Alors que Alexia guide Sacha jusqu'à sa terre natale, Kalos, Sacha brûle d'impatiente à l'idée de découvrir la nouvelle région. Une fois sur la terre ferme Alexia apprend à Sacha que sa sœur Violette a fermé son arène pour une durée indéterminée. Alexia propose alors à Sacha d'aller à la tour Prismatique pour affronter le champion. Sacha se lance alors seul à la découverte de Kalos.

Alors que Sacha conduit Grenousse en lieu sûr auprès du professeur Platane, ce dernier en profite pour lui exposer ses recherches sur la méga-évolution. La team Rocket intriguée décide d'agir et fini par mettre Carchacrok en colère. Ce dernier devenu incontrôlable, sème la panique dans tout Illumis. Sacha intervient pour calmer le Pokémon.

Sacha profite de son passage à un centre Pokémon pour s'inscrire à la Ligue de Kalos. Alors qu'il s'apprête à repartir, Lem et Clem décident de le suivre dans ses aventures. Alors qu'ils traversent la forêt , un Dedenne fait tomber accidentellement une baie sur la tête de pikachu ce qui pousse les deux rongeurs à se tenir tête. Alors que Dedenne va récupérer sa baie, Passerouge en profite pour la voler. Sacha décide alors de se lancer à la poursuite de Passerouge en compagnie de grenousse. Sacha finira alors par capturer son premier pokémon de Kalos.

Alors que le groupe fait une pause sur le chemin de Neuvartault, ils croisent à nouveau Dedenne. Clem veut absolument s'occuper du Pokémon et demande à son frère de le capturer. Pikachu suit Dedenne qui cherche à s'enfuir à travers un réseau de galeries souterraines. Alors qu'ils continuent à se battre, la team Rocket intervient et poussent les deux pokémon électriques à fuir. Une fois la team Rocket vaincue, Lem capture Dedenne et le confie à sa sœur.

Sacha, Clem et Lem arrivent à Neuvartault où notre héros va mener son premier match d'arène afin d'obtenir le badge Coléoptère. De son côté, Serena, à la recherche de Sacha, arrive elle aussi à Neuvartault...

Sacha décide de retourner à l'arène de Neuvartault après son entrainement afin de décrocher son premier badge de la ligue Kalos.

Séréna rejoint le groupe et ce dernier participe à une course de Rhinocorne.

Le groupe découvre le Pokémon Couafarel et le métier de Toiletteur Pokémon.

Alors que le groupe traverse à nouveau Illumis, Lem et Clem vont saluer leur père qui dévoile accidentellement au groupe que Lem est le champion d'arène D'Illumis. Lem avoue au groupe qu'il a caché cette information et que son arène est assiégée par un robot qu'il a créé. Lem va devoir affronter son robot afin de récupérer son arène.

Alors que le groupe profite de son passage à Illumis pour saluer le professeur platane, la team Rocket passe de nouveau à l'action et attaque le labo. Lem va faire équipe avec Marisson pour sauver sa sœur et les recherches du professeur.

Le groupe découvre la personnalité très spéciale des Pandespiègle et s'enfoncent dans une forêt de bambous. Cependant la Team Rocket va semer le trouble une fois de plus.

Alors que le groupe continue son chemin vers la seconde arène, il est arrêté par une course poursuite entre Daz, un braconnier accompagné de son Excavarenne et L'agent Jenny accompagné de son Elecsprint. Lors de cette course poursuite, Daz va accidentellement laisser tomber une cage contenant un Lépidonille. Sacha prend alors le petit pokémon sous sa protection et l'emmène au centre pokémon. Au centre Pokémon, Le Poké-groupe va s'allier à l'agent Jenny afin de libérer les pokémon détenus par Daz et ainsi mettre fin à son trafic.

Sacha affronte l'institutrice d'une crèche et rend visites aux enfants. Il va faire la rencontre d'un enfant effrayé par les Pokémon.

Sacha et ses amis s'abritent dans un manoir durant un orage. Très vite, ils ont l'impression que le manoir est hanté. Ils finissent par être séparés et Clem se retrouve seule...enfin presque. Un Psystigri désire jouer avec Clem...mais que fait ce Pokémon seul dans le manoir ?

En chemin vers Relifac-le-Haut, nos héros décident de camper pour la nuit. Lem utilise ses talents d'inventeur pour concocter un délicieux dîner, et pour le dessert, Serena propose à ses amis de savoureux macarons faits maison ! Mais le panier est vide, et Lem découvre rapidement que c'est une fois de plus Marisson qui a tout mangé !

