今天宝可梦学校的日程是、在体育馆进行舞台剧发表会。小智和宝可梦学校的伙伴们在紧张的同时在大家的家人面前表演了戏剧。在那里，捡到小智掉落的戏剧剧本的火箭队闯入了…。发表会到底会变成什么样呢！？

某一日的水莲家。诗婷和诗涵告诉水莲她们想去鬼屋。在宝可梦学校里，水莲向大家提到了此事，偶然从乌拉乌拉岛来的阿塞萝拉提出了一个想法，在宝可梦学校建立一座破旧的宅邸！到底能做什么样的鬼屋呢！？

以维拉火山为中心产生了强烈的磁异常！因为可能会对侦测究极异兽出现的系统产生影响，究极防卫队前往调查原因。最终，小智等人能够查明磁异常的原因吗！？

小智等人来到了以太乐园。正好在同一时候，火箭队也偶然来到了以太乐园。火箭队的目的是把乐园中被保护的宝可梦们全部窃取过来。在那样的情况下，却不知为何出现了一只死缠不放的童偶熊…！？

在森林中，小智偶然遇到了国王·哈拉的孙子·哈乌。哈乌知道了小智是为了迎接考验而前往森林进行特训后，决定和小智展开对战。木木枭和投羽枭，到底赢的是哪一方！

小智等人来到了人气电视剧《阿罗拉侦探拉奇》的拍摄现场，在那里他们偶然获得了节目制作人的喜爱，就这样被邀请出演节目的新角色，洛托姆很高兴…。

在海边独自吃果实的伊布。好像谁在大街上看见了它。但是正在被坏心眼的猫老大追赶！伊布的命运究竟是！？

一天，小智在前往宝可梦学校的途中与阿罗拉的守护神——卡璞・鸣鸣再会。小智立刻向卡璞・鸣鸣提出挑战。在战斗中皮卡丘和卡璞・鸣鸣的电击激烈碰撞的那个瞬间，醒来后的小智和皮卡丘在一个陌生的地方…。在那里，他们遇见的是一个青年，和那个青年在一起的宝可梦捷拉奥拉！

以某件事为契机，小智和皮卡丘被放飞到了一个陌生的地方。那个地方没有人影，街道也荒废了…。小智和皮卡丘得知其原因是被某位强大的宝可梦破坏了，小智决心与迪亚共同战斗！小智与孤独作战的迪亚能拯救吗！？

宝可梦学校上完课后，小刚和小霞带着惊喜来到了学校。为了第一次来到阿罗拉地区的2人，学校的大家决定做观光向导。到底会是怎样的观光呢？

阿罗拉迎来了小刚和小霞。今天小刚怀着希望，去阿卡拉岛见岛屿女王丽姿。丽姿知道小刚原来是道馆馆主，就向小刚挑战！热烈战斗的结局到底是…。

小智一行人前往波尼岛。马玛内准备让虫电宝进化。小智从旁人口中得知目前波尼岛没有岛屿之王而无法进行大考验，因为前任岛屿之王在不久前告老退休了。小智首次遇见了哈普乌，被误以为是偷萝卜的小偷。并与她对战，最终败给她。

当哈普乌在进行的研究项目的时候，来到波尼岛游玩的莉莉艾观察着生活在那里的各种各样的宝可梦。突然，她的哥哥格拉吉欧出现在她的面前。莉莉艾非常开心能够跟她许久不见的哥哥团聚，但是之后小智和格拉吉欧就用各自的鬃岩狼人展开了一场对战！

马玛内想要让他的蓄电池宝可梦虫电宝进化成锹农炮虫。在发现波尼大峡谷里存在一种神秘的力量后，他就带着虫电宝去了峡谷。与此同时，水莲和她的海狮宝可梦球球海狮异乎寻常地热衷于学习她的师父伊雅和她的独唱者宝可梦西狮海壬的招式。

据说波尼岛的守护神卡璞・鳍鳍出现在岛上的圣地彼岸遗迹里。不出所料，当小智在这片神圣的土地上和卡奇进行对战时，小智引起了卡璞・鳍鳍的愤怒，最终小智被抓走。为了解救他，卡奇必须在一个限定时间内奔跑，并从阿卡拉岛的守护神卡璞・蝶蝶手中拿回鳞粉。

