관동 지방의 어느 숲속에는 외톨이 피츄가 있었다. 아직 어린 피츄는 우연히 캥카 모자를 만나 즐거운 나날을 보낸다. 어느덧 시간이 지나 어미캥카가 힘들어하는 모습을 보고 피츄는 캥카 모자 곁을 떠나려고 하는데, 그 순간 피카츄로 진화한다. 한편 지우는 오박사의 포켓몬캠프에 참가하려고 하지만 늦잠을 자는데…

채박사 연구소 오픈 기념행사에 참석하게 된 지우와 피카츄. 그곳에서 지우는 전설의 포켓몬인 루기아를 만나게 된다. 루기아의 등에 올라탄 지우는 가까스로 매달려 있던 고우와 함께 루기아를 타고 하늘과 바닷속을 탐험하면서 즐거운 시간을 보내는데…

관동지방에 있는 채박사 연구소의 조사 연구원이 된 지우와 고우. 첫 번째 일은 마을에 잔뜩 모여든 이상해풀을 조사하는 것. 바로 거리에 나가보니 이상해풀 무리는 어떤 장소를 향해 가고 있었다. 그리고 지우와 고우는 이상해씨, 이상해풀, 이상해꽃의 새로운 생태를 보게 되는데…

포켓몬 거대화 현상이 일어나는 가라르지방에 대해 알게 된 고우와 지우. 채박사의 허락을 받고 가라르지방으로 출발한다. 와일드에리어로 가는 열차를 기다리는 그들의 앞에 나타난 염버니와 훔처우들이 지우의 배낭을 들고 도망치면서 추격전이 벌어지는데…

포켓몬 거대화 현상을 조사하기 위해 가라르지방에 와있는 지우와 고우. 조용하고 평온한 초원이 펼쳐진 와일드에리어에서 커다란 잠만보를 만나고, 슛시티에서 만났던 염버니가 고우를 따라서 와일드에리어에 오는데…

지우와 고우는 스마트로토무에 도감 기능이 있다는 사실을 알게 된다. 고우는 도감을 채우겠다며 새로운 포켓몬이 보이는 족족 몬스터볼을 던진다. 도감이 채워질 때마다 기뻐하는 고우와 염버니. 그러던 중, 콘팡과 대결을 하던 염버니가 독가루에 맞고 괴로워하는데…

호연지방에서 열리는 ‘배틀프런티어 비드로컵’에 참가한 지우와 고우. 포켓몬 배틀이 처음인 고우의 상대는 용암마을에서 온 봉준이다. 그라에나를 내보낸 봉준을 상대로 고우는 상성이 좋은 스라크로 도전한다. 그런데 순식간에 패배하며 실의에 빠진다. 한편, 지우는 배틀에서 계속 이기며 결승에 진출하는데…

바다에서 포켓몬을 잡고 있던 지우와 고우. 바닷속에서 무엇인가가 그들을 향해 빠른 속도로 헤엄쳐 온다. 그들의 앞에 나타난 건 수척하고 핼쑥한 모습의 팽도리였다. 팽도리의 주인이 선단시티에 사는 세희라는 사실을 알게 된 지우와 고우는 팽도리를 데려다주러 갔다가 그곳에서 유빙 레이스에 참가하게 되는데…

성도지방 인주시티에서 전설의 포켓몬, 칠색조를 보았다는 이야기를 들은 지우와 고우. 두 사람은 인주시티에 도착하자마자 칠색조로 보이는 포켓몬을 발견한다! 하지만 그건 규호가 꾸민 가짜 칠색조였고, 규호는 할아버지에게 꼭 칠색조를 보여드리고 싶다고 말한다.

