キャスターによりセイバーを奪われた士郎は、自分の想う正義を信じて再び戦う決意をする。一方、凛は教会で聖杯を探すキャスターに正面から戦いを挑むが、思わぬ展開により　窮地に陥ってしまう。

セイバーが操られる前に、キャスターを倒すべく作戦を練る士郎と凛。その頃キャスターは、かつて自分を召喚したマスターとの記憶を辿っていた。魔女と蔑まれ、裏切られたキャスターは自ら契約を切り、マスターを殺害することで彼の元を逃れたのだった。

アインツベルン城を訪れた士郎と凛だったが、そこでは既に、バーサーカーとギルガメッシュによる戦いが繰り広げられていた。イリヤを庇いながら戦うバーサーカーは、ギルガメッシュの圧倒的な宝具の前に、劣勢を強いられていく。

怒りに身を任せ凛の制止を振り切り飛び出した士郎。ギルガメッシュは士郎を殺そうとするが、凛を見てその場を立ち去る。士郎の自己犠牲的な生き方を否定した凛だったが、改めてその想いを聞き受け入れる。

激突するアーチャーとランサー。拮抗する戦いの中、必殺の宝具を放つランサーに、アーチャーは自身の持ちうる最強の盾で応戦する。一方、士郎と凛はキャスターとの決着をつけるべく再び戦いを挑む。埋まらぬ実力差で窮地に陥るが、凛はとある奇策を隠していた。

キャスターが斃れ契約が無効となったアーチャーだったが、再び士郎を殺さんと彼に襲いかかる。アーチャーの真意をはかろうと間に入るセイバーだが、マスターとの契約を結んでいない状態では本来の力を発揮できない。セイバーと士郎の窮地を救おうと、凛は契約の詠唱を紡ぐ……

遂に明かされるアーチャーの正体。英霊は現在と過去、そしてまだ見ぬ未来―あらゆる時代から呼び出される。衛宮士郎は己の理想の果て、その想いを信じ貫き通した答えである「正義の味方」と相対する。

聖杯の器として凛を利用しようとする綺礼と、自らのものとしたい慎二が凛に迫る。一方で、士郎はアーチャーの攻撃に守勢に回っていた。しかし、それでも諦めない士郎は、アーチャーが辿り着いた世界を目の当たりにする。それは彼の魔術師たる所以―一面の荒野に無数の剣が突き刺さった固有結界だった。

絶望を消し去る為に戦うアーチャー。信念を貫く為に戦う士郎。幾度の剣戟を重ねる中、士郎の敵はアーチャーではなく、己自身になっていた。自分よりも他人が大切という事が偽善とわかっていても、それが決して間違いなどではないと信じて―。

顕現した聖杯のもとへ辿り着いた士郎と凛の前に立ちはだかるギルガメッシュ。時を同じくして、セイバーは、山門で待ち構えていたアサシンと対峙する。七人の魔術師と七人の英霊それぞれの思いを呑み込み、聖杯戦争は終結を迎えようとしていた――

士郎のことを「偽者」と否定するギルガメッシュ。しかし、自身が「偽者」であることも、想いが「偽善」であることもとうに受け入れていた。理想を張り続ける意志は固まり、その心を形にする言葉を紡ぐ。それは悔恨ではなく、覚悟の詠唱だった―。聖杯を巡る物語がここに決着する。

聖杯戦争は、幕を降ろした。―そして紡がれるエピローグ。