Le docteur Henry Morgan, un médecin légiste de New York, immortel depuis deux siècles, se retrouve sur une rame de métro lorsque qu'un accident se produit. Revenu à la vie aussitôt, il se met à la recherche de l'homme qui a causé cette tragédie. Alors qu'il essaie de démêler cette affaire, il reçoit un mystérieux appel qui l'informe que quelqu'un connaît son secret. L'étau se resserre encore un peu plus quand le détective Jo Martinez, affectée à l'enquête, suspecte Morgan de cacher quelque chose...

Le corps d'une jeune femme qui a selon plusieurs témoignages, sauté du pont de Queensboro, se retrouve à la morgue. La police veut classer ce décès comme un suicide, mais Henry voit des indices qui l'amènent à penser qu'elle a été victime d'un homicide. Il persuade Jo d'ouvrir une enquête, contre les recommandations de sa chef. En rencontrant les parents de la jeune femme, ils apprennent qu'elle était étudiante en troisième cycle en lettres classiques et qu'elle travaillait sur une traduction de lettres d'amour en latin avec son directeur de recherches, le professeur Browning.

Suite au vol de sa mallette en pleine rue, un homme âgé de soixante ans se défend et meurt. Henry découvre que son corps est celui d'un trentenaire. En revanche, son cerveau est celui d’un centenaire. Il est rempli de trous ! Avec Jo, ils remontent la piste d’Aterna, une clinique qui promet l’éternelle jeunesse grâce à son produit phare du même nom. Henry apprend que pour le fabriquer, le docteur Gardner utilise des cerveaux humains...

Gloria Carlyle, issue d’une riche et puissante famille new-yorkaise, est retrouvée morte lors d’un gala organisé en son honneur, dans le musée dont elle est la mécène. Suite à une erreur de Lucas, présent sur la scène de crime, Henry se fait retirer l’affaire. Le corps est confié à un autre légiste qui l’envoie aux pompes funèbres. Sans cadavre et sans autorisation, Henry poursuit, néanmoins, l’enquête aux côtés de Jo, avec la bénédiction silencieuse de Reece. Henry avait bien connu Gloria dans le passé et lui voue une reconnaissance éternelle car c’est elle qui l’avait poussée à demander Abigail en mariage, à l’époque…

Un homme est retrouvé mort dans un squat d’un quartier populaire qu’Henry connaît pour y avoir soigné des immigrants, un siècle plus tôt. A l’époque, un père et son fils étaient morts du typhus car le propriétaire des lieux louait des appartements insalubres. Henry conclut à un meurtre maquillé en overdose. Il se rend dans le quartier avec Jo et ils découvrent que la victime, Raoul, s’opposait à un vaste projet immobilier...

La police fait appel à Henry car un mystérieux paquet sanglant a été déposé en pleine nuit sur le bureau d’Hanson. Celui-ci contient un cœur humain. Jo et Henry découvrent qu’ils ont affaire à ce qu’ils croient être un imitateur de Jack l’éventreur. Mais l’assassin a d’autres modèles. Un deuxième corps est retrouvé, un meurtre qui reproduit exactement celui du Dahlia noir. Henry, qui a connu les deux affaires et participé aux enquêtes, a des flashbacks de sa vie antérieure. Le mystérieux Adam donne des indices à Henry pour l’aider. La police établit le lien entre les meurtres et Le pourfendeur d’âmes, une série de romans graphiques bien connus de Lucas.

Tyler Forester, un jeune médecin, fils de milliardaire, est retrouvé assassiné dans son appartement, situé dans un quartier défavorisé de la ville. Jo et Henry rencontrent ses trois meilleurs amis de lycée : Carter, Cassandra et Paul. Tyler semblait avoir pris de la distance avec eux depuis des vacances passées ensemble, juste avant leur entrée respective en faculté. Jo et Henry visionnent une vidéo de Tyler dans laquelle il s’apprête à raconter une histoire liée à la disparition d’un jeune garçon, Robert Maugham.