格拉吉欧来到波尼岛的理由是因卡璞・鳍鳍拥有能够让他们见到已经过世的人的不可思议的力量，然后听到了这个的玛奥…

哈普乌成为了波尼岛的岛屿女王，然后小智在她那里接受了大考验，到底小智能不能突破大考验呢？

小智一行人去参加阿罗拉地区很受欢迎的和宝可梦一起玩的宝可高尔夫。

小智一行人在结束了波尼岛的自由研究之后乘船返回了美乐美乐岛。然而却有一个不明的生命体(美录坦)跟着他们上了船。等到他们抵达港口的时候，那些美录坦就开始恶作剧。最终连小次郎放在火箭队的秘密基地的收藏品、学生们的工具还有宝可梦学校都被它吃掉。

小智一行人请求大木博士进行调查。博士调查后的结果证明这个不可思议的生命形态是命名为"美录坦"的新种宝可梦。然而，当火箭队快要接近捕获美录坦时，麻烦出现了。

为了支持并参加猜谜阿罗拉宝可梦（日文︰クイズ　ポケモンdeアローラ），小智一行人来到了电视台。在这时，小智发现有一只叫做小鲤的天才童星鲤鱼王的样子很奇怪。

拥有Z纯晶的训练家们被叫做费洛美螂的究极异兽袭击，目击了那个现场的喵喵爱上了费洛美螂。

由于库库伊博士在发表会上宣布建立阿罗拉宝可梦联盟，导致在电视上看到实况转播的骷髅队老大古兹马来到了宝可梦学校。据说库库伊博士和古兹马之间有仇，而古兹马的来袭也令小智强烈要求与其进行对战。

莉莉艾和格拉吉欧正在追查听说已经去世的父亲莫恩的记录。看到这一幕的母亲把两人带去了莫恩的房间…

小智一行人去拜访马利埃静市。在拜访期间，谢米，美录坦和小渚因为追着被风吹走的玛奥的发夹而消失了。

小智一行人来到了位于马利埃静市的关都之道馆，在那里，他们见到了一群穿着忍者服的道馆训练家。

为了得到第一名的奖品虫Z，马玛内参加了锹农炮虫竞跑。但是到了竞跑的那一天，火箭队出现并想抓住锹农炮虫。

在海边玩耍的小智一行人面前，出现了传说的宝可梦盖欧卡，它不知为何没有精神，发现它被宝可梦猎人盯上的小智一行人展开了帮助…

在美乐美乐岛森林里的智挥猩的店里，玛奥因为要去拿大蘑菇来到了这里，又送给智挥猩一个波尼萝卜，但这时又遇见了一些宝可梦客人……

又在阳光明媚的一天，火箭队总部给武藏他们发来了联络，要求立马将在阿罗拉地区收服的穿着熊上交总部。小智一行人也要去操场上特训…

为了阿罗拉宝可梦联盟，小智一行人前往卡奇家进行Z招式的特训。卡奇的搭档爆焰龟兽和锹农炮虫进行特训并安抚调皮的嘎啦嘎啦，把大家当作亲兄弟一般，然后小智和马玛内终于知道卡奇和爆焰龟兽相遇的过去。

在阿罗拉发生了几起物品被切成碎片的事件。确认这些罪行是究极异兽纸御剑所为之后，小智一行人所在的究极防卫队出动了。

有一天，芭内特博士发现拿着“宝可梦超级招式图鉴”的库库伊博士和炎热喵一起的照片。那个时候，在森林特训的小智他们遇到了时拉比。然后小智和炎热喵被时拉比的“时空穿越”而回到过去所震撼！

当小智和炎热喵从过去回来的时候，他们看到皮卡丘它们都充满伤痕和十分疲惫。在他们去的这段期间到底发生什么事了?