채박사로부터 망나뇽만 사는 섬에 대해 들은 지우와 고우. 그들은 망나뇽을 만나기 위해 바다로 나갔다가 조난되고 만다. 망나뇽의 도움으로 망나뇽의 섬에 도착한 두 사람은 그곳에서 날지 못하는 신뇽을 도와주기로 하는데…

채박사님의 딸인 하루는 포켓몬에게 별로 관심이 없지만, 멍파치는 하루를 좋아하고 잘 따른다. 한편 하루는 ‘포켓몬 박사의 딸이니까 포켓몬을 좋아하는 게 당연하지!’라는 주위의 시선이 신경 쓰인다. 그러던 중 채박사 연구소에 모두를 당황하게 한 팬텀이 나타나는데…

채박사로부터 포켓몬 월드 챔피언십 결승전 티켓을 받은 지우와 고우는 기대를 안고 가라르지방으로 향한다. 긴장감과 환호 속에서 관동지방 챔피언인 목호와 가라르지방 챔피언인 단델의 대결이 시작된다. 팽팽하게 맞서던 두 사람은 포켓몬을 거대하게 만드는 다이맥스를 이용해 배틀을 시작하는데…

경기장에서 날뛰는 거다이맥스 갈가부기. 지우와 고우가 갈가부기를 상대하는 도중에 피카츄가 거다이맥스를 한다. 단델의 도움으로 갈가부기를 이긴 지우는 단델에게 배틀을 하고 싶다고 말한다. 단델은 지우를 테스트하기 위해 배틀에 응하는데…

하나지방, 리조트데저트에서 발견된 거신의 유적. 지우과 고우는 그 수수께끼를 풀기 위해 조사하러 간다. 뜨거운 사막을 너머 도착한 유적에서 그들을 기다리는 것은 수많은 함정이었다. 지우가 함정에 빠진 순간, 사막을 건너기 전에 만났던 키일라가 구해준다. 모험을 좋아하는 키일라는 하나씩 수수께끼를 풀어나가는데…

연구소의 시스템 고장으로 집으로 가게 된 지우와 고우. 집에 도착한 고우는 부모님이 늦게 온다는 전화를 받는다. 그리고 부모님께 스튜를 갖다 주기 위해 공원을 지나가다 망키에게 괴롭힘을 당하는 탕구리를 발견한다. 망키가 탕구리의 뼈다귀를 빼앗아가자 되찾아주겠다며 나서지만 감쪽같이 숨어버린 망키를 찾기란 쉽지 않은데…

요즘 들어 채박사 연구소에서 물건이 부서지고, 방이 어질러지는 이상한 현상이 일어나고 있다. 범인은 예전에 연구소에 나타났었던 팬텀이었다. 지우와 고우는 이번에야말로 팬텀을 잡겠다며 의욕을 불태운다. 그러던 와중에 지우에게 계속 안 좋은 일이 일어나고, 고우는 팬텀의 저주에 걸린 게 아니냐며 겁을 주는데…

채박사 파크에서 배틀 연습을 하던 지우와 고우. 갑자기 나타난 불비달마가 염버니를 자극한다. 자존심이 상한 염버니는 어떻게든 불꽃 기술을 익히려고 안간힘을 쓰지만, 좀처럼 나아지지 않는다. 그로 인해 염버니와 고우의 사이는 조금씩 삐걱거리기 시작하는데…

포켓몬 월드 챔피언십에 도전하는 지우. 단숨에 순위를 높이기 위해서는, 랭킹의 상위에 있는 사람을 꺾어야 한다. 지우는 랭킹 상위에 있는 비스케스를 꺾기 위해 갈색체육관을 찾아간다. 두 사람은 한 치의 양보도 없이 치열한 배틀을 이어가는데…

영화 촬영장에 간 지우와 고우. 그곳에는 제대로 변신하지 못해 감독에게 혼나는, 슬럼프에 빠진 메타몽이 있었다. 촬영장에서 도망친 메타몽은 근처에 있던 로사의 가방에 숨어 로켓단의 아지트까지 간다. 로사는 여배우로서 메타몽을 단련시켜주겠다고 선언하고, 지우와 고우는 사라진 메타몽을 찾아 나서는데…

채박사 연구소에서 개최하는 포켓몬오리엔티어링에서 리더 역을 맡은 지우와 고우. 참가한 아이들과 함께 포켓몬 배틀과 포켓몬을 잡는 즐거움에 흠뻑 빠진 두 사람은 다시 한번 각자가 이루고 싶은 꿈을 확인한다. 그러던 그때 로켓단이 나타나서 포켓몬을 빼앗아가려고 하는데…

아직 밝혀지지 않은 비밀이 많은 포켓몬 알. 아직 알을 본 적이 없는 고우는 흥미진진해 하며 지우와 포켓몬 알을 찾으러 나선다. 하지만 알은 그렇게 쉽게 발견되지 않고, 두 사람은 포켓몬센터에서 오랫동안 부화되지 않은 신기한 알을 만나게 된다. 지우는 간호순의 부탁으로 그 알을 맡게 되는데...

