En route vers Auffrac-les-Congères, Clem découvre un petit Pokémon vert qui se cache dans son sac. Le Pokédex ne peut pas l’identifier, elle décide donc de l’appeler Pouic. Peu après, nos héros retrouvent leur ami Liam et son Massko. Les retrouvailles sont bientôt interrompues par un groupe de gens habillés en rouge et portant de curieuses lunettes, qui semblent déterminés à mettre la main sur le nouvel ami de Clem.

En chemin vers Auffrac-les-Congères, Sacha et ses amis appellent le Professeur Platane pour en apprendre davantage sur le nouvel ami de Clem : Pouic ! La Team Rocket est très excitée d’apprendre qu’il s’agit peut-être d’un nouveau Pokémon, et commence à ourdir un plan... Plus tard, tandis que Serena et Évoli répètent, un Boguérisse sauvage surgit soudain de la forêt et exécute devant Évoli une attaque Fouet Lianes en forme de cœur, pour lui offrir ensuite un bouquet de fleurs.

Alors que nos héros traversent une vallée verdoyante, ils entendent au loin un puissant hurlement ! C’est le chef d’une tribu de Némélios, qui ordonne avec fermeté à un jeune Hélionceau de quitter la tribu pour s’en aller vivre seul. Le premier réflexe de Sacha est d’intervenir, mais après avoir réalisé qu’il s’agit d’un rite de passage nécessaire, il convainc ses amis de suivre le jeune Hélionceau à distance pour pouvoir garder un œil sur lui.

Nos héros campent à la belle étoile pour assister à une pluie de météorites, puis se blottissent dans leurs sacs de couchage. Pendant la nuit, Pikachu et Miaouss, de la Team Rocket, ont soif et se rencontrent alors qu’ils essaient de trouver de l’eau. Ils se retrouvent immédiatement embarqués dans la plus étrange des aventures. Leurs amis Pokémon parlent tous comme des humains, tandis que leurs amis humains ne peuvent plus faire que des bruits de Pokémon. De plus, tous les Pokémon semblent être capables d’évoluer à volonté !

Au beau milieu d’une pause-déjeuner, nos héros sont agréablement surpris par l’apparition de leur ami Sanpei et de son Amphinobi. Tous deux se dirigent vers le village Ninja, et nos héros sont invités ! Là-bas, ils rencontrent les frères de Sanpei : Ippei et Nihei, ainsi que le chef du village, Hanzo, et son assistante, Shinobu. Tous sont très impressionnés par les progrès qu’a faits Sanpei, en tant que Ninja et en tant que Dresseur. Nos héros sont émerveillés par tous les Pokémon étonnants qui se trouvent là-bas…

Alors que nos héros sont en visite dans le Village Ninja natal de leur ami Sanpei, le chef Hanzo est capturé par un groupe de mystérieux ninjas ! Leur chef est Kagetomo, un Ninja talentueux, persuadé qu’il devrait être chef à la place d’Hanzo. Sanpei et ses frères sont bien décidés à libérer leur chef, et ils affrontent courageusement Kagetomo et ses hommes de main, avec l’aide de Sacha, Serena et Clem. Au cours du combat, le Croâporal de Sacha évolue en un Amphinobi particulièrement puissant !

Serena, son amie Nini et Jessili vont concourir lors du Salon Pokémon de Mozheim ! La première épreuve est un concours de Pofiteroles. Mais il ne s’agit pas seulement de cuisiner ! Les Artistes doivent aussi faire preuve de grâce et de créativité. Ensuite, ce sera le tour de l’épreuve libre et des débuts sur scène d’Évoli ! Serena et Évoli dansent ensemble tandis que Roussil dessine un cercle de feu tout autour d’eux, et en guise de finale, Évoli saute gracieusement par-dessus la branche enflammée de Roussil !

Tandis que nos héros pénètrent dans la Grotte Coda, Pouic file à toute allure ! Avant que les autres ne puissent le rattraper, Pouic envoie un message à un Pokémon qui lui ressemble. Ceci alerte la Team Flare, et ils se dispersent pour attraper Pouic et son ami, Z2 ! Tandis que la Team Flare se rapproche, Pouic appelle de nombreuses Cellules et fusionne avec elles pour devenir un redoutable Pokémon à quatre pattes. Il lance une attaque dévastatrice sur la Team Flare mais, comme cela ne suffit pas, Sacha fait intervenir son Amphinobi, et tout deux semblent combattre comme s’ils ne faisaient qu’un ! La Team Flare finit par battre en retraite, mais Pouic a disparu. Nos héros se mettent en route pour le retrouver... tandis que la Team Flare surveille chacun de leurs mouvements.

