Ryôta Murakami est un lycéen passionné d'astronomie qui a vécu une tragédie dix ans auparavant en perdant une très bonne amie dans d'horribles circonstances. Quelle n'est pas sa surprise quand son sosie réapparaît en la personne d'une élève transférée en cours d'année dans sa classe. Or, cette jeune fille est tout sauf une adolescente ordinaire...

Kuroha soutient à Ryôta qu'elle n'est pas la Kuroneko qu'il croit reconnaître en elle. Mais les carences de la jeune fille en cours intensifient les questionnements de Ryôta, qui va bientôt découvrir qu'elle vit avec une de ses semblables, tout comme elle échapée du Centre...

En voyant ce qui arrive aux magiciennes quand elles n’ont pas de gélules, Ryôta est déterminé à en trouver à tout prix. Il décide d’élaborer un plan pour aller en voler directement dans l'usine qui les fabrique...

Ryôta, qui a vu Kuroha se faire tuer devant lui par Saori, pense qu'il y a encore un moyen de la sauver en obligeant la magicienne du Centre à remonter le temps...

Quand ils se retrouvent nez à nez avec Kikako, Ryôta et Neko doivent faire preuve d'inventivité. Et lorsque ce dernier croit avoir trouvé le point faible de la tueuse, heureusement pour Neko, il tombe sur Kotori en train de s'attacher...

Ryôta décide de rencontrer son oncle Kogorô pour lui demander deux services. Il souhaiterait que ce dernier tente de fabriquer de nouvelles gélules pour les filles...

Ryôta a allumé l'appareil qu'une fille du Centre a confié à Neko au moment de son évasion. Il s'avère qu'il contient une carte indiquant un endroit. Où se trouve-t-il et qu'y a-t-il exactement là-bas ?

Le Centre a envoyé une nouvelle magicienne sur le terrain pour retrouver le matricule 1107. Mais grâce à son pouvoir, elle ne tarde pas à fausser compagnie à son superviseur...

Ryôta, Neko tentent d'aider Nanami en la sauvant des griffes du Centre. Mais pour cela, ils doivent trouver un moyen de retirer sa balise. Kogorô vient leur prêter main forte...

Valkyria se retrouve dans la nature après avoir tué les magiciennes censées la surveiller, et sème le chaos. Mais l'une d'entre elles, Hatsuna, a survécu, car elle possède le pouvoir de se régénérer. Elle part donc à la recherche de Ryôta et des autres. Quel est donc son but ?

Neko et les autres se retrouvent nez à nez avec Valkyria et Ichijiku bien décidés à les tuer pour récupérer Kotori. Mais Ryôta utilise l'appareil constituant leur dernière piste pour que l'organisation nommée "la chasse aux sorcières" puisse les localiser...

Ichijiku a enlevé Kotori pour parvenir à ses fins. Ryôta et ses amies s'associent à 'la Chasse aux magiciennes' pour pouvoir localiser le directeur du Centre et sauver la jeune file. Arriveront-ils à temps pour empêcher le Ain soph aur qui menace l'humanité ?