지우와 고우는 뷰티플라이의 대이동을 관찰하기 위해 미로마을로 향한다. 뷰티플라이를 관찰하기 위해 애를 쓰는 가운데, 무심한 래비풋의 행동에 점점 지쳐가는 고우. 그러던 중 밤마다 어디론가 향하는 래비풋을 몰래 쫓아간 고우는 뜻밖의 광경을 목격하는데...

채박사 파크가 소란스럽다. 포켓몬들에게 나눠준 포켓몬 푸드가 사라지면서 포켓몬들이 싸우기 시작한 것이다. 지우와 고우는 범인을 찾기 위해 채박사 파크에서 밤새 지켜보기로 한다. 포켓몬들의 싸움은 점점 심해지고, 그런 와중에 카스쿤들이 진화할 징조를 보인다. 그때 골루그의 봉인이 벗겨지고 폭주하기 시작하면서 채박사 파크는 혼란에 빠지는데...

연못에 주인 포켓몬이 있다는 말을 듣고 신오지방 리조트에리어로 향하는 지우와 고우. 연못에서 낚시하고 있을 때, 호텔 쪽에서 시끄러운 소리가 들려온다. 호텔에 있는 포켓몬을 모조리 잡아들이는 비주기의 비서인 마트리와 싸우던 도중, 피카츄를 빼앗기고 마는데…

칼로스지방에서 열리는 배틀 페스티벌에 참가한 지우. 포켓몬 월드 챔피언십의 참가자가 많이 모이는 이 대회는 순위를 올릴 수 있는 절호의 기회다. 순조롭게 배틀에서 이기던 지우는, 예전에 칼로스지방에서 배틀했던 체육관 관장 코르니와 수퍼클래스 달성을 놓고 다시 배틀하게 되는데...

잉어킹 하이점프 대회에 나가기 위해 잉어킹과 훈련을 시작한 고우. 피나는 노력으로 대회에 나가 결승전에 오르지만, 뜻밖의 상황이 벌어진다. 한편, 야돈의 섬에 가게 된 지우와 고우. 컵라면을 먹는 지우의 앞에 야도킹이 나타난다. 지우의 컵라면을 먹은 야도킹은 감격하며 셀러를 벗어버리고, 그 셀러를 뒤집어쓴 지우가 이상한 말을 하기 시작하는데…

포켓몬 월드 챔피언십 공식 시합을 보기 위해 가라르지방에 간 지우와 고우. 두 사람은 최강의 제왕 단델과 가라르지방 드래곤타입의 체육관 관장인 금랑의 배틀에 가슴이 설렌다. 시합이 끝난 뒤, 두 사람은 우연히 만난 소니아에게 가라르지방의 영웅전설을 듣게 된다. 그리고 다리 위에서 트레이너들에게 배틀을 신청하는 가라르지방 모습을 한 파오리와 만나게 되는데...

가라르지방에서 아침 식사를 하던 지우와 고우는 겁쟁이에 울보인 울머기를 만나게 된다. 고우는 모습을 감추고 도망친 울머기를 우연히 잡지만, 울머기는 무리한 배틀을 두려워하며 또 도망친다. 울머기를 찾아 헤매던 지우와 고우는 로켓단에게 납치된 울머기를 발견하는데...

한가로운 휴일, 멍파치가 채박사 집의 창문에 부딪혀서 다친 콩둘기를 데려온다. 하루 엄마와 하루, 두루는 콩둘기의 귀여움에 푹 빠져 콩둘기가 날 수 있을 때까지 돌봐주기로 한다. 그런데 하루마저 콩둘기를 예뻐하자 멍파치의 질투심이 폭발한다. 그러자 채박사는 어렸을 때 하루가 멍파치를 질투했고, 그러다 둘이 친해진 계기에 대해 이야기 해주는데...

