魔法。作为现实中的技术已经确立约一个世纪。在国立魔法大学附属第一高中，简称“第一高中”，一对兄妹入学了。身为魔法师却有致命缺陷的劣等生哥哥达也，和完美无缺的优等生妹妹深雪。两人的学生生活充满了接连不断的激动日子。

政治结社《Blanche》的袭击，九校战中香港系国际犯罪集团《无头龙》的介入，大亚联合军对横滨的进攻，附在人类精神上并改变其性的魔物寄生虫的出现，以及USNA军魔法师部队总队长安吉·西里乌斯，即安洁莉娜·库道·希尔兹的来访。

动荡的一年结束了，成为二年级生的两人的生活也逐渐发生变化。四叶家派来的桜井水波将与达也同住，达也转到了新设的魔法工学科，简称《魔工科》。本应与深雪一起度过平静的校园生活，但世界并不会允许这种平静。

于是，波澜再起的日子，再次拉开帷幕。

魔法。それが現実の技術として確立されてから約一世紀が過ぎていた。国立魔法大学附属第一高校、通称“第一高校”にとある兄妹が入学する。魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。二人の学生生活は激動に次ぐ激動の日々だった。政治結社《ブランシュ》の襲撃。九校戦への香港系国際犯罪シンジケート《無頭竜》の介入。大亜連合軍の横浜への侵攻。人の精神に取り憑いて変質させる魔物パラサイトの出現。そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長アンジー・シリウスことアンジェリーナ＝クドウ＝シールズの来訪。波乱に満ちた一年が終わり、二年生になった二人の生活も少しずつ変化する。四葉家から使わされた桜井水波が達也たちと同居することになり、達也は新設された魔法工学科、通称《魔工科》に転科する。深雪と共に平穏な学園生活を送るはずだったがそれを世界が許すはずもなく…。そして、──波乱の日々が、再び幕開く。