Emiya Shirous Leben wird von einem Moment auf den nächsten auf den Kopf gestellt… Er findet sich mitten im Krieg um den Heiligen Gral wieder.

Für Shirou wird es Zeit, sich zu entscheiden, ob er offiziell am Kampf um den Heiligen Gral teilnehmen möchte, oder nicht. Dafür sucht er zusammen mit Rin den Aufseher des Krieges um den Heiligen Gral auf, um mehr über die Hintergründe dieses Rituals zu erfahren.

Auf dem Heimweg stellt sich Illyasviel mit ihrem Servant Berserker gegen Rin und Shirou. Schnell müssen die beiden die Übermacht Berserkers erkennen und einen Ausweg finden.

Nach dem Aufeinandertreffen mit Rin kehrt erstmal Ruhe ein. Shirou nutzt die Zeit um noch mehr über den Gralskrieg zu lernen. Außerdem muss er sich eine Tarnung für Saber einfallen lassen.

Überraschend fordert Rin Shirou in der Schule zu einem Duell heraus. Ein heftiges Gefecht entbrennt, bis die beiden von dem Servant eines anderen Masters unterbrochen werden.

Nach dem Auftritt eines neuen Masters einigen sich Rin und Shirou auf einen vorübergehenden Waffenstillstand. Shirou macht im Ryudou Tempel das Versteck eines Servants aus.

Saber stößt im Kampf mit Assassin an ihre Grenzen, während an anderer Stelle Archer und Caster sich ein intensives Duell liefern. In dieser Situation bleibt Shirou nicht mehr als eine Zuschauerrolle.

Nachdem Rin und Shirou ihren Pakt erneuert haben, werden die beiden von einem Bannkreis in der Schule eingeschlossen. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach dem Ursprung der Barriere.

Rin kommt zu dem Entschluss, dass Casters Master ein Mitschüler an ihrer Schule sein muss. Doch bevor sie ihrer Vermutung weiter nachgehen kann, versucht sie das Verhältnis zwischen Shirou und Archer aufzubessern.

Nachdem Rin die Identität von Casters Master enthüllt hat, bereitet sie sich gemeinsam mit Shirou auf den Kampf gegen die beiden vor. Später am Tag entbrennt eine heftige Auseinandersetzung.

Rin, Shirou und Saber geraten in eine Falle von Caster, welche zu allem Übel auch noch Fujimura als Geisel genommen hat. Shirou wird vor eine schwere Wahl gestellt.