포켓몬 월드 챔피언십의 랭킹을 올리기 위해 한창 컨디션이 좋은 리오르와 특훈에 정신이 없는 지우. 리오르만 챙기는 지우에게 화난 피카츄는 집을 뛰쳐나가고, 마임맨은 피카츄를 데려오기 위해 따라간다. 하지만 마임맨이 아무리 설득해도 피카츄는 고집을 꺾지 않는데...

지우와 친구들은 친구들이 자신의 포켓몬을 무시해서 고민에 빠진 두루의 친구, 나미를 만난다. 나미의 포켓몬은 세상에서 제일 볼품없다고 알려진 빈티나였다. 워터페스티벌 콘테스트에 나가서 우승하면 친구들도 인정해 줄 거라며 나미와 빈티나의 특훈을 돕는 지우와 친구들. 그런데 콘테스트 당일, 로켓단이 나타나서 방해하는데…

성도지방 고동마을로 가족 여행을 가게 된 고우. 하지만 왠지 마음이 내키지 않는 표정이다. 그는 잠든 부모님을 두고 숲으로 갔다가 옛날 기억에 젖는다. 3년 전, 고우는 숲에서 만난 시웅과 함께 세레비를 만나기 위해 숲속을 돌아다닌다. 다음날 또 만나기로 했지만 시웅은 나타나지 않았는데…

갈색시티 포켓몬센터에서 포켓몬 교환 이벤트를 한다는 얘기를 들은 지우와 고우는 즉시 이벤트에 참가한다. 그들은 그곳에서 또미를 만나는데, 또미는 자신의 헤라크로스와 고우의 쁘사이저를 교환하고 싶어 한다. 고우는 고민 끝에 포켓몬을 교환하지 않고, 또미가 쁘사이저 잡는 걸 도와주기로 하는데…

지우와 고우는 포켓몬 월드 챔피언십 다음 대전상대를 찾아 관동지방의 노랑시티로 간다. 격투도장에서 포켓몬을 받을 고민에 빠진 고우. 한편, 태권도 대왕이 배틀하고 있다는 말에 구경하러 간 지우는 그곳에서 태권도 대왕의 패배를 보게 되고, 승자인 채두에게 배틀을 신청하게 되는데…

지우와 피카츄를 보며 고우도 피카츄를 잡고 싶어한다. 채박사에게 피카츄가 많이 있다는 보고를 받았으니 조사해달라는 말을 듣고, 바로 피카츄가 있는 곳을 찾아간 지우와 고우. 그곳에 있는 피카츄는 천둥의돌을 캐내 라이츄로 진화하고 있었다. 그때 로켓단이 나타나 피카츄를 전부 잡아가는데…

배틀에서 연패한 지우는 절망에 빠진다. 그런 와중에 호연지방의 보라시티에서 모래 폭풍으로 사람들이 들어가는 기묘한 일이 발생하고, 지우와 고우는 조사하기 위해 보라시티에 도착한다. 그들은 모래 폭풍으로 들어가 강력한 포켓몬인 플라이곤과 배틀을 하게 되고, 플라이곤의 스피드에 맥을 못 추는 지우에 이어, 고우는 색다른 배틀을 시작하는데…

지우와 고우는 알로라나시를 잡으러 알로라지방의 멜레멜레섬으로 간다. 지우는 쿠쿠이박사, 버넷박사와 포켓몬스쿨 친구들을 다시 만나 기뻐하고, 고우는 모두 처음 만나는 사람들이라 약간 긴장한다. 포켓몬스쿨에서 친구들과 환영파티를 하던 중, 키아웨는 고우가 지우의 라이벌에 어울리는지 확인하겠다며 고우에게 포켓몬 배틀을 신청하는데…

화석에서 복원된 방패톱스를 보기 위해 회색시티 과학박물관으로 향하는 지우와 고우, 그리고 하루. 그런데 화석포켓몬을 보느라 방패톱스 전시관 관람을 놓치게 된다. 아쉬워하던 그들은 화석 발굴 체험을 하고, 그곳에서 고우는 신기한 호박을 발견한다. 호박을 복원할 때를 기다리던 중 과학박물관에서 굉음이 들리면서 고우의 포켓몬이 사라지는데…

