2031년, 도쿄 지역. 미지의 생명체·가스트레아에 입은 괴멸적 피해로부터 부흥을 이룬 인류는, 아직도 그 위협에 질려 살고 있었다.대가스트레아 최후의 보루인 민경의 한 사람으로 덴도 민간경비회사에 소속된 고교생 사토미 렌타로는 한 사건 현장에서 가면에 턱시도 차림의 수상한 남자 히루코 카게타네와 조우한다.경관들은 고사하고 렌타로조차 치아에 닿지 않는 압도적인 힘을 발휘한 그는 세상을 망치는 자를 자처하며 사라진다.

호출을 받고 사장 기사라(木更)와 함께 방위성으로 향한 렌타로(蓮太郎).거기에는 도쿄 지역의 유명한 민경들이 즐비했다.의뢰주는 도쿄 지역의 통치자인 세이텐코(聖天子).그 내용은, 감염원 가스트레아의 배제와, 그 체내에 도입된 케이스의 회수라고 하는, 기묘한 것이었다.거기에, 갑자기, 나타난 카게타네. 또 압도적인 힘을 보여준 그는, 자신도 그 케이스--도쿄 지역에 「대멸종」을 일으키는 「칠성의 유산」을 노리고 있다고 고하고….

가스트레아 바이러스를 보유한 저주받은 아이들로 알려져 학교에서 고립돼 버린 연주는 슬픔도 아물지 못하는 사이 감염원 가스트레아를 추적해야 한다.렌타로의 눈앞에서 반쯤 자포자기하게 싸워 목표인 가스트레아를 쓰러뜨리는 옌주. 그러나 케이스를 손에 넣은 두 사람의 곁에 또다시 카게타네가 나타난다.신인류 창조계획에 의해 만들어진 기계화 병사인 카게타네에게 일격에 무력화된 렌타로는 어떻게든 염주를 놓쳐--.

29명이나 되는 민경들을 깨끗이 되돌린 카게타네와 다시 대치하는 렌타로와 옌주. 모든 것을 되받아치는 절대 방어의 방패로 만들어진 카게타네를 앞에 두고 렌타로도 스스로 진정한 모습--발라늄의 의지와 초인적인 공격력을 가진 기계화 병사로 맞선다.죽이기 위해 만들어져 존재 의의의 증명을 위해 투쟁을 원하는 카게타네와 양립할 수 없는 렌타로의 격돌. 그러나, 그 격렬한 싸움의 결판을 비웃기라도 하듯, 스테이지 V의 가스트레아가, 모습을 나타냈다--.

덴도 민간 경비 회사에, 쇼텐자 직접의 의뢰가 들어온다.그 내용은 그녀 자신의 호위 임무.내키지 않는 렌타로였지만, 보좌관인 키쿠노쇼의 부재 사이에 오사카 지역 대표·세이부와의 회담이 있는 것, 호위관들이 취한 기묘한 행동에, 임무를 받을 것을 결의한다.성거에서 돌아오는 길무늬가 나쁜 남자들에게 얽혀 있는 소녀를 도와준 렌타로는, 잠옷을 입고 돌아다니던 이상한 분위기의 그녀--티나에게, 완전히 따르게 되어….

세이부와의 회담 귀로, 누군가에게 저격당한 세이텐코. 단순한 암살 계획 이상의 무언가를 감지한 렌타로는 미직의 도움을 받아 저격범의 단서를 찾기 시작한다.증거물건이 보여준 것은 상대가 900m가 넘는 장소에서 저격을 성공시키는 괴물이라는 사실. 게다가 렌타로는 암살 계획의 배후에 눈독을 들이고 있었다.한편, 저격범의 앞에는, 렌타로등 덴도 민간 경비 회사의 정보가 전해져, 나무 한층 더 저격범의 마의 손이 다가온다--.

두 번째 성천자 저격의 여파로 중상을 입은 렌타로(蓮太郎).호위관들이 세운 경비 정보는 저격범에게 꿰뚫린 것이다.저격범-티나를 쫓던 연주는 반격을 당해 깊은 잠에 빠져 있다.만신창이로 상대해야 할 것은 IP 서열 98위의 이니시에이터로 기계화 병사.스미레의 정보로, 그 세기의 「카라쿠리」를 알고도, 렌타로는, 티나의 앞에 선다.자신의, 그리고 티나의 절망적인 운명을 거스르기 위해--!

외주구에서 아이들과의 푸른 하늘 교실을 즐기고 있던 렌타로(蓮太郎).그곳에 찾아온 성천자의 입에서 들은 것은 모노리스가 무너진다는 믿기 어려운 사실이었다.바라늄을 침식하는 힘을 가진 스테이지 IV 가스트레아 알데바란.대전 때도 기승을 부리던 그것이 다시 나타난 것이다.세이텐코의 의뢰로 도쿄 지역의 명운을 건 가스트레아 요격작전에 참가하게 된 렌타로는 팀을 꾸릴 동료를 찾기 위해 한 민경을 찾는다.

드디어 시작된 모노리스의 백화 현상.그 붕괴와 계속되는 「대멸종」에 대한 공포에, 도쿄 지역이 혼란을 극치로 하는 가운데, 32호 모노리스의 주변에 집결한 가스트레아에 대해, 민경들이 대비를 굳히고 있었다.하지만 아직 페어 수를 맞추지 못한 렌타로 등은 아주반트로 인정받지 못한 채 결전을 치르려 하고 있었다.살기 띤 민경들 사이를 누비며 함께 싸울 동료를 찾는 렌타로들.그런 그들 앞에서 소란스러운 소동이 일어난다….

아르데바란이 이끄는 가스트레아와의 결전을 앞두고 외주구의 푸른 하늘 교실에서 수업에 임하는 연주자들.렌타로는 장래에 대해 생각하면서도 다가오는 불안에 잠긴 표정을 짓는 소녀들과 함께 과거 인류가 승리한 땅으로 발걸음을 옮긴다.모노리스 붕괴까지 앞으로 3일 남았어.마음 놓을 수 없는 장사적과 의지할 수 있는 형제자, 자신에게 절대적인 믿음을 주는 사장, 각각의 짝을 맞이해 자신의 아주반트를 형상화한 렌타로.그리고 기사라는 아르데바란의 표적이 된 모노리스 자체에 의혹을 던지는 그에게 가슴에 품은 불안감을 밝힌다.그 생각에 렌타로는--.

폭파 테러로 흔적도 없어져 버린 푸른 하늘 교실.희망이, 그리고 모노리스가 소리를 내며 무너져가는 가운데 마침내 자위대와 가스트레아가 격돌한다.그러나 어둠 속에서 민경 전선기지에 나타난 것은 가스트레아가 된 자위대원들의 모습이었다.렌타로들이 간신히 협공을 막았지만 빛의 창에 베어버리는 민경부대.바라늄 재가 하늘을 뒤덮고 태양의 은혜를 잃은 대지에서 간신히 살아남은 자들의 싸움은 계속된다.

명령 위반의 죄를 면하는 대가로 렌타로(蓮太郎)는 단신, 절망적인 전력차를 뒤집는 기사회생책에 투신한다.그 계책이란 불사신의 아르데바란을 지키는 장거리 저격 가스트레아 프레야데스의 격멸.누구의 도움도 없는 가스트레아와의 고독한 싸움에서 상처받고 쓰러진 그를 구한 것은 바로 숙적이었다.본의 아니게도 그의 도움을 받아 플레야데스를 쓰러뜨린 렌타로.그러나 연주자들의 품으로 돌아온 그를 예상 이상의 참상이 기다리고 있었다.