Les Pokémon s'arrêtent dans un Centre Pokémon sur la route de Relifac-le-Haut. Ils y rencontrent une Dresseuse nommée Léna et sa petite soeur, Line.

Sacha quitte Illumis, accompagné de ses nouveaux compagnons, Clem et Lem. Sur la route, ils vont croiser un Dedenne et un Passerouge intéressants...

Sacha quitte Illumis, accompagné de ses nouveaux compagnons, Clem et Lem. Sur la route, ils vont croiser un Dedenne et un Passerouge intéressants...

Sacha quitte Illumis, accompagné de ses nouveaux compagnons, Clem et Lem. Sur la route, ils vont croiser un Dedenne et un Passerouge intéressants...

Sacha quitte Illumis, accompagné de ses nouveaux compagnons, Clem et Lem. Sur la route, ils vont croiser un Dedenne et un Passerouge intéressants...

Sacha quitte Illumis, accompagné de ses nouveaux compagnons, Clem et Lem. Sur la route, ils vont croiser un Dedenne et un Passerouge intéressants...

Sacha quitte Illumis, accompagné de ses nouveaux compagnons, Clem et Lem. Sur la route, ils vont croiser un Dedenne et un Passerouge intéressants...

Sacha quitte Illumis, accompagné de ses nouveaux compagnons, Clem et Lem. Sur la route, ils vont croiser un Dedenne et un Passerouge intéressants...

Sacha quitte Illumis, accompagné de ses nouveaux compagnons, Clem et Lem. Sur la route, ils vont croiser un Dedenne et un Passerouge intéressants...

Serena prouve une fois de plus ses talents de cuisinière, en préparant des Pofiteroles : des pâtisseries destinées spécialement aux Pokémon ! Mais soudain, un Cupcanaille dérobe l’une d’entre elles, et Serena se retrouve rapidement en guerre ouverte avec sa Dresseuse : Miette, qui pense que ses Pofiteroles à elles sont bien meilleures… et qui semble avoir des sentiments pour Sacha ! Serena et Miette décident de participer à un concours de Pofiteroles pour se départager, et sont toutes les deux sélectionnées pour la finale.

Sacha, Serena, Lem et Clem rencontrent Dianthéa, le Maître de la région de Kalos ! Le Professeur Platane est également sur place également, en train de faire des recherches sur le Gardevoir de Dianthéa, et sa Méga-évolution. Sacha défie Dianthéa dans un combat, et compte tenu de certaines circonstances exceptionnelles, elle accepte ! Cependant, l’affrontement est rapidement interrompu par la Team Rocket, qui emprisonne Gardevoir dans une cage d’énergie et s’enfuit !

Suite à un nouvel essai pour capturer Pikachu (et à un nouvel échec), la Team Rocket ourdit un nouveau plan : s’habiller comme Sacha, Serena et Clem, et se promener en ville en semant le désordre partout ! Lorsque nos héros arrivent en ville à leur tour, ils apprennent ce qui se passe, et promettent à l’Agent Jenny qu’ils éviteront de s’attirer des ennuis pendant qu’elle mène son enquête.

Par une belle journée ensoleillée, toujours en route vers la ville de Yantreizh, nos héros sont abordés par une Dresseuse énergique nommée Cornélia. Elle défie Sacha dans un combat, en espérant remporter sa quatre-vingt dix-neuvième victoire d’affilée, et elle y parvient ! Puis, Cornélia se présente : elle n’est autre que la Championne d’Arène de Yantreizh, et elle explique qu’elle s’est jurée de remporter cent victoires d’affilée avant de se rendre à Cromlac’h pour y découvrir une Méga-Gemme qui permettra à son Lucario de méga-évoluer.

Avec Cornélia, la Championne d’Arène de Yantreizh, nos héros sont arrivés à Chromlac’h, en quête de la Lucarite, la Méga-Gemme dont Lucario a besoin pour méga-évoluer. Un photographe indique à nos héros une grotte dans les montagnes, mais les avertit qu’elle est peut-être dangereuse. Et, en effet, au moment où ils arrivent devant l’entrée de la grotte, ils aperçoivent la Team Rocket, propulsée à l’extérieur par une force invisible ! Mais Cornelia est déterminée, et nos héros la suivent dans la grotte.

Sous les yeux ébahis de nos héros, le Lucario de Cornélia accomplit enfin la Méga-Évolution! Sacha défie immédiatement Méga-Lucario dans un combat Pokémon, et Cornélia accepte avec enthousiasme. Mais Lucario semble avoir un problème : il perd complètement le contrôle de lui-même, ignore les ordres de sa dresseuse, et devient fou de rage ! Il est sur le point de lancer une attaque sauvage sur Pikachu, épuisé, lorsque Cornélius envoie son propre Lucario pour l’en empêcher.