지우는 채두와 재대결하기 위해, 채두가 수련 중인 성도지방 진청체육관을 방문한다. 채두는 지우의 도전을 받아들이고, 고우와 진청체육관 관장인 사도가 지켜보는 가운데 배틀이 시작된다. 지난번 패배를 설욕하기 위해 지우와 리오르는 문어굳히기를 공략할 방법을 시도하는데…

갑자기 몰려온 번개구름에서 강력한 생체 에너지가 감지됐다는 말을 들은 지우와 고우. 전설의 포켓몬 썬더와 만날 수 있다는 기대감을 안고 달려가지만, 번개구름이 사라진다. 정전이 일어났다는 하루의 말에 지우와 고우는 무인발전소로 달려가, 전설의 포켓몬 썬더를 발견한다. 그들은 강력한 썬더에 맞서기 위해 그곳에서 만난 로켓단과 손을 잡고 레이드배틀을 하는데…

<피카츄 더빙 대작전!> 나옹이 감기에 걸려 자리에 눕게 되자, 로사와 로이는 이번 기회에 나옹에게만 의지하지 않고, 지우의 피카츄가 무슨 말을 하는지 이해하기 위해 더빙을 시작한다.

<반쪽이 된 늪짱이> 지우와 고우는 비가 갠 숲에서 땅에 묻혀 꼼짝도 못하는 늪짱이를 발견한다. 어떻게든 구해주려는 두 사람 앞에 로파파가 나타나는데…

다이맥스의 비밀을 풀기 위해 가라르지방으로 향하는 지우와 고우는 짙은 안개로 기차가 잠시 멈추자 파르빗을 쫓아 꾸벅졸음숲으로 들어간다. 그곳에서 신종 포켓몬을 만난 지우와 고우는 대결 도중 안개에 휩싸여 잠든다. 잠에서 깨어난 지우는 하늘에서 떨어지는 빛을 쫓아 마을로 향하고, 그곳에서 거다이맥스 다태우지네와 대결하게 되는데…

지우와 단델은 광산에서 거다이맥스해서 날뛰는 석탄산을 제압하고, 시찰하러 온 로즈 사장을 만난다. 한편 고우는 우연히 가라르지방 영웅전설의 비밀을 파헤치는 소니아를 만나서 브래시마을에 있는 매그놀리아박사에게 가는데…

괴한과 싸우던 중에 영웅 전설의 비밀을 알게 된 소니아와 고우는 갖은 방해를 뚫고 너클시티로 향한다. 한편 지우와 단델은 로즈를 통해 포켓몬을 다이맥스하게 만드는 무한다이노에 대해 알게 된다. 단델은 위기에 빠진 가라르지방을 구하기 위해 무한다이노를 봉인하기로 결심하고, 지우는 로즈와 배틀을 시작하게 된다.

전설의 포켓몬, 무한다이노를 앞에 두고 지우는 로즈 사장과, 고우는 올리브와 배틀을 한다. 그러던 중, 지우의 리오르와 고우의 래비풋이 진화하고, 단델과 대치하던 무한다이노는 최종 형태로 변한다. 그리고 지우와 고우가 위기에 빠진 순간 두 포켓몬이 나타나는데…

뮤가 내보내는 것으로 보이는 사이코 에너지가 세로아일랜드에서 포착된다. 뮤를 만나기 위해 세로아일랜드를 돌아다니던 지우와 고우는 갸라도스의 공격으로 폭포 밑으로 떨어진다. 낯선 곳에서 깨어난 두 사람은 뮤츠를 만나고, 뮤츠와 배틀을 펼치는데…

갈색시티의 포켓몬 많이 먹기 대회에 출전하기로 한 고우와 탐리스. 지난 대회 우승 포켓몬을 비롯한 엄청난 강자가 모였지만, 고우는 기발한 작전으로 우승을 노린다. 하지만 스태프로 위장한 로켓단이 나쁜 짓을 꾸미는데…

포켓몬 많이 먹기 대회에서 우승한 지우와 고우는 맛집 여행을 위해 하나지방에 도착한다. 그런데 두 사람이 구름아이스에 정신이 팔린 틈을 타서 로켓단이 ′거의피카츄′와 피카츄를 바꿔치기해서 도망친다. 그걸 본 에이스번과 루카리오는 로켓단을 쫓아가지만, 서로 손이 묶인 채 로켓단과 맞서게 되는데…