En el futuro, la humanidad fue invadida por unos parásitos llamados Gastrea, que buscan eliminar a la humanidad infectándola con su virus. Para combatirlas existen los policias civiles, quienes trabajan en pareja con un Niño Maldito; este es el caso de nuestros protagonistas, Rentaro y Enju.

Enjun y Rentaro van a una reunión sobre un trabajo relacionado con los Gastrea donde se encontrarán con los mejores oficiales civiles.

Enju tiene problemas en su escuela debido a la discriminación que sufre por ser una Niña Maldita. Mientras tanto, la fuente de infección de un Gastrea es localizada, provocando que Rentaro y Enju salgan a la acción junto a las demás parejas de Iniciadores.

Hiruko acaba con 29 parejas de oficiales civiles en un instante para volver a verse las caras con Rentaro y Enju. Rentaro le muestra sus verdadera fuerza a Hiruko, dejándole claro que no es la única arma humana.

Rentaro encuentra a una extraña niña, pero no le da mayor importancia. Mientras Rentaro busca una escuela para Enju, Kisara le consigue un trabajo de guardaespaldas de Seitenshi.

Tras el intento de asesinato de Seitenshi, Rentaro busca información sobre el francotirador usando las balas que dejó. Mientras tanto, Tina recibe la orden de matar a Kisara.

Sabiendo que el francotirador es Tina, Rentaro va a enfrentarla sabiendo que se celebrará otra reunión, por lo que Seitenshi seguirá en peligro.

Rentaro y Kisara siguen ocupados en la formación del equipo para la batalla contra los Gastrea.

Rentaro y Kisara analizan el último ataque y empiezan a investigar el monolito 32. En medio de esta investigación sostendrán un encuentro muy especial. Pero más adelante sucederá algo atroz que afectará notablemente a Rentaro.

Con la caída del monolito los Gastrea atacan y un gran número de oficiales civiles mueren debido a la "lanza de luz" que emite uno de los Gastrea. Todo el grupo de ataque decide reagruparse y cambiar de planes para eliminar a ese Gastrea tan peligroso.

Satomi queda como líder del grupo que enfrenta a los Gastrea y tiene un nuevo aliado, Kagetane. Entre todos se prepararán para derrotar a Aldebarán y así proteger el área de Tokio.

Satomi toma el mando y va en busca de Aldebarán para derrotarlo. Luego de la batalla, Kisara descubre secretos sobre su familia y la muerte de sus padres.