终于来到了城都地区的第一个城镇——若叶镇。小智一行人去拜访了城都地区的神奇宝贝博士——空木博士。可是他误把火箭队的武藏当成乔伊小姐,傻呼呼的让武藏拿走小锯鳄。这只小锯鳄是明天要送给新人训练家的。小智深知事情严重,主动要求帮忙君莎小姐把小锯鳄抢回来。打倒火箭队以后,小智正式登记参加城都联盟。

小智遇到若叶镇的新人训练家奈奈。奈奈向小智提出挑战,结果输得一踏涂地。火箭队看上奈奈,利用奈奈设下一个棒球陷阱,伺机抢走菊草叶和皮卡丘。奈奈知道上当受骗,遂和小智连手打倒火箭队。

赫拉克罗斯的森林突然受到大甲攻击。原来是火箭队贪图大甲森林的树汁，赶走大甲，使得大甲群往赫拉克罗斯的森林移动。为了恢复森林的平衡，小智打败火箭队，让大甲得已回到原来的栖息地。

小智等人来到一座山谷，遇见顿甲训练家衣其小姐。衣其小姐的顿甲有寻找玛瑙的能力，被财迷心窍的火箭队抢走。于是小智等人找到火箭队，双方一场激战。当然，火箭队自然是被打败了。于是衣其小姐找回了她的小顿甲，并且和小智做神奇宝贝战斗，以做答谢。

迷惑森林有许多恶作剧的神奇宝贝,使进入森林的人们迷路走不出去。小智一行人也在森林中迷路。先是遇到小茂,被嘲笑一番,接着遇到怪婆婆铃金。跟铃金借来的咕咕是只能力不足的咕咕,根本没有能力带路。这时候又巧遇火箭队,跟火箭队打没多久,火箭队就被幻觉骗走了。紧接着换小霞发生危险。咕咕喜欢小霞,因而发挥潜力,带领小智等人走出森林。

小智一行人在东门镇遇到训练美丽花准备参加神奇宝贝表演大会的阿丽。火箭队追踪小智等人随后来到这个地方，想用表演发财，失败后又想重操旧业，偷走参加大会的神奇宝贝。当然，这个阴谋又被皮卡丘和阿丽的美丽花粉碎了。

火箭队的武藏、小次郎、喵喵以怪盗猫八自居，到处犯案。君莎带着警察神奇宝贝线球一起出动调查。小智等人刚好旅行到镇上，遂答应君莎一起逮捕神奇宝贝小偷。在小智和皮卡丘及君莎的线球协助下，火箭队又被打得落慌而逃了。

阿札拉镇是有钱人的高级住宅区。住在那里的布卢却老是很不高兴，还离家出走。小智等人因为找到离家出走的布卢，而被请入有钱人家里作客。在那里目睹了有钱人溺爱宠物的千奇百怪的行为。火箭队见布卢是难得一见的神奇宝贝，就发动烂计划想偷走布卢。哪知布卢却大发神威，和小智等人一同打跑火箭队。

小刚在公园遇见应该住在深山的小惊角鹿。没多久，一大群惊角鹿就猛冲过来，吓得大伙鸡飞狗跳。紧接着没多久，火箭队也加入搅局，想捕捉惊角鹿群图利。殊不知，这群惊角鹿只是小鹿制造出来的幻影。火箭队拿出秘密武器想活捉小鹿，而与小刚展开对战。最后在皮卡丘的活跃下，成功的救出小鹿，把小鹿送回原来生活的地方。

小智在雪山山麓遇见了一只菊草叶，想把它收服成自己的神奇宝贝。可是这只菊草叶很好胜，即使明知没胜算，也绝不服输，而搞得自己伤痕累累。小智好心将菊草叶送到神奇宝贝中心，却被火箭队把菊草叶带走了。于是两队人马又展开追逐战。