Un père de famille occupant un poste important dans une société de marketing publicitaire, est retrouvé mort dans une rue, près de son domicile, sans traumatisme apparent. Lors de l'examen préliminaire du corps, Henry découvre une trace de strangulation assez large et des marques de flagellation sur le torse. Le légiste en déduit que la victime subissait des punitions ritualisées et qu'elle est morte par strangulation. En interrogeant son épouse, les enquêteurs apprennent qu'il participait à des séances de "thérapie par la domination" auprès d'une "dominatrice professionnelle". Jo et Henry interrogent cette dernière dans son cabinet et examinent les "accessoires" de torture qu'elle utilise avec ses clients, notamment un collier de strangulation érotique qui correspond à la marque observée sur le cou de la victime. La thérapeute fait comprendre à Henry qu'il s'est trompé sur la cause du décès...

Izzy Williams, un jeune homme, est retrouvé calciné dans sa voiture, à laquelle on a mis le feu. Le soir de sa mort, Izzy, qui a toujours clamé que son père, Pepper, était le véritable auteur du standard de jazz "6 A.M.", affirmait en avoir la preuve. Henry trouve le master original, caché dans l’étui du saxophone de Pepper. Malheureusement, la bande s’est abîmée avec le temps, mais Abe a l’idée de la passer au four pour recoller les deux couches.

Henry prend un taxi qui s’avère être conduit par Adam. Celui-ci a tué le vrai chauffeur avec une épée. Il se tire une balle dans la tête et le taxi finit sa course dans l’Hudson River. Henry, qui n’arrive pas à se dégager du véhicule, meurt noyé et réapparaît sur les bords de l’Hudson, nu. Il est arrêté. Reece s’interroge au sujet de ses bains de minuit. D’autant qu’une nuit où il cherche l’arme avec laquelle Adam s’est tiré une balle dans la tête, il est sur le point de retourner se baigner lorsque des policiers l’arrêtent à nouveau. Reece lui demande de consulter un psychiatre. Puis, on retrouve le corps d’une deuxième victime. Celle-ci a été autopsiée vivante avec les instruments d’Henry. Ce dernier comprend que le tueur cherche à le faire accuser. Il ne sait pas s’il doit raconter toute la vérité à Jo ou fuir avec Abe. Il se décide à parler à Jo, Reece et Hanson du harcèlement dont il est victime de la part d’Adam.

Un jeune trader est retrouvé mort près de l’East River. Jo et Lucas se rendent sur place. Ils discutent d’Henry, qui a pris un congé illimité après avoir tué un homme. Abe apprend que Jason Fox, la victime, est le fils d’un de ses amis de régiment. Il décide de s’occuper de l’affaire de son côté. Henry débarque au laboratoire en pleine autopsie et propose à Jo de reprendre le dossier. Celle-ci accepte avec joie. Leur enquête les mène dans une société de trading, où ils interrogent les collègues et le patron de Jason. En parallèle, Abe enquête de son côté, en tâchant de découvrir avec un de ses vieux amis serrurier ce qu’ouvre une mystérieuse clé, trouvée par Henry sous le plancher de la victime.

Un jeune homme a été percuté par un véhicule et laissé sans vie sur la chaussée, près de chez Jo. Hanson pense à un banal accident de la circulation avec délit de fuite. Henry dément : les blessures de la victime prouvent qu'il a été renversé une première fois, puis que le véhicule a roulé sur le corps en marche arrière pour achever le travail. Il s'agit d'un homicide. Les empreintes permettent d'identifier Aaron Brown, un ex-détenu, mis en liberté conditionnelle après avoir été condamné pour un casse, trois ans auparavant. Le défunt mari de Jo était l'avocat général au procès du jeune homme. Elle visionne les interrogatoires conduits par son époux, ce qui ravive la douleur du deuil qu'elle est en train de faire. Un cheveu de la victime est retrouvé dans une bijouterie, cambriolée le soir du meurtre de Brown.

