真新镇的赤红和青绿从大木博士手中取得了宝可梦图鉴，并踏上完成图鉴的旅程，大木博士分别给了两人一个宝可梦，赤红选择小火龙、而青绿选择杰尼龟。赤红出发后不久即开始捕捉宝可梦，他在一次对战中败给青绿之后，意识到如果想完成图鉴，自己也必须成为强大的宝可梦训练家，因此开始向道馆挑战。在道馆馆主小刚的指导下，赤红对宝可梦战斗有了基本的认识，并击败了小刚的大岩蛇、取得了第一个徽章。

之后、赤红四处游历、上山下海，一方面寻找宝可梦、一方面向道馆挑战。一日、他来到紫苑镇并听闻“宝可梦的灵骨塔”内的幽灵传闻。他遇见富士老人和丽奈，并从丽奈口中得知因为犯罪组织火箭队而成了孤儿的卡拉卡拉的遭遇，赤红决定帮助他、并因此与火箭队正面冲突。在赤红和青绿合作打倒火箭队的成员后，可拉可拉和幽灵的真面目──可拉可拉的母亲得以团聚。赤红也从富士老人手中得到两颗神秘宝石做为答谢。

赤红的小火龙进化成了喷火龙，赤红与青绿遇见希尔弗公司的秘书，并得知该公司已经被犯罪集团火箭队占领的消息。赤红潜入公司内并释放了受到监禁的科学家。最终、他遇见火箭队的首领坂木，却输得一败涂地。但他仍继续旅程，并终于要向最后一个道馆挑战，但那里的馆主竟是坂木。赤红在与坂木激烈对战后终得胜利，而坂木也在战斗中找回已经失去了的、对战斗的热情以及爱护宝可梦的心，火箭队因而瓦解。

蒐齐八个徽章的赤红向宝可梦联盟挑战。在战胜了四天王后，他与当上冠军的劲敌青绿展开全面对决，并以些微差距获胜，成为新任冠军。赤红没有停下脚步，继续为了完成图鉴而探索，就在他将149种已知的宝可梦的资料都收集齐全后，得知青绿被一个神秘的强大宝可梦重创的消息。赤红回想起在旅途中看过的文献，推断那个宝可梦可能是以梦幻的基因制造出的宝可梦“超梦”。赤红前往无名洞窟试图捕捉超梦，但他与他的喷火龙被强大的超梦重创，在他们即将落败之时，他们不放弃的精神激发了两颗神秘宝石，让喷火龙超级进化成超级喷火龙X，最后击败并收服了超梦。

当赤红与大木博士等人一起庆祝完成图鉴时，赤红突然意识到还有第151个宝可梦“梦幻”仍未被发现，这也代表他的旅程尚未结束，不过他却没发现此时梦幻正飞过自己的身后。