Rin Tohsaka, uma jovem garota, encontra uma lembrança de seu pai. Tudo o que havia com ela eram um pendente e um catalisador. Ela então prepara o ritual de invocação de um Herói, no caso, o da classe Sabre, o espírito tido como o mais poderoso, na Guerra do Santo Graal.

Shirou é um jovem cujos primeiros dias de que se lembra datam de uma catástrofe, os eventos finais de Fate/Zero. Aqui, ele ainda vive a sua rotina de estudante já com os seus segredos e sem saber da guerra que o aguarda.

Ainda perdido com tudo o que lhe aconteceu em tão pouco o tempo, Emiya busca esclarecer-se acerca do que é e do que se trata a tal Guerra do Santo Graal, da qual agora ele é obrigado a fazer parte.

Agora ciente acerca do que lhe acontece, Shirou está mais do que decidido a seguir na luta pelo Graal. Dentre os Mestres que há de enfrentar, no entanto, está uma pequena jovem e o seu colosso de Servo.

Sabre trata de contar a Shirou tudo acerca dos Fantasmas Nobres e dos Espíritos Heroicos. Explica o motivo de não revelar a sua identidade e ele precisa explicar a todos o porquê dela agora viver em sua casa.

Rin não parece mais ser capaz de tolerar a falta de noção de Emiya. Após lhe dar todas as chances, ela resolve pôr um basta em tudo. Ela só não contava com uma nova aparição que, à espreita, surge para trazer problemas.

Shirou e Rin seguem investigando a barreira levantada na escola. Serão eles capazes de resolver o mistério e o Mestre responsável por ela?

Neste episódio, dois embates ocorrem simultaneamente. A Feiticeira versus o Arqueiro e a Sabre versus o Assassino.

As barreiras que separam Rin e Emiya parecem cair cada vez mais, mas aquela que haviam deixado de lado é erguida aqui para lhes causar problemas e trazer a morte.

Shirou e Tohsaka seguem na busca pelo Mestre que se esconde na escola e cuja identidade permanece um total segredo.

À procura pelo Mestre que se esconde na escola desemboca em um último suspeito. Emiya e Tohsaka então se apressam para se certificarem de que o suspeito é, de fato, um Mestre.

Após fazer progresso ao desenvolver a sua magia de projeção, Shirou começa a sentir os efeitos colaterais de forçar o seu corpo ao limite.

Rin e Shirou saem em um encontro, mas sua agradável tarde é interrompida pela Feiticeira. Cheia de artimanhas e jogadas sujas, a Feiticeira força Shirou a tomar uma difícil decisão.

Após a perda da Sabre para a Feiticeira, Rin decide fazer a sua jogada e partir para a ofensiva ao lado do seu Servo, o Arqueiro.

Apesar de perder a Sabre, Shirou segue determinado a lutar. Ele e Rin se unem para buscar a ajuda de Illyasviel.

As armas de Gilgamesh e os punhos de Hércules se põem a lutar em uma batalha lendária. Em meio a ela, Illyasviel se vê perdida em memórias e desgostos por sua sina e passado.

Shirou acaba devastado em virtude da sua impotência em salvar Illyasviel. Então, junto de Rin, ele segue determinado a enfrentar a Feiticeira até que uma visita inesperado chega para lhes oferecer auxílio.

Rin e Shirou partem para a ofensiva contra a Feiticeira e Kuzuki. Em outro campo de batalha, o Lanceiro enfrenta o Arqueiro. Será que o plano de Rin funcionará?

Agora que o Arqueiro já não é mais o Servo de Rin, ele está determinado a matar Shirou. Dada a situação, no entanto, Shirou não mostra medo dele com Rin e a Sabre dispostas a tudo para deter o Arqueiro!

Junto da Sabre e do Lanceiro, Shirou sai em busca de resgatar Rin. Será ele capaz de derrotar o Arqueiro numa batalha, no entanto?

Rin está desolado nadas mãos de Kirei enquanto Shirou enfrenta o Arqueiro. Será ele talentoso o bastante para derrotá-lo?

É dado o final da batalha entre o seu eu futuro e Shirou. Gilgamesh também dá o ar da sua graça e leva a Guerra do Santo Graal para novos eixos.

À procura de vingar o Arqueiro e destruir o Santo Graal de uma vez por todas, Rin e Shirou consideram o caminho a seguirem e formulam uma estratégia.

Defronte ao inimigo, a Sabre luta na frente com o Assassino na frente do templo enquanto Shirou e Rin buscam destruir o Santo Graal.

Quando tudo parece ir contra eles, serão Shirou e Rin capazes de sobreviver?

A Guerra do Santo Graal já teve o seu fim. Os ânimos se acalmaram, mas ainda há um futuro pela frente. Qual será, no entanto, que Rin e Shirou escolherão?

Especial incluso no segundo box de Blu-ray da série, que da um final alternativo, para a rota de “Unlimited Blade Works” do jogo original de Fate/stay night...