Tandis que nos héros continuent à chercher Pouic après leur rencontre avec la Team Flare, des Coatox en colère les font tomber dans un précipice ! Sapereau s'élance vers Clem pour arrêter sa chute, mais il est blessé. L'Iinfirmière Joëlle dit qu'elle a besoin de Chavrifeuille, une plante médicinale, pour soigner Sapereau. Se sentant coupable, Clem s'enfuit discrètement pour aller en chercher. Les autres la rattrapent bientôt, et ils travaillent ensemble pour trouver du Chavrifeuille au sommet d'une montagne... Tandis que Pouic les observe, impressionné par la détermination de Clem. Bientôt, Sapereau est guéri... Et, alors que nos héros allaient se remettre à la recherche de Pouic, ils le découvrent sain et sauf dans la sacoche de Clem !

Dans une belle prairie, le Sonistrelle de Sacha rencontre par hasard un Chapignon, qu'il attaque avec ses spores empoisonnées. Lem n'a pas d'antidote, mais un Floette qui passait par là voit Sonistrelle en détresse et utilise Aromathérapie pour le soigner. Un brusque coup de vent emporte Floette, et Sonistrelle prend son envol pour secourir son nouvel ami...

Serena reçoit une invitation du maître de cérémonie des salons Pokémon, Jean-Paul, qui organise une soirée dansante ! Tout le monde veut s'y rendre, mais on ne peut assister au bal qu'avec un cavalier. Serena demande à Lem, plutôt nerveux, de lui rendre ce service. La rivale de Serena, Miette, propose à Sacha de l'accompagner...

Sacha et Liam livrent un combat, et Amphinobi et Jungko, maintenant évolués, sont passionnés par cette revanche ! Non loin de là, Alain, qui est en voyage pour étudier la Méga-Évolution, s'arrête pour regarder le combat, et il est très intrigué de voir qu'Amphinobi semble se transformer, juste avant de vaincre Jungko. Alain veut en savoir davantage sur les possibilités de l'Amphinobi de Sacha, et il le met au défi de combattre son Dracaufeu. Lorsque Dracaufeu méga-évolue et qu'Amphinobi change à nouveau d'apparence, le combat devient intense ! Amphinobi finit par être vaincu mais tous souhaitent en savoir plus sur cette mystérieuse transformation ! Pendant ce temps, les expériences de la Team Flare semblent progresser...

A la recherche de la Team Flare et de Pouic, la Team Rocket rencontre un Pokémon qui lui ressemble, celui que l'on connaît sous le nom de Z2. Les deux équipes s'affrontent, et Z2 change plusieurs fois de ravisseurs jusqu'au moment où il fusionne avec de nombreuses cellules pour devenir un Pokémon reptilien puissant et menaçant, dont les attaques bousculent ses ravisseurs...

Nos héros rencontrent un robot démodé qui plante des graines dans une terre aride, et son protecteur, un puissant Blindépique. Ils font la connaissance du petit-fils de l'inventeur et apprennent que Robon a reçu pour mission de faire repousser la forêt qui recouvrait autrefois la région. Mais ses efforts sont restés vains, et Robon commence à se fatiguer...

Nos héros sont à Fleurville pour le prochain Salon Pokémon de Serena, qui espère remporter sa troisième Clé de la Princesse et se qualifier pour l'épreuve des élues. Elle doit affronter la favorite de la ville : Amélia, qui fait une excellente prestation. Serena et ses Pokémon font passer l'amusement avant la perfection, et l'emportent...

Une fois n'est pas coutume, Sacha, Serena et Clem ont du mal à rester à la hauteur de Lem, qui se précipite pour assister au festival en l'honneur du Pokémon légendaire Électhor, qui arrive en lançant autour de lui de redoutables éclairs. Nos héros se réfugient dans une grotte, et y rencontrent un infirmier blessé qui leur demande d'apporter un médicament à l'hôpital...

Nos héros veulent admirer une pierre précieuse exposée dans une vitrine, mais tout est annulé lorsqu'un certain Maître des Serrures force le verrou. Ce mystérieux personnage s'attaque toujours aux serrures de Monsieur Ed, le serrurier, dont l'apprenti vient de disparaître...

Le moment est venu de l'épreuve des élues du Salon Pokémon, et les amies et rivales de Serena sont là pour participer : Sannah, Miette et Nini. Pour la première fois, les artistes vont devoir faire un spectacle par groupe de trois lors d'une épreuve libre, et celle des trois qui recueillera le plus de vote pourra continuer le concours. Dans le groupe de Nini, Jessie l'emporte tandis que Serena l'emporte sur Miette...

