアイリスは、涙を流すのに大苦戦で…！？

イッシュリーグ出場をかけた8個目のバッジゲットのために、遂にタチワキジムの門をくぐったサトシ。ジムリーダーは、スーパーパンクバンド「ザ・ドガース」のホミカ! ジムは、なんとライブ会場兼バトルフィールドだった! バトル＆ライブ好きな観客に囲まれてアウェーな空気が漂うが、サトシはピカチュウの10万ボルトでさらに会場を盛り上げる。

一進一退の攻防が続く、タチワキジム: ジム戦! “メガムカデポケモン”ペンドラーに対し、サトシは“ひぶたポケモン”チャオブーで挑む! 相性の良さを生かして、有利にバトルを進めるサトシ! ところが、どくの攻撃を浴びせられたチャオブーは、徐々に体力を削られていく…。その時、ホミカがモモンの実を取り出して...!? イッシュリーグ出場をかけた8個目のバッジゲットなるか!? 果たして...!?

イッシュリーグが３ヵ月後に開かれることを知ったサトシたちは、デントの提案で、タチワキシティの名物・ツンベアーアイスを食べに行くことに。すると、なんとそこでシンオウ地方のチャンピオン・シロナと出会う！シロナは、カゴメタウンで開かれる「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」のエキシビションマッチに参加する予定だという。シロナのバトルが直接見られるだけでなく、その大会で優勝すれば、イッシュ地方チャンピオンのアデクとバトルができることを聞いたサトシたちは参加を決意。シロナと一緒にサザナミタウンへ向かう。その途中、とても珍しい“せんりつポケモン”メロエッタが目の前に現れる。だが、傷だらけのメロエッタは突然倒れてしまい…！？

イーストイッシュ、サザナミタウンに到着したサトシたち。先客がいるというシロナの別荘に向かう車中で突然“せんりつポケモン”メロエッタが姿を現した！どうやらメロエッタはサトシを気に入って、ついてきたようだった。そして、別荘で待っていたのは、ヒカリと“ペンギンポケモン”ポッチャマ！実はヒカリはポケモンコーディネーターとしての腕を磨くために、イッシュ地方へ上陸していた。ジュニアカップに向けて共に合宿をすることになったサトシたち！そこでデントは「ポケモンコーディネーターのポケモンのテイスティングがしたい」とヒカリにバトルを挑む！その様子をロケット団が監視をしていて…！？

サザナミタウン・シロナの別荘で、ジュニアカップに向けて特訓に明け暮れる日々のサトシたち。息抜きをしたいというヒカリの提案で、珍しい“いわへびポケモン”イワークがいるといわれる無人島へ遊びに行くことに。海岸沿いの洞窟を探検中に、突然イワークに襲われる。なんとか逃げ切れたものの、サトシたちはアイリス・ヒカリとはぐれてしまった。一旦海岸へ戻ることにした道の途中で、またもや巨大なイワークが襲い掛かってきた！！じめん・いわタイプのイワークに対して、みずタイプのミジュマルとポッチャマが力を合わせて撃退！だが、更にたくさんのイワークが飛び出してきた！！すると、メロエッタが歌を歌い始め、その姿が…！？

サザナミタウンで合宿中のサトシたちは、“ひょうけつポケモン”クマシュンを探す少年クリスと出会う。なんでも、クマシュンが密室であるはずのポケモンハウスからいなくなってしまったというのだ。心配になったサトシたちは一緒に探すことに。デントはソムリエ探偵としての力を発揮して、森の中で怪しい足跡を発見。この足跡の持ち主が、クマシュンを連れ去ったのだろう、と推理する。キバゴが果物の食べかすを見つけたことで、犯人に確信を持ったデントは、さらに森の奥へと進む。すると、目の前に、鼻水を垂らしながら果物を食べている“とうけつポケモン”ツンベアーが！まさか！？このツンベアーはクリスの…！？事件の真相やいかに！？

シロナの別荘で、朝の支度をしているサトシたち。すると突然、サザナミタウンの町中が停電になってしまった。ほどなくして、ジュンサーがシロナを訪ねて別荘にやってきた。ジュンサーによると、この町で有名な暴れ者の“ドラゴンポケモン”カイリューが原因で停電が起こったのだという。

だが、その話を聞いたアイリスは「絶対にドラゴンタイプには悪い子はいない！」と言い放ち、変電所へと駆け出してしまう。

アイリスに続き、サトシたちも変電所内部へ入ると、翼に傷を負ったカイリューが奥の部屋でうずくまっていた。だが、人間を警戒しているカイリューは暴れてしまう！天井が崩れたその時！アイリス、ミジュマル、ポッチャマが部屋に閉じ込められてしまい…！？

遂に「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」が開幕。優勝者はイッシュ地方チャンピオン・アデクとバトルができるのだ。

大会の目玉の一つ、エキシビションマッチはシンオウ地方チャンピオン・シロナの“マッハポケモン”ガブリアスＶＳイッシュ地方四天王・カトレアの“てんたいポケモン”ゴチルゼルのバトル。熱気に包まれた会場は、第一回戦でさらに盛り上がる。アイリスの“ドラゴンポケモン”カイリューＶＳドラゴンバスター・ラングレーの“とうけつポケモン”ツンベアー、大きな体の二体は迫力満点のバトル！カイリューは相性の悪いこおりタイプのツンベアーの攻撃を、なぜか真っ向から受けまくるのだった！困るアイリスの指示をことごとく無視し続けて、一体どうなる…！？

