עונה שלישית לדרמת אקשן על מומחה המחשבים וולטר אובראיין והצוות המיוחד נגד איומי היי-טק מורכבים. בפתח העונה, "צוות עקרב" נקרא לעצור שני מטוסי קרב שהאקרים השתלטו עליהם בעודם טסים בשמי לוס אנג'לס.

הצוות נקרא לעצור צוללת גרעינית הנמצאת תחת שליטתם של קבוצת האקרים המאיימים בשיגור טיל.

מכת ברק גורמת לשיגורו של וולטר לחלל בטיל ניסיוני, כאשר הצוות נדרש למצוא פתרונות יצירתיים כדי להחזיר אותו ארצה בריא ושלם. כשהחמצן מתחיל לאזול בתא, וולטר חווה הזיות שבמרכזן פייג', ופייג' נקראת לסייע.

ילד אוטיסט וחבר לכיתה של ראלף, בנה של פייג', נעלם מטיול של בית הספר לתערוכת רכב. צילומי המעקב מגלים שאדם לא מוכר הגיע לתערוכה ולקח משם את מחשב הטאבלט שהילד הניח בצד. הצוות נקרא לפעולה.

הצוות מתכונן לבלות לילה במוזיאון לצורך חקירה, אולם העניינים משתבשים כשחבורת שודדים אלדוריים פורצת למקום באותו לילה. טובי מתמודד עם שאלות של אבהות ומשפחה, וולטר זוכה לביקור מהגברת ממחלקת ההגירה.

בערב חג ליל כל הקדושים הצוות נקרא למערכת מערות עמוקה כדי להציל אוכלוסיית עטלפים ממחלה שמסכנת את כל העולם. הצוות מביים אלבום נישואים לוולטר והפי, אולם מתקשה לשכנע את נציגת מחלקת ההגירה.

ביום הבחירות הצוות נקרא לטפל בהתחממות מוזרה שתקפה את המחשב שסופר את תוצאות הבחירות בארה"ב. וולטר אינו מורשה להשתתף בחקירה בעקבות החשדות של מחלקת ההגירה. טים מזמין את פייג' לפגוש את הוריו.

הצוות יוצא לאירלנד לטקס זיכרון לזכר אשתו של סליי, אחותו של אובראיין. בהגיעם לכפר מגלה וולטר כי האגם הסמוך נמצא במצב מסוכן ועלול להתפרץ בכל רגע. טובי והפי מנסים להחליט איזו חתונה הם רוצים לערוך.

בערב חג ההודיה, הצוות נקרא לבדוק בניין רעוע ומגלה בו כור גרעיני ישן שפועל עדיין, אבל זו לא ההפתעה היחידה שמצפה להם.

החופשה של הצוות בהרים בערב חג המולד נעשית קטלנית כשדרכיהם מצטלבות עם מבריחי נשק. וולטר וטים נכנסים לעימות חזיתי על רקע אישי.

הצוות יוצא לבדוק תחנת שאיבה במדבר, אבל במהלך הבדיקה הטורבינה מתפרקת ורסיס ממנה פוצע את קייב אנושות, ומאחר והם באמצע המדבר, חברי הצוות, תחת הנהגת של טובי, צריכים להציל את קייב.

חברי הצוות נחטפים ע"י אחותו של רודן ממדינה במרכז אמריקה, שמאלצת אותם לזייף עבורה כסף. יחד איתם נחטפת גם אימא של פייג' והן לא מפסיקות לריב. וולט מחליט לנסות להיות יותר נחמד ולהתחשב ברגשות של כולם.

הצוות יוצא לתקן דליפה בצינור מים תת קרקעי, אבל העניינים משתבשים במפתיע ונוצר במקום בולען שעומד לבלוע את כל מה שסביבו. ורוניקה מבקשת מפייג' לעזור לה בתרמית אחת אחרונה, אז היא לא יכולה להשגיח על וולטר.

הצוות יוצא לסייע בחיפושים אחר ספינה טרופה, אך תקלה בסירה של וולטר ופייג' מאלצת אותם לנטוש אותה ולנסות לשרוד בלב ים. סליי מאשים את אלי בתשדיר המכשף, והיא מנסה לפצות אותו.

הצוות יוצא לחלץ אלופת שחמט שמרגלת עבור ארה"ב בדיקטטורה, ולשם כך וולט וסליי צריכים להתחרות בטורניר שחמט. פשעי העבר של אבא של הפי מאלצים אותו להיכנס לכלא, והפי לא מוכנה שזה יקרה.

הצוות יוצא לבנק הזרעים העולמי בגרינלנד, כדי לתקן את מערכת המחשוב שלו, אבל מתברר שהתקלה גרמה לשחרור של פטריה שגורמת להזיות, אז טובי צריך לנצל את מיטב כישוריו כפסיכיאטר כדי להציל את חבריו.

הפי מדברת עם מישהי בחדר צ'ט של מכונאיות, וכשהיא לא עונה לה, היא חוששת שקרה לה משהו, ומגלה שמדובר בבחורה ללא מערכת חיסונית שכלואה בבועה ולאחר שהבית שלה נפגע בסופה, הצוות חייב להציל אותה.

הצוות מגיע לאמזונס, כדי למצוא תרופה למגפה, בעזרת קוף נדיר שמחוסן כלפיה, אבל הקוף בורח ועליהם לתפוס אותו באמצע יער גשם ששורץ חוטבי עצים לא חוקיים אלימים וחיות טרף מכל סוג אפשרי.

צוות עקרב יוצא לעבוד על טורבינת רוח גבוהה והפי ופייג' נתקעות על קרון רכבל בגובה 50 מטר ושאר חברי הצוות צריכים לחלץ אותן משם לפני שהכול יקרוס והן יפלו אל מותן.

הצוות מגיע לרפובליקה ההצ'נית, כדי לעזור להם ללכוד קפסולה המכילה אסטרואיד, אבל אז הם מגלים עליו דנ"א, שעלול להכיל פתוגנים שיחסלו את כל העולם, אבל הגנרל ששולט במדינה לא מוכן לתת להם לחטא אותו.

הצוות נשלח לתקן תקלה באתר שמדמה את תנאי המחיה במאדים, אבל כשהם מגיעים לשם, הם מגלים שהמצב הרבה יותר גרוע ממה שנאמר להם. התנאים באתר מזכירים לוולט את התנאים בחלל, ואת מה שהוא חווה שם עם פייג'.

הצוות חייב לעזור להאפי וטובי להגיע לחתונה שלהם אחרי שמשימה פשוטה מסתבכת. פייג' חוזרת לעזור לטובי עם ההכנות לחתונה וכמובן שישנו מתח באוויר בינה לבין וולטר.

לאחר שהצוות מצליח בכוחות משותפים להנחית את המטוס, הם מוצאים את עצמם על אי שומם, עם סיכויי קלוש לכך שמישהו ימצא ויחלץ אותם.

בפרק האחרון לעונה, הצוות מתחיל להסתגל לחיים באי, אך המתח והלחץ כתוצאה ממצבם ומהנסיונות הכושלים להיחלץ מהאי גובים מהם מחיר כבד.