Lors des demi-finales de l'épreuve des élues, Serena doit affronter Jessie et Sannah afin de défier Aria et de conquérir le titre de Reine de Kalos. Tandis que Palermo l'observe, Serena fournit une magnifique prestation avec ses trois coéquipiers Pokémon...

Clem tente toujours de trouver quelqu'un pour prendre soin de son grand frère, jusqu'au jour où une jeune fille accepte. Lison cherche un associé pour succéder à son père à la tête de sa société de robotique. Elle a également un Laporeille qui semble particulièrement apprécier le Sapereau de Lem. Tout semble se mettre en place, mais Clem est terriblement malheureuse...

Le guitariste rockeur Aurèle et son Pikachu, Pikou, sont toujours à la recherche d'autres puissants dresseurs de Pikachu à combattre et la Team Rocket leur indique Sacha. Mais il est couché avec une forte fièvre et quand Aurèle se montre, Serena ne sait pas quoi faire : elle sait que Sacha est toujours prêt à combattre, mais cette fois, il a besoin de repos...

Lem se pose des questions sur les mystérieux changements qui affectent parfois Sacha et Amphinobi lors des combats, et il veut découvrir le fin mot de l'histoire grâce à la science. Il défie Amphinobi dans un combat contre son Luxray tandis que le Mini Lemrobot se livre à une analyse, mais il ne se produit rien d'inhabituel. Tandis qu'Amphinobi récupère, Alain et son Dracofeu s'arrêtent dans le même centre Pokémon et acceptent avec enthousiasme de livrer le prochain combat...

La Team Rocket trouve de délicieux macarons dans la forêt et se met à les dévorer avec enthousiasme, lorsque les bandits sont attaqués par un groupe de Brocélôme, qui pensent que ces friandises sont à eux. Mais un petit Brocélôme d'une couleur inhabituelle est accidentellement envoyé vers d'autres cieux avec eux. Le Brocélôme effrayé atterrit au milieu de nos héros, qui lui présentent de nouveaux amis et promettent de le ramener chez lui...

Après avoir entendu l'inquiétante prédiction de la championne Astera, le maître Dianthéa rend visite à Sacha et ses amis, juste au moment où Sacha et Amphinobi se livrent à un entraînement spécial. Pour en savoir plus sur les liens qui les unissent lors des combats, Dianthéa le défie, et Sacha saute sur l'occasion. Le Gardevoir de Dianthéa esquive facilement toutes les attaques, jusqu'à ce que Sacha et Amphinobi commencent à fusionner...

En chemin vers Auffrac-les-Congères, Sacha et ses amis rencontrent Liam, qui a déjà gagné son huitième Badge d'Arène. Sacha veut lui montrer ce qu'il a appris au sujet d'Amphinobi, et Liam veut lui prouver qu'il est devenu très fort. Ils décident donc de livrer un combat. Après quelques tactiques bien menées par Liam, le combat s'achève sur un affrontement entre Amphinobi et Jungko...

Sacha et ses amis arrivent à Auffrac-les-Congères, et Sacha est plein d'enthousiasme à l'idée de remporter son ultime Badge d'Arène. Urup, le champion, commence par appeler son Blizzaroi, dont le talent fait tomber la grêle sur une zone de combat déjà glacée. Brutalibré l'affronte et remporte la première victoire, puis Urup appelle son Séracrawl, que la grêle soigne quand il encaisse des dégâts...

Sacha est seul dans la forêt, après avoir été vaincu à l'Arène d'Auffrac-les-Congères. Serena va le rejoindre, mais ils se disputent et elle s'enfuit, en colère, après avoir crié à Sacha qu'il était grand temps qu'il redevienne lui-même. Peu après, une tempête se lève et Sacha s'abrite dans une grotte, en compagnie de quelques Pokémon effrayés...

Après avoir pris un peu de temps, Sacha est de retour à l'Arène d'Auffrac-les-Congères pour sa revanche avec Urup. Les choses se passent différemment lors de ce combat : Urup met Sacha au défi de livrer un combat brûlant...

Sacha et ses amis vont rendre visite à Muplodocus dans le marais où il vit à présent, lorsqu'ils rencontrent un groupe de Strassie déconcertés : un de leurs amis leur joue un tour en refusant de les rejoindre. Tout le monde participe aux recherches, mais les Strassie tombent dans un piège et deviennent des pièces d'un robot de la Team Rocket...

