大都会コガネシティに到着したサトシたち。いざジムバトルと、やる気満々のサトシだったが、コガネジムは留守だった。すっかり気勢をそがれた一行は、気分転換にウインドーショッピングに出るが…。

ジムリーダー、アカネにバトルを挑んだもののアカネのミルタンクに完敗したサトシとピカチュウたち。サトシはアカネのミルタンクに打ち勝つ術を見いだせないでいた。そんなサトシをアカネは牧場へと案内する。

サトシは、レストランでラジオ番組プロデューサーのアラシから、人気番組、ポケモンストリートへの出演を依頼される。コガネジムのバッジをゲットした者がゲストに招かれるコーナーがあるというのだが…。

エンジュシティを目指して旅を続けるサトシたちは、自然公園で、虫取り大会が開かれていることを知る。サトシはやる気満々で参加を申し込む。そこには以前出会ったトレーナーのナナコの姿が…。

旅を続けるサトシたちは、川に橋がないことを知り近くのおじいさんに頼み込むことに。すると、そのおじいさんはウソッキーというポケモンを見せれば、船で向こう岸に渡してくれるというのだが…。

旅の途中、オーキド博士に呼ばれ寄り道をするサトシたち。向かった先は古代ポケモンの化石がたくさん発見されているというアルフの遺跡。ここですごい発見があったらしい。サトシたちが目にしたものとは…。

旅の途中、オニドリルに追われていたポッポを無事救い出したサトシたち。そこへワタリと名乗る少年が駆けつけた。ワタリによるとポッポは通信の不便な所へ手紙を届けている伝書ポッポなのだというが…。

旅の途中、どしゃ降りにあってしまったサトシたち。あわてて雨宿りをしようと駆け込んだのは、怪しげな洋館だった。一休みをしていると突然中から悲鳴が…。この洋館には一体何が潜んでいるのだろうか?

旅の道中、あばれケンタロスが老人に突進するのをくいとめたサトシたちは、その老人に気に入られ家に招待されることに。着いた先では、数々のポケモンが格闘修行に汗を流すポケモン道場であった!!

いつのまにかジャングルの中へ入ったサトシたちは、ひょんなことから天然の温泉を見つけ大喜び。ビーチボールで遊んでいたが茂みの奥へ跳ねていってしまった。それを追いかけたポケモンたちは…。

旅の途中、カスミのニョロゾが、突然トキオという少年のニョロボンに殴られてしまう。怒るカスミは、アズマオウ・フィッシング大会にトキオが出場すると聞き、自らも大会にエントリーすることに…。

以前シザーストリートで出会ったユキからメールが来たタケシ。彼女は、ブリーダーの大会に出場するため、パートナーのポケモンを探しているらしい。タケシは預かっていたロコンをユキに渡すため会場へと向かった…。

旅の途中、サトシは食べ過ぎが原因で腹痛になってしまう。そこへ、小柄なおじいさんがサトシに丸薬を与え、すぐに腹痛を治してしまった。このおじいさんは秘伝の漢方薬を探しているのだとか…。

道中の峠道で、サトシのライバル、シゲルのバトルを目撃するサトシたち。シゲルはブラッキーで見事に相手を打ち負かした。勝負を挑むも断られたサトシは悔しさの余り、レストランでヤケ食いをしていると突然…。

森の中でレディアンを見つけ後を追ったサトシたちに、突然強風が吹き付けてきた。その風は、森林警備隊のシロウが、レディアンの特訓のためピジョンにおこさせたものだと判明。サトシも特訓につきあうのだが…。

サトシたちは道中、多数のソーナンスに出会う。そのソーナンスたちに付いていったサトシたちは、村人全員がソーナンスを持つ、ソーナンスの村に辿り着いた。そして今日は、ソーナンス祭りの日なのだとか…。

旅の途中、立ち寄ったポケモンセンターで、イミテと再会したサトシたち。かつては半人前だったイミテのメタモンも、ポケモン大演芸祭に招待されるほどに成長していた。久々の再会を喜び合う一同だったが…。

旅の途中で一休みするサトシたち。そこへコンパンと共に現れたのは真っ赤な忍者装束に身を包んだ、セキチクジムのジムリーダー、キョウの妹、アヤだった。そして謎の老人が現れて…。

サトシは旅の途中、ヤンヤンマとそのトレーナーのヒロトという少年に出会う。ヒロトはヤンヤンマの羽根から発する衝撃波で町中のガラスが割れるため、手を焼いていた。そこでヒロトのためにサトシは一肌脱ぐことに!

