Jim Gordon en Bruce Wayne staan voor de chaos die Gotham City is geworden. Hun missie om de stad veilig te houden wordt moeilijker omdat de slechteriken die de aanval op de stad hebben overleefd, opnieuw opduiken en verschillende gebieden claimen. Ondertussen worstelt Selina Kyle met hoe ze moet omgaan met haar onzekere toekomst.

Gordon en Bullock onderzoeken een locatie waar meerdere kinderen zijn ontvoerd. Barbara blijkt een onwaarschijnlijke bondgenoot voor Gordon te zijn. Ondertussen kijkt Bruce naar een vermeende heks met genezende krachten.

Met de oprichting van een veilige plek voor vluchtelingen, hoopt Gordon het bendeleven in Gotham te stoppen. Selina is vastbesloten om Jeremia te vinden en overtuigt Bruce om haar te helpen.

Gordon en Penguin worden gedwongen samen te werken en allianties worden geschud wanneer Lucius, Nygma en Barbara allemaal verschillende ideeën hebben over de dader achter recente gebeurtenissen in Haven. Ondertussen zet Selina haar zoektocht naar wraak tegen Jeremia voort.

Een militaire task force onder leiding van Eduardo Dorrance wordt ingeschakeld om Gotham te helpen. Ondertussen zoekt Nygma antwoorden van Penguin, die hem terugleidt naar Hugo Strange. Dan maakt Bruce zich zorgen over het recente gedrag van Selina.

Gordon stelt een onwaarschijnlijk team samen om Gotham te beschermen tegen Eduardo Dorrance en zijn Delta Force. Net zoals Lee Thompkins weer opduikt, onthult Barbara schokkend nieuws dat Gordons leven voor altijd zal veranderen. Ondertussen werken Selina en Penguin samen aan medeschurk Magpie.

Gordon versnelt zich om het criminele element aan het licht te brengen dat dreigt de gesprekken over de hereniging van Gotham met het vasteland te beëindigen. Een zeer levende Jeremia keert terug en organiseert een verwrongen recreatie van de moord op Bruce's ouders met de hulp van Jervis Tetch aka Mad Hatter.

Het verleden van Bullock komt terug om hem te achtervolgen wanneer hij en Gordon twee moorden op Sirens onderzoeken. Ondertussen verkennen Bruce en Alfred de tunnels onder de stad, en de plannen van Penguin en Nygma om te ontsnappen worden gedwarsboomd door de minst waarschijnlijke verdachten.

Nadat Gordon is neergeschoten in een poging een staakt-het-vuren te vestigen, hallucineert hij een proces voor zijn leven dat dodelijke reële gevolgen kan hebben. Ondertussen keert Ivy terug en betovert ze Bruce, waardoor Selina zichzelf moet verdedigen. Lee heeft een levensveranderend moment terwijl Barbara en Penguin hun volgende stap overwegen.

Op de afgrond van de hereniging van Gotham staan Gordon en Bruce oog in oog met een nieuw getransformeerde Eduardo en ontdekken ze het echte brein achter de huidige chaos van de stad. Ondertussen wendt een zwangere Barbara zich tot Lee voor hulp.

Terwijl Bane zijn laatste plan voor de vernietiging van Gotham uitvoert, verzamelt Gordon zijn voormalige vijanden om de stad te redden. Ondertussen ontvoert Nyssa al Ghul de pasgeboren dochter van Barbara, met de ambitie om haar op te voeden als haar eigen. Dan wijst Bruce's beslissing om Gotham te verlaten hem op zijn bestemming, terwijl hij Selina verwoest.

10 jaar verder in de toekomst, aangezien Bruce op weg is naar Gotham terug te keren voor de opening van de nieuwe Wayne Tower. Een reeks misdaden doet Gordon geloven dat Penguin en The Riddler hun oude trucjes goed doen. Wanneer Bullock echter wordt ingelijst voor een moord, begint Gordon een nog sinister complot samen te stellen gericht op de stad, en een nieuw figuur verschijnt uit de schaduw om de held te zijn die Gotham hard nodig heeft.