Serena et Clem ont bien du mal à suivre Lem. Il est pressé d'aller au Festival des mécanismes, un endroit où d'espiègles inventeurs exposent leurs créations mécaniques...

Sacha et ses amis arrivent enfin à Illumis pour la ligue de Kalos, où ils retrouvent Tierno, Trovato et Alain. Le premier appariement oppose Trovato et Alain, au cours duquel Trovato montre à quel point il a progressé. Sacha est quant à lui retenu par un adversaire obstiné...

Lors de la Ligue de Kalos, Sacha l'emporte sur Astrid et son Méga-Absol, se qualifiant ainsi pour les demi-finales, comme Alain l'a fait avant lui. Il ne reste plus qu'une place à prendre, et Tierno et Liam s'affrontent pour la conquérir ! Tierno et son Pokémon semblent en forme en entamant leur combat rythmique, mais Liam - le fin stratège - les a bien observés, et il sait à quoi s'attendre. Il a aussi sa propre arme secrète, et la Méga-Évolution de son Jungko marque la fin du combat !Liam et Sacha vont s'affronter lors des demi-finales, dans un combat à six contre six. Or Sacha ne voyage qu'avec cinq Pokémon... Mais Kalyan arrive, accompagné de Muplodocus pour compléter l'équipe !

Alain et Enzo combattent lors des demi-finales de la ligue de Kalos, et il semble évident que les deux dresseurs sont des rivaux enragés mais le Méga-Carchacrok d’Enzo ne fait pas le poids devant le Méga-Dracofeu d’Alain, et c’est Alain qui se qualifie pour la grande finale.

Sacha et Pikachu affrontent l’Exagide de Liam lors des demi-finales de la Ligue de Kalos. Liam lance un défi stratégique à Sacha, lorsque son Exagide coupe tous les arbres de la zone de combat, mais Sacha et Pikachu réussissent à retourner la situation à leur avantage et Exagide est vaincu. On assiste ensuite à deux égalités inattendues : le Bruyverne de Sacha et le Drattack de Liam se mettent mutuellement hors de combat, et la même chose se reproduit ensuite avec le Muplodocus de Sacha et le Cupcanaille de Liam !

Au cours de la journée qui précède la finale de la Ligue de Kalos qui opposera Sacha et Alain, nos héros rencontrent la jeune amie d’Alain : Martine, alors qu’elle porte secours au Marisson de Lem, qui s’était perdu ! La Team Flare se trouve également à Illumis, pour préparer une mystérieuse opération tandis que tous les yeux sont fixés sur la Ligue. Quant à Lysandre, il a des projets pour Sacha, lorsque la Ligue sera terminée. Pendant ce temps, le Professeur Platane, qui a fait des recherches sur Sachanobi, montre à notre héros un vieux manuscrit décrivant le mystérieux Phénomène du Lien, qui exige qu’un dresseur et son Pokémon entretiennent une relation particulière. Plus tard, Sacha encourage ses Pokémon pour le combat qui les attend, tandis qu’Alain s’entraîne dur avec Dracofeu. Leur mission : récolter l’énergie de la Méga-Évolution, est presque terminée...

La finale tant attendue de la Ligue de Kalos commence enfin, et Sacha va devoir affronter Alain dans un combat à six contre six ! Les deux adversaires semblent à égalité, et les défaites se succèdent de part et d’autre : Pikachu vainc Tyranocif, puis est remplacé par Bruyverne qui s’incline devant le Dimoret d’Alain. Brutalibré vainc Dimoret puis est lui-même vaincu par le Scalproie d’Alain. Ensuite, le Flambusard de Sacha et le Déflaisan d’Alain s’éliminent l’un l’autre après un spectaculaire combat aérien, réduisant les adversaires à trois contre trois.

La grande finale de la Ligue de Kalos qui oppose Sacha et Alain bat son plein, et le Dracaufeu d’Alain ne tarde pas à vaincre un Pikachu épuisé. C’est ensuite au tour du Scalproie d’Alain de vaincre Muplodocus avant de succomber devant Amphinobi. Le dernier combat, comme les deux Dresseurs l’avaient espéré, se déroulera donc entre Sachanobi et Méga-Dracaufeu X ! Les attaques et les stratégies sont rapides et efficaces, mais au final, Méga-Dracaufeu X l’emporte et c’est donc Alain qui gagne la Ligue de Kalos !