サトシたちはエンジュシティを目の前に、ポポッコとそのトレーナー、ミノルと名乗るその少年と出会った。ミノルによるとエンジュシティでは年に一回くさポケモントーナメントが開かれるというのだが…。

旅を続けるサトシたち。小高い丘を越えたところに果樹園があった。果樹園の入り口までやってきたサトシたちだったが、突然ピカチュウに果実泥棒の疑いがかけられてしまった。真犯人は一体誰なのだろうか?

サトシたちは山岳地帯でヘルガーを見かける。ヘルガーは鞄をさげており野生のポケモンではない様子。と、そこへ突如あらわれたロケット団。そのどさくさに紛れてカスミのトゲピーがはぐれてしまった!

サトシたちはエンジュシティにたどり着いた。エンジュジムはこの街のシンボルすずの塔の近くにあるという。しかし、一行の目の前にそびえ立つ塔はまるで火事でやけたような有様。一体この塔に何があったのか…?

サトシたちはジムリーダー、マツバに出会った。彼は伝説のポケモン・ホウオウとコンタクトできる一族の末裔であり、ゴーストポケモンの使い手だ。果たしてサトシはジムバトルを制することができるのだろうか!?

マツバとのジム戦を終えたサトシたちは、大きなエンジュシティにもうしばらく止まることにした。まずは腹ごしらえと評判のお団子屋に入った一行の目に映ったのは街で催されるお茶会のポスターだった。

サトシは、ジョウトリーグで手に入れた4つのジムバッジを嬉しそうに磨いていた。そこへ、三羽のヤミカラスが現れ、サトシの虎の子のバッジを奪い逃げてしまった。サトシは無事バッジを取り戻せるのだろうか…?

照りつける太陽に喉がカラカラのサトシたち。ポケモンセンターを目指す一行は、風化しかけた古代文明の遺跡にたどり着いた。遺跡にはテッポウオの彫刻が多くみられ、ここもかつては水の豊かな土地だったようだが…。

不気味な雰囲気の森を進むサトシたち。タケシによれば、どうもこの辺りに凶悪なポケモンが出没するという噂があるらしい。サトシたちは無人の山小屋を発見しそこで泊まることにするが、外で怪しい物音が…。

サトシたちは、かつて旅の途中に出会ったカメラマンのトオルと再会する。トオルは伝説のとりポケモン、フリーザーを撮影するため探し回っていたのだ。そこに突然、氷漬けになったヒマナッツが落ちてきた!

フリーザーを探しに雪山までやって来たトオルとサトシたち。お弁当を食べようとしたところ、突然ウリムーが突進してきた。このウリムーはコユキという少女とその父親が温泉探しのため連れて来ていたものらしい…。

サトシたちとトオルはフリーザーを追い求め、付近で最も高いシラユキ山へとやってきた。雪道を進む一行は凍りついた姿のプリンを発見する。もしや、頂上に行けばフリーザーに出会えるかもしれない…。

次の街へと谷間を進むサトシたち。そこへ突風が吹きつけ、大岩が一行めがけて崩れ落ちてきた! とその時、3つの影がサトシたちを間一髪で救い出した。それは、ハルカとユタカの兄弟が率いる3匹のウインディだった!

虫取り網を片手に持つ、キイチと出会ったサトシたち。キイチは以前ここでノコッチが大量発生した時、自分だけゲットし損なったというのだ。サトシたちはキイチの為、ノコッチゲットを手伝うことにするのだが…。

旅の途中、ピカチュウがロケット団特製のオリに閉じ込められてしまう。そのオリを抱え逃げるソーナンスが岩につまずきピカチュウはサトシの元に。しかし、オリを開ける専用の鍵をもったソーナンスは行方不明に…!?

