래터럴마을행 열차를 타려던 지우는 우연히 어니언이 떨어뜨린 기차표를 줍고, 그것을 돌려주려고 하다가 고스트 열차를 타게 된다. 그런데 그곳에서 화강돌을 만나고, 지우 안으로 나쁜 영혼이 들어간다. 화강돌은 지우 안으로 들어간 나쁜 영혼을 되찾기 위해서 공격을 시도하는데...

팬텀이 거다이맥스를 할 수 있게 래터럴마을의 고스트체육관을 찾아간 지우와 고우. 그런데 고스트체육관 관장은 고스트 열차에서 만난 어니언이었다. 그의 말에 따르면 팬텀이 거다이맥스를 하기 위해서는 다이버섯으로 만든 다이수프를 먹어야 한다고 한다. 지우와 고우는 어니언의 안내를 받으며 다이버섯을 찾아 나서는데...

렌지의 포켓몬인 프랑수아즈는 고집도 세고 옛날 전자제품의 전기만 먹는 특이한 식성을 가진 코일이다. 렌지가 지우와 고우에게 프랑수아즈와의 첫 만남에 관해 이야기해주려는 순간 채박사 연구소가 정전되고, 갈색시티의 코일들이 일제히 난폭한 행동을 하기 시작했다는 소식이 들어오게 된다.

평소 꽃에 관심이 많은 헤라크로스가 채박사 파크에 새로 들어온 드레디어에게 호감을 보이자 헤라크로스를 좋아하는 쁘사이저는 우울감에 빠진다. 그 모습을 본 고우는 쁘사이저의 사랑을 응원하기 위해 포켓몬 꽃꽂이교실이 열리는 무지개체육관에 가서, 쁘사이저와 함께 포켓몬 꽃꽂이교실에 참가하게 된다.

활동자금을 마련하기 위한 아르바이트와 과중한 임무, 설교에 지쳐가던 로켓단은 피카츄를 잡으려다 실패한다. 그러자 로켓캡슐에서 강한 포켓몬이 나오지 않은 탓에 실패했다고 생각하며, 본부의 로켓캡슐 담당자를 만나기 위해 패리퍼를 쫓아가기 시작하는데...

이끼 우주센터에서 전룡과 함께 소행성 탐사기 파이어로2 귀환 프로젝트에 참가 중인 마마네는 지우와 고우를 그곳으로 초대한다. 그런데 전룡이 파이어로2의 귀환을 유도하기 위해 꼬리에서 빛을 내려다 실패한 뒤, 그 충격으로 인해 자신감을 잃고 만다.

야돈들이 사는 야돈의 섬을 다시 찾은 지우와 고우. 그런데 가라르 야돈들이 사는 작은 섬과 야돈의 섬이 충돌하면서 가라르 야도킹이 이끄는 가라르 야돈들이 야돈의 섬에 들어가게 된다. 그리고 지우와 고우는 야돈들과 친해지고 싶어 하는 가라르 야돈들을 도와주기로 하는데...

추첨을 통해 포켓몬 서커스에 참가하게 된 지우와 고우는 서커스장에 도착한 뒤, 서커스단 단장에게 불꽃타입을 좋아하는 화미와 전기타입을 선호하는 빌리를 소개받는다. 그런데 화미와 빌리가 진화의돌을 이용해 각자의 이브이를 진화시키려던 중 돌이 바뀌는 사고가 발생하게 된다.

포켓몬 월드 챔피언십에서 마리와 대결을 펼치게 된 지우. 그런데 옐단이 마리의 부전승을 위해 지우에게 대회장을 틀리게 알려주고, 지우와 고우는 스파이크마을로 향하게 된다. 그리고 그곳에서 마리의 오빠이자 스파이크체육관 관장인 두송을 만나는데...

고우와 함께 가라르지방 포켓몬을 잡으러 가려던 지우는 늦잠을 자는 바람에 뒤늦게 고우를 따라가려 한다. 그러나 단델의 배틀이 펼쳐지고 있다는 이야기를 듣고 그쪽으로 발길을 돌린 지우는 배틀이 끝나고 만난 단델에게 특별훈련을 제안받게 된다.