La cérémonie de clôture de la Ligue de Kalos est interrompue par des plantes géantes surgissant de partout dans le stade et menaçant même la ville d’Illumis ! Lysandre diffuse alors le message de la Team Flare : ils veulent créer un ordre nouveau, un Nouveau Monde où seuls les « élus » pourront les rejoindre ! Sacha et Alain s’élancent pour secourir Martine, mais Sacha est choqué de découvrir qu’Alain travaille avec Lysandre, et la Team Flare emprisonne Sacha au sommet de la Tour Prismatique.

Tandis que Lysandre poursuit son plan pour prendre le contrôle d’Illumis, nos héros font de leur mieux pour le vaincre. Sacha et ses Pokémon ont été capturés mais, quand Alain réalise que son travail avec Lysandre a mené à ce désastre, il les aide à se libérer. Sacha et Alain unissent leurs forces pour défier Lysandre dans un combat.

Lysandre continue à menacer le monde, mais nos héros se sont séparés et luttent sur tous les fronts ! Sacha et Alain affrontent Lysandre, tandis que Malva se range à leurs côtés. Pendant ce temps, Clem affronte le Zygarde menaçant, en chantant courageusement sa chanson à Pouic, à travers ses larmes... et l’influence de la Team Flare se dissipe au fur et à mesure que Zygarde reprend contact avec son amie.

La Team Flare semble vaincue pour l’instant—Lem a détruit le système de contrôle, même si le prix à payer a été élevé, et Alain et Sacha ont poussé Lysandre dans ses derniers retranchements. Mais en disparaissant, le bandit a promis que son monde nouveau verrait le jour…

Une étonnante assemblée de Dresseurs et de Pokémon puissants—comprenant les Champions d’Arène de Kalos et deux Maîtres—sont venus aider nos héros à arrêter la Team Flare ! Ce travail d’équipe permet à Sacha et Alain de sauver Mariss’ de la Pierre Géante, qui semble être vaincue… jusqu’à ce qu’elle surgisse à nouveau, sous le contrôle de Lysandre !

L’Arène d’Illumis a subi beaucoup de dégâts, mais tous travaillent dur pour la remettre en état. Le Lemrobot aussi est de retour, même si Lem n’a pas pu restaurer sa mémoire. Et lorsqu’un jeune Dresseur arrive à l’Arène, le Lemrobot peut vivre son premier combat Pokémon… et il en apprécie chaque minute ! Il demande à Lem de tout lui apprendre sur les Pokémon, et Lem est heureux de rétablir leur amitié.

La ville d’Illumis a presque retrouvé son état normal, et Serena a une idée pour fêter ça ! Avec l’aide du Professeur Platane, Sannah et elle organisent un spectacle ouvert à tous ! Elles sont bientôt rejointes par leur rivale de la catégorie « confirmées », Jessili, et la représentation est un grand succès ! Serena veut continuer à se produire sur scène mais hésite sur les étapes à suivre.

Après avoir ramené Muplodocus chez lui, nos héros voient soudain jaillir du sol une plante comme celles que la Team Flare avait lancées sur Illumis ! Le savant Xanthin tente de poursuivre l’œuvre de Lysandre et tente même de contrôler l’esprit de Lem ! Mais ce dernier est trop intelligent pour ça. Il se protège grâce à l’une de ses inventions, et Xanthin est arrêté. Quand une autre plante attaque nos héros, ce sont Pouic et Zygarde qui se portent à leur secours, et leur font une demande difficile.

Sacha s’apprête à prendre l’avion pour Kanto, et Serena à s’envoler pour Hoenn. Lem et Clem sont venus leur dire au revoir à l’aéroport d’Illumis mais Dedenne ne semble pas d’accord. Au moment où Clem lui dit de faire ses adieux, il s’enfuit ! Clem le réconforte avec des mots touchants sur la nécessité pour chacun d’entre eux de poursuivre leurs rêves. Vient ensuite le moment des adieux à Serena. En attendant l’avion de Sacha, Lem a une excellente idée : livrer un dernier combat, avec Sapereau et Pikachu, comme le jour de leur rencontre !

Le Professeur Platane et Alexia explorent des ruines et découvrent la statue de pierre d’une jeune femme nommée Agnès. Une légende leur revient. Le bien-aimé d’Agnès, Yann, aurait tenté de vaincre le Pokémon Destruction Yveltal. Mais c’est le jeune homme qui a été vaincu, et après avoir anéanti toute vie dans le pays et changé Agnès en pierre, Yveltal se serait transformé en cocon.

Citron visits Kalos to sight-see and enters a fishing competition. Dent uses a fishing machine. Citron calls it deplorable and dismisses him as ignorant. Although unimpressed with his company, Citron agrees to being shown around Lumiose.