Shirou é um jovem cujos primeiros dias de que se lembra datam de uma catástrofe, os eventos finais de Fate/Zero. Aqui, ele ainda vive a sua rotina de estudante já com os seus segredos e sem saber da guerra que o aguarda.

Ainda perdido com tudo o que lhe aconteceu em tão pouco o tempo, Emiya busca esclarecer-se acerca do que é e do que se trata a tal Guerra do Santo Graal, da qual agora ele é obrigado a fazer parte.

Agora ciente acerca do que lhe acontece, Shirou está mais do que decidido a seguir na luta pelo Graal. Dentre os Mestres que há de enfrentar, no entanto, está uma pequena jovem e o seu colosso de Servo.

Sabre trata de contar a Shirou tudo acerca dos Fantasmas Nobres e dos Espíritos Heroicos. Explica o motivo de não revelar a sua identidade e ele precisa explicar a todos o porquê dela agora viver em sua casa.

Rin não parece mais ser capaz de tolerar a falta de noção de Emiya. Após lhe dar todas as chances, ela resolve pôr um basta em tudo. Ela só não contava com uma nova aparição que, à espreita, surge para trazer problemas.

Shirou e Rin seguem investigando a barreira levantada na escola. Serão eles capazes de resolver o mistério e o Mestre responsável por ela?

Neste episódio, dois embates ocorrem simultaneamente. A Feiticeira versus o Arqueiro e a Sabre versus o Assassino.

As barreiras que separam Rin e Emiya parecem cair cada vez mais, mas aquela que haviam deixado de lado é erguida aqui para lhes causar problemas e trazer a morte.

À procura pelo Mestre que se esconde na escola desemboca em um último suspeito. Emiya e Tohsaka então se apressam para se certificarem de que o suspeito é, de fato, um Mestre.

Após fazer progresso ao desenvolver a sua magia de projeção, Shirou começa a sentir os efeitos colaterais de forçar o seu corpo ao limite.

Rin e Shirou saem em um encontro, mas sua agradável tarde é interrompida pela Feiticeira. Cheia de artimanhas e jogadas sujas, a Feiticeira força Shirou a tomar uma difícil decisão.