Gdy zbliżał się kwiecień 2096 roku i Tatsuya awansował na drugi rok, wokół niego zaszło wiele zmian. Tatsuya i Mizuki przenieśli się do nowo utworzonego Departamentu Inżynierii Magicznej. Mikahiko przeniósł się z drugiego wydziału do pierwszego. Tatsuya i Miyuki wprowadzili się do Mizunami, służącej z rodziny Yotsuba, i cała trójka zaczęła mieszkać razem. Tatsuya przybywa do szkoły z nadzieją na spokojne życie studenckie w tym roku, ale nowi uczniowie różnią się od siebie, w tym bliźniaczki z rodziny Shichiso, Kasumi i Izumi, oraz nowy valedictorian, Shippo Takuma, który ma poczucie rywalizacji z rodziną Shichiso. ......

Ceremonia wstępna dobiegła końca, a kluby ponownie rozpoczęły rekrutację nowych uczniów w tym roku. Klub Robo i Klub Motocyklowy rozpoczynają spór o nowych uczniów, a Kasumi, członek Komitetu Moralności Publicznej, i Shippo, członek Komitetu Wykonawczego Federacji Działalności Klubowej, interweniują. Jednak zaczynają się kłócić o to, kto powinien przejąć inicjatywę, a sytuacja w końcu staje na głowie. W międzyczasie Koichi, głowa rodziny Nanakusa, planuje wykorzystać początki manipulacji medialnej humanistów USNA, aby zmniejszyć siłę rodziny Yotsuba.

Otrzymaliśmy informację, że anty-magiczny senator Kanda planuje odwiedzić Pierwsze Liceum wraz z mediami. Jeśli znajdzie się tam cokolwiek związanego z wojskiem, zamierza zrobić z tego wielkie zamieszanie w prasie i twierdzić, że magiczne liceum zamieniło się w miejsce edukacji wojskowej. Dlatego Tatsuya zaproponował, aby uczniowie eksperymentowali z rezydentnym, kontrolowanym przez grawitację magicznym reaktorem termojądrowym (reaktorem gwiezdnym). Próbuje argumentować, że magiczna edukacja w liceum Daiichi przyczynia się do pokoju międzyludzkiego, rozwiązując problem energii za pomocą magii.

Eksperyment z piecem gwiezdnym okazał się wielkim sukcesem, o którym szeroko informowano w wiadomościach. Jednak Shippo, któremu ojciec powiedział, że sprawą senatora Kandy zajmie się rodzina Shichikusa, uważa, że rodzina Shichikusa wykorzystała Tatsuyę dla własnej korzyści i wyładowuje swoją urazę na Kasumi, gdy ta przechodzi obok. Kacumi również nie może przeoczyć zniewagi wobec własnego domu i oboje przygotowują się do walki za pomocą magii, ale zostają odkryci przez członka Komitetu Dyscypliny Publicznej i zatrzymani. Aby wyeliminować urazę między nimi, Tatsuya proponuje mecz, który wyłoni zwycięzcę.

Magiczne szkoły średnie w całym kraju zostały powiadomione, że niektóre z wydarzeń Dziewięciu Igrzysk Szkolnych zostaną zmienione. Zmieniono trzy z sześciu zawodów, co oznacza, że aż połowa konkurencji zostanie zmieniona. Aby poradzić sobie z nagłą zmianą wydarzeń, samorząd uczniowski I Liceum Ogólnokształcącego został zmuszony do zrozumienia zasad, ponownego wyboru sportowców i ponownego dostosowania CAD. Podczas gdy wszyscy narzekają na nagły czas wprowadzenia zmian, na miesiąc przed rozpoczęciem zawodów dziewięciu szkół, Tatsuya podejrzewa, że wszystkie nowo dodane konkurencje mają silny wojskowy posmak.

Aby poradzić sobie z nagłą zmianą konkurencji w Turnieju Dziewięciu Szkół, Tatsuya, wraz z innymi członkami rady uczniowskiej, był bardzo zajęty. Pewnego dnia Tatsuya otrzymał wiadomość e-mail od nieznanego nadawcy. Wynikało z niego, że zmiana terminu zawodów była spowodowana naciskami ze strony Sił Obrony Narodowej oraz że rodzina Kushima wykorzystała posunięcie Sił Obrony Narodowej, aby przetestować działanie broni opracowanej w tajemnicy podczas zawodów biegowych Steeplechase. Tatsuya udaje się do Nary, twierdzy rodziny Kushima, aby dowiedzieć się, jakiego rodzaju eksperymenty przeprowadzają.

