真新鎮的赤紅和青綠從大木博士手中取得了寶可夢圖鑑，並踏上完成圖鑑的旅程，大木博士分別給了兩人一個寶可夢，赤紅選擇小火龍、而青綠選擇傑尼龜。赤紅出發後不久即開始捕捉寶可夢，他在一次對戰中敗給青綠之後，意識到如果想完成圖鑑，自己也必須成為強大的寶可夢訓練家，因此開始向道館挑戰...

赤紅四處遊歷、上山下海，一方面尋找寶可夢、一方面向道館挑戰。一日、他來到紫苑鎮並聽聞「寶可夢的靈骨塔」內的幽靈傳聞。他遇見富士老人和麗奈，並從麗奈口中得知因為犯罪組織火箭隊而成了孤兒的卡拉卡拉的遭遇，赤紅決定幫助他、並因此與火箭隊正面衝突...

赤紅的小火龍進化成了噴火龍，赤紅與青綠遇見希爾弗公司的秘書，並得知該公司已經被犯罪集團火箭隊佔領的消息。赤紅潛入公司內並釋放了受到監禁的科學家。最終、他遇見火箭隊的首領坂木...

蒐齊八個徽章的赤紅向寶可夢聯盟挑戰。在戰勝了四天王後，他與當上冠軍的勁敵青綠展開全面對決，並以些微差距獲勝，成為新任冠軍。赤紅沒有停下腳步，繼續為了完成圖鑑而探索，就在他將149種已知的寶可夢的資料都收集齊全後，得知青綠被一個神秘的強大寶可夢重創的消息。赤紅回想起在旅途中看過的文獻，推斷那個寶可夢可能是以夢幻的基因製造出的寶可夢「超夢」...