Le nouveau détective James Gordon et son partenaire d'expérience, Harvey Bullock, enquêtent sur le meurtre des parents milliardaires du jeune Bruce Wayne âgé de 12 ans.

Gordon et Bullock traquent un justicier qui élimine des citoyens de Gotham corrompus en les attachant à des ballons-sondes météorologiques.

Alors que le vote litigieux du conseil municipal sur l'avenir du district d'Arkham arrive à grands pas, les politiciens des deux camps sont en danger.

Gordon et Bullock cherchent la source d'une nouvelle drogue qui provoque l'euphorie, puis la mort; Cobblepot arrive à se glisser dans le cercle intime de Maroni.

Lorsqu'un tueur cible les premiers-nés de l'élite de Gotham, Bullock doit braver les souvenirs traumatisants d'une affaire sur laquelle il a travaillé par le passé.

Le Pingouin révèle un nouvel élément de sa stratégie de manipulation, ce qui oblige Gordon à faire face aux conséquences de sa décision d'épargner la vie du Pingouin.

Un citoyen de Gotham est retrouvé battu à mort et Gordon et Bullock s'interrogent sur le mobile; Bruce retourne à l'école, mais a de la difficulté à se faire des amis.

Harvey Dent, qui veut résoudre le meurtre des Wayne, pousse Gordon à faire équipe avec le maire James. Le Pingouin entre en contact avec Liza, l'arme secrète de Mooney.

Selina guide son nouvel ami dans un parcours périlleux au cœur de Gotham pour échapper aux assassins qui la traquent; Gordon est réaffecté à la suite d'un faux pas.

La mission de Gordon à Arkham commence mal lorsque le meurtre d'un gardien donne lieu à une enquête le menant à la Dre Leslie Thompkins.

Pour retrouver son emploi, Gordon tente de capturer Jack Gruber, un génie désaxé maître de l'électricité qui s'est échappé d'Arkham.

Un témoin clé dans une affaire de meurtre trouve la mort pendant qu'il est en garde à vue. Gordon soupçonne quelqu'un de la police et se renseigne auprès d'un vieil ami.

Fish révèle un secret d'Oswald Cobblepot, ce qui incite Maroni à tester sa loyauté; Gordon et Bullock traquent un tueur qui cible des victimes ayant des phobies.

Gordon et Bullock veulent arrêter un professeur de biologie qui récolte les glandes des victimes de ses meurtre; Mooney continue de comploter pour prendre le pouvoir.

Gordon et Dre Thompkins vont au cirque, mais leur soirée est interrompue par une attaque. Falcone demande à Butch Gilzean d'aider le Pingouin avec la boîte de nuit.

À la suite d'une série de vols de banque, Gordon et Bullock enquêtent sur la bande de braqueurs, alors que Selina Kyle continue de se rapprocher de Barbara.

Gordon cherche de l'information sur la récente controverse liée au commissaire Loeb. L'allégeance de Fish aux prisonniers est remise en question.

Gordon et Bullock enquêtent sur une ancienne affaire impliquant un tueur en série qui cible des jeunes femmes à Gotham City; Fish complote pour échapper au Taxidermiste.

Gordon et Bullock continuent leur enquête sur l'Ogre, qui s'intéresse à une personne proche de Gordon. Bruce et Selina exposent la corruption rongeant Wayne Enterprises.

L'Ogre dissèque les émotions de Barbara, alors que Gordon et Bullock tentent à tout prix de le trouver. Le Pingouin orchestre un massacre qui déclenche une guerre.

La guerre des gangs qui se joue à Gotham City atteint un point critique. Fish Mooney affronte Maroni et le Pingouin dans l'espoir de reprendre le contrôle de la ville.