东京，这里潜伏着混在人群中并捕猎人类的怪物『喰种』。喜欢读书的大学生－金木研，在常去的咖啡厅『安定区』里，遇到了同样喜欢小说家－高槻泉作品的神代利世，两人约好要一起去书店约会。但金木还不知道，之后发生的意外事故将改变自己的命运…。金木虽在事故里受了重伤，但经过手术后捡回一命。而当金木醒来后却发现「不管吃什么都觉得很难吃」，渐渐察觉自己产生异变…

金木被尸体的香味吸引，而和身为喰种的锦对峙。这时救了他的是安定区的店员－雾嶋董香和店长芳村。芳村将某个小包裹拿给受到喰种的饥饿所苦的金木。隔天，看了英的简讯而回到大学的金木，英介绍了一位姓「西尾」的学长给他认识，而这位学长就是先前和他对峙的喰种－「锦」。他虽然表现的与普通人没两样，但在回家路上却突然袭击英，并害英昏了过去。「抱歉弄脏了你的食物」，锦在金木面前又露出了身为喰种的本性

身为喰种的笛口凉子和她的女儿雏实暂时躲到了「安定区」生活，雏实脸上孤单的表情让金木感到很在意。此时，金木和芳村的得力助手‧四方莲示一起为了无法狩猎的喰种调度食粮。另一面，目的为歼灭东京所有喰种的CCG在利世的事件发生后，就把「安定区」所在的20区列进了搜查范围里。身为上等搜查官的真户吴绪和亚门钢太朗一同前往了20区…

被称为『美食家』的喰种－月山习造访安定区。董香露出厌恶的表情，直指他是20区的麻烦人物，并警告金木不要月山扯上关系，但是月山盯上了金木身上的特殊香味，不断设法与金木接触。金木在意起利世这个造成自身悲剧的原因，他被月山口中「利世常去的店」所吸引，来到了「喰种餐厅」。

因董香身体不适而去探望她的金木，发现董香非常重视名为依子的人类朋友。而在回程时，金木救了被喰种袭击的锦。金木将锦送回住处并遇见了锦的恋人－西野贵未。贵未虽然知道锦是喰种，却仍和锦一起生活。但之后贵未却被悄悄跟踪金木的月山抓走。金木和锦一起去救贵未，但…

金木在安定区教雏实识字。认识了越来越多字的雏实，为了学习更多字给父亲一个惊喜，和凉子一起出门买书。但这时CCG的搜查官草场和中岛正好在附近搜寻喰种母女。早一步注意到异状的凉子立刻拉起雏实的手想要逃走，但这时雏实却查觉到了某个"异变"…

雏实的母亲‧凉子被CCG搜查官真户夺去了性命，金木对于自己什么都做不到感到十分懊悔。另一面，董香得知这个消息后，向芳村表示应该要报仇，但芳村以众人的安全为由，否决了她的提议，并说雏实的脸已经被搜查官看到，因此要把她移到24区。无法接受的董香想着凉子和雏实的事，悄悄下了一个重要决心。

雏实偷偷离开「安定区」，然而那是真户设下的巧妙陷阱。董香才刚找到雏实，真户就出现在她面前。同一时刻，一样在找雏实的金木正与另一位搜查官亚门对峙。在战斗中，亚门质问金木「有没有想过那些被喰种夺走亲人，其遗族所承担的伤痛?」，并断言是喰种让这个世界扭曲。

「安定区」的人们总算逐渐回到以往的日常生活了。此时金木为了更了解关于改变自己命运的利世情报，独自拜访了14区的酒吧「Helter Skelter」。在那里，同为喰种的系璃告诉他利世以前曾待过11区。另一面，11区谜样的喰种们，正展开一连串可疑的行动…

CCG的11区分部，被自称为「青桐树」的喰种集团袭击，没有幸存者。得知这件事后，CCG开始准备有​​史以来最大规模的讨伐战。另一方面，有个名为万丈数壹的男人闯进了安定区，他十分仰慕利世，在得知「青桐树」的目标是利世后，便来到安定区想劝利世逃走。但这时「青桐树」的少年干部－「绚都」却突然出现在众人面前。看到他之后，董香面露惊讶的神色！

为了救出被「青桐树」抓走的金木，芳村、四方、董香、锦、雏实与诗齐聚一堂，此外还加入一位意想不到的人物!CCG的亚门一行人与其他搜查官，准备以超越千人的阵仗进攻位于11区的青桐树据点。「青桐树」与CCG，还有安定区的三方之战一触即发…

在「青桐树」的据点展开的战斗越来越激烈了。喰种与人类之战…这场战斗会如何收尾呢？「安定区」的伙伴有办法救出金木吗？另一方面，被青桐树的干部之一－壁虎带走的金木，遭受了超乎想像的残忍虐待。意识朦胧的金木，他内心世界里突然出现的人物是​​…