マサラタウンから始まるサトシのジョウト地方への旅。オレンジ諸島で知り合ったケンジは、オーキド博士の助手となった。サトシとピカチュウ、カスミとトゲピー、そしてタケシ、また新たな旅がここから始まる。

サトシたちは、キキョウシティに向かっていた。途中、チコリータを連れた新人トレーナー、ナナコに出会う。ナナコはサトシに早速勝負を挑むが、あっさりと負けてしまう。悔しがるナナコの前にロケット団が現れて…。

森の中を歩くサトシたちは、森林警備隊モリオに出会う。モリオは、カイロスの生態系を調査するために森へやって来たのだが、カイロスの森へ続く吊り橋が、何者かによって谷に落とされていた。

旅を続けるサトシたちは、ドンファンの飼い主ヒイラギと出会う。ヒイラギのドンファンは、メノウを見つけるよう訓練されていた。その噂を聞きつけたロケット団が、ヒイラギのドンファンを奪おうとするが…。

森の中で迷ってしまったサトシたちは、深い霧の中で幻覚を見てしまう。そこにシゲルが現れ「この森はホーホーがいないと抜け出すことが出来ない」と言われる。サトシたちは無事森を抜けることができるのだろうか。

ラフォールタウンにたどり着いたサトシたち。ここでは年に一度のポケモンパフォーマンス大会が開かれている。そこで、サトシたちはダンスユニット、ヒッキーズを率いるヒカルという少女と出会ったのだが…。

サトシたちが通りかかったコクモタウンに「怪盗猫八」を名乗る泥棒が現れた! その大泥棒を捕まえるのが、コクモタウンのジュンサーとイトマル。サトシたちは早速「怪盗猫八」退治に協力を申し出るが…。

サトシたち旅の途中、首にリボンを付けたブルーを見つける。ブルーのご主人のカネヨは、見つけてくれた御礼にと、自分の屋敷に招待するが、そこにロケット団が現れて、ブルーをさらっていってしまった!

メジカタウンを訪れたサトシたちは、子供のオドシシに出会った。タケシは怯えているオドシシに近寄り警戒を解く。と、その時、町の真ん中にオドシシの大群が現れた! だがそれは、子供のオドシシが作った幻覚だった。

次のジムに向かうサトシたちは、野原で野生とおぼしきチコリータに出くわす。手強いチコリータだったが最後はサトシが勝利した。気絶したチコリータをポケモンセンターに連れて行こうと抱き上げるが…。

旅の途中サトシは、川のほとりで大事なGSボールをミズウオポケモンのヌオーに持ち去られてしまう。ヌオーの後を追い、GSボールを取り戻そうとするサトシと、これを機にヌオーをゲットしようとするカスミだったが…。

キキョウジムを目指すサトシたちは、6体のレディバを操るマコトという少女と出会う。6体ものレディバを見事に操る秘密、それは、先祖から代々伝わる笛にあるという。その笛を狙って謎の二人組が近づいてきた。

ハッピータウンにたどり着いたサトシたち。この町のポケモンセンターでは、ハピナスがジョーイさんの助手を務めていた。その晩、ポケモンセンターに忍び込んだロケット団は、ハピナスに見つかってしまうが…。

サトシたちは、最初のジムがあるキキョウシティにやってきた。キキョウジムを探している途中、女教師サユリと出会う。見学を申し込むタケシの勢いに押されサトシたち一行は学校を見学することに…。

リーグ戦に臨むためキキョウジムまでやってきたサトシたち。勝負への意気込みを見せるサトシだったが、突然ロケット団にピカチュウを奪われてしまう。あわや今回は、ロケット団の完全勝利かと思われたその時…。

キキョウシティを出発したサトシたち。道中、突然みずねずみポケモンのマリルが現われた。尻尾に結ばれたリボンからどうやらすでにゲット済みらしい。果たしてトレーナーはどこにいるのだろうか?

旅の途中、木陰で昼寝するサトシたち。退屈そうにしていたトゲピーもやがて眠りについた。そこへ、近くの森に住むオタチがやってきて、眠っているトゲピーに興味津々、オタチは眠ったままのトゲピーを転がし始め…。

サトシたちは 、リザフィックバレーにたどり着いた。ここはリザードンの有名な生息地である。そこで、美女のリザードン使いジークに出会ったサトシたち。リザフィックバレーを案内してくれるジークの真意とは?

