Cole e Ramse fazem as pazes enquanto são perseguidos pelo Exército dos 12 Macacos. Em 2043, Deacon assume o controle da máquina do tempo.

Cole e Cassie confrontam Jennifer para impedir a liberação do vírus, mas as consequências de suas ações acabam produzindo problemas em 2044.

Em um momento de trégua, Cole e Cassie viajam para Nova York em 1944 para interceptar uma dupla de Mensageiros que querem assassinar um cientista.

Apesar das suspeitas, Jones envia Ramse para resgatar Cole e Cassie em 1944, e Jennifer ajuda Jones a desvendar o grande plano do Exército dos 12 Macacos.

Em 2016, Cassie e Jennifer tentam localizar uma Primária. Enquanto isso, em 2044, a briga de Cole e Ramse com Deacon se agrava.

Fazendo de tudo para evitar um cataclisma quando a máquina do tempo entra em colapso, Cole e o resto da equipe descobrem algo grave sobre Cassie.

Ao perceber que mudar o passado é mais perigoso do que o próprio vírus, Jones envia Cassie em uma missão para impedir a invenção da viagem no tempo.

Em 2016, Jennifer recruta mulheres desequilibradas para combater o Exército dos 12 Macacos. Em 2044, Cassie e Ramse procuram Titã, o misterioso projeto da Testemunha.

Conforme 2044 fica cada vez mais instável, Jones envia a equipe para 1957 para achar um importante cientista, mas Cassie e Ramse partem em outra missão.

Os desastres se acumulam em 2044 e a equipe se encontra em uma guerra civil sem saber se procura a Testemunha ou se volta no tempo para prevenir a anomalia.

A missão de Cassie e Cole em 1957 para tentar conter a anomalia corre perigo enquanto que a busca de Ramse para encontrar Titã e a Testemunha é um desastre.

Quando Cole e Cassie achavam ter encontrado a paz no passado, um pequeno detalhe os coloca em uma perseguição para achar e matar a Testemunha, que tem um novo truque.