포켓몬을 잡기 위해 와일드에리어에 온 지우와 고우는 그곳에서 흥나숭의 진화형인 채키몽을 만난다. 채키몽의 모습은 어딘지 모르게 상처를 받은 것 같은데, 스틱을 하나 잃어버렸기 때문이었다. 지우와 고우는 그런 채키몽을 도와주게 되는데…

프로젝트 뮤의 멤버가 되고 싶어 하는 고우의 다음 미션은 프리져와의 레이드배틀! 프리져가 있다는 쌍둥이섬으로 향하는 도중, 고우의 친구이자 세레비를 목표로 하는 시웅을 만나고, 지우의 어릴 적 친구인 바람도 만나게 된다. 이 둘과 함께 고우는 프리져와의 레이드배틀에 도전하게 되는데…

포켓몬 월드 챔피언십의 다음 상대가 칼로스 사천왕인 드라세나로 정해지고, 지우는 오랜만에 시트론을 찾아가서 창파나이트와 훈련하기로 한다. 시트론은 특별히 개발한 포켓모션캡처를 이용해 창파나이트의 문제점을 찾아내고, 지우는 어래곤과 창파나이트의 상성을 보고 함께 훈련시키기로 결심하는데…

포켓몬 월드 챔피언십! 지우의 다음 상대는 칼로스 사천왕 드라세나다. 지우는 드라세나의 음번과 파비코리에 맞서서 어래곤과 창파나이트를 내보낸다. 하지만 드라세나는 다정해 보이는 외모와 달리 실력이 굉장했고, 파비코리의 메가진화로 지우는 더욱 곤경에 빠지게 되는데…

하루와 이브이는 해안시티에서 열리는 포켓몬 콘테스트에 님피아가 참가했다는 소식을 듣고 해안시티로 향하고, 뜻밖의 기회로 하루는 콘테스트에 참가하게 된다. 한편 지우와 고우는 하루와 합류하기 위해 콘테스트가 열리는 곳으로 가던 중, 체육관 관장 윤진을 만나게 된다.

비주기로부터 로켓단 단원을 늘리라는 명령을 받은 로사, 로이, 나옹. 그들은 단원을 늘리기 위해 전 세계를 향해 인터넷 라디오 방송을 시작한다. 그런데 단원 신청서가 들어오지 않자, 새로운 코너를 만드는 등 이런저런 기획을 시도하는데…

하루는 포켓몬 사진을 찍기 위해 멍파치의 안내를 받으며 채박사 파크를 돌아다닌다. 멍파치는 안내를 하며 흥나숭의 스틱을 찾아주고 포켓몬의 고민을 해결하는 등, 채박사파크 포켓몬들의 형님 노릇을 톡톡히 한다. 그런 와중에 강물이 오염된 것을 알게 되고 문제를 해결하려 하는데…

마스터즈 에이트를 앞두고 루카리오는 의지를 불태운다. 루카리오의 파동에서 개굴닌자가 배틀할 때와 비슷한 느낌을 받은 지우는 둘을 만나게 해주기 위해 칼로스지방으로 향한다. 그리고 루카리오와 개굴닌자는 배틀을 시작하게 되는데…

드디어 마스터즈 에이트를 걸고 지우와 금랑의 배틀이 시작된다. 지우는 망나뇽, 팬텀, 루카리오를 내보내고, 금랑은 플라이곤, 미끄래곤, 두랄루돈을 내보낸다. 챔피언 단델을 향한 각자의 의지는 어느 한쪽도 물러설 수 없는 상황. 과연 이 격렬한 배틀의 향방은…?!

프로젝트 뮤”의 트라이얼 미션을 위해 씨보라를 찾은 고우와 지우. 오늘의 미션은 시설 내에서 다른 도전들과 배틀을 하여 마지막까지 승리하는 도전자가 미션을 클리어하는 것. 미션 수행 중, 고우는 시웅을 만나게 되고, 이 둘은 팀을 이뤄서 함께 배틀을 하게 되는데…

지우 일행은 신기한 포켓몬이 나타났다는 왕관설원으로 향한다. 한편 아버지 몬을 찾기 위해 여행을 하고 있던 릴리에 가족은 왕관설원에서 몬을 발견하지만, 몬은 그들을 기억하지 못한 채 텅비드를 릴리에라 생각하며 살고 있었다.

