Aoba Watase es un estudiante normal de primer año de secundaria que regresa a la escuela después de las vacaciones de verano cuando un misterioso robot lo persigue. Nunca lo había visto antes, pero su piloto parece conocerlo y lo quiere muerto.

Un minuto, Hina está desapareciendo, diciéndole a Aoba que Dio lo está esperando. En el siguiente minuto, Aoba se encuentra solo en una extraña cabina, empujado en medio de un tiroteo furioso.

Mientras Aoba intenta enfrentarse a este nuevo mundo en el que se ha encontrado, el barco en el que se encuentra vuelve a ser atacado. Y durante este compromiso, inesperadamente se encuentra con alguien que conoce.

Aoba enfrenta las consecuencias de sus acciones precipitadas durante el combate cuando vio a Hina. Y más tarde, el Cygnus aterriza en Narashino y Aoba tiene la oportunidad de explorar su ciudad natal para ver qué ha sido de ella en los últimos 70 años.

Aoba descubre más sobre Dio y su familia. Y más tarde, Cygnus se encuentra inesperadamente siendo movilizado contra una fuerza invasora de Zogilian.

Después de ser movilizados, los Cygnus y los Valriage Couriage ya no son un secreto. Para defender su existencia contra políticos indignados, llega un equipo de filmación para hacer un video promocional para reunir el apoyo popular.

Aoba finalmente tiene algo de tiempo para hablar con Hina, pero cuando intentan sobrevivir a la noche en la isla en la que aterrizaron, le resulta frustrante tratar de comunicarse con ella.

Desalentado por su encuentro con Hina, Aoba se deprime, pero Dio encuentra inaceptable su actitud llorosa y derrotista, especialmente una vez que son atacados una vez más

Aoba, Dio y Mayuka pueden irse a tierra en Hawai. Y mientras tanto, el contingente de Zogilian planea su próxima operación para tener en sus manos a los Valiente de Acoplamiento de la Confederación.

Los zogilianos se infiltran en la base de Hawai. Mientras la tripulación del Cygnus trabaja para frustrarlos, el padre de Hina le revela una verdad sorprendente.

La tripulación del Cygnus trabaja a través de las consecuencias de perder el Luxon y el Bradyon, y el defectuoso Coupling que Aoba y Dio llevaron a cabo utilizando los viejos Coupling Valiancers.

Con más de la mitad de su flota desaparecida y enfrentando a los Valientes de Acoplamiento enemigos, el Cygnus tiene la tarea de derribar a la Gorgona, el arma de destrucción masiva de Zogilia.