Jo et Henry enquêtent sur le meurtre de Karl Haas, un mystérieux marchand d’art. Karl était, en fait, propriétaire d’une collection d’œuvres d’art volées pendant la guerre par son père, un officier SS. Huit de ses précieux tableaux ont été dérobés. Erik, le fils de la victime, tombe des nues lorsqu’il apprend l’origine de la collection de son père et de son grand-père, qu’il pensait être des hommes irréprochables. Parallèlement, Henry se souvient de la confrontation avec son propre père lorsqu’il avait découvert que celui-ci était impliqué dans le trafic d’esclaves. Cet homme qu’il admirait n’était pas aussi parfait qu’il le pensait. En réalité, Erik était au courant depuis peu pour son grand-père et son père, Karl. Il s’avère que celui-ci tentait de retrouver les propriétaires légitimes des œuvres dont il avait héritées, pour les leur restituer. Erik, qui avait du mal à payer son loyer, s’était disputé avec son père lorsqu’il l’avait vu remettre un Monet à un homme.

Armen Aronov, un vieil homme, meurt subitement sur un banc de Brooklyn après avoir obtenu son visa pour son pays d’origine, l’Urkesh. Henry soupçonne un homicide. Il s’avère que le vieil homme est l’ancien roi d’Urkesh, qu’Henry avait opéré en urgence dans l’Orient-Express alors que le souverain n’était encore qu’un enfant. Henry découvre que le corps d’Armen est fortement irradié au polonium, un isotope radioactif utilisé par les services secrets des pays de l’est pour éliminer leurs ennemis. Par ailleurs, Jo et lui découvrent que le roi avait une fille cachée, Lydia, née d’amours adultérines.

Sarah Clancy, une étudiante, est retrouvée morte dans une décharge. Elle est habillée avec des vêtements datant des années 70 et un pic à fondue se trouve près de son corps. A cette occasion, Henry retrouve Molly, la thérapeute dominatrice qui était la professeure de la victime. Henry insiste auprès de Jo pour que Molly les aide dans l’enquête, mais celle-ci refuse et lui conseille plutôt de l’inviter à dîner. Leur enquête les conduit à un certain monsieur Neville, locataire de l’appartement où est morte Sarah en 1979. Ils découvrent que ce dernier payait Sarah pour jouer le rôle de son épouse morte. Neville passe rapidement aux aveux, mais une chose dans sa déposition trouble Henry. Lors de son dîner avec Molly, ils décident tous les deux de se rendre dans l’appartement pour reconstituer la scène, ce qui leur fournit un prétexte pour s’embrasser... Henry finit par comprendre que Neville a été drogué par le véritable assassin de Sarah. De mauvaise grâce, Reece accepte de rouvrir l’enquête.

Eric Shaw, un hacker, est retrouvé mort, asphyxié sur son lit. On a allumé son gaz à distance par ordinateur. Le département cybercriminalité s’en mêle et tout semble accuser Lawrence Creff, un homme politique que les "Sans visages", un groupe d'hackers activistes, avaient attaqué en diffusant des images compromettantes. Or, Eric Shaw était membre de ce groupe. Le département cybercriminalité affirme que Creff se serait bien servi de son ordinateur portable ce soir-là. Mais Henry et Jo découvrent que la dose de gaz n’était pas suffisante pour asphyxier Eric Shaw. On l’a étouffé.

Le capitaine du Medford Maritime, spécialisé dans la chasse aux épaves, est retrouvé mort dans son bureau, le thorax transpercé par un harpon ancien. Les enquêteurs découvrent que son équipage et lui revenaient d'une campagne d'exploration sous-marine au cours de laquelle ils avaient trouvé un véritable trésor, soit plusieurs millions en pièces d'or. En examinant les différents objets remontés de l'épave, Henry réalise qu'il s'agit de L'impératrice d'Afrique, le navire négrier sur lequel il a trouvé la mort, qui a fait de lui un immortel. Il est très surpris que le vaisseau qui était censé avoir fait naufrage dans la mer des Caraïbes ait pu être retrouvé au large des côtes new-yorkaises.