지우 일행은 왕관설원에서 만난 릴리에의 가족과 함께 알로라에 도착한다. 알로라에서는 몬의 무사 귀환을 축하하는 잔치가 열리고, 하루는 수련에게 이브이에 대해 이것저것 물어본다. 그리고 알로라리그 초대 챔피언인 지우를 위해 배틀로열이 개최되는데…

고우에게 주어진 마지막 트라이얼 미션은 ‘결정의 유적’에 가서 레지에레키와 레지드래고를 잡는 것이다. 고우는 이번에 혼자 힘으로 해내기로 결심하고 ‘결정의 유적’으로 향하지만, 그곳에는 이미 바람이 기다리고 있었다. 과연 두 사람의 운명은?!

마스터즈 토너먼트에 앞서, 지우는 기운을 얻기 위해 오박사 연구소에 있는 자신의 포켓몬들을 만나기로 한다. 오박사 연구소에서 지내는 지우의 포켓몬들과 마스터즈 토너먼트에 참가할 포켓몬이 훈련하고 있을 때, 갑자기 진철이 나타나 지우와 3 대 3 배틀을 하게 되는데…

마침내 마스터즈 토너먼트의 막이 오르고, 1회전에서 맞붙는 선수는 단델과 알랭, 목호와 카르네, 난천과 아이리스, 성호와 지우로 정해졌다. 지우는 스타디움 앞에서 우연히 만난 단델의 동생 호브와 함께 관중석에서 첫 번째 시합 단델과 알랭의 배틀을 지켜본다.

포켓몬 월드 챔피언십, 마스터즈 토너먼트 1회전 두 번째 시합의 상대는 카르네와 목호. 카르네는 아마루르가로, 목호는 망나뇽으로 대결을 시작한다. 일진일퇴의 격렬한 배틀은 흥미롭게 전개되고, 한 치도 물러설 수 없는 두 번째 시합을 제압하는 것은 과연 누가 될 것인가...?!

포켓몬 월드 챔피언십, 마스터즈 토너먼트 1회전 세 번째 시합은 난천 대 아이리스! 난천에게 지도를 받은 적도 있는 아이리스는 이번 대결에서 반드시 난천을 이겨서 넘어서고 싶어 한다. 하지만 난천의 밀로틱에게 몰드류와 망나뇽이 잇달아 패배하게 되는데... 과연 세미파이널 진출의 향방은?!

포켓몬 월드 챔피언십, 마스터즈 토너먼트의 네 번째 시합은 지우 대 성호의 대결이다. 지우는 어래곤과 팬텀, 피카츄로, 성호는 메타그로스, 보스로라, 릴리요로 배틀에 나서고, 성호가 쏟아내는 강력한 공격에 지우는 위기에 몰리게 된다. 과연 지우는 성호를 꺾고 1회전 돌파에 성공할 수 있을 것인가?!

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하루는 이브이의 진화에 대해서 여러모로 생각이 많다. 그 모습을 보고 채박사는 숲으로 캠핑하러 가자고 제안하고 캠핑장에서 하루에게 어린 시절에 삐삐를 만났던 이야기를 해준다. 그 순간 둥근 보름달 아래 어디선가 삐삐의 소리가 들리게 되는데…

이번에는 포켓몬 월드 챔피언십 뉴스와 지금까지 활약한 지우의 모습을 전한다. 8명의 선수가 치열한 격전을 벌인 1회전 배틀 상황을 전함과 동시에, 여기까지 오게 된 지우의 배틀 방식과 가장 충격적인 배틀을 보여준 피카츄, 창파나이트, 루카리오에 대해서 소개한다.

지우와 난천이 세미파이널을 앞두고 포켓몬의 컨디션을 점검하고 있는 곳에 빅과 토리아라는 남매가 나타난다. 그런데 토리아가 갑자기 사라지고, 토리아를 찾기 위해 동분서주하는 동안 단델과 카르네의 세미파이널이 시작하게 되는데...