En route vers la Montagne du Zeste pour l'entraînement spécial que doit suivre Cornelia, les héros pénètrent dans une grotte où ils rencontrent une colonie de Sonistrelle agités.

Obéissant aux ordres de son grand-père, Cornélia est arrivée sur la Montagne du Zeste pour suivre un entraînement spécial avec Amalia, une dresseuse dont le coéquipier Pokémon, Mysdibule, est capable de méga-évoluer. Et nos héros ont décidé de vivre avec elle cette aventure. Après un combat rapide, Amalia suggère que les jeunes dresseurs se mettent à faire des montages floraux avec leurs coéquipiers Pokémon, ce qui surprend beaucoup nos héros !

En traversant la forêt qui les sépare de Yantreizh, nos héros ont le plaisir d’observer trois Pokémon qui s’entraident pour récolter des baies. Soudain, un Ursaring furieux apparaît, et s’empare des baies, laissant les trois Pokémon terrorisés ! Mais un courageux Brutalibré intervient et affronte Ursaring, donnant ainsi aux Pokémon de la forêt le temps de récupérer leurs baies. Mais Brutalibré s’interrompt pour prendre une pose artistique avant de lancer sa dernière attaque, ce qui permet à Ursaring de s’échapper.

Nos héros sont arrivés au majestueux Canyon de Kalos, et ils assistent à leur premier combat aérien : un combat en plein ciel entre deux Pokémon Vol et leurs dresseurs, qui portent des combinaisons ailées ! Après un cours accéléré, Sacha se sent prêt à essayer et il accepte le défi de Jade et de son Flambusard. Le Passerouge de Sacha veut combattre lui aussi, mais Flambusard veut un adversaire plus puissant : Brutalibré ! Passerouge se voit donc obligé de rester à l’écart, en compagnie de Clem à qui on a signifié qu’elle était trop petite pour participer.

Alors que nos héros explorent la Grotte Miroitante, nommée ainsi à cause des cristaux en forme de miroirs qu’elle contient, le propre reflet de Sacha agrippe Pikachu à travers l’un des miroirs ! Sacha se précipite derrière lui et se retrouve dans un autre monde, avec des Lem, Clem, et Serena très différents de ceux qu’il connaît.

En chemin vers Yantreizh, Lem propose un Combat Duo pour aider Sacha dans son entraînement en vue de son prochaine combat d’Arène. Grenousse et Brutalibré vont faire équipe avec Sacha et affronter les Pokémon de Lem. Mais les styles de combat de Brutalibré et Grenousse sont très différents et ils ne s’entendent guère... Sacha essaye de mettre au point avec eux une attaque combinée qu’il a baptisée : Super flying coupe, lorsqu’il est entraîné dans les bois par un mystérieux Pokémon de la forêt nommé Desséliande !

C’est l’époque du camp d’été annuel du Professeur Platane, et Sacha, Serena, Lem et Clem sont invités ! Cette semaine de stage a pour but de renforcer encore les liens qui unissent les Dresseurs et leurs Pokémon. Bien sûr, les bandits de la Team Rocket sont là aussi, déguisés en chefs. Très vite, nos héros se font de nouveaux amis : le danseur Tierno et son pétillant Carapuce, le photographe Trovato et son joyeux Salamèche, et la Concurrente Sannah et son hautain Bulbizarre. Après un combat amical, les nouveaux amis parlent de leurs rêves d’avenir, et Serena réalise qu’elle ne sait pas trop pourquoi elle voyage...

Le troisième jour du camp d’été Pokémon du Professeur Platane, toutes les équipes doivent réaliser leur propre vidéo pour Pokévision. En cherchant un lieu idéal pour le tournage, Serena et Sacha tombent dans un ravin ! Sacha se tord la cheville, et tandis que le Professeur Platane organise une mission de secours, Serena et notre héros parlent de la poursuite de leurs rêves. Après le sauvetage, Serena dirige le tournage de l’équipe Grenousse et lorsque les stagiaires votent pour leur séquence préférée, nos héros arrivent en tête ! Ils sont maintenant à égalité avec leurs amis de l’équipe Carapuce, tandis que leurs aventures au camp d’été continuent !

