서기 2095년- 마법이 현실의 기술로서 확립해, 마법사의 육성이 국책이 된 시대 국립마법대학 부속 제일고등학교에 대조적인 남매가 입학했다.주석 입학을 완수한 시바 심설은 성적 우수한 1과생, 「우등생」으로서.어떤 결함을 안고 있는 오빠 시바 다쓰야는 이과생, 열등생으로.입학 직후부터, 재능 용모 모두 완벽한 후카유키에는 많은 추종자가 생기지만, 후카유키가 진심으로 사모하는 것은 타츠야뿐.그 때문에 타츠야는 일과생으로부터 적대시 받게 되고...

심설을 둘러싼 대립은, 타츠야의 재치로 큰일이 되지 않게 되었지만, 1과생과 2과생 사이에 가로놓인 차별 의식을 떠올리게 한 결과가 되었다.다음날, 학생회장 나나쿠사 마유미로부터 학생회에 권유받은 후카유키는, 입시의 페이퍼테스트에서 1등을 한 타츠야야말로 임원에게 어울린다고 제안한다.그러나 학생회 임원은 1과생 중에서 뽑는다는 규칙 때문에 깊은 눈 소원을 이루기 어렵다.그러자 풍기위원장인 와타나베 마리가 타츠야를 스카우트하겠다고 나섰다.

학생회 부회장 핫토리 형부와의 모의전에서 이긴 것으로 타츠야의 실력이 증명돼 풍기위원회 입성이 결정됐다.2과생이 풍기위원이 되는 것은 전대미문이며, 향후 일어날 각 방면으로부터의 반발을 예상해, 과연 마음이 무거워지는 타츠야.그러나 복부를 쓰러뜨린 실적은 실력주의자인 풍기위원이 다수 인정받아 환영받는다.그로부터 곧 풍기위원회의 첫 고비인 신입생 부원 권유 주간이 다가왔다.

부원 권유연무의 장소에서, 검도부의 미부 사야카와 검도부의 키리하라 타케아키가 충돌. 에이스끼리의 싸움은 양부의 난투로까지 발전했지만, 타츠야가 부상자를 내지 않고 소동을 거두었다.타츠야의 활약은 곧 퍼져나가 유명해짐과 동시에 누군가의 괴롭힘을 받게 된다.간신히 권유주간이 끝났을 때, 사야카로부터 호출된 타츠야는 검도부에 권유받는다.정중하게 즉석에서 거절한 타츠야에 대해 사야카는 2과생의 대우에 대한 분노를 털어놓는다.

2과생의 처우 개선을 요구하는"학내의 차별 철폐를 목표로 하는 유지 동맹"이 방송실을 점거했다.그들은 차별 철폐를 요구하지만, 타츠야나 동아리활동련의 회장·십자극인에 의해서 점거는 실패.마유미로부터 공개토론회를 제안받아 일단 해산한다.다음날 약속한 토론회가 개최됐다.차별이 아니라 차별의식 극복을 호소하는 마유미의 주장에 학생들은 모두 박수를 보낸다.그런데 거기에 동맹을 배후 조종하는 정치 결사 "블랑쉬"가 기습을 가해 오고……

시바 타츠야와 다른 사람들은 침입자를 쫓는다. 침입자들이 도서관에 있고, 미부 사야카가 그들과 함께 있다는 것을 알린다. 그들이 그들을 막고 무슨 일이 일어나고 있는지 알아낼 수 있을까요?

다츠야는 블랜스에서 온 사람들을 뒤쫓아 전투에 임할 계획을 가지고 있다, 그는 팀을 블랜스 사람들이 있는 버려진 공장으로 이끈다.

전국 9개 마법대학 부속고등학교가 다가오는 9개 학교 대회를 준비하고 있다. 학생회가 엔지니어를 선발해야 한다, 타츠야는 CAD를 미세 조정할 줄 아니까 엔지니어의 역할을 맡게 될까?

타츠야와 미유키는 플라잉 스펠 실험이 진행되는 FLT를 방문한다. 그곳에서 요츠바 가문의 일원들과 마주친다. 타츠야는 미키히코가 정령마법을 연습하는 것을 본다. 타츠야가 관심을 보이는 것 같아 미키히코는 그에게 크리스탈 아이즈에 대해 이야기한다.

학생들을 9학교 대회에 태우고 가던 버스가 알 수 없는 무력의 공격을 받는다. 타츠야는 그것이 내부자의 소행이라고 의심한다. 대회 전 만찬에서 학생들은 마법협회 회장 쿠도를 만난다.

During Women's Battle Board, Mari Watanabe has an accident and is taken to the Susono Base Hospital. Tatsuya helps her recover with magic. Still, she has to withdraw from Mirage Bat. Tatsuya suspects that the accident wasn't just an accident at all!

Thanks to Tatsuya's engineering skills, First High School players finish on the podium. Third High School students know that the success of First High is due to Tatsuya's skills. What will they do to beat First High School?

Tatsuya meets Masaki Ichijo and Shinkuro Kichijoji. It takes them by surprise that Tatsuya already knows about their background. Another accident happens at the Nine Schools Competition. First High students think that it was another act of sabotage.

Tatsuya is asked to compete in Monolith Code. He picks Leonhard and Mikihiko to be his team members. Kichijoji advises Ichijo to figure out a way to force Tatsuya into head-to-head combat to win Monolith Code. Will Tatsuya take the bait as expected?

Finally, the day has arrived for Monolith Code. Tatsuya and his teammates have a strategy against Cardinal George and the Crimson Prince. Miyuki is confident that her brother will be the winner. However, is there a bad surprise in store for First High?

Tatsuya has a feeling that an incident might occur during Mirage Bat. He assures Miyuki that he’ll protect her no matter what. Meanwhile, the No-Head Dragons decide to take even harsher actions to make sure that the Nine Schools Competition is called off.

First High School students celebrate their victories in the Nine Schools Competition. Enraged by the actions of No-Head Dragon, Tatsuya pays them a visit. Since Tatsuya is not a member of the Ten Master Clans, Jumonji has a very interesting offer for him.

Lately, Tatsuya has been reading about creating the Philosopher's Stone, thinking that it might have the capability to store Magic Sequences. Surprisingly, he is asked to participate in the Thesis Competition as a member of the First High School team.

Tatsuya's computer is hacked. He starts investigating the identity of the attackers and suspects that it has to do with the upcoming Thesis Competition. First High students sense that they are being watched. Will they be able to find out what is going on?

During the preparations for the Thesis Competition, a girl is seen carrying a wireless password breaker. Erika offers to teach Leo a move that would be lethal against his enemies. Since they are taking the day off together, rumors start flying about them!

Tatsuya has brought the Relic to FLT. The lab is hacked by the Great Asian Alliance. An insider attempts to go through the personal belongings of Tatsuya at the Robot Research Club. Will the Relic be safe?

The Thesis Competition is underway and everyone is worried about the security for the event.

After terrorists attack the Thesis Competition, the students have to fight to survive.

The battle rages on after the attack on the Yokohama Convention Center. Students fight to make it safely to the shelter while forces duke it on the streets.

Miyuki reveals the price her brother has to pay in order to use his extraordinary power. Tatsuya, meanwhile, makes use of a destructive weapon. All battles come to a head.