小智等人来到吉野市，小智发现新的神奇宝贝〞沼王〞，想加以收服，却反而被沼王抢走了GS球。后来在君莎的阻止下，小智等人才知道在吉野市沼王属于保育动物，不可随意猎捕。既然无法出手，就只好跟着沼王等沼王自己丢弃GS球了。在这等待与跟踪的过程中，小智他们经历一趟沼王的神奇之旅。

前往桔梗市的途中，必须经过一条河才行。但是过河的唯一的桥被火箭队弄坏了。就在小智等人无计可施时，一位少女驾驭着许多芭瓢虫飞过来了。她是利用笛子控制芭瓢虫为农作物授粉的小真。火箭队得知这把笛子存在，就使出卑鄙手段抢夺。然而其实控制芭瓢虫的并不是笛子，而是人类与芭瓢虫真正交流的心灵。

小智一行人在快乐镇遇到了幸福蛋，这个幸福蛋的主人是乔伊小姐，但是遇到穷途末路的火箭队的武藏，它却高兴得把仓库里的东西都奉送给武藏。原来很久很久以前，这个幸福蛋与武藏是同班同学，也是互相扶持的好友。然而幸福蛋一口气搬出这么多东西给火箭队，是很明显的违法行为。武藏为了保护幸福蛋，自动出面要挟以仓库的东西交换皮卡丘，来解开幸福蛋的嫌疑。当然，结果是又被小智等人修理了一顿。

到桔梗市时小智一行人先到喇叭芽之塔。这时候火箭队又出现了。他们以破坏喇叭芽之塔做威胁，要小智将皮卡丘交出来。为了保护大家的喇叭芽之塔，小智又跟往常一样，用他的神奇宝贝把不学好的火箭队教训一顿。

在桔梗市的桔梗道馆赛，是小智打入城都连盟的第一场比赛。阿速因为热爱飞行的感觉而立志当最优秀的鸟神奇宝贝训练家。面对阿速的空战优势，小智也不甘示弱的拿出有他的压轴王牌，脾气古怪的喷火龙，最后以智取胜，赢得他在城都连盟的第一个徽章。

小智一行人来到高级别墅区遇见了一只迷路的玛力露。这个玛力露跟主人走失，一直哭个不停。在忽然降下的倾盆大雨和响个不停的雷鸣声中，小霞、皮卡丘与玛力露一起掉到谷底去了。在小霞与皮卡丘忙着安抚柔弱的玛力露时，又巧遇爱捣蛋的火箭队。正好小智也来到附近，打败火箭队后，总算把玛力露送回主人美雪小姐的身边。

火箭队的机器人怪怪阿柏号被贪玩的尾立与波克比闯入。两个贪玩的小不点在怪怪阿柏号里面玩耍，一路撞出一条路和一个隧道，向城市的方向奔去，让追在后面的小智一行人与火箭队疲于奔命。幸好最后在尾立们的协助下，让怪怪阿柏号停下来了。可是小智要如何收拾波克比惹出的烂摊子呢？

喷火龙山谷是野生的喷火龙们的修行之地。小智的喷火龙来到那里以后显得完全不堪一击，甚至还被轰出来。火箭队旁观整件事的经过，勾起了过去惨痛的记忆，而决定牺牲小我来成就喷火龙，故意自导自演让喷火龙打败他们，找回以往的信心。最后，喷火龙山谷终于接纳了小智的喷火龙。小智就在这个山谷与喷火龙告别了。

小智一行人快到阳光镇时差点渴死，幸好美丽的千莎伸出援手。来到了镇上，又碰到千莎。小刚按惯例又对美人献起殷勤。一阵聊天之后，晓得千莎也要参加向日花怪选美比赛，可是她的向日葵不只不笑，还总是闷闷不乐的样子。于是小智等人决定替帮助过他们的千莎解决一个心头上的问题。

