Bruce odkrywa więcej sekretów swojego niedawno zmarłego ojca. Gordon niechętnie przystaje na współpracę z Oswaldem Cobblepotem.

Gordon przewodzi operacji odnalezienia uciekinierów z Arkham, którzy nadal są na wolności. Tymczasem Alfred, chcąc bronić Bruce’a, decyduje się na drastyczny krok.

Alfred przekonuje Bruce’a, by wziął udział w zbiórce dla Szpitala Dziecięcego. Sprawy niespodziewanie przybierają złowrogi obrót.

Tragedia w dziale prowadzi do awansu Gordona i jeszcze większego poświęcenia w walce ze złem. Theo Galavan prezentuje swoje plany dotyczące przyszłości Gotham.

Kiedy Pingwin i Galavan zawierają sojusz z rodziną podpalaczy, przestępczość w Gotham gwałtownie rośnie. Pomiędzy rodzinami Galavan a Wayne odżywa konflikt sprzed lat.

Żądny zemsty Pingwin nie cofnie się przed niczym, aby uwolnić swoją matkę. Podczas pierwszego spotkania Silver i Seliny dochodzi do sprzeczki z powodu Bruce’a.

Barbara wybudza się z przerażającego koszmaru. Żądny władzy Galavan przedstawia Bruce’owi ofertę, której trudno nie przyjąć.

Lee wyraża swój niepokój wobec ciemnej strony Gordona. Edward opiekuje się zranionym Pingwinem i prosi go o radę.

Selina i Bruce odnawiają swój sojusz. Tymczasem Gordon na nowo podejmuje walkę o to, by Galavan siedział za kratkami.

Po porwaniu Bruce’a Gordon zwraca się do zaskakującego sprzymierzeńca, aby przeszkodzić Galavanowi w jego planie zemsty na rodzinie Wayne’ów.

Gordon przygotowuje się do ważnego zeznania. Tymczasem w Gotham pojawia się nowy, przerażający przestępca, który zamraża ludzi na śmierć.

Alfred dzieli się nowymi informacjami o człowieku, który zabił rodziców Bruce’a. Policja przygotowuje wprowadzenie nowego pacjenta do Szpitala Psychiatrycznego Arkham.

Pingwin kontynuuje swoją terapię z Hugo Strange’em, który wierzy, że może „wyleczyć” pacjenta z agresji. Bruce na nowo poprzysięga, że odnajdzie mordercę rodziców.

Gordon i Bullock prowadzą dochodzenie w sprawie rabunku w muzeum. Pingwin nadrabia zaległości ze starymi znajomymi. Bruce testuje swój uliczny spryt.

Gordon poznaje smak więziennego życia. Bullock przynosi druzgocące wieści. Tymczasem Pingwin musi poradzić sobie z rodzinną dysfunkcją.

Zdesperowany Gordon stara się oczyścić swoje dobre imię. Tymczasem Pingwin poznaje zaskakującą prawdę o śmierci swojego ojca.

Barbara kontaktuje się z Gordonem, próbując naprawić ich wzajemne relacje. Bruce i Alfred rozpoczynają poszukiwania jednego ze starych współpracowników Thomasa Wayne’a.

Podczas gdy Gordon wypytuje profesora Strange'a o jego pracę w Pinewood Farms, nowy złoczyńca przygotowuje atak na miasto.

Przysięga Azraela, że zabije Gordona, wywabia Pingwina z kryjówki. Nowym celem ataku bardzo szybko zostaje Bruce.

Bruce, Gordon, Lucius i Alfred wyruszają na ratunek Selinie — najpierw muszą odnaleźć sekretne laboratorium profesora Strange’a.

W czeluści laboratorium profesora Strange’a Gordon przechodzi chemiczną transformację. Tymczasem miastu Gotham grozi nowe niebezpieczeństwo.