It turns out that the secret experiments that the Kudou Family has been conducting was for developing parasite dolls, a female combat robot possessed by a parasite. Experiments on the dolls' operations are being conducted at the Steeplechase Cross-country venue, where security is abnormally tight - so much so that Tatsuya himself can't even break into the premises. As such, Tatsuya orders Pixie to keep an eye out for the parasites while he conducts adjustments to the CADs and gives instructions to the underclassmen as an engineer. However, this continual sense of nervousness and nonstop days of hard work are tiring out Tatsuya. He's never felt this tired before.

The women's division of the Steeplechase Cross-country Event has finally begun. Tatsuya has Pixie figure out the location of all the parasite dolls and tries to eliminate them before they come into contact with the players. However, the parasite dolls unleash their magic at speeds that exceed Tatsuya's imagination. Though it is difficult, he manages to seal away the first parasite doll. Tatsuya goes on to seal away the remaining parasite dolls one after another, but the highest-performance models, the Prime Four, now stand in his way.

The Nine Schools Competition has ended, and it is now the second semester. Ayako and Fumiya visit Tatsuya to deliver a letter they were entrusted directly from Maya. The letter was a request asking for Tatsuya's cooperation in capturing Gongjin Zhou. The Kurobas were also pursuing him but lost sight of him in the Kyoto area. It seems Gongjin Zhou has been receiving help from the Traditionalists, a faction of Ancient Magicians, in his escape. The Traditionalists and the Kudou Family have been in conflict with each other for many years. So, Tatsuya decides to reach out to Fujibayashi, Retsu Kudou's granddaughter, to ask for Retsu's cooperation in capturing Gongjin Zhou.

In order to obtain cooperation from Retsu Kudou to capture Gongjin Zhou, Tatsuya, Miyuki and Minami visit Nara, the home of the Kudou Family. Retsu Kudou readily accepts Tatsuya's offer and introduces him to his grandson, Minoru. Minoru is one year Tatsuya's junior, and although he is physically weak, he is said to be a very powerful magician. At the dinner table, Minoru hears that Tatsuya and his friends are looking for a traditional magic user and offers his help. The next day, as Tatsuya and the others are scouting the Traditionalists' base in Nara under Minoru's guidance, they are attacked by the Traditionalists at Nara Park.

The nationwide Magic High Schools Thesis Competition held by the Japan Magic Association. Also known as just The Thesis Competition will be held in Kyoto. After experiencing the Thesis Competition being attacked by the Great Asian Alliance last year, Mikihiko, the head of the Disciplinary Committee, proposes to the Student Council that this year they would like to inspect the area around the venue in advance to ensure security. Tatsuya, Miyuki, Minami, Leo and Erika will also be accompanying him. On his way home after the Student Council meeting, Tatsuya learns from the news that Mayumi's bodyguard, Saburo Nakura, was murdered by someone in Kyoto.

As Tatsuya is researching the Traditionalist bases in Kyoto under Minoru's guidance, he meets the owner of a restaurant, who is also a Traditionalist, on the way to Kiyomizu Temple. The shop owner shares that he is concerned about the current state of Nara's Traditionalist sects being absorbed by casters from the Continent and offers to share information with Tatsuya. Based on the restaurant owner's information, Tatsuya narrows down a place in Kyoto where the Traditionalists are hiding. He meets with Mayumi, who wants to find the culprit who killed Nakura, and Masaki, who happened to come across them during a battle against the Traditionalists, and heads to Arashiyama with them.

The night before the Thesis Competition. Tatsuya receives a report from Fumiya that they have located Gongjin Zhou's whereabouts. He was hiding at the JGDF's 2nd Supply Base in Uji. Tatsuya speculates that he would not have enough offensive power to fight alone at the JGDF's base, so he contacts Masaki. When Masaki hears that they would need to invade an army base to get to him, he hesitates for a moment but decides to accompany Tatsuya to fulfill his responsibilities as a member of the Ten Master Clans. The two invade the army base where soldiers controlled by Gongji Zhou await...