菊草叶在战斗中被小智用皮卡丘替换下阵，误以为小智只疼爱皮卡丘，而气得在战斗中跑掉了。小智不只输掉一场比赛，还得忙着找回耍脾气的菊草叶。幸好遇到乔伊小姐的帮忙，小智才了解菊草叶的心理。此一同时，皮卡丘追上菊草叶，拼命的解释，想带回菊草叶。不怀好意的火箭队此时出现想一箭双雕，抢走皮卡丘和菊草叶，但还是被赶上来的小智给打败。

小智一行人在草原遇到另外一位也叫千纱的小姐。她正在研究利用毽子草的特性来预测天气。在起风之前，毽子草会围起来，像浦公英一样随风飞舞。可是有只毽子草很奇怪，怎样都不飞。细看之下原来是一个走路草。小智决定达成走路草飞起来的心愿。此时捣蛋的火箭队又来了。当然又是跟小智大打出手，然后被打败。一波未平一波又起，紧接着一个好大的龙卷风来了....

火箭队带着怪兽在街上出现了。小智想加以阻止，却又误入陷阱无法行动。此时天蝎跟天蝎人出现了。为了守护城市而战的天蝎人，他的真正身份其实是玩具店的老板。他有个心愿就是让自己的女儿由香当下一代天蝎人。面临火箭队的恶势力，小智与天蝎人的苦斗终于打动了由香的心，指挥自己的天蝎挺身而战。

小智一行人在牧场遇到少女香莲，她想带她的咩利羊参加神奇宝贝大会，却一直无法受到母亲爱莲的承认，说她的实力不够。好胜的香莲遂独自偷偷做神奇宝贝战斗训练。她对小智提出战斗的要求，虽然这场比赛以落败收场，但也使得香莲悟出了过去自己错在哪里。在这时火箭队的人来攻击了。香莲的表现果然让妈妈刮目相看。

新吾是个认为计算机万能的神奇宝贝训练家。他带着他的巨钳螳螂，从来没打过败仗，而变得非常自大。新吾的父亲为了点醒新吾，到处找人跟新吾挑战，却从没赢过。小智向新吾挑战，新吾拒不接受。这时火箭队出来了。打倒计算机上没有的小喽喽后，新吾决定和小智一战。他靠着计算机记录分析出小智的行为模式，却还是被小智的赫拉克罗斯的直觉战打败。这才脱离了计算机的迷思。

小智一行人来到森林中遇到了火球鼠。这个火球鼠正遭到训练家浩二追逐。浩二以不择手段的方式追捕火球鼠，令小智义愤填膺。这时连火箭队也加入攻击，使火球鼠陷入空前的大危机了。小智击退这些居心不良的家伙的同时，也获得了火球鼠的友谊，而收服了火球鼠。

小智一行人来到桧皮镇。那个地方的人把呆呆兽当神明一样的崇拜。小智他们不小心踩到呆呆兽尾巴，遭到全镇疯狂大围捕。幸好后来出现一个穿着呆呆兽布偶的人所救。告别那个人后，为了完成大木博士交代的差事，小智开始寻找钢铁先生，这才晓得救他们的人就是钢铁先生。钢铁先生为了守护呆呆兽到井边去了。小智一行人又赶到呆呆兽之井，发现滥捕呆呆兽的火箭队，双方又大打出手。

小智一行人从钢铁先生口中得知后山的圆柑果实可用来制作不同的神奇宝贝球.于是钢铁先生的孙女带领小智来到了后山.但是就在这个时候,贪心的火箭队想把圆柑果实一网打尽.小智他们有办法阻止火箭队吗?

小智一行人抵达了桧皮道馆.道馆训练家是使用虫系神奇宝贝的高手.小智一开始就轻忽了虫系神奇宝贝的力量而轻敌.结果几乎要被打败,小智他能反败为胜吗?

大葱鸭不见了.原来它跑到了桐树林,小智他们也来帮忙找寻.但是,火箭队却想把大葱鸭给抢走.到底小智他们能比火箭队先找到大葱鸭吗?

