Cortana, l'intelligence artificielle avancée qui acompagne le Major a emagaziné et assimilé suffisamment d'informations afin de pouvoir retracer l'histoire des Forerunners et de l'humanité.

Les Forerunners étaient un peuple exemplaire de sagesse et de droitesse. Mais un jour, ils sont menacés par les mystérieux parasites nommés "Flood" qui se logent dans le corps des êtres vivants ayant un minimum de masse cérébrale pour se reproduire. Les Forerunners se sont battus de toute leur force contre cette invasion mais en vainc. Ils ont alors eu recours à une ultime arme qu'ils ont mise au point pour exterminer les parasites: les Halo. Ces anneaux destructeurs propagent des ondes qui tuent tout être vivant suceptible de constituer une source de nourriture pour les parasites.

Cortana poursuit l'anthologie de l'humanité.

Les hommes se sont développés et ont engendré de nombreuses civilisations et technologies. Mais leur histoire est parsemée de nombreuses guerres au sein de leur propre espèce à cause de leurs ambitions démesurée pour la conquête. Ainsi, la Terre finit par devenir trop petite pour les hommes qui entamèrent la colonisation de la Voie Lactée. Dans leur périple, ils découvrent la formidable technologie Forerunners et les Halo, sans pour autant connaître les antécédents de ces armes destructrices.

Une Spartan, Daisy, épaule des Marines pris en chasse par des Covenants en couvrant leur fuite. Pendant la bataille, elle se remémore son passé.

Dans sa jeunesse, elle s'est échappée avec un de ses amis d'un centre d'entraînement pour futurs Spartan, désireuse de liberté et de retrouver sa famille car elle avait été enlevée étant petite. Lorsqu'elle arriva chez elle, elle vit qu'on l'avait remplacée par un clône d'elle, afin que personne ne sût qu'elle eut été kidnappée pour combattre au nom de l'humanité contre les Covenants. Desepérée, la jeune insurgée tua son clône puis se rendit aux forces de l'ordre qui la ramenèrent au centre d'entraînement.

Daisy meurt dans cette mission, ainsi que tous les autres soldats qu'elle protégait.

Spartan 1337 lors d'un trajet tombe de son vaisseau et se retrouve tout seul dans une forêt. Il y rencontre de drôles d'enfants qui ont un Tyranosaure jaune de compagnie. Peu après, une Brute a été envoyée par un prophète pour écraser Spartan 1337, mais ce dernier compte bien le mettre hors d'état de nuire. Il va se faire aider involontairement par le grand frère et la grande soeur de ces gamins et ils vont terrasser la Brute.

Un Marine surnommé Fantôme car il est connu pour son sang froid et son coeur de pierre, est envoyé sur une planète lointaine pour détruire le prototype d'un robot de combat. Il se trouve que sur cette planète vivent des humains qui sont contrôlés par des Covenants. Il décide alors de désobéir aux ordres et d'utiliser ce protorype afin de repousser les attaques Covenants et de permettre à tout le monde d'évacuer le terrain. Lorsque le prototype est mis hors-service par les Covenants, Fantôme procède à l'auto-destruction du mecha, mourant aussi tel un Kamikaze.

Quatre soldats de la faction des Troupes de Choc Aéroportées Orbitales (TCAO, [Orbital Drop Shock Troopers ou ODST en anglais]), O'Brien, Dutch, du sergent Cortez, et du caporal Checkman sont désignés pour une mission d'assassinat d'un Prophète Convenant. O'Brien était censé être le tireur d'élité désigné pour tuer le Prophète au Sniper mais l'importance cruciale de cette mission ayant dépassé les estimations premières des autorités humaines, il a été décidé qu'O'Brien soit remplacé par un Spartan, Cal-141, au poste de Sniper et relégué à la tâche de le couvrir. Malgré leurs réticences à travailler avec un Spartan à cause de leurs sentiments de rivalité voire de jalousie pour O'brien, les TCAO et le Spartan partent tous les cinq pour la mission. Ils atterrissent dans une zone contrôlée par des Covenant et l'aide d'un Spartan n'était pas de trop pour réussir à approcher suffisamment le Prophète.

Un groupe de quatre Spartans (John-117, Frederic-104, Kelly-087, Arthur-079 et Solomon-069) est envoyé sur une flotte Covenante pour récupérer un important "paquet". Ils parviennent à pénétrer un des vaisseaux Convenants ou Solomon a repéré le paquet mais ce n'était qu'une leurre destiné à les piéger. Le vaisseau est détruit par les Convenants-même et Solomon trouvera la mort. John en déduit que le paquet se trouve sur le vaisseau amiral où les Spartan se dirigent à présent. Arthur va se sacrifier pour couvrir Kelly et permettre aux autres Spartan d'avancer. Après s'être frayé un chemin dans la défense Covenante, John réussit à mettre la main sur le paquet qui est en fait Catherine Elizabeth Halsey mise en léthargie cryonique. Ils s'échappent grâce à une caspule de sauvetage Covenante et retrouvent les deux autres Spartan survivant sur le vaisseau humain.