旅の道中、タケシが突然たおれてしまう。責任感の強いタケシはポケモンたちの世話を休むわけにはいかないと無理をするが、足腰が立たない様子。サトシとピカチュウたちは彼の仕事を引き受けることにするのだが…。

旅の途中、リキシータウンに立ち寄ったサトシたち。そこでは、オーダイルがバトルの特訓を行っていた。どうやらオーダイルはトレーナーのライデンと共にポケモン大相撲の優勝を目指しているらしいのだが…。

山道を歩くサトシたち。さっきからピカチュウの様子がおかしい、どうやらバテ気味のようだ。と、突然あらわれた謎の老人が一行に話しかけてきた。彼はこの辺は電気エネルギーを吸収してしまう特殊な土地だと言い、驚いたことにピカチュウにまでポケモン語で話しかけたのだ。ポケモンの言葉がわかるというこの老人は一体何者なのだろうか?

とある森の中でタケシのゴルバットが気を失っている女性を発見した。考古学の研究員ナツキは遺跡の調査中に土砂崩れに遇ってしまったのだ。サトシたちはナツキを助け起こし無事を確認するが、調査に必要な超音波探知器が壊れてしまったらしく、一行は調査を手伝うことに…。遥か昔、黄金の仮面と杖を使ってポケモンを自由に操る女王がいたという伝説が残るこの遺跡、何か秘密がありそうだ。

サトシたちが道中立ち寄ったホワイトタウン。ここの街並みは歴史遺産の候補にも挙がるほどの美しさで一行も思わず感動。ところが突然の悲鳴に気が付けば、街が誇る白い壁をさまざまな色に塗り替えようとする者がいるではないか。その犯人はなんと3匹の“えかきポケモン”ドーブルであった。サトシたちは落書き現場に偶然通りかかった為、この騒動に巻き込まれてしまうが…。

アサギシティを目指し旅を続けるサトシたち。ポケモンセンターが近くにないため野宿の支度をしていたが、通りかかった少女ユメカが転びそうになったところをタケシが救ったことから、一行はユメカの自宅に世話になることに。いつもは美人と見ればすかさずアタックするはずのタケシだったが、今回ばかりは勝手が違いユメカの猛烈ラブアタックにすっかりタジタジ。いったいどうしちゃったの!?

旅の途中、とある高原を通りかかった一行。吹き抜ける風の心地よさに、サトシもポケモンたちもそろってひなたぼっこ。丁度お腹もすいたのでランチの準備がはじまり、サトシもチコリータと薪を探しに近くをうろつくが、高原にポツンと建っていた謎の建物に閉じこめられてしまう。さらに、そこにはお宝目当てに忍び込んでいたロケット団がいたからさあ大変! 一体どうなる事やら…。

サトシのチコリータは無事ベイリーフに進化したが、まだ自分の力をコントロールできない様子。以前のようにサトシに甘えようとすると勢い余って吹っ飛ばしてしまうこともしばしばだ。サトシもしょうがないと思いつつ調子があわず困ってしまう。そんな折り、ベイリーフはサトシに注意されたことから傷つき家出をしてしまう。河原までやってきたひとりぼっちのベイリーフは足を滑らせ川に落ちてしまう…。

サトシ一行は道中の草むらで“ことりポケモン”のネイティと少年のコンビに出くわした。しかし、少年は話しかけるとそそくさとその場を立ち去ってしまう。その後、立ち寄ったナットタウンではフェスティバルが開かれており集まったポケモン大道芸人たちで大にぎわい。エイパムの竹馬乗りやストライクの紙きり芸等々が並ぶ中、ネイティの占いにも人だかりが…そこにはさっきの少年の姿もあった。

道中の草原に、奇妙なバツ印を見つけたサトシ達。ミステリーサークルか!? と思いきや、上空を気球で通りかかった少年トビオからそれは気球競技の標的だと教えられる。一行はトビオの家に招かれもてなしを受けるが、ひょんな事から明日行われるポケモン気球大会に出場することに…。トビオの父お手製のピカチュウ気球で大会に挑むサトシたち、はたして結果はいかに?