小智他们今天来到了神奇宝贝交换大会,遇见一位拥有果然翁的小孩.他也想用他的果然翁来和别人的神奇宝贝交换.但是小智他们真的有办法顺利的替他找到愿意和他交换的人吗?

小智一行人遇上了神奇宝贝消防大赛,当初小智一行人在橘子群岛遇见的卡咪龟消防队也来参加,在参赛队伍中意外的发现以前的杰尼龟军团,在君莎带领下也来参加.到底胜利是属于谁的呢?

小智一行来到一间乌波的育幼院.但当他们在参观时园长临时有事却不知找谁来照顾一群乌波.小刚这时自告奋勇要帮忙.但是园长才离开没多久,乌波们却到处乱跑,到底小智他们能把乌波找回来吗?

通过大岩蛇洞窟的小智一行人,继续往下个城镇旅行.没想到却发生了包包失踪事件,小智和乔依护士的随身物品都失踪了.到底是谁偷走的呢?原来是戴鲁比干的好事,小智要怎么让戴鲁比变好呢....

小智一行人前往满金市途中,突然有一只小锯鳄出现在他们的面前跳舞,小智看到就想要收服,但是身为水系的小霞也要小锯鳄,于是小智和小霞决定比赛,赢的人就可获得小锯鳄.但是火箭队却过来帮倒忙…到底小锯鳄奖落谁家呢?

小智收服小锯鳄之后,开心的继续旅行.途中遇到钢铁系中最强的宝贝--盔甲鸟,派出火球鼠对抗,可是盔甲鸟强大的力量让火球鼠招架不住.到底最后的胜利者是谁?盔甲鸟还是火球鼠?

小智一行人来到河边.他们便拿出水系神奇宝贝让他们在水里活动,这时突然岩石后面传来一阵歌声~小锯鳄跑过去看.原来是一只玛力露丽在唱歌.小锯鳄对他一见钟情,便对他示爱,没想到被拒绝,小锯鳄会成功吗??

继续往满金市前进的小智一行人,在经过森林时发现猫头夜鹰.小智身边也正缺了一只鸟系神奇宝贝.小智费尽心思想要收服猫头夜鹰,到底最后结果如何呢?

小智一行人前往满金市途中,和火箭队对打.没想到激怒了一群圈圈熊.圈圈熊的破坏死光将小智一群人分散了.小智小刚和武藏一起,小霞则跑到了小次郎和喵猫那里.到底他们能再相会吗?中途会发生什么有趣的事吗??

小智一行人来到经常闹鬼的地区,超能镇.镇上的人都饲养超能力神奇宝贝来驱赶鬼斯通.饲养超能力神奇宝贝麒麟奇的杰莉偶遇小智等人,就带领他们到超能镇玩.谁知才到镇上不久,就传出奇怪的巨大耿鬼掳走超能力神奇宝贝的消息.小智等人赶到一看,发现不是出现了什么无敌的巨大耿鬼,而是火箭队打造了外貌像耿鬼的机器人,在抢超能力神奇宝贝.在杰莉的麒麟奇的协助下,飞天的皮卡丘又打跑了火箭队了.

据说满金市市郊神奇宝贝培育店的神奇宝贝占卜书很准.小霞与小刚俩人也挡不住好奇,买了一本.然而书上却说小霞属于暴鲤龙类型,打破了小霞对自己的美好幻想,气得要找老板理论.此时,火箭队的小次郎查出自己是征服世界的火焰鸟类型,信以为真,带着部下喵喵与武藏打算到培育店打劫神奇宝贝.然而店主的老婆婆与老公公却撕下伪装,原来他们也是火箭队的成员,以前出场过的亚马多与小三郎.小次郎在小智等人口中得知占卜书是捏造的,小次郎因而顿失斗志,于是火箭队又被打败了.