为了进行Z招式的特训，小智一行人来到了莉莉艾的家。在那里，莉莉艾向大家介绍了由于某种原因而不能移动的幻之宝可梦玛机雅娜。

小智一行人来到了阿罗拉宝可梦联盟的举办地—玛纳罗竞技场，不料骷髅队也来了，而且还在会场搞破坏，另外库库伊博士与古兹马之间的关系、恩怨也即将揭晓。

预选皇家对战开始。这是一场151组的宝可梦与训练家的对战中，取得胜利的16组的可以晋级决赛的生存赛。当强大的选手出场时，小智他们是否能进入决赛呢？

宝可梦训练家的实力者聚集，阿罗拉宝可梦联盟的决胜比赛开始。第1回战的第一回合是小智对扎奥博。小智要如何接招扎奥博的战略？第二回合是伊利马与古兹马的激战，第三回合是哈乌对大木校长。然后第四回合，玛奥与水莲的超越友情的火热对战也开始了。

为了准备岛屿之王哈拉的孙子哈乌的第二回决战，小智与木木枭在进行特训。在那边的铳嘴大鸟与小笃儿决定教授小智们“羽毛舞”。对上哈乌的宝可梦狙射树枭非常不利的木木枭，能发挥出羽毛舞吗？

小智与哈乌的战斗持续中。两人都已经使出了Z招式，那么，接下来这场战斗会如何发展呢？还有，下一场的马玛内对决卡奇，又会是谁胜谁负呢⋯⋯？

卡奇对马玛内的比赛即将结束，第二轮的第四场比赛——水莲对古兹马即将开始！

卡奇的妹妹星儿被骷髅队袭击，而拯救她的正是卡奇的对手格拉吉欧！

卡奇VS格拉吉欧的比赛即将结束，下一场是打算破坏宝可梦联盟的古兹马和小智之间的比赛！

企图破坏联盟的古兹马以及一直以来都支持联盟的小智，这两个人，在联盟大会上对上了。这场为联盟而打的仗，究竟会是联盟捍卫成功呢？还是⋯⋯？

经过一番激战，最终站在战斗场地上的是小智和格拉吉欧两人。这对劲敌，即将在宝可梦联盟上擦出最激烈的火花。这场最终决战，究竟是谁赢谁输呢⋯⋯？

小智与格拉吉欧的对战即将进入尾声。究竟胜利的女神最后会对谁微笑呢⋯⋯？

在颁奖典礼即将进行的时候，究极异兽恶食大王突然现身。面对著大肆破坏会场的恶食大王，小智与皇家蒙面人以及四大岛屿之王将要如何迎战呢？

成为阿罗拉宝可梦联盟初代冠军的小智。接下来终于轮到与皇家蒙面人库库伊博士进行表演赛了！阿罗拉历史上第一位的宝可梦联盟冠军小智VS不仅是博士，还是众所周知的连战连胜之强者宝可梦训练家的库库伊博士，瞩目的对战现今，就要开始了！！

库库伊博士和小智的战斗进入白热化状态。阿罗拉史上第一位冠军的小智，要与库库伊博士派出的强力宝可梦们战斗，用普通的策略是行不通的。小智的鬃岩狼人VS库库伊博士的勇士雄鹰。接着，库库伊博士新的宝可梦妙蛙花登场！激烈对战中，小智派出变强的木木枭应战！

小智对库库伊博士的对战，演变成了炎热喵和炽焰咆哮虎的对战。到底炎热喵能否战胜炽焰咆哮虎呢？

作为库库伊博士的搭档，突然参加对战的卡璞・鸣鸣，与之对战的是小智的皮卡丘。双方的Z招式激烈碰撞!

阿罗拉联盟玛纳罗大会闭幕后，大家都回归日常生活。在宝可梦学校，大家听闻了库库伊博士即将休长假的计划。小智听了大家的梦想和对未来的规划之后，下定了某个决心。在联盟中没有看到的小智VS卡奇的战斗也将实现！在联盟中磨练了本领提高了水平后，竞争对手之间的这场战斗引人注目，谁将是胜利者？

小智为了自己的将来做出了重大决断。他决定要回去真新镇了，但是他还没想好怎么和其他人说这件事……就在这个时候，在小智面前出现了一只令人怀念的宝可梦…

另一方面，火箭队也接到了来自总部的联络，令他们感到很苦恼。他们和穿着熊母子分别的日子也即将到来。

而莉莉艾的目标也有很大的进展！到底各自迈向未来的的道路是什么！？