드디어 난천과 지우의 세미파이널이 시작된다. 난천은 이번 대회를 끝으로, 은퇴하겠다는 각오로 경기에 임하면서, 초반부터 교묘한 전략으로 지우를 위기에 빠뜨린다. 지우는 어떻게든 나쁜 흐름을 바꾸려 하지만, 난천의 강력한 포켓몬들 앞에서 번번이 가로막힌다.

세미파이널 2번째 시합, 지우 VS 난천의 경기에서 피카츄가 다운되면서 지우는 난천의 경험과 전략 앞에 서서히 몰리게 된다. 그런 상황에 지우는 어래곤과 창파나이트를 내보내며 돌파구를 찾으려 하는데...

세미파이널의 지우와 난천의 대결! 난천은 토게키스와 한카리아스, 지우는 루카리오만 남겨두고 있다. 난천은 토게키스를 다이맥스시키고, 지우는 루카리오를 메가진화시키지며, 격렬한 배틀을 이어가고 있는데... 과연 파이널 진출자는 누가 될 것인가?!

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고우와 에이스번은 우연히 서로 처음 만났던 가라르지방의 스콘 가게를 지나게 된다. 거기서 에이스번이 염버니 시절 함께 지내던 훔처우들이 거리의 평화를 지키고 있다는 걸 알게 되는 순간, 나이킹, 가라르 나옹, 로켓단의 어두운 그림자가 드리우게 되는데…

마스터즈 토너먼트 파이널을 앞두고 배틀 평론가인 불대대문자를 초대해서 지금까지 있었던 배틀을 돌아본다. 또한 결승전에서 맞붙을 지우와 단델의 포켓몬들을 살펴보고, 두 사람의 과거 비공식 배틀도 보면서 이번 배틀의 의미를 되새겨 보자.

마스터즈 토너먼트 파이널! 마침내 지우와 단델이 배틀 필드에 등장한다. 파이널은 6 대 6의 풀배틀! 원래 다이맥스, Z기술, 메가진화 중 하나만 사용하기로 되어 있지만, 단델의 요청으로 더 멋진 경기를 위해 모두 사용하기로 규정을 바꾼다. 지우는 미리 결심했던 대로 피카츄를 내보내고, 단델은 에이스번으로 배틀을 시작하는데...

지우는 팬텀을, 단델은 인텔리레온을 잃은 가운데 파이널 배틀은 계속되고 있다. 초반부터 일진일퇴의 공방을 거듭하고, 지우는 포켓몬을 교체하며 단델에게 물고 늘어지지만, 지우의 포켓몬들은 점점 지쳐가는데… 그것이 단델이 노렸던 작전?!

지우는 네 마리, 단델은 세 마리의 포켓몬을 남겨둔 가운데, 배틀은 계속 이어진다. 고릴타의 막강한 공격에 지우의 망나뇽과 창파나이트는 잇달아 다운되지만, 어래곤이 고릴타의 승기를 막아선다. 거다이맥스한 단델의 리자몽과 Z기술을 사용한 지우의 피카츄가 격돌하는 순간, 가라르지방에는 전에 없던 기운이 느껴지는데…

슛스타디움에 갑자기 나타난 무한다이노의 목적은 대체…!? 그리고 지우와 단델의 배틀도 클라이맥스로 향하고, 단델의 에이스 리자몽에게 지우와 피카츄는 마지막 힘을 다해 맞선다. 지금까지의 만남을, 배틀을, 모험의 모든 것을! 최고의 파트너와 함께 지우는 정상의 자리에 오를 수 있을 것인가!?

프로젝트 뮤의 호출을 받고 달려간 고우. 무학 박사는 ‘머나먼 고도’의 테이블마운틴에서 강한 사이코 에너지가 감지된다고 하면서, 고우를 포함한 체이서들에게 그곳에 상륙해 뮤를 탐색하라는 지시를 내린다. 테이블마운틴에 도착한 순간, 무학 박사와의 통신이 끊어지고, 체이서들은 두 팀으로 나누어지게 되는데…

테이블마운틴에서 포켓몬들이 갑자기 날뛰며 어딘가로 향하자, 고우를 비롯한 체이서 일행은 포켓몬들을 쫓아간다. 그곳에는 뮤가 있었고, 체이서들은 뮤를 진정시키기 위해 배틀에 나서게 되는데... 과연 고우는 뮤에 다가가 원하던 꿈을 이룰 수 있을 것인가?!

