Наш главный герой, младший лейтенант Шин Кудо, непосредственный участник боевых действий, а точнее пилот F-14 Tom Cat. Именно его звено принимает на себя первый удар нового оружия — антиООНовских трансформирующихся истребителей. Потерпев неизбежное поражение в неравном бою, он оказывается на острове Майян. Местные жители, которые спасли его, знают легенду о неких "людях-птицах" некогда посетивших землю. Вообще весь основной сюжет завязан на этой легенде.

Одновременно с этими событиями, силы ООН находят глубоко под водой останки второго инопланетного корабля, которому по предварительному анализу не менее десяти тысяч лет. Это доказывает, что чужие посещали Землю, когда люди были ещё в каменном веке. Для проведения исследований полученного образца посылают старшего антрополога по культуре Ариес Тёрнер. Ей поручено разрешить вопрос о возможном чужом вмешательстве в земную протокультуру…