C'est le jour de la Course d'Orientation Pokémon au camp d'été du Professeur Platane ! L'équipe Grenousse de nos héros et l'équipe Carapuce de leurs amis sont au coude à coude lorsqu'un brouillard épais les enveloppe, séparant Clem et Pikachu du reste de l'équipe. Tierno, Trovato et Sannah décident de renoncer à la course pour aider Sacha,Serena et Lem à les retrouver. Les deux équipes ne gagneront aucun point. Mais grâce à leurs efforts conjugués, Clem et Pikachu sont retrouvés sains et saufs ! De plus, lors de leurs recherches ils ont aperçu un mystérieux Pokémon capable de faire éclore les fleurs...

C'est le dernier jour du camp d'été et la Team Rocket décide qu'il est temps de passer à l'action. Les bandits laissent tomber leurs déguisements de cuisiniers et tentent de voler des Pokémon, mais ils sont très vite envoyés vers d'autres cieux. L'équipe Grenousse et l'équipe Carapuce s'affrontent ensuite en finale, lors d'un combat où les trois Dresseurs doivent combiner les attaques de leurs Pokémon. Comme d'habitude, les mouvements de danse de Tierno leur donnent du fil à retordre mais nos héros gagnent tout de même.

Nos héros sont arrivés à Yantreizh mais l'Arène se trouve à l'intérieur de la Tour Maîtrise, située elle-même sur une île à laquelle il semble impossible d'accéder. Cornélia vient à leur rencontre et leur conseille d'être patients, ce qui donnera à Sacha plus de temps pour s'entraîner ! Les Pokémon de notre jeune Dresseur ont bien assimilé le style de combat rythmique de Tierno, mais Sacha, par contre, ne semble pas avoir les talents de danseur nécessaires pour y arriver.

Le combat de Sacha contre Cornélia à l'Arène de Yantreizh commence enfin ! Et c'est le Brutalibré de notre héros qui se trouve face au Kungfouine de la Championne. Sacha tente d'utiliser le style de combat rythmique que Tierno lui a appris, mais cela ne lui réussit guère. Finalement, il se souvient d'une remarque de Serena : il a un style unique et bien à lui ! Sacha décide alors de combattre à sa manière. Suite à ce changement de tactique, Brutalibré gagne et Sacha choisit alors Braisillon, qui l'emporte sur le Machopeur de Cornélia.

En route vers Port Tempères, nos héros rencontrent un Dresseur nommé Édouard et son Mistigrix, un mâle à la superbe fourrure. À travers les arbres, Marisson observe une femelle Mistigrix et se lance à sa poursuite, suivi par Clem (qui est furieuse contre Lem parce qu’il l’oblige à manger ses légumes).

La Team Rocket s’attaque à un Drattak et fixe sur son front un appareil qui est censé le faire dormir, mais les choses ne se passent pas comme prévu et le Drattak devient fou de rage ! Pendant ce temps, nos héros se sont arrêtés dans un Centre Pokémon, où l’infirmière Joëlle est submergée par un nombre impressionnant de Pokémon, blessés par ce même Drattak. Pour ne rien arranger, son assistant, Grodoudou, est un débutant timide et maladroit.

Nos héros retrouvent Sannah, leur amie du camp d’été, qui les a invités à assister à leur premier Salon Pokémon ! Aria, la Reine de Kalos, ouvre le spectacle en exécutant un fabuleux numéro avec son Roussil. Mais, tandis que l’épreuve commence, un Pandespiègle sauvage déboule sur la scène, interrompant ainsi le spectacle. Sacha est déçu mais Sannah et Serena sont très heureuses d’avoir pu assister au numéro d’Aria. Et Sannah a déjà beaucoup de projets pour sa participation au prochain Salon Pokémon !

Lem fait visiter à nos héros l’école où il a étudié les Pokémon de type Électrik. Il a obtenu avec succès son diplôme de fin d’études en inventant un appareil qui stocke l’électricité, pour que tout le monde puisse l’utiliser. C’est un ami Pokémon, Lixy, qui lui en a donné l’idée. La Team Rocket est bien décidée à voler toute cette électricité, mais un Luxio sauvage qui vit près du transformateur éveille l’attention de tout le monde. Et lorsque Luxio (la forme évoluée de Lixy) lance à Lem un regard de mépris, le jeune inventeur se souvient...

Tandis que Sacha et Serena s’entraînent et que Lem travaille à ses inventions, Clem explore la forêt. Elle y rencontre trois enfants qui se font appeler les Forces de Défense des Lokhlass. Ils montrent leur cachette à Clem et lui présentent leur ami Lokhlass, qui se remet d’une blessure et semble fiévreux. Les trois enfants ne font pas confiance aux adultes, mais quand Sacha, Serena, et Lem arrivent, à la recherche de Clem, ils acceptent de laisser l’infirmière Joëlle faire une visite à domicile dans leur cachette.