街なかで女の子ばかりの人だかりを見かけたサトシ達。興味津々でのぞき込もうとしたところ、人垣をかき分け出てきたサングラスに帽子姿の男から毛布にくるまれた何かを渡される。「しばらく預かってくれ!」と、男は言い残しその場を去ったが…。サトシの手元に残されたのは何とも愛くるしい“くちづけポケモン”ムチュールだった。男の正体はいったい何者なのか? そしてムチュールとの関係は…?

湖のほとりでキャンプをしていたサトシ一行。「ザザザ…」という音に気付けば、湖面にはサイドンらしきポケモンの背ビレが…しかし、岩系ポケモンのサイドンがなぜ水中に? 通りかかった美女エリコによれば、それは“なみのり”をおぼえたサイドンなのだという。彼女は足を怪我したおばあさんの移動を助ける為に湖の下にトンネルを掘っていたのだが、この“なみのりサイドン”の力がどうしても必要なのだとか。サトシ達はエリコに協力しようとするが…。

次の街を目指すサトシ達を突如覆う黒い影。何かと思えば上空を通過する巨大な飛行船のものだった。近くに降り立つこの飛行船に惹かれて一行は発着所に向かうが、そこでは乗務員がポケモンの医者を探していた。ポケモンの治療に心得のあるタケシが名乗りをあげ、案内された船内にはゴージャスな美人姉妹が待っていた。彼女たちがかわいがっているカクレオンがどうやら船酔いしたらしい。丁度その頃、ロケット団はこの巨大飛行船を丸ごと奪おうと企んでいた…。

サトシたちが見つけたのは、水がきらきらと輝き、心地良い風が吹き抜けるアラタマ池と呼ばれる池だった。しかし、その池の中から「ザザザ…。」といきなり何者かが現れた。それはなんとこの池のほとりにある、ポケモンセンターのジョーイさんではないか。それを知ったカスミは大感激!! 何故ならアラタマ池のジョーイさんは水系ポケモン好きの間でも憧れの名医だからだ。しかし、皆はジョーイさんの意外な事実を聞かされ、だーいショック!!! 一体ジョーイさんに何が!?

次のジムをめざし旅を続けるサトシたち。砂漠を越えればアサギシティーと思いきや、その砂漠で立ちふさがるのは、またもやロケット団。ドガーズに対抗し、サトシが持ち出したのはヒノアラシ。だが、ドガーズの煙幕に、ヒノアラシの火炎が引火して大爆発!! 一瞬にしてヒノアラシがきえてしまった!? ヒノアラシを探しながらポケモンセンターによったサトシ達は、そこでポケモンの傷を癒すといわれる不思議なオアシスの話を耳にする……。

ようやくアサギシティにたどり着いたサトシたち。ひさびさのジム戦に挑もうと、アサギジムの門をたたいた。中で待ち受けていたのは、体は小さいにもかかわらずサトシらに堂々に挑む女の子。アサギバッジを手に入れるために勝負にでたサトシだったが、突然ふと目の前に現れた美少女に止められてしまった!! 実は、この美少女こそ本物のジムリーダーのミカンであり、戦いに挑んできた女の子はコナツという名のジムの見習いであったのだ。

アサギバッジのゲットは後回し、次はタンバジムに挑戦だ! とタンバシティーにやってきたサトシ一行。途中、海沿いの道から「どりゃぁぁぁぁー!」と声が聞こえてくる。何事かとのぞいてみると、道着を身にまとったオヤジが、ゴーリキーと共に猛特訓に励んでいる。なんだか凄そうなこのオヤジ。聞いてみるとタンバジムのジムリーダーではないか! はたしてこのオヤジからバッジを手に入れることができるのだろうか。