하루는 예전에 아빠와 같이 갔던 숲으로 지우, 고우와 함께 캠핑을 하게 된다. 그들은 그곳에서 어릴 적 포켓몬에 대한 추억 이야기로 즐거운 시간을 보내지만... 고우는 지우 앞에서 계속 머뭇거린다. 고우는 어떤 고민이 있는 걸까?

약간의 오해로 어색해진 지우와 고우 앞에 나타난 전설의 포켓몬 루기아! 지금까지 함께 모험하며 성장해온 두 사람이 처음 만났던 날의 루기아와 재회하며, 레이드배틀에 도전하게 되는데…

챔피언이 된 지우는 마음 내키는 대로 여기저기 모험을 다닌다. 하지만 로켓단이 나타나 또 피카츄를 잡아가려 하고, 지우는 다시 피카츄를 구해낸다. 그 과정에서 지우는 연못으로 떨어진 라티아스를 발견하게 되는데…

오랜만에 바닷가에 온 지우와 피카츄. 바다에서 신나게 놀던 중 야생 완철포를 만나게 되고, 지우가 잡으려는 순간 이슬이 나타나 제동을 건다. 완철포를 잡기 위한 이슬 VS 지우의 배틀이 시작되는데…

여행을 함께하게 된 이슬. 지우와 이슬은 점심을 먹으러 간 식당에서 웅과 재회한다. 식당의 누나를 흠모하고 있던 웅이는 곧바로 실연당하고 우울함에 빠진다. 그러자 우울한 기운을 좋아하는 브리무음은 웅이의 기운을 받기 위해 숲으로 유인하고, 지우와 이슬, 덴트까지 웅이를 되찾으러 숲으로 가게 되는데…

잉어킹의 폭포오르기를 보기 위해 어느 산에 도착한 지우 일행. 하지만 힘을 컨트롤하지 못하는 툰베어에 의해 폭포의 물은 꽁꽁 얼어 있었다. 지우는 수댕이와 함께 툰베어가 힘을 자유자재로 다룰 수 있도록 특훈을 시켜주게 되는데…

지우와 함께 여행했던 꼬부기가 이끄는 꼬부기 소방대를 만난 지우 일행. 로켓단의 방해로 지우는 꼬부기를 만나지 못하게 되고, 그런 꼬부기는 지우가 자신을 외면했다고 오해하여 이상해씨와 리자몽에게도 차갑게 대하며 서로의 갈등이 깊어지는데...

오늘도 역시 피카츄를 잡기 위해 로켓단이 나타나고, 배틀 끝에 가까스로 격퇴했지만 로켓단과 함께 피카츄까지 날아가 버린다. 지우는 피카츄를, 피카츄는 지우를 찾지만 길이 엇갈리게 되고... 떨어져 있어도 마음은 하나, 최고의 파트너인 두 사람은 과연 재회할 수 있을까?

지우 일행은 예전에 함께 여행했던 라프라스를 만나게 되고, 무언가 도움을 청하는 라프라스의 모습에 어느 섬으로 따라가자 동굴 구멍에 끼어 괴로워하는 고래왕자가 있었다. 지우 일행은 과연 고래왕자를 구출할 수 있을까?

지우 일행은 사람들의 물건이 없어지는 이상한 현상이 일어나는 마을에 다다른다. 그리고 여러 가지 물건을 훔쳐 나오던 다크펫을 발견하는데... 도대체 물건을 훔치는 다크펫의 목적은?!

로사, 로이, 나옹, 마자용은 로켓단 본부의 딜리버드가 가져다준 예전 동료 포켓몬들과 재회하고, 피카츄를 잡기 위해 새로운 계획을 세운다. 지금까지의 모든 것을 건 일생일대의 작전. 과연 성공할 수 있을까?

라티아스는 지우 일행 앞에 다시 나타나 꿈그리기를 통해 위험에 처해있는 라티오스의 상황을 알려 준다. 포켓몬헌터로부터 부상당한 라티오스를 구출하기 위해 고군분투하는 지우 일행. 과연 지우는 포켓몬헌터를 물리치고 라티오스를 무사히 구해낼 수 있을까?