旅を続けるサトシたちは、道中チサトという少女と出会う。チサトは”たいようポケモン”のキマワリを育てているという。この街では年に1回キマワリの美しさを競う”キマワリコンテスト”が行われているのだ。

サトシはヒワダジムに向かう途中、塾帰りの少年からポケモンバトルの挑戦を受ける。サトシはチコリータで勝負にのぞむが、手強く苦戦する。チコリータを戻しピカチュウをバトルに投入しようとするサトシだったが…。

道中サトシたちは“わたくさポケモン”のハネッコに出会う。強い風に吹かれ飛ばされているハネッコを追い掛けていくと、そこにはアズサと名乗る少女がいた。アズサはハネッコを育てながらなにかを観察している様子。

サトシたちは旅の途中、グライガーの鳴き声を聞き、興味を抱く。と、突然ロケット団の落とし穴にはまったサトシたち。しかし謎の男グライガーマンに助けられる。果たしてこの男の正体とは?

サトシたちはヒワダタウンにむかう途中で”わたげポケモン”のメリープを放牧している親子に出会う。娘のカレンは年に一度、村で開かれるカーニバルで開催されるポケモンバトルに参加しようとしているのだが…。

旅の途中、森で道に迷ったサトシたちは、ガラの悪そうな少年と出会う。少年はこの辺に生息するヒノアラシを探しているという。サトシたちもヒノアラシをゲットしようとやる気になるが、そこにロケット団が現れて…。

ヒワダタウンに着いたサトシたち。 ジムリーダー戦に望む前に、GSボールを見てもらうため、ガンテツさんをたずねることに。そこでサトシたちが見たものは、どこへ行ってもヤドンだらけという、異様な光景だった。

オーキド博士のお使い、GSボールを無事ガンテツに渡すことが出来たサトシたち。そんなガンテツからぼんぐりの実でモンスターボールを作ってもらえることを聞き、喜んで裏山へと向かったサトシたちだったが…。

いよいよヒワダジムのジムバトルに望むサトシ。植物園のようなこのジムには虫ポケモンがいっぱいだ。ジムリーダーのツクシは「歩く虫ポケ大百科」の異名を持つ。果たしてサトシは勝利することができるのだろうか?

サトシたちはウバメの森で、カモネギのトレーニングに励む少年ナオトに出会った。すぐにナオトと別れ、次なる街へ向かおうとしていた矢先、慌ててナオトがサトシたちのもとに駆け込んできた!

コガネシティをめざすサトシたちは海岸沿いでソーナンスとトレーナーのテルに出会う。どうやらポケモン交換フェスティバルでソーナンスを他のポケモンと交換するみたいだ。だがフェスティバルにはロケット団が…。

旅の途中、ポケモンセンターに立ち寄ったサトシたち。そこで「消防グランプリ」が行われることを聞き、サトシも参加することを決意する。強敵ひしめく中、果たしてグランプリに輝くのはいったい誰だ!

サトシたちはコガネジムへ向かう旅の途中、“みずうおポケモン”のウパーを世話する“ウパーの保育園”に着いた。ひょんなことからサトシたちは保育園でウパーの世話をすることになるが…。

サトシたちは旅の途中、ブルーに出くわした。以前にカネヨのところにいたブルーのようだ。そこにひょっこりとプリンが現われ、プリンの歌で眠ってしまったサトシたち。目を覚ましたサトシたちが見たものとは…。

森を行くサトシたちは、キャンプ中にテントを何者かに荒らされてしまい、サトシは今まで大事に使ってきたリュックを盗まれてしまった。手がかりとして残された足跡を追うサトシたちが見たものは…。

サトシたちは旅の途中、川で釣りをするが、結果はさっぱり。そこへ突然水しぶきとともにワニノコが現れた。サトシとカスミはゲットしよう必死。ワニノコを巡って二人の争奪戦が始まった。

サトシたち一行は道中、峠の橋を通るポケモントレーナーをことごとく打ち負かすという凄腕トレーナーのうわさを耳にする。サトシたちは早速橋に向かうが、そこにいたのはなんとタケシ好みの美しい少女だった。

次なる目的地コガネシティに向かうサトシたちの前にマリルリが現れた。それを見たサトシのワニノコはすっかり一目惚れ。そこに、突然ヒバリという少女が自分のマリルリを探しにやってきて…。

森の中を進むサトシたちは、トリガイという男に出会った。トリガイによると、この森はヨルノズクのすみかで、中でも珍しい、色違いのヨルノズクがいるらしい。サトシは早速ゲットに闘志をもやす。

ポケモンたちをみんな外に出し、のびのび過ごしていたサトシたち。そこへ、突然ロケット団が現れ、サトシたちのポケモンをすべて奪ってしまった。と、その瞬間、森の中からリングマの群れが現われて…。

サトシたちは途中の森で「ゴーストポケモン多発地域!」と書かれた看板を目にする。不安を隠せない一行の前に突然姿を現したのはキリンリキとそのトレーナーのチェリーという少女だった。

サトシたちは、立ち寄った町でポケモンにたとえて占うポケモンうらないが最近評判だと知る。興味津々のサトシたちは、その本が買えるという町外れの老夫婦が営むポケモンの育て屋に行くのだが…。