Au cours d’une soirée dans un bar rock, où Jo est sortie avec son nouveau compagnon Isaac, un musicien déchaîné met à jour un corps momifié, en perçant une cloison à coups de guitare. Jo et Henry apprennent qu’il s’agit d’une jeune femme, Lucy Templeton, disparue depuis trente-deux ans. Eddie, ex-chanteur punk à la mauvaise réputation et ancien compagnon de la victime, est incarcéré depuis pour son meurtre. Henry prouve que contrairement aux conclusions précédentes, la guitare d’Eddie ne peut être l’arme du crime. Avec Jo, il interroge les témoins de l’époque et tous les éléments mènent à Eddie, qui continue à clamer son innocence. Sa situation, à savoir celle d’un homme qui se demande depuis plus de trente où est passée sa compagne, touche Henry qui se demande lui aussi depuis des années ce qui a pu arriver à Abigail. N’ayant pas résolu son cas personnel, il prend à cœur de découvrir la vérité pour Eddie, convaincu de son innocence. Abe le met en garde contre le transfert qu’il est en train de faire, mais Henry ne l’écoute pas.

Durant la représentation d’adieu à la scène de la danseuse étoile Odessa Kozlova, on retrouve en coulisses… un pied de danseuse. Le reste du corps, en revanche, est introuvable. Il est vraisemblable que ce pied appartient à la seule danseuse qui manque à l’appel, Eva Selgas, qui devait prochainement être nommée étoile. Javier, le frère d’Eva, explique à Jo et Henry qu’elle était suivie depuis quelque temps. Leurs soupçons se portent sur Odessa, qui a mal vécu sa mise à la retraite et son remplacement par Eva. Elle avoue que c’est elle qui a fait suivre la jeune danseuse pour lui faire peur, mais elle assure qu’elle n’a jamais voulu lui faire du mal. La voiture de la victime est retrouvée et des traces de sang sont visibles dans le coffre. Henry comprend qu’elle s’est fait un garrot. Elle est donc peut-être encore en vie. Puis, il trouve le mot qu’un homme avait laissé à Eva dans une statue, comme les amoureux le faisaient dans la Rome antique...

Henry et Abe en savent désormais plus sur la disparition d'Abigail. Ils découvrent qu'elle s'était installée dans la petite ville de Tarrytown et qu'elle avait changé son nom en Sylvia Blake. Ils décident de se rendre sur place et découvrent des restes humains dans le jardin de la maison d'Abigail. Mais l'autopsie du corps révèle qu'il ne s'agit pas d'Abigail mais de Bélinda Smoot, une jeune femme assassinée trente ans plus tôt. Jo et Henry sont chargés de l'enquête et leurs soupçons se portent alors sur le juge Théodore Graves et le shérif Vance lorsqu'ils découvrent qu'ils avaient tous les deux un excellent mobile pour tuer Bélinda. Peu de temps après, les restes d'Abigail sont retrouvés dans les bois. L'autopsie révèle alors qu'Abigail s'est tranchée elle-même la gorge après avoir eu un accident de voiture. Henry se demande pourquoi elle s'est donnée la mort et finit par découvrir qu'elle l'a fait pour le protéger d'Adam...

Henry s'en veut de n'avoir pas pu sauver Abigail et sa colère le pousse à vouloir se venger d'Adam qu'il tient pour responsable de sa mort. Peu de temps après, il est chargé d'enquêter avec Jo sur le meurtre de Blair Dryden, une jeune femme dont le corps a été retrouvé à Central Park. Ils découvrent que la victime travaillait dans un musée et qu'elle s'était blessée en manipulant un pugio, une dague d'origine romaine qui aurait servi à tuer Adam la première fois. Henry se lance donc à la recherche du pugio et tente de protéger Jo en lui cachant que le meurtrier l'a avec lui. Il parvient à récupérer la dague avant Jo et retrouve Adam dans le tunnel du métro. Adam lui tire dessus avec le mousquet qui avait servi à tuer Henry la première fois mais ce dernier ne meurt pas et lui plante une seringue dans le cou avant de réapparaître dans l'Hudson. Adam se réveille à l'hôpital et découvre qu'il est paralysé. Henry lui apprend alors qu'il restera dans cet état pour toujours avant de s'en aller. Quelques instants plus tard, Jo montre à Henry une vieille photo de lui avec Abigail et Abraham encore bébé. Elle lui apprend qu'elle a trouvé cette photo dans le métro et lui demande une explication. Henry l'invite alors à entrer en lui disant que c'est une très longue histoire...