熱闘が続く「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！

アイリスのカイリューは、ポケモンコーディネーター・ヒカリの“２ほんキバポケモン”マンムーと２回戦でバトル！１回戦でカイリューとのコンビネーションに大苦戦していたアイリス。序盤は指示を聞いていたカイリューだったが、今回のバトルもアイリスの思うようにはうまくいかず…！？一方は抜群のコンビネーションのヒカリとマンムー。次々にわざをヒットさせる！このバトル、果たしてどうなる！？そして、デントはシューティーとドンバトル以来、２度目のバトル！“ロイヤルポケモン”ジャローダＶＳイシズマイ！ジムリーダーとしての威厳を掛けたテイスティングやいかに…！？

遂に準決勝を迎えた「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！

サトシはワルビルで、アイリスのカイリューとバトル。ここにきて、ようやくカイリューとの息も合ってきたアイリスは、バトルをしている感触をつかんだ自信を持ち、順調にわざを仕掛けていく！一方、ドラゴンタイプと相性が不利なワルビルは、カイリューのわざを大量に浴びたため大ピンチに！！しかし、その時ワルビルの姿が…！？

そして、サトシとアイリスの白熱のバトルが続く中、シューティーは、どちらが勝ち上がったとしても通過点にしか過ぎないと余裕の表情だ。イッシュ地方チャンピオン・アデクに勝つことだけが目的のシューティー…。果たして、優勝は誰の手に！？

「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」で優勝したシューティーは、アデクのバッフロンとジャローダでバトル！自分の強さをアデクに証明するため、バッフロンの特性や弱点を研究しつくし、万全の体制で挑んだシューティー。対するアデクは、チャンピオンとして堂々とその全てを受け止めるのだった。そこには思いもよらない結果が待っていて…！？

そして、大会を終えたヒカリとポッチャマは、ミクリカップに出場するためにジョウト地方へ発つことを告げる。サトシは、まだ手合わせをしていないヒカリにバトルを申し込む！ピカチュウＶＳ“かざんポケモン”マグマラシ。お互いのことを知り尽くした相手同士の、旅の成果とも言えるバトルが繰り広げられるが…！？

ジュニアカップの会場で出会った少年：コテツの、８個目のバッジゲットに付き合うことを決めたサトシたち。セイガイハジムへ行くことになった一行だったが、道の途中で、サトシとコテツはデント・アイリスとはぐれてしまう！おっちょこちょいなトレーナーに苦笑いする“はもんポケモン”リオルとピカチュウ。さらなる数々の試練が待っていて…！？

そして、コテツの特技に助けられ、どうにかジムへ到着！そこには水タイプジムらしい、湾の中に作られたフィールドが広がっていた。ジムリーダー・シズイは“ふゆうポケモン”ブルンゲル、対するコテツは“とげだまポケモン”ナットレイでバトル！１０まんボルトでブルンゲルに大ダメージを与えるが、そのあと、予期せぬ事態が…！？

イッシュリーグ出場に向けてシロナの別荘でトレーニング中のサトシたち。ズルッグときあいだまの練習をしていると、森の向こうから悲鳴が聞こえてきた！そこにはケンカをしている“ヒナわしポケモン”ワシボンと“おむつポケモン”バルチャイの姿が…！きあいだまの練習で飛んだ岩のかけらが頭に当たってしまい、ワシボンの勘違いでバルチャイのせいになってしまったようだった！

するとそこにポケモン保育園の新米保育士レイラ先生が現れ、２体はいつもこの調子でケンカをしてしまうのだと嘆く。保育園に戻っても相変わらずケンカの絶えない２体…。デントは、ポケモンソムリエとして原因を探ることに！そんな中、レイラ先生に注意をされたバルチャイが保育園から逃げ出して…！？

シロナの別荘で特訓中のサトシたち。「自分もバトルをしたい」とメロエッタがミジュマルに挑戦状を！その時突然、サトシたちを悪党だと思い込んだ青年ラリーと“ゴーレムポケモン”ゴルーグが攻撃を仕掛けてきた！とっさにメロエッタがサトシをかばい、サトシたちは誤解を解くことができた。

なんと、ラリーとゴルーグはメロエッタを保護するために、各地を探していたのだという。元々、森の奥深くにある秘密の場所に住んでいたメロエッタは何者かに襲われ、偶然サトシたちに出会ったのだった。

と、その時！怪しげな監視メカを見つけたサトシたち！この場所も危険であることがわかり、メロエッタを守るため、大急ぎで別荘を出たが、なんと目の前に突如ロケット団のボス・サカキが現れ…！？

イッシュ地方制圧計画「オペレーション・テンペスト」。ロケット団によって、海底の神殿に捕らわれてしまったメロエッタとサトシ、ピカチュウ。なんと、サカキはトルネロス・ボルトロス・ランドロス伝説の３体を使ってイッシュ地方を制圧しようと企んでいたのだった…。「うつしかがみ」の力で召喚された伝説の３体は、霊獣フォルムへとフォルムチェンジし、サカキの指示のもと暴走を始める！！なんとか脱出を果たしたサトシとピカチュウは、悲鳴を上げ、苦しみ続けるメロエッタの救出に向かう！！仲間のメロエッタを救うために、ピカチュウから放たれたエレキボールはとんでもないことに…！？サカキと、サカキの元に集うロケット団、サトシたちのイッシュ最大の戦いが始まる！！