Przyzwyczajony do pustelniczego życia Nagate musi odnaleźć się na starej kosmicznej kolonii podczas treningu na pilota statku kosmicznego.

Wspomnienia pierwszej walki z pustelnikami prześladują Nagate. Młody kadet po raz pierwszy spotyka się z elitarnymi pilotami Sidonii.

Nagato musi obronić swojego przyjaciela, przez co on i Kunato zostają wrogami. Pustelniaki atakują i piloci zostają wezwani do akcji.

Po katastrofie na pokładzie Sidonii Nagate i jego drużyna otrzymują rozkaz odzyskania cennej broni. Chłopak zmuszony jest zignorować rozkazy, aby ocalić przyjaciela.

Powoli kończą się zapasy jedzenia i wody. Nagate i Shizuki, dryfując w kosmosie, czekają na ratunek ze strony coraz bardziej oddalającej się Sidonii.

Nagate i jego ekipa kończą szkolenie na pilotów i zostają wysłani do walki, kiedy tylko pojawia się wróg; Kunato poznaje historię Nagate.

Wróg okazuje się być jeszcze potężniejszy i groźniejszy niż przypuszczano. Do walki na śmierć i życie zostają wysłane trzy oddziały.

Pustelniaki mają nowy, niepokojący sposób na odpieranie ataków ludzi. Nagate powraca do Sidonii ze zdobyczą, która może pomóc w walce.

Pacyfiści narażają się na zagrożenie, opuszczając względnie bezpieczną Sidonię. Wróg pojawia się ponownie, tym razem jeszcze większy i silniejszy.

Wielki oddział wysłany do walki natrafia na wroga, którego się nie spodziewał; Nagate robi wszystko, by chronić swoich przyjaciół.

Nagate walczy jeden na jednego z wrogiem, podczas gdy szanse na wygraną reszty oddziału są coraz mniejsze.