在大家充滿敵意和懷疑的眼光中雛接受了調查和審問，在源吾的判斷下雛成為Cygnus艦上的一員，雖然雛沒有了過去的記憶，但青葉向她約定一定會幫她弄清真相，兩人之間的氣氛迅速升溫，不過迪奧這時卻很不厚道地打斷兩人之間的氣氛——他們目的地是宇宙。佐基裡亞內部發生了政變產生了新政府，更在上層的強硬態度下進行部隊重編，奪取政權的人正是回到70年前慢慢滲透進高層的比森。經過數周的準備聯合軍以5只Cygnus級戰艦發動強襲作戰，迎戰的正是以阿爾弗裡德為首的Valiancer部隊。佐基裡亞軍為了拖延時間而展開消耗戰，但是比森瞄準Luxon Next和Bradyo Nnext解除Coupling的時機向友軍開火的行為讓佐基裡亞的軍人對上層徹底死心，青葉和迪奧雖然在雛的幫助下僥倖生還，但阿拉斯加基地也在這次攻擊中被摧毀。沒有退路的眾人唯一的活路就是集中現有的戰力將Gorgon摧毀，但是這時戰場上卻傳來一陣干擾將Coupling強制解除，一台怪異的機體出現在戰場上，駕駛它的正是在70年內滿懷怨念生存至今的比森。

比森所操縱的新型機擁有壓倒性的性能，更是在哈恩博士的開發下擁有單機發動Coupling的優秀機能，為了突破現有的禁錮艾維拉決定將計畫進行到下一階段，啟動獨立系統的Luxon Next發出了相同的干擾波，單機啟動了Coupling與比森戰鬥得不相上下。在艾維拉的的設計中青葉、迪奧和雛完成了幾乎不可能完成的三重聯結，Coupling的光芒照耀了整個戰場，不甘再一次失敗的比森在痛苦中看到了真相——由青葉和雛相遇開始的最初的Coupling，由Coupling實驗而開始的時空之旅……瞭解到一切真相的比森沒有放棄復仇，這時開槍阻止他的人是對新政府持反對態度的阿爾弗裡德，而新政府已經在反對者們的努力下倒臺，陷入絕望的比森對在場的一切發起了無差別攻擊，這個最終也沒有捨棄仇恨的男子在青葉等人的攻擊下身亡，臨終前他按下了Gorgon攻擊世界各大Nectoribium礦場的攻擊按鈕……青葉和迪奧最終沒來得及破壞Gorgon，但在青葉的強烈思念下LuxonNext和Bradyo Nnext進行了幾乎不可能的時空跳躍，人的思念最終超越了時空。毀滅一切的Gorgon最終在兩人的羈絆下被摧毀，劇烈的能量亂流再一次打開了空間隧道。青葉向迪奧等人告別和雛一起消失在特異點的閃光中，迪奧為失去這名心靈相通的摯友流下了淚水……佐基裡亞在新領導者的領導下與聯合軍議和，眾人走上了新的人生，美好的未來正在等待他們。而消失在特異點中的青葉和雛，恢復了原本的生活，而在大學的入學式中他們再一次邂逅了，看著眼前熟悉而又陌生的男子，雛伸出了自己的手……